基因總覽
RPL7A 是一個蛋白質編碼基因,其產物 ribosomal protein L7a 屬於真核生物核糖體蛋白 eL8 家族。它是大型核糖體次單元的組成部分;核糖體則是由 RNA 與蛋白質構成、負責在細胞內合成蛋白質的大型複合體。現有資料支持其核糖體組成角色,但未提供此蛋白質的序列長度、結構域或其他結構細節。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000323345 ★ | 133,348,218–133,351,426 | 8 |
| ENST00000901515 | 133,348,194–133,351,435 | 8 |
| ENST00000901516 | 133,348,194–133,351,435 | 8 |
| ENST00000930887 | 133,348,194–133,351,435 | 8 |
| ENST00000930888 | 133,348,194–133,351,435 | 8 |
| ENST00000930889 | 133,348,194–133,351,435 | 8 |
| ENST00000930890 | 133,348,194–133,351,435 | 7 |
| ENST00000930891 | 133,348,194–133,351,435 | 8 |
| ENST00000930892 | 133,348,194–133,351,435 | 6 |
| ENST00000930893 | 133,348,194–133,351,435 | 7 |
| ENST00000983315 | 133,348,194–133,351,426 | 8 |
| ENST00001064949 | 133,348,194–133,351,426 | 8 |
顯示 12/32 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPL7A 的產物 ribosomal protein L7a 是大型核糖體次單元的組成成員。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的核糖核蛋白複合體,負責細胞內蛋白質的合成;因此,RPL7A 所支持的主要功能脈絡,是參與核糖體這套蛋白質合成機器的組成。現有資料未進一步說明它在核糖體中的具體位置或分子作用方式,也沒有描述其對翻譯步驟的個別影響。
Promoter 與基因調控
>RPL7A ENST00000323345 GRCh38 chr9:133347218-133348318 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTAAAAAGTGGTCATTCCAACCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG CAGGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACTAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCAACTCTACTAAAA ATACAAAAATTAGCCGGGCGTGATGGCAGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGA ATCGCTTGAACCCGGGAAGCACAGGTCGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGAC AGGGGGAGACTACGTCTCCAAAAGAAAAAAAAAAGGGGGGTAATTCCACTCCCTCGCTTAACATCCCTCA TGGTTCCCCGGTGCGCCGGGACAAGGGGCTCAAGTTCCGCGCCGCGCCTCTCGGCCTCTGCCCTCCAGCC GCACTGGACGGCCTCGGCGCTGGAGTTGCCTGGCCCTGGGGCCGGGCCTTTGCGCGCGGTGCTCAGGGAG GGCCCGGGGCCCCCTAGGTTCGGAGTCTGGCGCACGACCGAGCGGACTCCTGGACGCACTCGCATTGTTT GTGCCCATTTTTGGCGGGGTGTGGGAAATAAGTCACACGCAGGAAAGGGGATCTCCGACCCCAGCGCCTA CGCACCCACCCACCCCCACTCCCGCCCACACACCCACCCCCCCTCCATCCCCACCCCCCACCACACCCTC ATACCCGCCCCAGCGCCCGCACACCAGACGCCGCGTCCGCCGGGTCGGCCTAGGGCGGGGTGGTCAAGTG CCTCTGCGACCCGCACTTTCCCGCGTCTCTCCCACGGCCTGGCCCTCCCGCCGCAGTCTCTCTTCCCCGC CGCGCCGCGGTCCGAAAACCTAGTCAGCCGCCGCAGCCTCTCGGCCCCGCCTCGATTTTTAGCTTTATAG GAATGCTGTTGCTTTAAATCCGAAATCCCGTGCCGGTATCAACTCTCGCGATCTCCGAGGCCGCATACAT ATTACCCACAATTCCCTTTCCTTTCTCTCTCCTCCCGCCGCCCAAGATGGTGAGTGAGCTGTAGTTCCGT GGCACTATAGCCAGGTTCCGGCTGTATCCGCTGCCATCCTCCTCCAGGCGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPL7A_1 ↗ | 9:133,348,222 | 正股 | 133,348,173–133,348,232 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_CH893 · enhancer · 133346385–133347692 · regulatory
ENSR9_BZGJ8 · promoter · 133347693–133348228 · regulatory
ENSR9_536CSXG · CTCF_binding_site · 133348334–133348355 · regulatory
ENSR9_93XX3N · promoter · 133348432–133348932 · regulatory
ENSR9_85WT5P · enhancer · 133349164–133349347 · regulatory
ENSR9_536CTL6 · CTCF_binding_site · 133352163–133352184 · regulatory
ENSR9_536CTMG · CTCF_binding_site · 133352440–133352461 · regulatory
· motif · 133347298–133347310 · motif
· motif · 133347300–133347307 · motif
· motif · 133347300–133347315 · motif
· motif · 133347619–133347632 · motif
· motif · 133347840–133347853 · motif
· motif · 133347868–133347881 · motif
· motif · 133347921–133347934 · motif
· motif · 133348336–133348352 · motif
· motif · 133351114–133351125 · motif
· motif · 133351946–133351954 · motif
· motif · 133352165–133352181 · motif
· motif · 133352441–133352452 · motif
· motif · 133352442–133352458 · motif
· motif · 133353013–133353030 · motif
· motif · 133353015–133353030 · motif
· motif · 133353022–133353030 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:266 aa
ribosomal protein L7a 屬於真核生物核糖體蛋白 eL8 家族。現有資料沒有提供其序列長度、結構域、功能區域或序列註解等細節。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 RPL7A 產物定位於細胞質;未提供其他定位或依條件改變的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- RPL36Q9Y3U8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RPL7L1Q6DKI1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RSL1D1O76021 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STAU1O95793 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
RPL7A 是大型核糖體次單元的組成成員。它與 CRY1 的互作屬於相似性推定;另有資料指出 RPL7A 與 DICER1、AGO2、TARBP2、MOV10 及 EIF6 互作,這些分子共同形成大型 RNA-induced silencing complex(RISC)。
疾病與遺傳關聯
資料指出,涉及 RPL7A 的染色體重組會活化 TRK 致癌基因的受體激酶結構域。此敘述描述特定重組事件與激酶結構域活化的關聯,未提供更進一步的疾病或變異證據。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPL7A 產物是大型核糖體次單元的組成成員。核糖體是大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ · PMID 32669547 ↗ |
| 交互作用 | RPL7A 是大型核糖體次單元的組成成員;與 CRY1 的互作為相似性推定。資料亦指出它與 DICER1、AGO2、TARBP2、MOV10 及 EIF6 互作,這些分子共同形成大型 RNA-induced silencing complex(RISC)。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. Interacts with CRY1 (By similarity). Interacts with DICER1, AGO2, TARBP2, MOV10 and EIF6; they form a large RNA-induced silencing complex (RISC) PMID 17507929 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 32669547 ↗ |
| 細胞定位 | RPL7A 定位於細胞質。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 涉及 RPL7A 的染色體重組會活化 TRK 致癌基因的受體激酶結構域。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Chromosomal recombination involving RPL7A activates the receptor kinase domain of the TRK oncogene |
核酸與蛋白質序列
CTTTCTCTCTCCTCCCGCCGCCCAAGATGCCGAAAGGAAA40GAAGGCCAAGGGAAAGAAGGTGGCTCCGGCCCCAGCTGTC80GTGAAGAAGCAGGAGGCTAAGAAAGTGGTGAATCCCCTGT120TTGAGAAAAGGCCTAAGAATTTTGGCATTGGACAGGACAT160CCAGCCCAAAAGAGACCTCACCCGCTTTGTGAAATGGCCC200CGCTATATCAGGTTGCAGCGGCAGAGAGCCATCCTCTATA240AGCGGCTGAAAGTGCCTCCTGCGATTAACCAGTTCACCCA280GGCCCTGGACCGCCAAACAGCTACTCAGCTGCTTAAGCTG320GCCCACAAGTACAGACCAGAGACAAAGCAAGAGAAGAAGC360AGAGACTGTTGGCCCGGGCCGAGAAGAAGGCTGCTGGCAA400AGGGGACGTCCCAACGAAGAGACCACCTGTCCTTCGAGCA440GGAGTTAACACCGTCACCACCTTGGTGGAGAACAAGAAAG480CTCAGCTGGTGGTGATTGCACACGACGTGGATCCCATCGA520GCTGGTTGTCTTCTTGCCTGCCCTGTGTCGTAAAATGGGG560GTCCCTTACTGCATTATCAAGGGAAAGGCAAGACTGGGAC600GTCTAGTCCACAGGAAGACCTGCACCACTGTCGCCTTCAC640ACAGGTGAACTCGGAAGACAAAGGCGCTTTGGCTAAGCTG680GTGGAAGCTATCAGGACCAATTACAATGACAGATACGATG720AGATCCGCCGTCACTGGGGTGGCAATGTCCTGGGTCCTAA760GTCTGTGGCTCGTATCGCCAAGCTCGAAAAGGCAAAGGCT800AAAGAACTTGCCACTAAACTGGGTTAAATGTACACTGTTG840AGTTTTCTGTACATAAAAATAATTGAAATAATACAAATTT880TCCTTCA887cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。