基因總覽
RPL36AL 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 ribosomal protein L36a like。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 14q21.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000298289 ★ | 49,618,530–49,620,626 | 2 |
| ENST00001092768 | 49,600,815–49,620,649 | 3 |
| ENST00000880632 | 49,617,444–49,620,649 | 3 |
| ENST00000880634 | 49,617,444–49,620,649 | 3 |
| ENST00000880635 | 49,617,444–49,620,430 | 3 |
| ENST00000880636 | 49,617,444–49,620,430 | 2 |
| ENST00000936359 | 49,617,444–49,620,641 | 2 |
| ENST00000936360 | 49,617,444–49,620,649 | 3 |
| ENST00000936361 | 49,617,444–49,620,649 | 3 |
| ENST00000936362 | 49,617,444–49,620,615 | 2 |
| ENST00000936363 | 49,617,444–49,620,649 | 3 |
| ENST00000936364 | 49,617,444–49,620,568 | 2 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>RPL36AL ENST00000298289 GRCh38 chr14:49620526-49621626 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCACCAGCTCCCGGGGGGCCCAGGTGCCAGCCTTATCTACATTCCTCAGGGTCTGATCAAAGTTCAGCTG GTACACCAGGGACCGGTACCGCAGCGTCAGGTTGTCCGCCTCGGGCTGGGGGACCGCCGGGACCAGGGAA GCCGCCGACACGTTGGAGACCCTGCGGATGCCCACAGCCACAGAGGGGTGGTCCCCACCGCGGCCGCCGG CACCCCGCGCGGGTTCGGCGTCCAGCAACGGTGGGGCGAGGGCCTCGTTCTTCCTTTGTCGCCCATTGCT GCTCCAGAGGACGAAGCCGCAGGCGGCCACCACGAGCGTCAGGATTAGCACCTTCCGTTTGTAGATGCGG AACCTCATGGTCTCCAGGGCCGGGAGCGCAGGCGGGCGGGCGCGGAAAGGAGCAGCTGCTTCTGCACGGA AGGGGCGGGCGGGCGGCGGCCGTCGCCTTGGCCTGTCACGGTCGGAACTGGCCCCCGCGGCTGCCCTCGC TAACTCATCCCGGGCCCCGGGGGTCCTGGGGCCCGAGACCTCTCATTTACCCCGCGCCGCCTGCGCTCCA CACATCCTCGCCTGGCAGCTACAGCTCGAGCATCGGCGCCGCCGCTAGGAGCCGCGGCTCGGCTTCGTCT CCGTCCTCTCCATTCAGCACCACGGGTCCCGGAAAAAGCTCAGCCGCGGTCCCAACCGCACCCTAGCTTC GTTACCTGCGCCTCCAGCGGCCCTGCGTCCTCTGCGCTCTCATCCTTACAGGGGCCCTAGACGGCCAGAA CTGAGCGACGCGGCCTCGCCTCACTCCGGCGGGGACCGTTATGACAACCCGCAACTGCCCCGCGGCACAC CGCGGCCCTCCGGCCCACACCCCTCCGGCCCGCCCCTTAGACCGTTGGTTGGTGCTTTCCAGACGCGACC GAAGGCGCCTGACCGCCGTGGCCGGCTGCCTATTGGTTTGCAGTACTGTCGCTCAGGTGCAGTTCCCACT TCCGCCTGTTTCTTCCCTTTCCTGTTAGGCGAGAGCTGCGAAAGGCGAGAGCTGCGAAGGGCCAGGTGTC GGGCGCTGTTTCTCGGTAAGCTAAGAACGAGGCTGTAGCGGCTCCAATAGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPL36AL_1 ↗ | 14:49,620,620 | 負股 | 49,620,610–49,620,669 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR14_C6WX8 · enhancer · 49617267–49618301 · regulatory
ENSR14_C6WXD · enhancer · 49619249–49620615 · regulatory
ENSR14_83GDJN · promoter · 49620616–49620809 · regulatory
ENSR14_5FN5DJ · CTCF_binding_site · 49620924–49620945 · regulatory
ENSR14_5FN5DX · CTCF_binding_site · 49621009–49621030 · regulatory
ENSR14_BCSWF · enhancer · 49623829–49624562 · regulatory
· motif · 49616708–49616720 · motif
· motif · 49616711–49616718 · motif
· motif · 49616711–49616726 · motif
· motif · 49616837–49616852 · motif
· motif · 49616842–49616854 · motif
· motif · 49616845–49616852 · motif
· motif · 49616899–49616914 · motif
· motif · 49619235–49619243 · motif
· motif · 49620463–49620483 · motif
· motif · 49620637–49620650 · motif
· motif · 49620639–49620650 · motif
· motif · 49620639–49620650 · motif
· motif · 49620641–49620650 · motif
· motif · 49620750–49620760 · motif
· motif · 49620761–49620771 · motif
· motif · 49620763–49620773 · motif
· motif · 49620926–49620942 · motif
· motif · 49621011–49621027 · motif
· motif · 49621311–49621327 · motif
· motif · 49621311–49621327 · motif
· motif · 49621318–49621333 · motif
· motif · 49621559–49621574 · motif
· motif · 49621573–49621586 · motif
· motif · 49621607–49621620 · motif
· motif · 49621607–49621620 · motif
· motif · 49621987–49621998 · motif
· motif · 49622134–49622147 · motif
· motif · 49622134–49622147 · motif
· motif · 49623284–49623295 · motif
· motif · 49623546–49623560 · motif
· motif · 49623546–49623560 · motif
· motif · 49624231–49624245 · motif
· motif · 49624399–49624411 · motif
· motif · 49624449–49624464 · motif
· motif · 49624563–49624585 · motif
· motif · 49624563–49624585 · motif
· motif · 49624575–49624587 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:106 aa
RPL36AL 的蛋白質長 106 個胺基酸,屬於真核生物核糖體蛋白 eL42 家族。序列第 26 至 53 位胺基酸被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- KRTAP10-7P60409 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | RPL36AL 的定位註記為細胞質。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
CCTGTTAGGCGAGAGCTGCGAAAGGCGAGAGCTGCGAAGG40GCCAGGTGTCGGGCGCTGTTTCTCGTTTTCATCATATAGA80CAAAACAGCCCTGCTGCAAAGATGGTCAACGTACCTAAAA120CCCGAAGAACCTTCTGTAAGAAGTGTGGCAAGCATCAGCC160TCACAAAGTGACACAGTATAAGAAGGGCAAGGATTCTTTG200TATGCCCAGGGAAGGAGGCGCTATGATCGGAAGCAGAGTG240GCTATGGTGGGCAGACAAAGCCAATTTTCCGGAAGAAGGC280TAAGACCACAAAGAAGATTGTGCTAAGGCTGGAATGTGTT320GAGCCTAACTGCAGATCCAAGAGGATGCTGGCCATTAAGA360GATGCAAGCATTTTGAACTGGGAGGAGATAAGAAGAGAAA400GGGCCAAGTGATCCAGTTCTAAACTTTGGGATATTTTTCT440TCAATTTTGAAGAGAAAATGGTGAAGCCATAGAAAAGTTA480CCCGAGGGAAAATAAATACAGTGATATTCTTACGCAAACT520TTTTGTGGTTTTTACTTATAAATAGAATTCCATGTTTAGT560GTAGTCCCACCTCAAACTTTACTAACAAGTTTATATATGT600ATGAAGGGAAAATACTACTTTACTACTTTTTGTTTTCTGG640TCAATTTCAAATGTTGAATGAATTCATAAACATTGA676cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。