基因總覽
RPL34 是一個蛋白質編碼基因,其產物為 ribosomal protein L34,屬於真核生物核糖體蛋白 eL34 家族。此蛋白是大型核糖體次單元的組成成員。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞中合成蛋白質;因此,RPL34 的基本角色是作為這個蛋白質合成複合體的一部分。現有資料未提供其胺基酸長度、結構域或其他序列特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000394667 ★ | 108,620,576–108,625,370 | 5 |
| ENST00000502534 | 108,620,508–108,625,554 | 6 |
| ENST00000853717 | 108,620,508–108,632,886 | 6 |
| ENST00000926072 | 108,620,508–108,632,610 | 6 |
| ENST00000926073 | 108,620,508–108,631,338 | 6 |
| ENST00000926074 | 108,620,508–108,631,338 | 6 |
| ENST00000926075 | 108,620,508–108,630,484 | 6 |
| ENST00000926076 | 108,620,508–108,625,253 | 5 |
| ENST00000926077 | 108,620,508–108,625,253 | 5 |
| ENST00000926078 | 108,620,508–108,625,253 | 6 |
| ENST00000926079 | 108,620,508–108,625,253 | 5 |
| ENST00001094665 | 108,620,508–108,632,886 | 5 |
顯示 12/51 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPL34 的產物 ribosomal protein L34 是大型核糖體次單元的組成成員。其功能資訊主要指出它參與核糖體複合體,而非描述獨立於核糖體之外的作用。核糖體是由 RNA 與蛋白質組成的大型核糖核蛋白複合體,負責細胞內蛋白質的合成;RPL34 因而是細胞蛋白質合成機器的一部分。
蛋白質合成是核糖體所執行的核心工作。來源將 ribosomal protein L34 的角色定位於大型次單元,並未進一步說明它如何影響核糖體的組裝、RNA 或其他分子的結合,也未描述它在合成過程中特定步驟中的作用。因此,可支持的功能層級是其作為大型核糖體次單元成員,參與負責蛋白質合成的核糖體複合體;不能據此延伸出更具體的分子機制或調控作用。
這項功能描述將 RPL34 與核糖體整體的蛋白質合成任務連結,但沒有提供 RPL34 單獨作用的實驗細節,也未指出特定細胞類型、條件或蛋白質產物。其生物學意義可限於:它是核糖體大型次單元的一部分,而核糖體執行細胞內蛋白質合成。
Promoter 與基因調控
>RPL34 ENST00000394667 GRCh38 chr4:108619576-108620676 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CACCTGACCCCGCCTTTCTCAGCTTCCTGGAGGTGCATTCTAAGAGCGCTCCCCATAAGCCAACACTCAA GTCTCTTCGAGGTGTGTTTCCAGGGAGCCTGATCTAAGATTAAAAACTTAAAGGCCCCTTTTAGAATTGT CTTTTACAGCCCAGGCAAAGAGTTCTTTACTTTTTTAGAGGTCATGAATCCCTTTGACAAGGTGATGAAA GCCAGGGACCCTCTTCTCAGAAAAATACACACGTGCGCTTAATGTAAAATTTTACATACTGTTTTAAAGG TTAAACTTTACCACCCATGAAAAGCCTCAAGTAGTTCTTTGTACATAATCATAAGATTAGCAACCATTTA CTGAGCACTTCCTCTCTATAAGACCCTGTGCTAAGTGCTTTAACTTCATAATGCCTTTGATCATGACATA ACATGGCACGGTAGTTCCTAATATCTTCCTTTTAGAGATTTAAGGGCTTGCTCAAAGTAACATAGCTAAT AATTAGCAGACACTGGATTAAAATCCCAATTTGTTTGTAAAGCTTGTGCTCTGAATAAATGACAAGGAAA GAGAAGGGAAGGTTGAAGAAGGGAAGGTTCTTGAAGGTCCCTGGTCCTTGAAGGTCCCTTAACCATAAAT GTCAAGAGTTGGGATTTAAACCCAGGTCTAACGCCAGAGCTGGCGCCCTTTAGATTAAAAGTGCAGTGTC CATGACAACGAAAGAAGTTGATTTTGTCCCACCTTTGCTCTTTGCGGCTTTTCATTTGCGTTTGTTTCCA CAGCGATTTCCAATAGATTTCTGCGTGGCCTTGACACAGACAGCTAGTGTGAATCCCCGCCCACAGAGGG GCGGCACGTTGGTTGCCGTACAACGTGGTGGTTCCCTGCATCTCTGCCCACGTCGGAGAGGTGCGTCGGC TTCCGTACAACACGGATACTCTCTCTCTGACGCAACTTCCTGTCCTGCGCAATTCTATTTGACCTTTGAA CTGGCAAAGGCTTTTTTCTTCCTCTTCCGGGGACGTTGTCTGCAGGTATGGATGTTGTTCTCTTTTCCCT GTCTTTATTTCCTTACCAATCGGCTGCCATCCGAGGAGCTGAGGAAGCCTA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPL34_1 ↗ | 4:108,620,577 | 正股 | 108,620,528–108,620,587 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_CDR2C · enhancer · 108619268–108620375 · regulatory
ENSR4_93L53J · promoter · 108620376–108620666 · regulatory
ENSR4_CDR2F · enhancer · 108620667–108621795 · regulatory
· motif · 108620308–108620325 · motif
· motif · 108620310–108620325 · motif
· motif · 108620399–108620409 · motif
· motif · 108620519–108620528 · motif
· motif · 108620541–108620553 · motif
· motif · 108620543–108620558 · motif
· motif · 108620543–108620558 · motif
· motif · 108620544–108620551 · motif
· motif · 108620544–108620558 · motif
· motif · 108620545–108620558 · motif
· motif · 108620709–108620722 · motif
· motif · 108620752–108620766 · motif
· motif · 108620870–108620878 · motif
· motif · 108620870–108620885 · motif
· motif · 108620878–108620886 · motif
· motif · 108622767–108622778 · motif
· motif · 108623986–108624008 · motif
· motif · 108623986–108624008 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:117 aa
ribosomal protein L34 屬於真核生物核糖體蛋白 eL34 家族。現有資料未列出其結構域、功能區域或序列註解,因此無法據此描述更細部的蛋白質結構特徵。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ribosomal protein L34 曾於細胞質多核糖體中檢出;另有相似性推論指出,它也存在於與粗面內質網相關的核糖體中。 這些資料分別描述細胞質多核糖體的檢出結果,以及依相似性提出的定位資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NPM1P06748 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
資料指出 RPL34 是大型核糖體次單元的組成成員,支持其參與核糖體複合體;但未提供與特定蛋白質或其他分子的直接結合資訊,也未描述超出複合體組成關係的功能性互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ribosomal protein L34 是大型核糖體次單元的組成成員。核糖體由 RNA 與蛋白質構成,是細胞內負責合成蛋白質的大型核糖核蛋白複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ · PMID 25901680 ↗ · PMID 25957688 ↗ · PMID 32669547 ↗ · PMID 12962325 ↗ |
| 交互作用 | ribosomal protein L34 是大型核糖體次單元的組成成員;此項描述說明其屬於該核糖體部分,未提供其他特定互作資訊。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit PMID 23636399 ↗ · PMID 25901680 ↗ · PMID 25957688 ↗ · PMID 32669547 ↗ · PMID 12962325 ↗ |
| 細胞定位 | ribosomal protein L34 曾於細胞質多核糖體中檢出;另依相似性推論,它也位於與粗面內質網相關的核糖體中。後者屬於相似性推論,而非此處所述的直接檢出結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytosol; Cytoplasm; Endoplasmic reticulum; Detected on cytosolic polysomes. Detected in ribosomes that are associated with the rough endoplasmic reticulum (By similarity) PMID 25957688 ↗ · PMID 23636399 ↗ · PMID 25901680 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CCTCTTCCGGGGACGTTGTCTGCAGGCACTCAGAATGGTC40CAGCGTTTGACATACCGACGTAGGCTTTCCTACAATACAG80CCTCTAACAAAACTAGGCTGTCCCGAACCCCTGGTAATAG120AATTGTTTACCTTTATACCAAGAAGGTTGGGAAAGCACCA160AAATCTGCATGTGGTGTGTGCCCAGGCAGACTTCGAGGGG200TTCGTGCTGTAAGACCTAAAGTTCTTATGAGATTGTCCAA240AACAAAGAAACATGTCAGCAGGGCCTATGGTGGTTCCATG280TGTGCTAAATGTGTTCGTGACAGGATCAAGCGTGCTTTCC320TTATCGAGGAGCAGAAAATCGTTGTGAAAGTGTTGAAGGC360ACAAGCACAGAGTCAGAAAGCTAAATAAAAAAATGAAACT400TTTTTGAGTAATAAAAATGAAAAGACGCTGTATGTATGAC440TTTTTTTTTTTCTGTTGTAATGTGTTAGTATACAGATTTT480GTTTCTGTATGGTATTTGGGGACCCTATAGTTTTTAGCAG520ATTACTTTTTCTTGTTTTGTTTGTTG546cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。