基因總覽
RPL27A 是蛋白質編碼基因,其產物為 ribosomal protein L27a。此蛋白質屬於 universal ribosomal protein uL15 family,並是大型核糖體次單元的組成成分。核糖體是由 RNA 與蛋白質構成的大型核糖核蛋白複合體,負責細胞內蛋白質的合成;因此,ribosomal protein L27a 是此蛋白質合成複合體的一部分。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000314138 ★ | 8,682,792–8,689,872 | 5 |
| ENST00000531978 | 8,682,732–8,685,415 | 4 |
| ENST00000532359 | 8,682,732–8,685,848 | 5 |
| ENST00000921544 | 8,682,732–8,686,847 | 5 |
| ENST00001091490 | 8,682,732–8,685,849 | 3 |
| ENST00001091491 | 8,682,732–8,685,847 | 2 |
| ENST00001091492 | 8,682,732–8,685,855 | 5 |
| ENST00001091493 | 8,682,732–8,685,854 | 5 |
| ENST00001091494 | 8,682,732–8,685,853 | 5 |
| ENST00001091495 | 8,682,732–8,685,853 | 3 |
| ENST00001091497 | 8,682,732–8,685,849 | 4 |
| ENST00001091499 | 8,682,732–8,685,848 | 4 |
顯示 12/26 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
ribosomal protein L27a 是大型核糖體次單元的組成成分。核糖體本身是大型核糖核蛋白複合體,負責在細胞內合成蛋白質;來源所提供的功能資訊指出,RPL27A 的產物屬於這個複合體。
現有資料未進一步說明 ribosomal protein L27a 在核糖體中的具體分子作用,也未提供其參與蛋白質合成各步驟的細節。因此,依據這些資訊可確認的功能範圍,是其作為大型核糖體次單元成分,隸屬於負責細胞內蛋白質合成的核糖體。
Promoter 與基因調控
>RPL27A ENST00000314138 GRCh38 chr11:8681792-8682892 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TACATAAGGGTTATACTAGATTGTGTGGTGGTACAGGTGGGGAAGCGAGCAACTGTCTGCATTGTGTCCA GGAAAGGGTCACAGGCGTGTTATGTAGATTCTGGAGAAAATTCAAAAATAGCATTTATTTTTACTTATTT ACTTTTGTATGTGGAGACGAGGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTGTTGAACTACTCGCCTCAAGAAA TCCTCCCGCCTCGACCTCCCAAAGTGTTGGGACTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCTGGCCTAAATGTGGC ATTTAGAAAAAGTATTTACAACATCTGCATTAAAAGGACCATAAAGCAACCAGGCATCTAAGTCCCTGAA GCAATTTAAGTTGCTCAAACTTGAGAGGACAACCAAATGATAGCAAAAGGGCAAAAGAGAAAGGAAGCTG CAGTGCCCACTCAGAAGTGTGAGAGCGGGAGAAGGCATTTCGGGAGCCGCCCGAGCTTCAGGAAACCGAG CGAGACACCAGGTGGGCACACTGAGGATTAAAGAGGGCCTCGCGGTTCCGCACTGCGGCCGGGAGACAAA CCAGTAGCCACTATCACCAGCCCCGGGCAGACCACTAAGAACTGTGGAGGTGCGCGGGGCGGCTCAGGGC TGGCGCATTTGGTGAGGAGCTCAGACAACGAGGCCCTTAGGGTCGGCTTAGGCGGTTCCCTGACCAAGGC GCCAGAAAAGGGCCTGGCTCAAGCAAGCACGGGCGGCGTGCAGTACAGCACACCTAGCCCCGATTCTTCA ACAGTTCTCGCCCTCCGAGCCTAGCACAACGAGCCTCACCGAAACCGTACACCGCCACCAGGACACTCCG TGATGGGGGATCACCACCCTCAGAAAGAGGAAGCGACTAGCAGGCGCGCAATCCCGCGAGACCAGGAGGC CCCGCCCGAAGCCCGGCCTCTGTGACCGGAAGTGAGGCGTTTTGCCCCGCCCCCGTGGCCGATACCTCGC GAGACTTGGCGAAGGCCTTCCTTTTTCGTCTGGGCTGCCAACATGGTAGGTGTTTCGTTTCTTGCCTCCT CTTCCTTGCCGGCGGAGACCCCTAAGCTGTATTCCCATTGCCCCTAGTCAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPL27A_1 ↗ | 11:8,682,792 | 正股 | 8,682,743–8,682,802 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_B3PJ4 · enhancer · 8681613–8682621 · regulatory
ENSR11_B3PJ7 · promoter · 8682622–8683211 · regulatory
ENSR11_95G3P · promoter · 8683769–8684269 · regulatory
· motif · 8681306–8681317 · motif
· motif · 8682288–8682297 · motif
· motif · 8682396–8682405 · motif
· motif · 8682598–8682608 · motif
· motif · 8682603–8682618 · motif
· motif · 8682653–8682666 · motif
· motif · 8682724–8682735 · motif
· motif · 8682724–8682735 · motif
· motif · 8682726–8682735 · motif
· motif · 8682821–8682831 · motif
· motif · 8683219–8683230 · motif
· motif · 8683234–8683251 · motif
· motif · 8683378–8683391 · motif
· motif · 8683508–8683523 · motif
· motif · 8684807–8684822 · motif
· motif · 8684807–8684822 · motif
· motif · 8685209–8685220 · motif
· motif · 8685210–8685221 · motif
· motif · 8687687–8687702 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:148 aa
ribosomal protein L27a 全長 148 個胺基酸,屬於 universal ribosomal protein uL15 family。其第 1 至 38 位胺基酸區段被註記為無序區域;資料未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ribosomal protein L27a 的定位資料為細胞質;來源未提供其他定位或定位變化條件。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- CAND1Q86VP6 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GTF2F2P13984 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
RPL27A 產物是大型核糖體次單元的組成成分。現有資料只支持其屬於該次單元,未指出特定的直接結合對象或其他蛋白質互作關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | ribosomal protein L27a 是大型核糖體次單元的組成成分;核糖體則是負責細胞內蛋白質合成的大型核糖核蛋白複合體。資料未進一步描述該蛋白質在此過程中的具體作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the large ribosomal subunit. The ribosome is a large ribonucleoprotein complex responsible for the synthesis of proteins in the cell PMID 23636399 ↗ · PMID 32669547 ↗ |
| 交互作用 | ribosomal protein L27a 是大型核糖體次單元的組成成分。這項資訊說明其與該次單元的組成關係,未提供特定結合夥伴或其他互作細節。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | ribosomal protein L27a 的細胞內定位記載為細胞質。此筆資料未說明定位變化的條件、時間動態或其他細胞區域。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
CTTTTTCGTCTGGGCTGCCAACATGCCATCCAGACTGAGG40AAGACCCGGAAACTTAGGGGCCACGTGAGCCACGGCCACG80GCCGCATAGGCAAGCACCGGAAGCACCCCGGCGGCCGCGG120TAATGCTGGTGGTCTGCATCACCACCGGATCAACTTCGAC160AAATACCACCCAGGCTACTTTGGGAAAGTTGGTATGAAGC200ATTACCACTTAAAGAGGAACCAGAGCTTCTGCCCAACTGT240CAACCTTGACAAATTGTGGACTTTGGTCAGTGAACAGACA280CGGGTGAATGCTGCTAAAAACAAGACTGGGGCTGCTCCCA320TCATTGATGTGGTGCGATCGGGCTACTACAAAGTTCTGGG360AAAGGGAAAGCTCCCAAAGCAGCCTGTCATCGTGAAGGCC400AAATTCTTCAGCAGAAGAGCTGAGGAGAAGATTAAGAGTG440TTGGGGGGGCCTGTGTCCTGGTGGCTTGAAGCCACATGGA480GGGAGTTTCATTAAATGCTAACTACTTTTTCCTTGTGGTG520TGAGTGTAGGTTCTTCAGTGGCACCTCTACATCCTGTGTG560CATTGGGAGCCCAGGTTCTAGTACTTAGGGTATGAAGACA600TGGGGTCCTCTCCTGACTTCCCTCAAATATATGGTAAACG640TAAGACCAACACAGACGTTGGCCAGTTAAACATTTCTGTT680TATAAAGTCAGAATAATACCTGTTGATCACTGAAAGGCCT720GCATGTATTGTACTCTGAATTTTACAGTGAATGAGAGAAT760GTACCCTAATTGTTCAACAGGGCTCAAAAGGAAAGATTCC800ATTTTGATGGGTCACATTCTAAAGAGGGGCAGTGTGATAG840GAATGAGATGGTCCTTTAGGACTTAAGTTCTCAGCCCAAG880GTTTTTCCACGTGGCCCCCTCATCTTTTTTTTTTTTTTAA920ACGGAGTCTCTCTTGCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGAT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。