基因總覽
RPL23AP1 是人類假基因（pseudogene），正式名稱為 ribosomal protein L23a pseudogene 1。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 6p22.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000428990 ★ | 29,726,669–29,727,139 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
Promoter 與基因調控
>RPL23AP1 ENST00000428990 GRCh38 chr6:29727039-29728139 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ACTTGTGCACTGCAGGATGTTCAGCATCCCTGGTCATTCCCCACAAGATGCTGGTAGCACCTCCTCCTCA CTCCAGTCATGGCAACAAAACATTTTTCCAGACATAGCTAATGTCCTCTGGTGGGAAAATTGCTCCTGGA TGAGAATACTTGTTTGAGAGGTAGAGACACTCAGGAGCTGGGCCTGTAGAGGGAAAGTGATCCGGAAGTA GATACAAAGCAGAGTGGGGCTGGAGAAGACAGGAAGGGAGTCTAGGTCTGGAGGGGCCTGGCCTGATGGT TGAAGGTCTGGAGCTCAGAACCTCAGGGTATGGGGAACTAAAGCTCGTGAGGAATGGGGAGAGTGGCAGA ACCTCCTATTGCCAGAATATCACACTCATACCCACTAAACACCCAGCCCATGGTTCTGCATCTCTGGGAA GTCAGGATAAATTTGGCTGTATGGGGTCAGAAAGAGTCCTGGTAACCCTAGGCTTTGTGTGCCTCCTGAT GTGATGAATGTGCGGTCACAGCTCCTCCTGTAAACATTGCTGCCAAATGTTTAACCCAGAGCTACATAGG TCCTTAGGAGGCATAGCAGTTAGAGGAAAAAAGTTAAAGGCATCAGGGGAAATAATATGATAAATTCAGT GTGGAGAAGATTCCACAGGTATTTGGCCTCATCTCTGAAACAGGTAATGCCATTCTAAAAGAAAAAAGAT GGGTTGATTGTTATAGATTGTAGGTAATTAAAGAAACATAACCAAAGGCAACGAGTGGACATTTTAAGAA AACAAGCTATAAAAAATAGGTACAAAAATGTACTGAAAGAAGTGGAGATATTTGAACATAAAAGGACTTT AAATAATATTATGGAATTATTTATTTTCTTTGGTGTGATAATGTTGGTTCTTATTCTTAGGAGGTGTGTG ATGAAGTATTTAGTGGTCTAGTATCATGGGTCTTGCAACTTACTTTAGAATGACTCAGTCAAAAATCTTA ATCTGGACCCTTTTCATAAGATGGTGCCAAGAACGAAGAAGGAAGCTCCTGCCCCTCCTAAAGCCGAAGC CAAAGCGAAGGCTTTGCAAGGCCAAGAAGGCAGTGTTGAAAGATGTCCACA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_B7W98 · promoter · 29722899–29723474 · regulatory
ENSR6_58ZQNT · CTCF_binding_site · 29723934–29723955 · regulatory
· motif · 29723223–29723240 · motif
· motif · 29723275–29723295 · motif
· motif · 29723310–29723321 · motif
· motif · 29723458–29723465 · motif
· motif · 29723936–29723952 · motif
· motif · 29723944–29723957 · motif
· motif · 29724110–29724127 · motif
· motif · 29724181–29724194 · motif
· motif · 29724181–29724194 · motif
· motif · 29724632–29724654 · motif
· motif · 29724632–29724654 · motif
· motif · 29726266–29726277 · motif
· motif · 29727172–29727180 · motif
· motif · 29728012–29728023 · motif
· motif · 29730710–29730732 · motif
· motif · 29730710–29730732 · motif
· motif · 29731093–29731104 · motif
· motif · 29731728–29731740 · motif
基因座與轉錄註解
RPL23AP1 依 HGNC／Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000428990 ★ | transcribed_processed_pseudogene | 471 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
ATGGTGCCAAGAACGAAGAAGGAAGCTCCTGCCCCTCCTA40AAGCCGAAGCCAAAGCGAAGGCTTTGCAAGGCCAAGAAGG80CAGTGTTGAAAGATGTCCACAGCCACAAAAAAAACAAGAT120CCACATGTCACCCACCTTCCGGCGGCCCAAGACACTGTGA160CTCCGGAGGCAGCCCAAATATCCTTGGAAGAGCACCCCCA200GGAGAAATAAGCTTGACCACCATGTTATCATCAAGTTTCC240GCTGACCACTGAGTAGGCTGTGAAGAAGATAGAAAACAAC280AGCCTACTTGTGTTCACTGTGGATGTTAAAGCCAACAAGC320ACCAGATCAAACAGGCTGTGAAGAAGTTTGTGACATTGAT360GTGGCCAAAGTCAACACTCTGATTCAGTCTGATGGAGAGA400GGAAGGCATATGTTCGACTGGCTCCTGACTACGATGCTTT440GGTTGTTGCCACCAAAATTGGGATCACCTAA471cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。