基因總覽
RPA3（replication protein A3）是蛋白質編碼基因，產物屬於 replication factor A protein 3 家族。它是 replication protein A 複合體的組成亞基；此複合體以結合單股 DNA 為重要特性，並參與 DNA 複製及細胞對 DNA 損傷的反應。RPA3 也具有自身的單股 DNA 結合活性，可能影響複合體與 DNA 結合的方向性。除含 RPA2 的典型複合體外，RPA3 也可出現在以 RPA4 取代 RPA2 的替代型複合體中。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000223129 ★ | 7,636,518–7,718,607 | 8 |
| ENST00000406109 | 7,634,843–7,640,816 | 4 |
| ENST00000396682 | 7,634,843–7,641,001 | 5 |
| ENST00000401447 | 7,634,843–7,640,026 | 4 |
| ENST00000853923 | 7,634,843–7,640,468 | 3 |
| ENST00000853924 | 7,634,843–7,640,468 | 4 |
| ENST00000935607 | 7,634,843–7,641,668 | 5 |
| ENST00001104680 | 7,634,843–7,640,468 | 2 |
| ENST00001138969 | 7,634,843–7,718,607 | 8 |
| ENST00001104681 | 7,636,947–7,640,468 | 4 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPA3 作為 replication protein A（RPA/RP-A）異源三聚體的一部分，參與 DNA 複製與 DNA 損傷反應。複合體會結合並穩定 DNA 複製或 DNA 壓力下形成的單股 DNA 中間物，避免其重新退火；同時招募並活化參與 DNA 代謝的蛋白質與複合體。RPA3 本身也能結合單股 DNA，可能協助決定整個複合體在 DNA 上的結合方向。
在 DNA 損傷反應中，RPA 複合體參與 DNA 修復及 DNA 損傷檢查點活化。它透過招募 ATRIP 活化 ATR kinase；此外，DNA 損傷後，複合體也協助將 DNA 雙股斷裂修復因子 RAD51、RAD52 招募至染色質。它亦會將參與核苷酸切除修復的 XPA、XPG 帶至 DNA 損傷位置，且此複合體是該修復途徑所需。RPA 也可能透過與 UNG 的交互作用參與鹼基切除修復。
RPA 可刺激 BRIP1/FANCJ 的 5′ 至 3′ 解旋酶活性，並招募參與複製叉重新啟動的 SMARCAL1/HARP 至 DNA 損傷位置；它也可能參與端粒維持。這些作用顯示 RPA 不只穩定單股 DNA，也協助修復及複製相關因子在 DNA 損傷處發揮作用。
RPA3 也可組成替代型 replication protein A 複合體 aRPA。aRPA 能結合單股 DNA，可能參與 DNA 修復；相較於含 RPA2 的典型複合體，它可能無法支持染色體 DNA 複製及細胞週期進入 S 期。aRPA 可能不利於 DNA polymerase alpha 有效率地起始 DNA 合成，但在 PCNA 與 replication factor C（RFC）存在時，可能支持 DNA polymerase delta 進行 DNA 合成，也可能支持核苷酸切除修復的雙切除反應及 RAD51 依賴的鏈交換。
Promoter 與基因調控
>RPA3 ENST00000223129 GRCh38 chr7:7718507-7719607 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGAAAAATATACAGTCGGTTTGAAGTCTTTTGTGAAATCCCTTGTGAGACTCTACTGTTGACTGTGGTT AGAATACATTCAAAAGTATAATCAGATTGCATCATCACCATCACCTGCTCAGAGGCAAGTTGAAGAAACA TGTGCTCATGAGGCTGAAGCTGGCTTATTGTACTACACTCTCATGTGGGCTTGCCAGAGAGATTAGTCAC CATTTTGCAGCTGGTTTCAAATTCAGTTGCTGCGATACAAGTGCAGATGCAATGGCTTACCCTAATTATA TTGCTCCAGTTTAATCTTTCCATTTGTAGCATACTATATACTGGATCAAATTCAAGACTCTGGATTGGTT TCAAATAGAAGAGATTTCAAAATCACACATTTGTTATCCTCTCCTAAAGCTTGCTGATCATATTTCATCA TTGTATCTGCTAGATCTTCTGAATTCACCCTAAAGGTGTTTTTAGCTCTCTAAACCATCACTAAATCTTG ATAATTAATAAAAATGCAGAAAAAAACAGTTCTTAAAGCTTTTTTTAACACAATAAAAGGAAAGTTATGT CATCTCCAAAAATACTCATATGTTTTTTAAAATTTCAATTTTCTTCCTCTTTGGAATTAAATATATGAGC AAATTCTAAGGAAATTAATTGTAATCAGTGGTTTCTAAACTTAACTGATGGTCAAAATCACTTGGGAAGC TTTAAAACACACATACATTTCCCCCACTTCACCCTGTACCTGTTGAGTCATAATTTAAAGAGGTTTCTTT TTAAATTAATCTAGAAGTTAAATAAAGCTAATGCTGGTATTGCTTCTGAGAGTCAGAAAGAAAAAAGAAA GGTTCCTGCCTATCTCATGCAGGTCTTTTTAACTGCCTGCTACTGTCCATATTTAATAAATGCCATCTGT CAAGAATGATGTCTATACAAAGAGATGATGTAATCAGAAGAACTTTAAAATAAAAGAAAAAATAAAATCC TAGCATCATCAGATCCACAGAAGCTACTCAGATAAGAGGCTCCAAGAGGACATTTTTGGATGTGAAAAAC AATGAGAAGGAGGACAACACACATTTACAATCGTCTTAATTTTGTAAGTAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPA3_1 ↗ | 7:7,640,435 | 負股 | 7,640,425–7,640,484 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR7_B3JCS · enhancer · 7719107–7719865 · regulatory
ENSR7_953PW · enhancer · 7720254–7720576 · regulatory
ENSR7_885H5 · enhancer · 7720823–7721048 · regulatory
· motif · 7716797–7716808 · motif
· motif · 7718662–7718675 · motif
· motif · 7718662–7718675 · motif
· motif · 7719227–7719239 · motif
· motif · 7719462–7719471 · motif
· motif · 7719537–7719545 · motif
· motif · 7719537–7719552 · motif
· motif · 7719931–7719953 · motif
· motif · 7719931–7719953 · motif
· motif · 7720830–7720841 · motif
· motif · 7720927–7720940 · motif
· motif · 7720927–7720940 · motif
· motif · 7721376–7721384 · motif
· motif · 7721424–7721432 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：121 aa
RPA3 屬於 replication factor A protein 3 家族。來源未提供其蛋白質結構域、序列註解或功能區域的進一步資料。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型間定位差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- RAD52P43351 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RPA1P27694 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- RPA2P15927 · UniProt INTERACTION · 15 experiments
- RPA4Q13156 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
RPA3 是典型 RPA 異源三聚體的亞基，該複合體由 RPA1、RPA2 與 RPA3 組成；它也參與替代型 aRPA，其中 RPA1、RPA3 與 RPA4 組成三聚體。RPA3 與 BRIP1/FANCJ 的互作經由 RPA1 亞基進行；DNA 損傷後，兩者會在細胞核內的焦點共定位。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPA3 隸屬於異源三聚體 RPA，能結合並穩定 DNA 複製或 DNA 壓力產生的單股 DNA 中間物，避免重新退火，並招募 DNA 代謝相關因子。它參與複製、損傷檢查點及多種修復途徑；部分作用帶有可能性，例如透過 UNG 參與鹼基切除修復及維持端粒。替代型 aRPA 的複製與修復能力則有不同限制。 | 含實驗來源 | 證據與來源As part of the heterotrimeric replication protein A complex (RPA/RP-A), binds and stabilizes single-stranded DNA intermediates that form during DNA replication or upon DNA stress. It prevents their reannealing and in parallel, recruits and activates different proteins and complexes involved in DNA metabolism. Thereby, it plays an essential role both in DNA replication and the cellular response to DNA damage. In the cellular response to DNA damage, the RPA complex controls DNA repair and DNA damage checkpoint activation. Through recruitment of ATRIP activates the ATR kinase a master regulator of the DNA damage response. It is required for the recruitment of the DNA double-strand break repair factors RAD51 and RAD52 to chromatin, in response to DNA damage. Also recruits to sites of DNA damage proteins like XPA and XPG that are involved in nucleotide excision repair and is required for this mechanism of DNA repair. Also plays a role in base excision repair (BER), probably through interaction with UNG. RPA stimulates 5'-3' helicase activity of BRIP1/FANCJ. Also recruits SMARCAL1/HARP, which is involved in replication fork restart, to sites of DNA damage. May also play a role in telomere maintenance. RPA3 has its own single-stranded DNA-binding activity and may be responsible for polarity of the binding of the complex to DNA. As part of the alternative replication protein A complex, aRPA, binds single-stranded DNA and probably plays a role in DNA repair. Compared to the RPA2-containing, canonical RPA complex, may not support chromosomal DNA replication and cell cycle progression through S-phase. The aRPA may not promote efficient priming by DNA polymerase alpha but could support DNA synthesis by polymerase delta in presence of PCNA and replication factor C (RFC), the dual incision/excision reaction of nucleotide excision repair and RAD51-dependent strand exchange PMID 17596542 ↗ · PMID 19010961 ↗ · PMID 19116208 ↗ · PMID 19996105 ↗ · PMID 7697716 ↗ · PMID 9430682 ↗ · PMID 9765279 ↗ · PMID 24332808 ↗ |
| 交互作用 | RPA3 是典型 RPA 三聚體的組成部分，該複合體由 RPA1、RPA2、RPA3 組成；它也屬於替代型 aRPA，其中 RPA1、RPA3 與 RPA4 組成三聚體。RPA3 與 BRIP1/FANCJ 的互作經由 RPA1 亞基發生；DNA 損傷後，兩者會在細胞核內的焦點共定位。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the canonical replication protein A complex (RPA), a heterotrimer composed of RPA1, RPA2 and RPA3. Also a component of the aRPA, the alternative replication protein A complex, a trimeric complex similar to the replication protein A complex/RPA but where RPA1 and RPA3 are associated with RPA4 instead of RPA2. Interacts with BRIP1/FANCJ via the RPA1 subunit; following DNA damage they colocalize in foci in the nucleus PMID 11927569 ↗ · PMID 17596542 ↗ · PMID 19116208 ↗ |
| 細胞定位 | RPA3 的定位為細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AAGCTACTCAGATAAGAGGCTCCAAGAGGACATTTTTGGA40TGTGAAAAACAATGAGAAGGAGGACAACACACATTTACAA80TCGTCTTAATTTTGTACTCAGAAAAAGGATGTGAAGACAA120TGCACAGGGAATACAATAGTTTCAGATCTGTGTACAGTTT160CCTTTTGCTTCATCTCCTGCAACAATGTAATGAAGACACC200ATGATATCATTAACATTTCACACAAAAGGAAAATGAGGCT240GAAATGGTGTGGGCAAGGCCCAGGAATCTGGAGCATCCCT280AACCAAGCAGGAGAGCACCTGGGATAGAGAAAGTGCTCAA320GAATGTTCACTTACTGATTACTACAATCAAAAAAAGATAC360GACACTAATTTACCACATTCTTCTTACTTATTTTATGAGA400TACTATTCTTCCAAGGTGGAGAAAGTGGAGAAAGTAGAGT440GACGCAGCTAAGGGAGTAAATCGACCCTCAGCCAACAAGT480GGCAAAAGCCTGAAGAAAGTGATCAAGATCACTGATGACC520CCGCTGCCCATCTCCAAGGGGGCGGGTATCACAACCCCGA560CGCCACACCACGTATCATTCCGCAAAACTCCCGCGCCTCC600CACGCAGAACTGGCAAGAGGGAAGGCGAGACAGCAGTGAA640CAGCTGGTACGCAGCACCCACAGCACCGCGGCAGCAGCTA680GTGCCGACTCCCGCCTAGCTCTTTTGACTCTGTTCGCGGG720AAGAATGGGGAAACAGTAAGGTTGCGGCGCCTCCCGCGAG760ACGAGGTACCTGAGGCTGGCCCCGCAGTCCCCCGCCGCAC800CAGCACCGGAGCTTCACACCCCACTTCCGGGGTCAAGTCA840CCGCCGGGAATCCTGTGATCGCAGAAAGGTAGTCTCAGGT880TCCGCCCCTATCCAAGTCCCGCCTCCACTGCCTCTCGCCC920TGTATCTGTCAACTTCCGGGACGCCGCGCGTCACTAAGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。