基因總覽
RPA2（replication protein A2）是蛋白質編碼基因，產物屬於 replication factor A protein 2 家族。它是異源三聚體 replication protein A complex（RPA/RP-A）的三個組成部分之一，與 RPA1、RPA3 共同構成此複合體。RPA2 長 270 個胺基酸，具有 DNA 結合區域，並含有一段註記為無序的區域；其 C 端區段則與 RAD52、TIPIN、UNG 和 XPA 的互作相關。這些特徵使 RPA2 成為 RPA 複合體中可參與核酸處理及蛋白質協調的成員。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000373912 ★ | 27,891,524–27,914,575 | 9 |
| ENST00000373909 | 27,891,524–27,914,751 | 9 |
| ENST00000313433 | 27,891,524–27,914,513 | 8 |
| ENST00000882504 | 27,891,524–27,914,743 | 8 |
| ENST00000882505 | 27,891,524–27,914,604 | 7 |
| ENST00000882506 | 27,891,524–27,914,549 | 8 |
| ENST00000882507 | 27,891,524–27,914,549 | 7 |
| ENST00000935485 | 27,891,524–27,914,569 | 7 |
| ENST00000935486 | 27,891,524–27,914,571 | 9 |
| ENST00000419958 | 27,891,538–27,897,085 | 5 |
| ENST00000444045 | 27,897,005–27,914,588 | 6 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RPA2 作為 RPA/RP-A 異源三聚體的一部分，參與處理 DNA 複製過程或 DNA 壓力下形成的單股 DNA 中間體。RPA 複合體會結合並穩定這些 DNA，避免單股區域重新配對；同時也能招募並活化其他參與 DNA 代謝的蛋白質與複合體。因此，RPA2 所在的複合體對 DNA 複製及細胞對 DNA 損傷的反應都具有重要作用。
在 DNA 損傷反應中，RPA 參與調控 DNA 修復與 DNA 損傷檢查點的活化。它透過招募 ATRIP 活化 ATR kinase；ATR 是 DNA 損傷反應的重要調節因子。RPA 也有助於 DNA 雙股斷裂修復因子 RAD51 與 RAD52 在損傷反應時被招募至染色質，並將參與核苷酸切除修復的 XPA、XPG 帶至 DNA 損傷位置；RPA 對此修復途徑亦屬必要。
RPA 可能也透過與 UNG 互作參與鹼基切除修復（BER），但來源將此關係描述為可能性。此外，它會招募與複製叉重新啟動有關的 SMARCAL1/HARP 至 DNA 損傷位置。這些作用顯示，RPA 不僅穩定受影響的 DNA，也協助修復及複製相關因子到達適當位置。來源另指出，RPA 可能參與端粒維持，並能刺激 BRIP1/FANCJ 的 5′ 至 3′ 解旋酶活性。
Promoter 與基因調控
>RPA2 ENST00000373912 GRCh38 chr1:27914475-27915575 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGCAGCCTGGACACCCCAGGGCCAGGTGATCCTCCCACCTTAGCCACCCCAGTAGCTGGGACCCCAGGC ACTTGCCACCACACCAGACTAATTTTTAAAAATATTTTTTGAGAGAGGGTCTCACTATGTTGTCCAGGCT GGTCTCAAACTTCCAGCCTCAAGCGGTCCTCCTGCCTCAGACCCCATTTGCTGGGTTTACAGGCATGAGC CACAGCACCTGCTAATTTTTCTTAAATACATAAATGAACATAAAATTCTAACAATGCATGAGTATTTTGA GGAAGGAACTGACAAAATGTTCCACTCCCTATGGGAGGCACGTTATATGAAGAATTATGAAAAATGGTCG AAATGACTGGAGAGGCCAAGCCTGGATGAGACTGGGATGGGGACAGGTGCGGGACGAGGGGCACCACCCT CACATCTTTCACAAGTCTGTCATAGGCAAGAGGGCGTAGGTTTCTCACAGCCCCACTGGGGAGAATCGGC ACCATTGGTGGCATTACACGAAGAGAATGTGACCTCCTATGTAAAAGAACAAGCAACTCCACGCGGTGCT GTGAGGCTAGTGCTGCGAGTCCCTGAGGTGCGCAATTCCCGCACGACCGTGGGTGGGAAACACCGAAGCC AAAACTCCGCTACAGCCCTTTAGATGAAGGCGTCGTCTGATTGGTGATAGTTTGGCGCGAACCTGAGCAC GCCGAACAAAGGAAGTGACGGCAGAAGTCGCGCACTTGACGAGGGTGGGATCACACGGCGCTGCGTCGCG GTAGTATTGTTCTGATTGGTTGATTTCTTGCGATACCGCTCTGCCAGCCCCTTGCTTCCGCTAGTGCGGA GGGTTTTGCCCTTCGTAAAGATGGCCGCGGAGGCTTTTGGAGCCAACTGGGAGCGCAGTACGCGTTTTCT GGAGCATGGGCAGAGGAGACAGGAACAAGCGTAGCATCCGTGAGCACCGATTGGCTGAAGCGAGCACCCC GGGAGCTGACTGGCTCCGCCATTCGCGGGAAGGCGTTTGTGGTGCCAGAGAAAAGTAGCCAGAGCGGCGC AGTGGCGGCCGCGTTCTGTGGTTTTCCGCTATTCCCCCAGACCCGCACCTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RPA2_1 ↗ | 1:27,914,575 | 負股 | 27,914,565–27,914,624 |
| RPA2_2 ↗ | 1:27,914,725 | 負股 | 27,914,715–27,914,774 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_58K9F8 · CTCF_binding_site · 27914368–27914389 · regulatory
ENSR1_B7JKL · promoter · 27914503–27915236 · regulatory
ENSR1_58K9HF · CTCF_binding_site · 27914842–27914863 · regulatory
· motif · 27914370–27914386 · motif
· motif · 27914415–27914425 · motif
· motif · 27914495–27914510 · motif
· motif · 27914502–27914510 · motif
· motif · 27914502–27914517 · motif
· motif · 27914564–27914575 · motif
· motif · 27914572–27914582 · motif
· motif · 27914654–27914665 · motif
· motif · 27914744–27914753 · motif
· motif · 27914819–27914834 · motif
· motif · 27914844–27914860 · motif
· motif · 27914956–27914967 · motif
DNA 損傷時，RPA2 的蛋白質層級會受到轉譯調控而上調；來源未提供此變化的其他條件或調控機制。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：270 aa
RPA2 長 270 個胺基酸，屬於 replication factor A protein 2 家族。其第 74 至 148 位胺基酸為標註的 OB DNA 結合區域；第 21 至 41 位胺基酸則被註記為無序區域。第 187 至 270 位胺基酸區段與 RAD52、TIPIN、UNG 及 XPA 的互作相關。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RPA2 位於細胞核，也見於 PML bodies。 DNA 損傷發生時，它會以 ATR 依賴的方式重新分布至離散的細胞核焦點，呈現隨損傷狀態改變的定位。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- CCNCP24863 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDC45O75419 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- EIF4EBP3O60516 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GAPDHP04406 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PRIM2P49643-1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RFWD3Q6PCD5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RPA1P27694 · UniProt INTERACTION · 20 experiments
- RPA3P35244 · UniProt INTERACTION · 15 experiments
- SERTAD3Q9UJW9 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SMARCAL1Q9NZC9 · UniProt INTERACTION · 14 experiments
- STAT3P40763 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TIPINQ9BVW5 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- UNGP13051 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- XPAP23025 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
RPA2 與 RPA1、RPA3 組成異源三聚體 RPA/RP-A 複合體。它與多種蛋白質有直接互作，包括 RAD52、XPA、SMARCAL1、PPP4R2 及 ETAA1；其中 SMARCAL1 的互作促進其被招募至 RPA 複合體，ETAA1 的互作則促進其到達停滯的複製叉。RPA2 與 RAD51 的互作見於其高度磷酸化狀態。它也與 TIPIN、TIMELESS、PRPF19、RFWD3、FBH1、DDI2 等蛋白質互作；其中 PRPF19 所在的 PRP19-CDC5L 複合體會在 DNA 修復位置泛素化 RPA。另有未磷酸化 RPA2 經 N 端與 EIF4EBP3 互作，增強 EIF4EBP3 對 EIF4E 介導 mRNA 核輸出的抑制。RPA2 經 RPA1 次單元與 BRIP1/FANCJ 建立關聯；DNA 損傷後兩者會在細胞核焦點共定位。它也能與核內 UNG isoform 2 互作，協助 UNG 被招募至停滯複製叉上由 RPA 覆蓋的單股 DNA。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RPA2 是異源三聚體 RPA/RP-A 的一部分，參與結合並穩定 DNA 複製或 DNA 壓力下形成的單股 DNA 中間體，避免其重新配對，並招募及活化 DNA 代謝相關蛋白與複合體。RPA 參與 DNA 複製、DNA 修復和損傷檢查點活化，可透過 ATRIP 活化 ATR kinase，並協助 RAD51、RAD52、XPA、XPG 及 SMARCAL1/HARP 到達損傷位置；也可能透過 UNG 參與鹼基切除修復或維持端粒，並能刺激 BRIP1/FANCJ 的 5′ 至 3′ 解旋酶活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源As part of the heterotrimeric replication protein A complex (RPA/RP-A), binds and stabilizes single-stranded DNA intermediates that form during DNA replication or upon DNA stress. It prevents their reannealing and in parallel, recruits and activates different proteins and complexes involved in DNA metabolism. Thereby, it plays an essential role both in DNA replication and the cellular response to DNA damage. In the cellular response to DNA damage, the RPA complex controls DNA repair and DNA damage checkpoint activation. Through recruitment of ATRIP activates the ATR kinase a master regulator of the DNA damage response. It is required for the recruitment of the DNA double-strand break repair factors RAD51 and RAD52 to chromatin in response to DNA damage. Also recruits to sites of DNA damage proteins like XPA and XPG that are involved in nucleotide excision repair and is required for this mechanism of DNA repair. Also plays a role in base excision repair (BER) probably through interaction with UNG. Also recruits SMARCAL1/HARP, which is involved in replication fork restart, to sites of DNA damage. May also play a role in telomere maintenance. RPA stimulates 5'-3' helicase activity of BRIP1/FANCJ PMID 15205463 ↗ · PMID 17596542 ↗ · PMID 17765923 ↗ · PMID 17959650 ↗ · PMID 19116208 ↗ · PMID 20154705 ↗ · PMID 21504906 ↗ · PMID 2406247 ↗ · PMID 24332808 ↗ · PMID 7697716 ↗ · PMID 7700386 ↗ · PMID 8702565 ↗ · PMID 9430682 ↗ · PMID 9765279 ↗ |
| 交互作用 | RPA2 與 RPA1、RPA3 組成異源三聚體 RPA/RP-A，並與多種蛋白質互作。直接互作包括 RAD52、XPA、SMARCAL1、PPP4R2、ETAA1；DNA 損傷依賴的 PPP4R2 互作可帶來 PPP4C，SMARCAL1 互作促進其被招募至 RPA，ETAA1 互作則促進其到達停滯複製叉。RPA2 與高度磷酸化形式的 RAD51 互作；未磷酸化形式可經 N 端與 EIF4EBP3 互作並增強其抑制 EIF4E 介導 mRNA 核輸出的作用。它也與 TIPIN、TIMELESS、PRPF19、RFWD3、DDI2、FBH1 及核內 UNG isoform 2 互作，並透過 RPA1 次單元與 BRIP1/FANCJ 關聯。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the replication protein A complex (RPA/RP-A), a heterotrimeric complex composed of RPA1, RPA2 and RPA3. Interacts with PRPF19; the PRP19-CDC5L complex is recruited to the sites of DNA repair where it ubiquitinates the replication protein A complex (RPA). Interacts with SERTAD3. Interacts with TIPIN. Interacts with TIMELESS. Interacts with PPP4R2; the interaction is direct, DNA damage-dependent and mediates the recruitment of the PP4 catalytic subunit PPP4C. Interacts (hyperphosphorylated) with RAD51. Interacts with SMARCAL1; the interaction is direct and mediates the recruitment to the RPA complex of SMARCAL1. Interacts with RAD52 and XPA; those interactions are direct and associate RAD52 and XPA to the RPA complex. Interacts with FBH1. Interacts with ETAA1; the interaction is direct and promotes ETAA1 recruitment at stalled replication forks. Interacts with RFWD3. Interacts with DDI2. Interacts (in unphosphorylated form via N-terminus) with EIF4EBP3; the interaction enhances EIF4EBP3-mediated inhibition of EIF4E-mediated mRNA nuclear export. Interacts with BRIP1/FANCJ via the RPA1 subunit; following DNA damage they colocalize in foci in the nucleus. Interacts with nuclear UNG (isoform 2); this interaction mediates UNG recruitment to RPA-coated single-stranded DNA at stalled replication forks PMID 10449415 ↗ · PMID 10982866 ↗ · PMID 11081631 ↗ · PMID 17141802 ↗ · PMID 17296725 ↗ · PMID 17596542 ↗ · PMID 17765923 ↗ · PMID 19793861 ↗ · PMID 19793862 ↗ · PMID 19793863 ↗ · PMID 20154705 ↗ · PMID 21504906 ↗ · PMID 21558276 ↗ · PMID 22521144 ↗ · PMID 22684010 ↗ · PMID 23319600 ↗ · PMID 2406247 ↗ · PMID 24332808 ↗ · PMID 24910198 ↗ · PMID 26474068 ↗ · PMID 27601467 ↗ · PMID 27723717 ↗ · PMID 27723720 ↗ · PMID 28575657 ↗ · PMID 29290612 ↗ · PMID 7700386 ↗ · PMID 8702565 ↗ |
| 細胞定位 | RPA2 位於細胞核及 PML bodies。DNA 損傷時，它會以 ATR 依賴的方式重新分布至離散的細胞核焦點。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Nucleus, PML body; Redistributes to discrete nuclear foci upon DNA damage in an ATR-dependent manner PMID 10982866 ↗ · PMID 12814551 ↗ · PMID 17596542 ↗ · PMID 20154705 ↗ · PMID 21504906 ↗ |
| 調控 | DNA 損傷反應時，RPA2 在蛋白質層級受到轉譯調控而上調。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ATTCGCGGGAAGGCGTTTGTGGTGCCAGAGAAAAGTAGCC40AGAGCGGCGCAGTGGCGGCCGCGTTCTGTGGTTTTCCGCT80ATTCCCCCAGACCCGCACCTTCTCGGCCTCTTTGCGGAGA120ATCGTGACCAAGATGTGGAACAGTGGATTCGAAAGCTATG160GCAGCTCCTCATACGGGGGAGCCGGCGGCTACACGCAGTC200CCCGGGGGGCTTTGGATCGCCCGCACCTTCTCAAGCCGAA240AAGAAATCAAGAGCCCGAGCCCAGCACATTGTGCCCTGTA280CTATATCTCAGCTGCTTTCTGCCACTTTGGTTGATGAAGT320GTTCAGAATTGGGAATGTTGAGATTTCACAGGTCACTATT360GTGGGGATCATCAGACATGCAGAGAAGGCTCCAACCAACA400TTGTTTACAAAATAGATGACATGACAGCTGCACCCATGGA440CGTTCGCCAGTGGGTTGACACAGATGACACCAGCAGTGAA480AACACTGTGGTTCCTCCAGAAACATATGTGAAAGTGGCAG520GCCACCTGAGATCTTTTCAGAACAAAAAGAGCCTGGTAGC560CTTTAAGATCATGCCCCTGGAGGATATGAATGAGTTCACC600ACACATATTCTGGAAGTGATCAATGCACACATGGTACTAA640GCAAAGCCAACAGCCAGCCCTCAGCAGGGAGAGCACCTAT680CAGCAATCCAGGAATGAGTGAAGCAGGGAACTTTGGTGGG720AATAGCTTCATGCCAGCAAATGGCCTCACTGTGGCCCAAA760ACCAGGTGTTGAATTTGATTAAGGCTTGTCCAAGACCTGA800AGGGTTGAACTTTCAGGATCTCAAGAACCAGCTGAAACAC840ATGTCTGTATCCTCAATCAAGCAAGCTGTGGATTTTCTGA880GCAATGAGGGGCACATCTATTCTACTGTGGATGATGACCA920TTTTAAATCCACAGATGCAGAATAACTGGATCTAACTGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。