演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

RNY4P3hY4.F2

RNY4 pseudogene 3

RNY4P3 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens16q12.1
OFFICIAL SYMBOL
RNY4P3
CHROMOSOME
16
LOCUS TYPE
misc_RNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RNY4P3 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 RNY4 pseudogene 3。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 16q12.1。

Official symbol
RNY4P3
Gene name
RNY4 pseudogene 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:10247
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
hY4.F2

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1616q12.1
chr16 · 90,338,345 bp · GRCh38chr16p13.3 · 1–7800000 · gnegchr16p13.2 · 7800001–10400000 · gpos50chr16p13.13 · 10400001–12500000 · gnegchr16p13.12 · 12500001–14700000 · gpos50chr16p13.11 · 14700001–16700000 · gnegchr16p12.3 · 16700001–21200000 · gpos50chr16p12.2 · 21200001–24200000 · gnegchr16p12.1 · 24200001–28500000 · gpos50chr16p11.2 · 28500001–35300000 · gnegchr16p11.1 · 35300001–36800000 · acenchr16q11.1 · 36800001–38400000 · acenchr16q11.2 · 38400001–47000000 · gvarchr16q12.1 · 47000001–52600000 · gnegchr16q12.2 · 52600001–56000000 · gpos50chr16q13 · 56000001–57300000 · gnegchr16q21 · 57300001–66600000 · gpos100chr16q22.1 · 66600001–70800000 · gnegchr16q22.2 · 70800001–72800000 · gpos50chr16q22.3 · 72800001–74100000 · gnegchr16q23.1 · 74100001–79200000 · gpos75chr16q23.2 · 79200001–81600000 · gnegchr16q23.3 · 81600001–84100000 · gpos50chr16q24.1 · 84100001–87000000 · gnegchr16q24.2 · 87000001–88700000 · gpos25chr16q24.3 · 88700001–90338345 · gnegRNY4P3pq1 bp90,338,345 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr16:50,098,264–50,098,358
Gene span
95 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000365254 ★50,098,264–50,098,3581

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 50098264 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RNY4P3 ENST00000365254 GRCh38 chr16:50097264-50098364 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ATTATGTCATTAGTGGGTTGCAGAATAGAGATACCCTAATTTTGTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTACATT
TATTAGCTATGATTTTTTTTTTTTTCAGAATAGCTATCCTAGCAATCTCTATAAGTGACCAGTGATTTTT
TTTTTTTTAGTATCATTTTGAACTCAGGGTTTTTTATATATTTGTATTTCATTCCATTATAGTCATGCTT
TTTGCTGCCAAATTCATCCCATCTTTGGATAGTAGGAGTCCCTTCAAATTGGCTCCTGTGCCTCTTTTAC
AAGAATTTTAGGTTTTTGATCACTTTTGCTTCCAGGCATAGGATGTCCCAGGTTCAATTTGTAATTTTCT
TGCTTAAAACCTGGAATCTGGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAACACTTTAGGAGGCTGAG
GTGGGCGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGACCCACATGGCGAAACTCCGTCTCTACTG
AAAATTCAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCACGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGG
AGAATCGCTTGAAGCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACTGCACTCCAGCCTGGGTGAC
AAGAGTGTGACAAGAGTGAAACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCTGGAATTAGTTACTTCTCC
AAGAAGCTCTGATTTCTTTAGTGGGGAAAGTGAATTGTGGAGTGCTTATTGCTATCATGTTGCCATTGTT
TCTAGGTCTTTTTAGTGGAAATAGCTAGGAAATAGGCATTTTTTTAGGAGACAAAAATAGTAAGTTTATC
CTGATAATTTCCAGTTTAAATAAAAAATGGTACAATATTTTTACTTAATTTTCGATTTTGTATTTCTATC
TTTTTGTATCCCCCAAAAAGATACATTTGTACCCAAAAAGGTACATTGTACCCAAAAAGATACATTAGTG
ACATTAAAATTCTTATTTGCAGCTGGTCTGATGGTAGTGGGTTATCAGGACTTATTAACATTAGTGTCAC
TGAAGTTGGTATACAACCCCCCACGCTAAGTTTGACTGGCTTTAAAAATAA
RNY4P3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR16_9PTSP · enhancer · 50093604–50094033 · regulatory

ENSR16_83GQQB · enhancer · 50096861–50097087 · regulatory

ENSR16_9PTX9 · enhancer · 50102414–50102681 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

RNY4P3 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000365254 ★misc_RNA95 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000365254 · 95 nt · GRCh38
完整非編碼 RNA 轉錄本的參考序列。
1AGCTGGTCTGATGGTAGTGGGTTATCAGGACTTATTAACA40
41TTAGTGTCACTGAAGTTGGTATACAACCCCCCACGCTAAG80
81TTTGACTGGCTTTAA95

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。