演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

RNY3hY3

RNA, Ro60-associated Y3

RNY3 是非編碼 RNA,正式名稱為 RNA, Ro60-associated Y3。來源預測它可能參與 DNA 複製起始及細胞核 DNA 複製相關過程。

Homo sapiens7q36.1
OFFICIAL SYMBOL
RNY3
CHROMOSOME
7
RNA TYPE
misc_RNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RNY3 的正式名稱為 RNA, Ro60-associated Y3,屬於非編碼 RNA。現有資料未提供其 RNA 結構、家族特徵或其他分子性質,因此無法據此進一步描述。資料指出,RNY3 可能與 DNA 複製起始及細胞核 DNA 複製相關,但此功能資訊屬預測,並非已確立的結論。

Official symbol
RNY3
Gene name
RNA, Ro60-associated Y3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10243
RNA type
RNA, Y
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
hY3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 77q36.1
chr7 · 159,345,973 bp · GRCh38chr7p22.3 · 1–2800000 · gnegchr7p22.2 · 2800001–4500000 · gpos25chr7p22.1 · 4500001–7200000 · gnegchr7p21.3 · 7200001–13700000 · gpos100chr7p21.2 · 13700001–16500000 · gnegchr7p21.1 · 16500001–20900000 · gpos100chr7p15.3 · 20900001–25500000 · gnegchr7p15.2 · 25500001–27900000 · gpos50chr7p15.1 · 27900001–28800000 · gnegchr7p14.3 · 28800001–34900000 · gpos75chr7p14.2 · 34900001–37100000 · gnegchr7p14.1 · 37100001–43300000 · gpos75chr7p13 · 43300001–45400000 · gnegchr7p12.3 · 45400001–49000000 · gpos75chr7p12.2 · 49000001–50500000 · gnegchr7p12.1 · 50500001–53900000 · gpos75chr7p11.2 · 53900001–58100000 · gnegchr7p11.1 · 58100001–60100000 · acenchr7q11.1 · 60100001–62100000 · acenchr7q11.21 · 62100001–67500000 · gnegchr7q11.22 · 67500001–72700000 · gpos50chr7q11.23 · 72700001–77900000 · gnegchr7q21.11 · 77900001–86700000 · gpos100chr7q21.12 · 86700001–88500000 · gnegchr7q21.13 · 88500001–91500000 · gpos75chr7q21.2 · 91500001–93300000 · gnegchr7q21.3 · 93300001–98400000 · gpos75chr7q22.1 · 98400001–104200000 · gnegchr7q22.2 · 104200001–104900000 · gpos50chr7q22.3 · 104900001–107800000 · gnegchr7q31.1 · 107800001–115000000 · gpos75chr7q31.2 · 115000001–117700000 · gnegchr7q31.31 · 117700001–121400000 · gpos75chr7q31.32 · 121400001–124100000 · gnegchr7q31.33 · 124100001–127500000 · gpos75chr7q32.1 · 127500001–129600000 · gnegchr7q32.2 · 129600001–130800000 · gpos25chr7q32.3 · 130800001–132900000 · gnegchr7q33 · 132900001–138500000 · gpos50chr7q34 · 138500001–143400000 · gnegchr7q35 · 143400001–148200000 · gpos75chr7q36.1 · 148200001–152800000 · gnegchr7q36.2 · 152800001–155200000 · gpos25chr7q36.3 · 155200001–159345973 · gnegRNY3pq1 bp159,345,973 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr7:148,983,755–148,983,856
Gene span
102 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000365484 ★148,983,755–148,983,8561

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前資料僅預測 RNY3 可能作用於 DNA 複製起始的上游,或參與該過程本身;同一預測也將它連結至細胞核 DNA 複製。這表示其可能與細胞核內 DNA 複製相關流程有關,但資料未指出具體分子作用方式,也未說明它在複製起始或後續複製步驟中的位置與作用。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 148983755 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RNY3 ENST00000365484 GRCh38 chr7:148982755-148983855 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGCCCAGGGCTGGGGGCCCAGGCTGCCCCTGCTGAGAAGCCAGGTGCGCGTTCAGCCCCCGGGAGTCTCT
CCGAGGCTCTGTGCGCCTCATTCCTCCACGGCGTCACTTTTTAAAAAGATAATTGCTAATTATGTATTTT
AAAATGTTAGCTTCCACGGACCGAATGTTTCCCTTTCTGTTTAGAGTGGGGTTCCTAACCTCCTTCCAGA
ATAGCTCAAGGTCCCCAGTGCAGCCGCTTTGAAACAAAACCACTTGGTAACAGGAGCGCAGGACTATGGC
GAAACCGCCAGGAAAGCTTCCTAAAGAGCTCAAACAAAACAAAACAAACCTTGGAAAGCTCAAGAAAAGC
ATCGTGGGTGACACCAGAATCTGGGACTTCATTCATTCATACATTCATTCATTCATTTTTAAAGAGGGTC
GTTGGGAAGGAAAAGGGGAGGGGACGCCGGGCTGCAGGGCTCCTCGCAGGACACACGCTCCCCCTCCACG
GGGAACCGGGGGTGGGGGCGCGGGCGTGGGGGGCCGCGCCAGCCCTGCGTGGGGTCCGGGACCACCGAAC
CGCGGGGACCCCTGATCCCGGGGGGGCCACTGAATTCCAAGGGGCCCCCGCCCGCCCGGCCCCACCCCCG
CGGCGGGTTGCCTCTTCCTTCTTAAGAGGACGTCCCCTCCCGCTCTAGACGTCCTGGCCCTGTGAGACTG
AGGCCCCGCCGGGGGCACCGTGGGAGTCTTTGATGGATGTGGCTGATGCAGGGTTTCCATGCAAATCACC
CACAATGCTTTGAGCAGGGTTGCCCGAGCTCCTTTAATGTCACTGAAGAGAGAAGGACCTTTTTCTTACA
AAGTCTATGTGTTTAACAGTTTTATTTTTTAAACATTTGCTTTCTATTTGGGGTGTATTTATACTCTTCC
TTTTTTTTAGCTCCTGTGAATAGTCACCGTAACTATGGTAGAGATGGAACTTTCGAGGCTTATATAAGTA
GCAGCGTGCCTTTGTGTTTCGGCTGGTCCGAGTGCAGTGGTGTTTACAACTAATTGATCACAACCAGTTA
CAGATTTCTTTGTTCCTTCTCCACTCCCACTGCTTCACTTGACTAGCCTTT
RNY3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR7_CJR66 · enhancer · 148982604–148984509 · regulatory

ENSR7_53B35ZG · CTCF_binding_site · 148984143–148984164 · regulatory

ENSR7_B34KBM · enhancer · 148985461–148986036 · regulatory

ENSR7_53B36CC · CTCF_binding_site · 148986284–148986305 · regulatory

ENSR7_9475MQ · promoter · 148987037–148987537 · regulatory

ENSR7_B34KBZ · enhancer · 148987538–148988402 · regulatory

ENSR7_53B36NH · CTCF_binding_site · 148988255–148988276 · regulatory

· motif · 148979337–148979349 · motif

· motif · 148979339–148979346 · motif

· motif · 148979339–148979354 · motif

· motif · 148979636–148979643 · motif

· motif · 148982632–148982644 · motif

· motif · 148982634–148982641 · motif

· motif · 148982634–148982647 · motif

· motif · 148982634–148982649 · motif

· motif · 148983858–148983866 · motif

· motif · 148984145–148984161 · motif

· motif · 148986286–148986302 · motif

· motif · 148988257–148988273 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

RNY3 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000365484 ★misc_RNA102 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能RNY3 被預測可能作用於 DNA 複製起始的上游,或參與 DNA 複製起始本身,也可能與細胞核 DNA 複製有關。此資訊屬預測,未提供更具體的作用機制或實驗條件。推論支持
證據與來源

Predicted to act upstream of or within DNA replication initiation and nuclear DNA replication.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000365484 · 102 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGCTGGTCCGAGTGCAGTGGTGTTTACAACTAATTGATCA40
41CAACCAGTTACAGATTTCTTTGTTCCTTCTCCACTCCCAC80
81TGCTTCACTTGACTAGCCTTTT102

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。