基因總覽
RNU5B-1 的正式名稱為 RNA, U5B small nuclear 1，屬於非編碼 RNA，而非蛋白質編碼基因。其名稱指出它是 U5B 類的小核 RNA；現有資料未提供其序列、長度或更詳細的結構特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000363286 ★ | 65,304,677–65,304,793 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
資料將 RNU5B-1 與剪接體相關核糖核蛋白複合體的形成及組裝相連，但這些功能描述屬於預測，並非已確立的實驗結論。
預測指出，RNU5B-1 可能參與由 SL、U4、U5 與 U6 snRNP 組成的複合體形成，也可能參與剪接體 tri-snRNP 複合體的組裝。資料另預測它可能是 U4/U6 x U5 tri-snRNP 複合體及 U5 snRNP 的一部分；目前提供的內容未進一步說明其具體作用方式或功能影響。
Promoter 與基因調控
>RNU5B-1 ENST00000363286 GRCh38 chr15:65303677-65304777 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTAATCCCAATTCTTTGGGAGGCCGAGATGGGAGGATTGCTTGTGGCCCGTAATTCCAGACCAGCCTGCA CTGCTTTCCTTTCACTGGTTGCCGAGTGAGCACATTCCTTAGAAAGGAATTCCCTGTAGGCTGGTGAGAG CCGACAGTGTAGCTCCGAGGGGGAGAGGGCAGCACTATGTTTTTAAATTATTATTTTTTGTAGAGATGGC AGGTCTGGAACTCTGGGCGTCAGGCGATCCTCCCGCCTAGAATAAGGAGACACGAGGTCTGAAACTGGAA TAGCAAGATTGCATCCCCAACAGCAGATTCCGGTCGGGCAGGAAACCTGAAACAGAGCGCTCAAGTTCCA ATTTTAAACAGGACATTGCCGGGAATTCTCAAATGGCATGCAAAATTCAGTATATCCCCGGAGTGCACGG TTAAAAATAACATCAGAACGCCCCTGCGCCCACCACACAGTTTAAGAAAACGGAAATTGTCAAACTTTTT AAACCCCTGTGCGCCCTTCCCCAAGTCACATCTCTCGCTCCTCACCGAAGGGAGGAACCACTATTCTGAA TTCTGTGTTAATCATTGACTTGCCAATTTTTTCTCTTTCAATTTAATAGCAGTCTTTATTTAAAAGAAAT CAAACTCAGACGTACAAATACACAAAACAGATAAAACCCGAGTCTCTGACCAGGAAAGCGTTATTTTCCA GCCAGCCAGTCTTCGGCTTCGCCCCCTAACGGTGACATAAGGCACTCTGTGAAATGCTCTGTTCCGGAAT CAAAAGATTGATCCGATTATTTGCATACCCATAATGCACTGCTCACAGTACAAATTTAAAAAGGCAAAAT CAAACATTTTTATTCTAAGCATATTCTGTGAAAGTTAGACTTTTGTTTAAACAATACTCTTAAAATTTTT TTCTAGGTATAGAACCTTGGCATTCACTAGTCACCATCACTATACTAGGAGTTTCTGTTACCCGAGAAAC GAGTTATGAAATTAACAAGCATACTCTGGTTTCTCTTCAGATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAG ATTTCCGTGGAGAGGAACAACTCTGAGTCTTAAGCTAATTTTTTGAGGCCT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR15_C8GXP · enhancer · 65299864–65301147 · regulatory
ENSR15_83WSM6 · enhancer · 65301262–65301500 · regulatory
ENSR15_BGXWW · enhancer · 65303557–65304415 · regulatory
ENSR15_5KCPL7 · CTCF_binding_site · 65304392–65304413 · regulatory
ENSR15_9XWT2 · promoter · 65304416–65304916 · regulatory
ENSR15_9XWTF · enhancer · 65305917–65306186 · regulatory
· motif · 65300018–65300025 · motif
· motif · 65300037–65300052 · motif
· motif · 65300039–65300052 · motif
· motif · 65300530–65300540 · motif
· motif · 65300571–65300586 · motif
· motif · 65300622–65300631 · motif
· motif · 65303594–65303606 · motif
· motif · 65303765–65303779 · motif
· motif · 65303765–65303779 · motif
· motif · 65304143–65304154 · motif
· motif · 65304143–65304154 · motif
· motif · 65304393–65304415 · motif
· motif · 65304393–65304415 · motif
· motif · 65304394–65304410 · motif
· motif · 65304462–65304475 · motif
· motif · 65304531–65304542 · motif
· motif · 65304886–65304897 · motif
· motif · 65305070–65305082 · motif
· motif · 65305072–65305079 · motif
· motif · 65305072–65305087 · motif
· motif · 65305226–65305234 · motif
· motif · 65305456–65305469 · motif
· motif · 65305538–65305553 · motif
· motif · 65305538–65305553 · motif
· motif · 65305597–65305609 · motif
· motif · 65305599–65305606 · motif
· motif · 65305599–65305614 · motif
RNA 轉錄本與序列
RNU5B-1 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000363286 ★ | snRNA | 117 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 資料預測 RNU5B-1 可能參與由 SL、U4、U5 與 U6 snRNP 組成的複合體形成，以及剪接體 tri-snRNP 複合體的組裝；並預測它是 U4/U6 x U5 tri-snRNP 複合體與 U5 snRNP 的一部分。這些描述屬預測，未提供更詳細的實驗條件或作用機制。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in formation of quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP and spliceosomal tri-snRNP complex assembly. Predicted to be part of U4/U6 x U5 tri-snRNP complex and U5 snRNP. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
ATACTCTGGTTTCTCTTCAGATCGTATAAATCTTTCGCCT40TTTACTAAAGATTTCCGTGGAGAGGAACAACTCTGAGTCT80TAAGCTAATTTTTTGAGGCCTTGTTCCGACAAGGCTA117cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。