基因總覽
RNU5A-1 的正式名稱為 RNA, U5A small nuclear 1,屬於非編碼 RNA,而非蛋白質編碼基因。其名稱指出它是 U5A 類的小核 RNA。現有資料未提供其 RNA 序列、長度或更具體的結構特徵;可確認的基本描述是它與 U5 snRNP 及 U4/U6 × U5 tri-snRNP 複合體相關。資料將這些關聯列為預測,並未在此提供實驗驗證細節。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000362698 ★ | 65,296,051–65,296,167 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
現有註釋預測,RNU5A-1 可能參與 quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP 的形成,以及剪接體 tri-snRNP 複合體的組裝。這些描述指向其可能涉及由多種小核核糖核蛋白(snRNP)共同構成的剪接體相關複合體,但來源未詳述 RNU5A-1 在形成或組裝過程中的具體分子作用,也未提供可據以判定作用步驟的實驗結果。
資料另預測 RNU5A-1 可能是 U4/U6 × U5 tri-snRNP 複合體及 U5 snRNP 的一部分。這表示其可能與上述複合體的組成相關;然而,來源沒有說明它如何與複合體中的其他成分互動,也未提供互作方式或功能效果的細節。
上述角色均為預測性註釋,不能視為已由此來源證實的功能。來源未進一步描述其對剪接過程或其他生物學結果的影響,因此目前可支持的說明限於可能參與特定 snRNP 的形成與 tri-snRNP 複合體組裝,以及可能屬於所列複合體。
Promoter 與基因調控
>RNU5A-1 ENST00000362698 GRCh38 chr15:65295051-65296151 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATCTCGTGAAGAAAGTGAAAGAAGAGCTGGCGGCTGTCTCACGCCTGTAATCCAGCAACTCCGGAAGCTG AGGCAGGAGGCTCGCTTGCGGCCAGAAGTTCGAGACCAGGCTGGGCAAGAAAGCCAGAACCCGTCTCTAC GAAAAATACAAAAACTAGCCAGGTGTGGTGGCGCGTGCCTGTGGTCCCAGCTAGTTGAGAGGCTGAGGTG GGAGTATTGCTAGGAGGGAGTTTTCTAATAGTTGGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGCATTTAAGTGCAAAGG AATGGTTAATACATATTCCAGATAGTGACTACCCATATAGCGAGTGAGGGGTATGATAGGGGAAATGGGC CAACGAAGGCTTCAAAGATGTTAACAATATACTTTTTGAACTGGATGGGAGACATCAGTGTTTTATTACT TTTGAATTATGTATGCACATAGACTATATACATTATTTACGAGATATACTTAAAAATCTTTAAGATGTTT CTATATTTTAGAGACAGGGCTTAAAAGTCCTGGGCAATTAGCTGGGCACAGTGTCGTGCGCCTGTAATCC CACCTAGTTGGGAGGCTGAGGCAGAAGAATCTCTTGAACCCGAGGTAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCG CGCCACTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTCCTGG GCAGCAAGGCCTCCACTTCACCCCCTAAAGGTTGCCCCAAGAGCACCGTGTGACTGCTAAGGTATTTCCG GAGTCTAAAGACGATTATTCAGGTCTCATTTGCATACCCATAATACACTGCAAACAGTATTTTTTTCGGA AAAACATTTATATATTGCTTGACATTTTTAAGTATGAGAATTTTGCATGCAGAATTTTTTTGTATAAACT TTCTCAGGTAGTAACCCTTGGGATTAGTAGACACCATCAGTGTACTAGGAATTGCAGTTACCCGAAAATT GAGTTACAGAAGTAACTGGTATACTCTGGTTTCTCTTCAGATCGCATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAG ATTTCCGTGGAGAGGAACAACTCTGAGTCTTAACCCAATTTTTTGAGGCCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR15_C8GXP · enhancer · 65299864–65301147 · regulatory
· motif · 65293328–65293340 · motif
· motif · 65293510–65293522 · motif
· motif · 65295813–65295822 · motif
· motif · 65295813–65295824 · motif
· motif · 65295813–65295824 · motif
· motif · 65295845–65295858 · motif
· motif · 65295965–65295978 · motif
· motif · 65295972–65295985 · motif
· motif · 65295972–65295985 · motif
· motif · 65296361–65296374 · motif
· motif · 65296361–65296374 · motif
· motif · 65296393–65296406 · motif
· motif · 65296640–65296652 · motif
· motif · 65296642–65296649 · motif
· motif · 65296642–65296657 · motif
· motif · 65296693–65296704 · motif
· motif · 65296773–65296785 · motif
· motif · 65299639–65299654 · motif
· motif · 65299644–65299656 · motif
· motif · 65299647–65299654 · motif
· motif · 65300018–65300025 · motif
· motif · 65300037–65300052 · motif
· motif · 65300039–65300052 · motif
· motif · 65300530–65300540 · motif
· motif · 65300571–65300586 · motif
· motif · 65300622–65300631 · motif
RNA 轉錄本與序列
RNU5A-1 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000362698 ★ | snRNA | 117 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 資料預測 RNU5A-1 可能參與 quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP 的形成及剪接體 tri-snRNP 複合體的組裝,也可能是 U4/U6 × U5 tri-snRNP 複合體與 U5 snRNP 的一部分;這些描述屬預測,來源未提供實驗驗證細節。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in formation of quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP and spliceosomal tri-snRNP complex assembly. Predicted to be part of U4/U6 x U5 tri-snRNP complex and U5 snRNP. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
ATACTCTGGTTTCTCTTCAGATCGCATAAATCTTTCGCCT40TTTACTAAAGATTTCCGTGGAGAGGAACAACTCTGAGTCT80TAACCCAATTTTTTGAGGCCTTGCTTTGGCAAGGCTA117cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。