演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

RNU2-2U2

RNA, U2 small nuclear 2

RNU2-2 的基因身分與分類資料已收錄,功能註解尚待補充。

Homo sapiens11q12.3
OFFICIAL SYMBOL
RNU2-2
CHROMOSOME
11
RNA TYPE
snRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RNU2-2 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 RNA, U2 small nuclear 2。登錄類型為 RNA, small nuclear。此基因座位於 11q12.3。

Official symbol
RNU2-2
Gene name
RNA, U2 small nuclear 2
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10152
RNA type
RNA, small nuclear
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U2RNU2BRNU2-2P

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1111q12.3
chr11 · 135,086,622 bp · GRCh38chr11p15.5 · 1–2800000 · gnegchr11p15.4 · 2800001–11700000 · gpos50chr11p15.3 · 11700001–13800000 · gnegchr11p15.2 · 13800001–16900000 · gpos50chr11p15.1 · 16900001–22000000 · gnegchr11p14.3 · 22000001–26200000 · gpos100chr11p14.2 · 26200001–27200000 · gnegchr11p14.1 · 27200001–31000000 · gpos75chr11p13 · 31000001–36400000 · gnegchr11p12 · 36400001–43400000 · gpos100chr11p11.2 · 43400001–48800000 · gnegchr11p11.12 · 48800001–51000000 · gpos75chr11p11.11 · 51000001–53400000 · acenchr11q11 · 53400001–55800000 · acenchr11q12.1 · 55800001–60100000 · gpos75chr11q12.2 · 60100001–61900000 · gnegchr11q12.3 · 61900001–63600000 · gpos25chr11q13.1 · 63600001–66100000 · gnegchr11q13.2 · 66100001–68700000 · gpos25chr11q13.3 · 68700001–70500000 · gnegchr11q13.4 · 70500001–75500000 · gpos50chr11q13.5 · 75500001–77400000 · gnegchr11q14.1 · 77400001–85900000 · gpos100chr11q14.2 · 85900001–88600000 · gnegchr11q14.3 · 88600001–93000000 · gpos100chr11q21 · 93000001–97400000 · gnegchr11q22.1 · 97400001–102300000 · gpos100chr11q22.2 · 102300001–103000000 · gnegchr11q22.3 · 103000001–110600000 · gpos100chr11q23.1 · 110600001–112700000 · gnegchr11q23.2 · 112700001–114600000 · gpos50chr11q23.3 · 114600001–121300000 · gnegchr11q24.1 · 121300001–124000000 · gpos50chr11q24.2 · 124000001–127900000 · gnegchr11q24.3 · 127900001–130900000 · gpos50chr11q25 · 130900001–135086622 · gnegRNU2-2pq1 bp135,086,622 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr11:62,841,619–62,841,809
Gene span
191 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000410396 ★62,841,619–62,841,8091

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前匯入的來源未提供可採用的功能敘述。這不代表此基因缺乏生物學作用;有新的可用註解時可再補充。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 62841809 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RNU2-2 ENST00000410396 GRCh38 chr11:62841709-62842809 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AGCCAGGGCCTCATATTAATCCCTTTCATTCTGGCGAGCTTGCTTTGATCGATTAAAAAAAAATCGCTCC
ATTTCAATTTTACCTACACTCTCCTCCTCCTCCTTCGCCCCAGTCCTCTAACGACCCTGCCTCTGCCTTC
GAGGAGAGGCCCTGTGGTTTCTCGGTCGGACTTCCGGGTGGGATGCCTTGCCGCGTTGCTGGTCGGCCTG
AAAGTAACTCTAAAGAGTGCGTGGGTCGGAGGACATCGGGGCTGAGGCGTCAGCACCTTTCTCCCACCGC
GGGATCCCGGGTTTGAGGATCAGGAGCCTCTGAAATGGCTTTCTCAGGGCATCTTTCCCTCTCAGTGAAG
GGCCAGATGTTTGCTGGCGGACAGTACAAATGCAAGGTGCGGGTCGTGCCTCGCCCCTATGTCCTCAGTT
CTCACAAACTCCGGAGAGTGAGTGTCACCATTTCCCCCGTTTAAATGGGGAGGAAACAAGAGCCTAAATA
CCAAGCCCAGGCCATTAAGTCAGGAACTGGAGAGCAGGGAGCCCAACCTCCTTTTTTGGACTCCAAAACC
TGTGCTTTGACACCGCGCCGCGGCTTCTCCCAAGAAAGGTCCCGGAGAGGGGCGCCGCCACCTGCAGCAC
TGTCCCGCCGCCCCCTGGAAAGCCGAAAAACCCCTAGGATGGGAGACTAACGCCACAATCGGGGAAAAGG
AGGCCACGCGGGCATTGAAATCACGACTGGTGTGTGGACCAATCCCAGGATCCTAAAAAAGCGAAAGGGG
CGGGTTTATGCAAAACAAACTGAGCAGGGAGCAGGCGGCGGAAGAAGTAGAGGACGTTTAAATAGGGCTG
TTTCCAAAATATAGCCACTACTATAAAGAAAGAATAATGAAAACTGTGTTTCGGAATTATAATGTATTGG
GAGATAATTTAACATTTAGTGCCTGGATAGTTACCATAACTGGTTGGAAGATGGGAAGGATAAGGCCGCC
GAGGCGACCGAAGTAAAGGTATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATC
AGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATT
RNU2-2 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR11_75NQQ2 · promoter · 62839571–62839637 · regulatory

ENSR11_9WXFS · enhancer · 62839638–62840145 · regulatory

ENSR11_5JR3ZM · CTCF_binding_site · 62839716–62839737 · regulatory

ENSR11_BGGPH · promoter · 62840146–62840870 · regulatory

ENSR11_9WXGG · promoter · 62841799–62842299 · regulatory

· motif · 62839034–62839044 · motif

· motif · 62839538–62839554 · motif

· motif · 62839538–62839554 · motif

· motif · 62839562–62839572 · motif

· motif · 62839590–62839602 · motif

· motif · 62839597–62839606 · motif

· motif · 62839597–62839608 · motif

· motif · 62839711–62839725 · motif

· motif · 62839718–62839734 · motif

· motif · 62839721–62839732 · motif

· motif · 62840254–62840269 · motif

· motif · 62840260–62840272 · motif

· motif · 62840262–62840269 · motif

· motif · 62840262–62840277 · motif

· motif · 62840435–62840444 · motif

· motif · 62840739–62840759 · motif

· motif · 62840773–62840788 · motif

· motif · 62840778–62840790 · motif

· motif · 62840892–62840902 · motif

· motif · 62841020–62841031 · motif

· motif · 62841093–62841108 · motif

· motif · 62841099–62841111 · motif

· motif · 62841101–62841116 · motif

· motif · 62841357–62841367 · motif

· motif · 62841489–62841498 · motif

· motif · 62841606–62841617 · motif

· motif · 62842034–62842044 · motif

· motif · 62842630–62842641 · motif

· motif · 62842630–62842641 · motif

· motif · 62842632–62842641 · motif

· motif · 62842650–62842658 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

RNU2-2 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000410396 ★snRNA191 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000410396 · 191 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATC40
41TGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGA80
81GGACAATATATTAAATGGATTTTTGGAAATAGGAGATGGA120
121ATAGGAGCTTGCTCCGTCCACTCCACGCATCGACCTGGTA160
161TTGCAGTACTTCCAGGAACGGTGCACTCTCC191

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。