演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

RNU12-2PU12

RNA, U12 small nuclear 2, pseudogene

RNU12-2P 為人類假基因(pseudogene),此頁收錄已核對的名稱、分類與基因座資訊。

Homo sapiensXp11.23
OFFICIAL SYMBOL
RNU12-2P
CHROMOSOME
X
LOCUS TYPE
snRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RNU12-2P 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 RNA, U12 small nuclear 2, pseudogene。來源記錄的類型為 pseudogene。此基因座位於 Xp11.23。目前可用來源提供名稱、分類與基因座資料,尚未提供可採用的功能敘述;功能與產物資訊依後續取得的來源註解補充。

Official symbol
RNU12-2P
Gene name
RNA, U12 small nuclear 2, pseudogene
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:10109
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U12RNU12RNU12P

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXp11.23
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegRNU12-2Ppq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chrX:47,132,671–47,132,826
Gene span
156 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000364789 ★47,132,671–47,132,8261

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

目前可用來源未提供可採用的功能註解。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 47132671 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RNU12-2P ENST00000364789 GRCh38 chrX:47131671-47132771 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TGCATTAAGGCTTTTGATTCATAAAATTTAAATATATTTCTAAGCTGGGTACGGTGGCATGCACCTATAG
TCCCAGCTTCTCGGGGGGCTTAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCCAGGAATTCAAGTCCAGCCTGGGCAAT
ATAGCAAGAACCCATCTCTAAAAATAAACAAATAAGTTTCTGAACACACACATGTCAAACCCCTGTGTGA
TCTGGCCCCAACCCACCAGTCCTGCCTTATCTTAATGGATTTAGGGGTTTTTAAAATTTATTTTTATTTT
ATTAGTATTATTTCAGTAGTTTTGGGGGAACAGGTGGTGTTTGGTCACATGAAAAAGTCCTTTAGTGGTG
ATTTCTGAGATTTTGGTGCACCCATCATCCGATGTGGAGTTTTTTACCCCTCACCCCCTTCCCACCCCCT
CCCCCCAGTCCCCAGAGCCCATTGTATCATTCTTATGCCTTTGGGTCCTCATAGTTTAGCTCCCACTTGT
AAGAGAGAACAGGGCGGACGCGATGGCTCACGCCTGTGATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGG
ATCAATTGAGGTCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGACCAACATGGCGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACA
AAAATTAGCCGGGCCTAGTGGTACACACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGC
TTAAATCCGGGAGGCAAAGGTTGCAGTGAACCGAGATCACGCCACTGCACTCCAGACTGGACGACAGAGC
GAAACTCCATCTTAAAAAACAAAACAGAACAAAAAAGTGAGAACATACGATGTTTGCTTTTCCATTCCTG
AGTTACTTCATTTAGAATATAATGGTTTAAAAAAAAAAGAATATGATGGTTTCTTTCCTTCCTCCCTTTC
TTCCTCCTCCTCTTCTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTTTCTCTCTCAGTAAAATAACCTAATTTAT
TTTTTTAAATTCCCAGTACCATGTCTTAAACTTATGAGTAAGGAAAATAACGATTGTTATTCGGGGTGAT
GCCCGAATCCTCACTGCTAATGTGAGACGAATTTTTGAGCTGGTAAAGGTC
RNU12-2P 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_9NP3W · promoter · 47128892–47129354 · regulatory

ENSRX_83DF5Z · enhancer · 47129355–47129546 · regulatory

ENSRX_9NP44 · promoter · 47129547–47129951 · regulatory

ENSRX_83DF7W · enhancer · 47132662–47132820 · regulatory

ENSRX_83DF9N · enhancer · 47135715–47135948 · regulatory

· motif · 47129172–47129182 · motif

· motif · 47129326–47129336 · motif

· motif · 47129336–47129347 · motif

· motif · 47129476–47129498 · motif

· motif · 47129476–47129498 · motif

· motif · 47129550–47129562 · motif

· motif · 47129945–47129959 · motif

· motif · 47129945–47129959 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

RNU12-2P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000364789 ★snRNA156 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000364789 · 156 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGTCTTAAACTTATGAGTAAGGAAAATAACGATTGTTAT40
41TCGGGGTGATGCCCGAATCCTCACTGCTAATGTGAGACGA80
81ATTTTTGAGCTGGTAAAGGTCGCCCCTAAGGTGACCAGCC120
121TACTTTGCGGGATGCCTAGGAGTCGCGATCTGCCTG156

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。