基因總覽
RNF5 的正式名稱為 ring finger protein 5，為蛋白質編碼基因，其產物是膜結合型 E3 ubiquitin-protein ligase，並屬於 RNF5 家族。蛋白質長 180 個胺基酸，具有 RING-type zinc finger，以及兩段螺旋型跨膜區；另有一段被註記為無序區。這些特徵構成其基本分子與膜相關性質。RNF5 的主要角色是促進目標蛋白質泛素化；其對不同底物的作用及相關生物學結果，依底物與泛素鏈形式而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000375094 ★ | 32,178,405–32,180,793 | 6 |
| ENST00000876421 | 32,178,391–32,180,792 | 6 |
| ENST00000876423 | 32,178,391–32,180,789 | 6 |
| ENST00001006362 | 32,178,391–32,180,786 | 6 |
| ENST00001089308 | 32,178,391–32,180,793 | 5 |
| ENST00001125039 | 32,178,391–32,184,769 | 6 |
| ENST00001136654 | 32,178,391–32,180,793 | 6 |
| ENST00001098679 | 32,178,432–32,180,794 | 2 |
| ENST00001098678 | 32,178,433–32,180,797 | 2 |
| ENST00000876422 | 32,178,454–32,180,786 | 2 |
| ENST00000876424 | 32,178,466–32,180,786 | 6 |
| ENST00000876425 | 32,178,466–32,180,773 | 2 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF5 作為 E3 ubiquitin-protein ligase，催化泛素由 E2 ubiquitin-conjugating enzyme 轉移至受體蛋白的 lysine，因而介入蛋白質修飾與泛素化。它可能與 UBE2D1/UBCH5A 或 UBE2D2/UBC4 協同作用；特定底物的泛素化也有不同 E2 參與，例如 JKAMP 的修飾似乎涉及 UBE2N。
RNF5 對 PXN/paxillin 進行泛素化，這與細胞移動及 PXN/paxillin 的定位調節有關。它也能催化細菌蛋白 sopA 的泛素化。這些例子顯示其底物涵蓋細胞自身蛋白質及 Salmonella 分泌的蛋白質，但來源未提供這些作用之間更廣泛的共同機制。
對 JKAMP，RNF5 介導 Lys-63 連結的多聚泛素化；此修飾會降低 JKAMP 與蛋白酶體及 ERAD 組成成分的結合，進而調節 JKAMP 功能。對 STING1，RNF5 則介導 Lys-48 連結的多聚泛素化，並作用於 Lys-150，導致 STING1 經蛋白酶體降解。這項作用發生於病毒轉染後的粒線體，並與抗病毒反應調節相關。
RNF5 也會促進 ATG4B 泛素化及其後續降解，因此抑制自噬。綜合這些已述作用，RNF5 對不同蛋白質的修飾可連結至細胞移動、蛋白質處理、抗病毒反應及自噬等過程；其結果取決於具體底物與泛素化形式。
Promoter 與基因調控
>RNF5 ENST00000375094 GRCh38 chr6:32177405-32178505 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCACCACTCACAAAGGGGTTGAGCCCAGAGCTTTCCTGCTCTGAAGGTTTAAAACGGAGTTGAAGTCAAT CCTGTTCTACTCTGTGTACAACATTAAGAAAGGGGTGGGCCTTTAGTTCAGTTTTGCTCTGTAAATCACC TAATATGGGGAGGGCTGAGTCGTCCAGCCGAATGAGTTGGGTTAACACCAGCGCCGCAGATCGATGTTCC CACTATCCAAACGTCGGGCTAATCCCAGTTCTGCTCCCTTAACTAAAAGGGAGGGGCAGACCCAAGTTCT GCTCTCTACGTCACCAAAGGAGGTTGGAGCCATTTTGAACCCTGCGACCCTAGTGTTTTCCCTCTTTTCC TAGCTCTTCGCCGTCTTTCCCGATGTCGGCCAATCAGGGGAAAAGGAAAAGGCCCAATCAGCAGAAAGTC CACAGCTGAAGGACCCGGATGAAGCGAGCCTAGGACTTTGAAGTGCAAGCCTCGCCAATTGTAGAGCAGT CACCATGGCGACAAGATAGGGGTGAAGAGGTGGAAAAAGAGAAGGTTAAACCCTCACAGGATTGGCCCAC CCCCGTCCCGCCGCGTGCTGCGCAGGCGCGTTTTACCTAACCACCATTTTCCGTCAAGTTTTAGCCAATG AGTTGATTTGGAGCCATACGCTCCAAAGTCCAATAGCAATCCGGACATTCTCTAAAAGAGGAAGCGAAGG AAAGAAAGGGGCTTATAGTGGGCGAGGTCTATAGGTAGTCCCGAGCAAATTGCTTATGGCTTTGGTTATG ACTGACAACTACTCAGACGAATAAAGCCCTCCTTGGCCAGGCGACAGCGTGTAGCGAGTTATTACCAATC CCTTGGCATTGCACATTGACTTAGACCGTATCAGCCAATAGCCATTGTGCGAAGGCAGGACTGCACTAAC CTTTTCCCGCCCCTACCCTTTGGGCCAATCCTTTCTTTTGAATTCTTTGTGACTGGCAGGCATTCAGACC AATAGTGATTAGGAAACCTTGAAGCCTGCCCAACGATCGTGGGCAGGAGGTGGTTTCTGGTTTGTTGGGG CGTGTGTATGTGTATTTGGGGGGACTGAAGGGTACGTGGGGCGAAACAAAA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNF5_2 ↗ | 6:32,177,758 | 正股 | 32,177,709–32,177,768 |
| RNF5_3 ↗ | 6:32,177,981 | 正股 | 32,177,932–32,177,991 |
| RNF5_1 ↗ | 6:32,178,448 | 正股 | 32,178,399–32,178,458 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_B8DF3 · enhancer · 32175234–32176073 · regulatory
ENSR6_8XJMG · promoter · 32176074–32176258 · regulatory
ENSR6_B8DF7 · enhancer · 32176259–32177069 · regulatory
ENSR6_C577N · promoter · 32177070–32178415 · regulatory
· motif · 32175474–32175489 · motif
· motif · 32175479–32175491 · motif
· motif · 32175501–32175513 · motif
· motif · 32175503–32175510 · motif
· motif · 32175503–32175516 · motif
· motif · 32175503–32175518 · motif
· motif · 32175806–32175828 · motif
· motif · 32175806–32175828 · motif
· motif · 32175861–32175878 · motif
· motif · 32176088–32176098 · motif
· motif · 32176093–32176103 · motif
· motif · 32176096–32176106 · motif
· motif · 32176129–32176140 · motif
· motif · 32176131–32176140 · motif
· motif · 32176228–32176238 · motif
· motif · 32176248–32176263 · motif
· motif · 32176434–32176445 · motif
· motif · 32176602–32176617 · motif
· motif · 32176603–32176617 · motif
· motif · 32176604–32176617 · motif
· motif · 32176724–32176738 · motif
· motif · 32177091–32177100 · motif
· motif · 32177349–32177359 · motif
· motif · 32177383–32177393 · motif
· motif · 32177386–32177401 · motif
· motif · 32177505–32177515 · motif
· motif · 32177540–32177555 · motif
· motif · 32177540–32177555 · motif
· motif · 32177854–32177869 · motif
· motif · 32177892–32177907 · motif
· motif · 32177892–32177907 · motif
· motif · 32177913–32177928 · motif
· motif · 32177958–32177968 · motif
· motif · 32177976–32177992 · motif
· motif · 32177976–32177992 · motif
· motif · 32177983–32177994 · motif
· motif · 32177983–32177994 · motif
· motif · 32178003–32178013 · motif
· motif · 32178053–32178067 · motif
· motif · 32178053–32178068 · motif
· motif · 32178053–32178068 · motif
· motif · 32178087–32178100 · motif
· motif · 32178241–32178254 · motif
· motif · 32178318–32178328 · motif
· motif · 32178432–32178447 · motif
· motif · 32178450–32178460 · motif
· motif · 32178563–32178573 · motif
· motif · 32178863–32178872 · motif
· motif · 32178863–32178872 · motif
· motif · 32179023–32179034 · motif
· motif · 32179525–32179536 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：180 aa
RNF5 蛋白質長 180 個胺基酸，含有位於第 27–68 位的 RING-type zinc finger，以及位於第 118–138 位和第 160–180 位的兩段螺旋型跨膜區。第 79–110 位則註記為無序區。此蛋白質屬於 RNF5 家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNF5 主要位於質膜，也有部分分布於細胞質胞器。 來源亦註記其與細胞膜、粒線體膜及內質網膜相關；未提供不同條件下定位改變的具體描述。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 45 個夥伴
- ABHD16AO95870 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- ARL6IP1Q15041 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFTRP13569 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CYB561P49447 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYB561A3Q8NBI2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- DGAT2L6Q6ZPD8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM241BQ96D05-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INSIG2Q9Y5U4 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- LEPROTL1O95214 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MS4A1P11836 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- OPTNQ96CV9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ORMDL1Q9P0S3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ORMDL3Q8N138 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLP2Q04941 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLPP6Q8IY26 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRAF2O60831 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PXNP49023 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- RABAC1Q9UI14 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RHBDD1Q8TEB9 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RNF185Q96GF1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- RUSF1Q96GQ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCDO00767 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SEC22AQ96IW7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC1A1P43005 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SLC1A5Q15758 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
RNF5 與 PXN、JKAMP 及 Salmonella typhimurium sopA 有交互作用。RNF5 與 STING1 的內源性蛋白質交互作用則依賴病毒感染。這些資料記載的是交互作用關係，並未一概指出各者是否構成穩定複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF5 是膜結合型 E3 ubiquitin-protein ligase，可促進多種目標蛋白質泛素化，並可能與 UBE2D1/UBCH5A 或 UBE2D2/UBC4 協同。它修飾 PXN/paxillin，與細胞移動及其定位調節相關；也可泛素化 Salmonella 分泌蛋白 sopA。RNF5 介導 JKAMP 的 Lys-63 連結多聚泛素化，降低其與蛋白酶體及 ERAD 組成成分的結合，且此修飾似乎涉及 UBE2N；另在病毒轉染後於粒線體促進 STING1 Lys-150 的 Lys-48 連結多聚泛素化，導致其經蛋白酶體降解並調節抗病毒反應。它也促進 ATG4B 泛素化及降解，抑制自噬。 | 含實驗來源 | 證據與來源Membrane-bound E3 ubiquitin-protein ligase that mediates ubiquitination of target proteins. May function together with E2 ubiquitin-conjugating enzymes UBE2D1/UBCH5A and UBE2D2/UBC4. Mediates ubiquitination of PXN/paxillin,thereby regulating cell motility and localization of PXN/paxillin. Catalyzes ubiquitination of Salmonella type III secreted protein sopA. Mediates the 'Lys-63'-linked polyubiquitination of JKAMP thereby regulating JKAMP function by decreasing its association with components of the proteasome and ERAD; the ubiquitination appears to involve E2 ubiquitin-conjugating enzyme UBE2N. Mediates the 'Lys-48'-linked polyubiquitination of STING1 at 'Lys-150' leading to its proteasomal degradation; the ubiquitination occurs in mitochondria after viral transfection and regulates antiviral responses. Catalyzes ubiquitination and subsequent degradation of ATG4B, thereby inhibiting autophagy PMID 11329381 ↗ · PMID 12861019 ↗ · PMID 16176924 ↗ · PMID 19269966 ↗ · PMID 19285439 ↗ · PMID 23093945 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 19269966 ↗ · PMID 19285439 ↗ · PMID 23093945 ↗ |
| 分子活性 | RNF5 的功能類別包含蛋白質修飾，具體為蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RNF5 與 PXN、Salmonella typhimurium sopA 及 JKAMP 有交互作用；它也與 STING1 交互作用，而內源性 RNF5 與 STING1 的交互作用依賴病毒感染。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with PXN. Interacts with Salmonella typhimurium sopA. Interacts with JKAMP. Interacts with STING1; the interaction of endogenous proteins is dependent on viral infection PMID 12861019 ↗ · PMID 19269966 ↗ · PMID 19285439 ↗ |
| 細胞定位 | RNF5 被註記與細胞膜、粒線體膜及內質網膜相關，且主要位於質膜；另有部分定位於細胞質胞器。來源將其描述為多次跨膜蛋白。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Mitochondrion membrane / Multi-pass membrane protein; Endoplasmic reticulum membrane / Multi-pass membrane protein; Predominantly located in the plasma membrane, with some localization occurring within cytoplasmic organelles PMID 9533025 ↗ · PMID 19285439 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAAGCCTGCCCAACGATCGTGGGCAGGAGGTGGTTTCTGG40TTTGTTGGGGCGTGTGTATGTGTATTTGGGGGGACTGAAG80GGTACGTGGGGCGAAACAAAACCGGCCATGGCAGCAGCGG120AGGAGGAGGACGGGGGCCCCGAAGGGCCAAATCGCGAGCG160GGGCGGGGCGGGCGCGACCTTCGAATGTAATATATGTTTG200GAGACTGCTCGGGAAGCTGTGGTCAGTGTGTGTGGCCACC240TGTACTGTTGGCCATGTCTTCATCAGTGGCTGGAGACACG280GCCAGAACGGCAAGAGTGTCCAGTATGTAAAGCTGGGATC320AGCAGAGAGAAGGTTGTCCCGCTTTATGGGCGAGGGAGCC360AGAAGCCCCAGGATCCCAGATTAAAAACTCCACCCCGCCC400CCAGGGCCAGAGACCAGCTCCGGAGAGCAGAGGGGGATTC440CAGCCATTTGGTGATACCGGGGGCTTCCACTTCTCATTTG480GTGTTGGTGCTTTTCCCTTTGGCTTTTTCACCACCGTCTT520CAATGCCCATGAGCCTTTCCGCCGGGGTACAGGTGTGGAT560CTGGGACAGGGTCACCCAGCCTCCAGCTGGCAGGATTCCC600TCTTCCTGTTTCTCGCCATCTTCTTCTTTTTTTGGCTGCT640CAGTATTTGAGCTATGTCTGCTTCCTGCCCACCTCCAGCC680AGAGAAGAATCAGTATTGAGGGTCCCTGCTGACCCTTCCG720TACTCCTGGACCCCCTTGACCCCTCTATTTCTGTTGGCTA760AGGCCAGCCCTGGACATTGTCCAGGAAGGCCTGGGGAGGA800GGAGTGAAGTCTGTGCATAGATGGGAGAGCCTTCTGCTCA840GAGGCTCACTCAGTAACGTTGTTTAATTCTCTGCCCTGGG880GAAGGAGGATGGATTGAGAGAATGTCTTTCTCCTCTCCTA920AGTCTTTGCTTTCCCTGATTTCTTGATTTGATCTTCAAAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。