基因總覽
RNF24(ring finger protein 24)是位於人類 20 號染色體 20p13 的蛋白質編碼基因。其產物為 148 個胺基酸的蛋白質,具有單次穿膜特徵,並含有 RING-type 鋅指區域。現有資料將其與 TRPC 蛋白的細胞內運輸可能相關聯;這項描述指出可能的角色,未提供更細的作用機制或其他生理功能。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000358395 ★ | 3,927,311–4,015,558 | 6 |
| ENST00000336095 | 3,927,309–4,015,389 | 6 |
| ENST00000545616 | 3,927,309–4,015,598 | 7 |
| ENST00000905730 | 3,927,309–4,015,591 | 6 |
| ENST00000905731 | 3,927,309–4,015,573 | 7 |
| ENST00000905732 | 3,927,309–4,015,545 | 5 |
| ENST00001132532 | 3,927,309–4,015,558 | 6 |
| ENST00000432261 | 3,931,424–3,974,387 | 6 |
| ENST00000980429 | 3,933,064–4,015,588 | 8 |
| ENST00001022850 | 3,933,064–4,015,591 | 7 |
| ENST00001022851 | 3,933,064–4,015,587 | 6 |
| ENST00001022853 | 3,933,064–4,015,555 | 7 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF24 的功能資料指出,它可能參與 TRPCs 的細胞內運輸。此說法屬於可能性描述,來源未進一步說明 RNF24 在運輸過程中的具體步驟、作用方式,或其影響方向,因此不宜據此推定它促進或抑制 TRPC 蛋白的移動。
TRPCs 是該功能描述所指涉的蛋白群,但資料沒有交代此運輸角色是否適用於所有 TRPC 成員,也未指出特定細胞或實驗條件。因而目前可整理的功能重點,是 RNF24 與 TRPCs 的細胞內運輸可能存在關聯;至於運輸如何受調節、是否涉及其他分子,以及這項關聯對細胞活動的後續影響,來源均未提供足夠資訊。
Promoter 與基因調控
>RNF24 ENST00000358395 GRCh38 chr20:4015458-4016558 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AACCAATGGGCACCACGTGACCATTCTTGTGTCTCTGGGGACTGTCAATCTGCATGCTAGGAAAGGGGTG GCATTCCAATCTTTCATTTTTTTGTGTGTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAATG GTGCGATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCTCCCCGGGTTCAAGAGATTTTCCTGCCTTAGCCTCCCGAGT AGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACACCCAGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGAGTTTCTCT ATGTTGGTCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTGG GATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCCGGCCCCATGCTTTCACTTTTAAAAATGCTTGTAGGGCACGCAAA AATACTAAACGGTCGATGGAGAAGGTCTGTCTGGAGTAGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGT CTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGTGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCAGGTT CAGGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACACCCGGCTAAT TTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCGCGTTAGCCAAGATGGTCTCGATCTCCTGACC TCGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCTCGCCCGGCCTGTC TGGCGTAGTTCTAACCAGGAACAGAGCCAGCGGCCAGGGCCGCACCAGGCCTGGCCAGGGAGCGCCGCGC CTGCGCACTGCAGACTCTGAAGCCGCCGAGCCCTCCGCCGAGGTGGGTGGGGAAACTGCCCGGGCATCCG GGTCCCTCACCCCGCCCCCGCTGCATGAATGAGAGGCGCGGCGCCCGCCCCTCCCCCGGCGGGCCCGCCC CTCGCGAGGGGCCGCCGGGCGCAGTCAGCCGCCGCCACCTCCGCCGCGCTCTGTCCGGACGGACGCTCGC CGCCCGCAGCCTGCCGCCCGCCGCAGGGCGCTGACGGTCCCGCACGTCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNF24_1 ↗ | 20:4,015,552 | 負股 | 4,015,542–4,015,601 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR20_93L25 · enhancer · 4012637–4013032 · regulatory
ENSR20_5XH82 · CTCF_binding_site · 4013708–4013729 · regulatory
ENSR20_CDQD · enhancer · 4013798–4015378 · regulatory
ENSR20_BRHZ · promoter · 4015379–4016048 · regulatory
ENSR20_93L3D · enhancer · 4017015–4017410 · regulatory
ENSR20_85752 · enhancer · 4017512–4017693 · regulatory
ENSR20_8575D · enhancer · 4018142–4018362 · regulatory
ENSR20_93L3R · promoter · 4018363–4018863 · regulatory
· motif · 4013061–4013067 · motif
· motif · 4013710–4013726 · motif
· motif · 4014642–4014654 · motif
· motif · 4015024–4015037 · motif
· motif · 4015080–4015093 · motif
· motif · 4015126–4015139 · motif
· motif · 4015132–4015145 · motif
· motif · 4015226–4015239 · motif
· motif · 4015312–4015325 · motif
· motif · 4015388–4015401 · motif
· motif · 4015414–4015427 · motif
· motif · 4015625–4015638 · motif
· motif · 4015712–4015723 · motif
· motif · 4015712–4015723 · motif
· motif · 4016033–4016048 · motif
· motif · 4016161–4016175 · motif
· motif · 4018592–4018606 · motif
· motif · 4018592–4018606 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:148 aa
RNF24 蛋白質長 148 個胺基酸。其第 24–44 位胺基酸區段為螺旋型跨膜區;第 78–119 位則註解為 RING-type 鋅指區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNF24 被註解為單次穿膜蛋白,定位於 Golgi apparatus 膜。 資料未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 16 個夥伴
- UQCRHP07919 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ABHD5Q8WTS1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARMC1Q9NVT9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BNIP3Q12983 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNIH1O95406 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLT1AQ6ZVE7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LHFPL3Q86UP9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MFSD14BQ5SR56 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NKG7Q16617 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NRSN1Q8IZ57 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NT5EP21589 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLP1P60201-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC10A6Q3KNW5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TIMMDC1Q9NPL8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TMX2Q9Y320 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VAMP1P23763-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RNF24 與 TRPC1、TRPC3、TRPC4、TRPC5、TRPC6 及 TRPC7 有互作註解。資料未進一步說明這些關係是否代表直接結合、共同組成複合體,或僅為功能性互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF24 可能參與 TRPCs 的細胞內運輸。來源以可能性描述此功能,未說明具體運輸步驟、作用方向或發生條件。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | RNF24 與 TRPC1、TRPC3、TRPC4、TRPC5、TRPC6 及 TRPC7 有互作註解;資料未界定這些互作是否為直接結合或複合體關係。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | RNF24 被註解為單次穿膜蛋白,定位於 Golgi apparatus 膜;此筆資料未提供定位改變的條件或異構型差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GCAGTCAGCCGCCGCCACCTCCGCCGCGCTCTGTCCGGAC40GGACGCTCGCCGCCCGCAGCCTGCCGCCCGCCGCAGGGCG80CTGACGGTCCCGCACGTCTGCCGCTGCCACCGGCGCGCCC120GATTCATCCATGAGCTCGGATTTCCCACATTACAACTTCA160GGATGCCTAATATTGGATTCCAGAATCTGCCTCTCAACAT200ATATATTGTGGTTTTTGGTACTGCTATATTTGTCTTCATC240CTTAGTTTACTCTTCTGTTGCTACTTGATTAGGCTAAGAC280ATCAAGCACACAAAGAATTTTATGCCTACAAACAGGTTAT320ATTAAAAGAGAAAGTAAAAGAATTGAATTTACATGAGCTC360TGTGCAGTGTGCCTAGAAGACTTCAAGCCTCGAGATGAGT400TGGGGATTTGCCCATGTAAGCACGCCTTCCACAGAAAGTG440CCTTATTAAGTGGCTGGAGGTTCGTAAAGTGTGTCCCCTG480TGCAACATGCCAGTTCTACAGCTGGCCCAGTTGCACAGTA520AGCAGGACCGTGGACCCCCTCAGGGGCCCCTTCCTGGGGC560AGAGAACATTGTATAGCTTACCGCAAGGATCAGACTGTTG600CTGGACACGACGTCTGTGTGGAGCCAGGAGGAACACATGT640GGTGTCTGTATGGCTGCTCTCTACCTAGGACACCAGCTGC680CACTTCTTTTGCCTCATGAAGAACTCTTGGGCCAGCCAAA720CTGGGAACCTAGGTGTCTGGGTCTTGTGACAACCAAAGCA760CTTTGACACTACCCCCTGCCGAGAGAAGAGGAGTGGATGA800GCCTGCGGGTTTGCCTCAAGAAACTTCATGAGGGTCTCTT840ACTAACTCCATTACACTCTCTCTCCTGGAGCCTCATCTCC880ATGTCAAGCAGGAGGGTAAAGAAGGGAACTAAGAGCAGGT920CTTTCAAGCCACACCCCCACCTGCGGATGGATGGGTTTCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。