基因總覽
RNF20（ring finger protein 20）是蛋白質編碼基因，其產物屬於 BRE1 家族，具有 RING-type zinc finger。RNF20 可與 RNF40 組成 RNF20/40 複合體，亦稱 BRE1 complex；來源指出該複合體可能由兩份 RNF20/BRE1A 與兩份 RNF40/BRE1B 組成。這種家族歸屬與複合體關係提供其作為泛素連接酶複合體成員的基本背景；其參與的分子作用與生物學過程另於功能段說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000389120 ★ | 101,533,853–101,563,344 | 20 |
| ENST00000888393 | 101,533,853–101,563,344 | 20 |
| ENST00000888394 | 101,533,853–101,563,344 | 21 |
| ENST00000888396 | 101,533,853–101,563,344 | 20 |
| ENST00000912957 | 101,533,853–101,563,344 | 20 |
| ENST00000374819 | 101,533,888–101,540,890 | 5 |
| ENST00000479306 | 101,533,905–101,540,370 | 3 |
| ENST00000466817 | 101,533,979–101,540,628 | 4 |
顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF20 是 RNF20/40 E3 ubiquitin-protein ligase complex 的組成部分，參與將泛素接到組蛋白 H2B 的 Lys-120，形成 H2BK120ub1。此修飾可作為表觀遺傳性轉錄活化的標記，並是組蛋白 H3 Lys-4 與 Lys-79 甲基化（分別為 H3K4me、H3K79me）的前提，因此 RNF20/40 複合體的作用與組蛋白標記及基因調控相關。
RNF20/40 複合體與 E2 酵素 UBE2A 或 UBE2B 協同形成 H2B ubiquitin ligase complex；至於是否也與 UBE2E1/UBCH 協同，來源記載的報告彼此矛盾，不能視為已確定。RNF20 亦是 Hox 基因轉錄活化所必需的因子。它可能經由 p53/TP53 招募至 MDM2 promoter，並在該處作為轉錄共活化因子。
除組蛋白外，RNF20 也介導癌細胞中 PA2G4 isoform 2 的多聚泛素化，導致該異構型經由蛋白酶體降解。來源亦指出，在 human herpesvirus 8（KSHV）感染情境下，RNF20 會促進病毒裂解週期，方式包括誘導裂解期病毒基因表現，其中包含潛伏轉換基因 RTA/ORF50。這些作用分別涉及轉錄調控、蛋白質修飾與病毒基因表現；可確認的功能範圍以來源所述為限。
Promoter 與基因調控
>RNF20 ENST00000389120 GRCh38 chr9:101532853-101533953 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCACACTAACAGAAATCCAGTGTAGATTAGCTTCTTTTTTTCCCAAGATGCCTAAATTCTATTTTTTAAA AAAGATATAGCGATCATTCTTCCATTTCTAGACCCTTAGCTGACGTCATTAGGTAGTTTATCATAGTTCT GCGAGACATACAGCTTTTCATTAATAGGTTAGATTAATTACCGTCCTATCATTAAAACGCATTTAGTTTA ACTGAATGGAAAATAGCAGTTTGTCATAAACTTAAAAAAAAAAATCAATGCTTAATTAGCTTAAAATAGA CTAGTACTGAGATCAGAGACTGATTGGCGTTTATCTTTTCCCTGGACAATTTCTTGTTCCCAAAAAAGCA CAAGGGCAGTAGTTGTCACTCCTGCTTACGCATTAGAATCTAGTGGATGGAAATGCGGGGTTTGGGGGGA GGAGATGAGGGGAACGCTTTTTTAAAAAAGCTTTTGTCCAGGCCAAGTGATTCTAATGTGTAGACAGGGC AGAATACCGCTCCCTGTGCGGGGGAAAAAATCCCCAACATCTGAAATTCCTCAAATCCCTCAGATTCTCT CCAGAACTCTTCATTTCAGCACGTAGGGGTACCAACGAACAATTTTCTGAGGTGTCTGAGGCTAGTCATG TCCCCGGAGATTGACGGGACCGTCAGCCAATCGGCCGTCTGAACGAGTGATGGCAACCCCAATGACAAGC AACAGAATGAGGAACTTTATCCCCGCAGAAAGACCAGATCGCAGTAGCAAAGGTCAACAAGTCAACAAAA GCCAAGGGCTCTCCGTCAGGCATCAGCGAGGCCCGAGTACTCTTAGAGGTCGTAGCCAGGAGAGGGTCCC GCGCTTGCCCAGCGTTGCTAGGGAGGCGGCGCTTGCTCAAGCTTCTCGTGCCCTCTCCGTACGTCACTTC CGCCCGGCGGGGTCTCATAGTCCTATGGGCTGGGTTGAAGCCACTTCCTTTTTTCTTTCCCTTTTTCCTC TCCGTGGCCCCGCCTCCCGGAAGTTCTGCCTTGTCTCCGCCGCGGGTCAGGGGTGAGAGCTGGAATCTCT GCACGGGCCTTGGTGAGTAACTGCTGCGAGTTCTGTTCCCGCGCGGCGCCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNF20_1 ↗ | 9:101,533,854 | 正股 | 101,533,805–101,533,864 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_93HB3X · enhancer · 101530026–101530424 · regulatory
ENSR9_5TTR6N · CTCF_binding_site · 101530289–101530310 · regulatory
ENSR9_93HB4S · enhancer · 101533074–101533437 · regulatory
ENSR9_5TTRN6 · CTCF_binding_site · 101533204–101533225 · regulatory
ENSR9_93HB4X · promoter · 101533438–101533863 · regulatory
ENSR9_BQ63J · enhancer · 101533864–101534505 · regulatory
ENSR9_93HB5R · enhancer · 101536415–101536854 · regulatory
ENSR9_84ZL9W · enhancer · 101537007–101537242 · regulatory
· motif · 101530291–101530307 · motif
· motif · 101533206–101533222 · motif
· motif · 101533263–101533274 · motif
· motif · 101533358–101533369 · motif
· motif · 101533595–101533608 · motif
· motif · 101533600–101533612 · motif
· motif · 101533602–101533617 · motif
· motif · 101533692–101533703 · motif
· motif · 101533692–101533703 · motif
· motif · 101533720–101533731 · motif
· motif · 101533757–101533766 · motif
· motif · 101533757–101533768 · motif
· motif · 101533804–101533815 · motif
· motif · 101533804–101533815 · motif
· motif · 101533804–101533817 · motif
· motif · 101533809–101533829 · motif
· motif · 101533846–101533857 · motif
· motif · 101533846–101533857 · motif
· motif · 101533848–101533857 · motif
· motif · 101533875–101533888 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：975 aa
RNF20 蛋白長 975 個胺基酸，屬於 BRE1 家族，並在第 922–961 位胺基酸具有 RING-type zinc finger。序列註解另標示三段無序區：第 1–30、125–155 及 507–622 位胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供定位隨條件改變或不同異構型間差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 12 個夥伴
- AIRIMQ9NX04 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AMOTL2Q9Y2J4 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- BRK1Q8WUW1 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CDC73Q6P1J9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CHEK2O96017 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COPS5Q92905 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- HTTP42858 · UniProt INTERACTION · 24 experiments
- NCBP1Q09161 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF40O75150 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
- TACC3Q9Y6A5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2E1P51965 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- USHBP1Q8N6Y0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RNF20 是 RNF20/40（BRE1）複合體的成員；該複合體可能由兩份 RNF20/BRE1A 與兩份 RNF40/BRE1B 組成。RNF20 與 UBE2E1/UBCH6、p53/TP53、WAC、PAF1，以及 PA2G4 的 isoform 1 和 isoform 2 有交互作用；PAF1 的交互作用可促成 PAF1 與 RNF20/40 複合體的關聯，這是招募 UBE2A/B 的前提。與 FBXL19 的交互作用標示為 By similarity。感染情境下，RNF20 也與 human herpesvirus 8（KSHV）蛋白 RTA/ORF50 交互作用；此交互作用會使 SMC5-SMC6 複合體被送往蛋白酶體降解。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF20 是 RNF20/40 E3 泛素蛋白連接酶複合體的成員，參與組蛋白 H2B Lys-120 單泛素化；此標記與表觀遺傳性轉錄活化相關，並是 H3 Lys-4、Lys-79 甲基化的前提。複合體可與 UBE2A 或 UBE2B 協同，但對 UBE2E1/UBCH 的協同性報告互相矛盾；RNF20 也參與 Hox 基因活化、MDM2 promoter 轉錄共活化，以及癌細胞 PA2G4 isoform 2 的多聚泛素化與蛋白酶體降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the RNF20/40 E3 ubiquitin-protein ligase complex that mediates monoubiquitination of 'Lys-120' of histone H2B (H2BK120ub1). H2BK120ub1 gives a specific tag for epigenetic transcriptional activation and is also prerequisite for histone H3 'Lys-4' and 'Lys-79' methylation (H3K4me and H3K79me, respectively). It thereby plays a central role inb histone code and gene regulation. The RNF20/40 complex forms a H2B ubiquitin ligase complex in cooperation with the E2 enzyme UBE2A or UBE2B; reports about the cooperation with UBE2E1/UBCH are contradictory. Required for transcriptional activation of Hox genes. Recruited to the MDM2 promoter, probably by being recruited by p53/TP53, and thereby acts as a transcriptional coactivator. Mediates the polyubiquitination of isoform 2 of PA2G4 in cancer cells leading to its proteasome-mediated degradation PMID 16307923 ↗ · PMID 16337599 ↗ · PMID 19037095 ↗ · PMID 19410543 ↗ |
| 功能 | 在 microbial infection 情境中，RNF20 會促進 human herpesvirus 8（KSHV）的裂解週期，並誘導裂解期病毒基因表現；來源特別列出潛伏轉換基因 RTA/ORF50。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Promotes the human herpesvirus 8 (KSHV) lytic cycle by inducing the expression of lytic viral genes including the latency switch gene RTA/ORF50 PMID 37888983 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 16307923 ↗ · PMID 16337599 ↗ · PMID 19410543 ↗ |
| 分子活性 | RNF20 的功能分類包括蛋白質修飾與蛋白質泛素化。這筆註解未進一步指定受修飾的蛋白質、泛素化形式或發生條件，因此不據此延伸具體底物或機制。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RNF20 是 RNF20/40（BRE1）複合體成員；複合體可能各含兩份 RNF20/BRE1A 與 RNF40/BRE1B。RNF20 與 UBE2E1/UBCH6、p53/TP53、WAC、PAF1 及 PA2G4 兩種異構型有交互作用；PAF1 介導兩複合體關聯，這是招募 UBE2A/B 的前提。與 FBXL19 的交互作用屬 By similarity。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the RNF20/40 complex (also known as BRE1 complex) probably composed of 2 copies of RNF20/BRE1A and 2 copies of RNF40/BRE1B. Interacts with UBE2E1/UBCH6. Interacts with p53/TP53 and WAC. Interacts with PAF1; the interaction mediates the association of the PAF1 and RNF20/40 complexes which is a prerequsite for recruitment of UBE2A/B. Interacts with isoform 1 and isoform 2 of PA2G4. Interacts with FBXL19 (By similarity) PMID 16307923 ↗ · PMID 16337599 ↗ · PMID 19037095 ↗ · PMID 19410543 ↗ · PMID 21329877 ↗ |
| 交互作用 | 在 microbial infection 情境中，RNF20 與 human herpesvirus 8（KSHV）蛋白 RTA/ORF50 交互作用；此交互作用會使 SMC5-SMC6 複合體成為蛋白酶體降解的標的。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with human herpesvirus 8 (KSHV) protein RTA/ORF50; this interaction targets the SMC5-SMC6 complex for proteasomal degradation PMID 37888983 ↗ |
| 細胞定位 | RNF20 的細胞內定位為細胞核。這筆定位資料沒有提供特定處理條件、異構型差異或定位動態的說明。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AAGTTCTGCCTTGTCTCCGCCGCGGGTCAGGGGTGAGAGC40TGGAATCTCTGCACGGGCCTTGGAAAACGACTGTCTTCTT80CTGCCAAAATGTCAGGAATTGGAAATAAAAGAGCAGCTGG120AGAACCTGGCACCTCCATGCCTCCTGAGAAGAAGGCAGCT160GTTGAAGATTCAGGGACCACAGTGGAAACAATTAAGCTAG200GAGGTGTCTCTTCAACGGAGGAACTAGACATTAGAACACT240GCAAACCAAAAATCGCAAGCTGGCAGAAATGTTGGATCAG280CGGCAGGCCATTGAAGATGAACTTCGTGAGCACATTGAAA320AACTGGAACGACGACAGGCCACTGATGATGCCTCACTATT360GATTGTCAACCGATACTGGAGTCAGTTTGATGAAAACATC400CGTATCATCCTTAAACGTTATGATCTGGAGCAGGGCTTGG440GAGACCTACTCACAGAACGAAAAGCCCTTGTTGTGCCTGA480ACCAGAACCAGACTCTGATAGCAATCAGGAGCGTAAAGAT520GACCGAGAGAGAGGGGAAGGGCAAGAGCCAGCTTTCTCTT560TCCTTGCTACTTTGGCCAGCAGTTCCAGTGAAGAGATGGA600GTCTCAGCTGCAGGAACGTGTGGAGTCTTCCCGCCGAGCC640GTGTCCCAGATTGTGACTGTTTATGATAAATTGCAAGAAA680AAGTGGAGCTCTTATCCCGGAAGCTAAACAGTGGAGATAA720TCTGATAGTGGAGGAAGCAGTGCAGGAGCTGAACTCTTTC760CTCGCACAGGAGAATATGAGGCTACAGGAATTGACAGATC800TTCTTCAGGAAAAGCATCGCACCATGTCTCAGGAGTTCTC840CAAGTTGCAGAGTAAAGTGGAGACAGCCGAATCACGAGTG880TCTGTCCTGGAGTCCATGATTGATGACCTGCAGTGGGATA920TTGACAAAATTCGAAAGAGGGAACAGCGACTCAACCGACA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。