基因總覽
RNF19A 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 ring finger protein 19A, RBR E3 ubiquitin protein ligase。其產物屬於 RBR 家族的 RNF19 次家族，是一種 E3 ubiquitin-protein ligase。蛋白質具有 TRIAD supradomain，其中包含 RING-type 1、IBR-type 與非典型 RING-type 2 鋅指區域；另有兩段螺旋型跨膜區。序列中也註記有數段無序區，以及與 CASR 互動的區域。這些特徵構成 RNF19A 的基本結構輪廓；其催化作用及底物處理方式見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000341084 ★ | 100,257,067–100,309,953 | 10 |
| ENST00001110446 | 100,234,202–100,310,459 | 11 |
| ENST00001112245 | 100,236,712–100,310,459 | 11 |
| ENST00000905702 | 100,257,059–100,310,459 | 9 |
| ENST00000519449 | 100,257,060–100,303,259 | 11 |
| ENST00001036475 | 100,257,062–100,310,459 | 6 |
| ENST00000905703 | 100,257,067–100,310,459 | 11 |
| ENST00001135387 | 100,257,067–100,310,459 | 10 |
| ENST00000905701 | 100,257,069–100,313,466 | 10 |
| ENST00000905704 | 100,257,069–100,303,246 | 10 |
| ENST00001110447 | 100,284,322–100,310,459 | 2 |
| ENST00000519527 | 100,287,678–100,336,185 | 4 |
顯示 12/17 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF19A 是 E3 ubiquitin-protein ligase，負責將 ubiquitin 轉移至目標蛋白。反應中，ubiquitin 先由 E2 ubiquitin-conjugating enzyme UBE2L3 或 UBE2L6 傳遞給 RNF19A，形成硫酯形式的中間狀態；接著 RNF19A 將 ubiquitin 直接轉移到受體蛋白的 lysine 殘基。這項作用屬於蛋白質修飾與 ubiquitination。
Promoter 與基因調控
>RNF19A ENST00000341084 GRCh38 chr8:100309853-100310953 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAGGCCCAGACGGAATTTGTTTATTCAACTAAGAATACCAAGACTAGTGTAGATTGAAACATTCAAAGGG GATATGACTGGCTGAAAAGATATGAGACGAAGGAACAAATAAAGCTGGATTAAAGTAATTAGGAATGTAT TAGAGATGAAATAGGAATTCTGATTACTTGACTGCAAAATAGTAAAAAAAAAATGAAATAAAAGAGATGA ATGGAAGATACTCTCCAAACCCTCACGTAGGCTTGCTATTGTGGCTAAGTACTGTTCCTAACAGCCTCTG CAAAGACAGGTGCACTAAGAGGGCGGCTGCAGACGCACAGGGTGCTGCCGTCCTCTGGGAAAGGACATTT CCTCGCCGAGAGCTGCAACATCCCGGCACTTCTCTCCCTCGGCCTGCCAATCTAGCAGGTGAACCCTGAG AACACAAAGGAATGAATAATGCCGGGCAAACTGCCAAGAGCCAGAGTCGCCGAGTCTGGCAACTCCCTTC AACCGGGCGCAGCTCCAGCCACCCCGACCTGTCCTTGGAGGAGACGCTCTCTGGGCCACGGAGAACCGGC CAGGGAGACACCGGCCCCACTGCCCGGCGCGCTCGAGGCGAAGTCCCCTCCGCCAGGGACAGGCGTGGGG GCCGCAGTCGGGGCCACCCGGGTGCAGCGGGGCGGCTCCTGCGCGGGCGCGGAACGAACGTGCGCAAGGG AACAGCCGCGTCCAGAGCCGCCCGCAGCGGGCCCGGTGGGCGTGACGCCATGACGCACAGCACGCGGGCG GCGCGCTGGGGCGGGGCGGCCGGGGGCGGGAGGAAGAAGTGGGAGGAGGAGGAGGGGAAAGCGGGGGCTG CGGGAGGGGGAGGTGGTAGTTGCGGCGCTGGTTCCCGGGAGCAGCCGTCGAGCCACAACTGCGGAGGAGG AGTTCGGGAAAGCGGCCGTCGGGACTCCTCCCCTCCGTCGTCTCCGCCCCGGTTGAGAGGCGCCTCGGCG CATCGGAGGGACCCTCCCCCGCGCTTCCTCAGGCTGCTGTCGCCGCTGCTGGGAGATGGGCCTACTCGCC CGCCACCCTGCGCTGCCGCCGCTCTGAGGAGTTAAAGGTACGGGCGGGCAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNF19A_2 ↗ | 8:100,294,009 | 負股 | 100,293,999–100,294,058 |
| RNF19A_3 ↗ | 8:100,303,225 | 負股 | 100,303,215–100,303,274 |
| RNF19A_1 ↗ | 8:100,336,244 | 負股 | 100,336,234–100,336,293 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_93GRXQ · enhancer · 100305991–100306337 · regulatory
ENSR8_BPWH2 · enhancer · 100306598–100307318 · regulatory
ENSR8_D6ZD3 · enhancer · 100307650–100309942 · regulatory
ENSR8_93GRZX · promoter · 100309943–100310443 · regulatory
ENSR8_93GS2X · enhancer · 100313460–100313935 · regulatory
ENSR8_93GS3B · enhancer · 100314807–100315145 · regulatory
· motif · 100306114–100306125 · motif
· motif · 100307866–100307888 · motif
· motif · 100307866–100307888 · motif
· motif · 100309025–100309038 · motif
· motif · 100309025–100309038 · motif
· motif · 100309032–100309045 · motif
· motif · 100309192–100309203 · motif
· motif · 100309383–100309392 · motif
· motif · 100309431–100309444 · motif
· motif · 100309446–100309463 · motif
· motif · 100309468–100309481 · motif
· motif · 100309666–100309673 · motif
· motif · 100309949–100309962 · motif
· motif · 100309983–100309999 · motif
· motif · 100310043–100310056 · motif
· motif · 100310086–100310103 · motif
· motif · 100310113–100310126 · motif
· motif · 100310154–100310167 · motif
· motif · 100310169–100310182 · motif
· motif · 100310177–100310193 · motif
· motif · 100310177–100310193 · motif
· motif · 100310196–100310204 · motif
· motif · 100310258–100310269 · motif
· motif · 100310273–100310284 · motif
· motif · 100310273–100310284 · motif
· motif · 100310279–100310290 · motif
· motif · 100310612–100310625 · motif
· motif · 100313610–100313622 · motif
· motif · 100313612–100313627 · motif
· motif · 100314881–100314894 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：838 aa
RNF19A 屬於 RBR 家族的 RNF19 次家族，蛋白質長 838 個胺基酸。其 TRIAD supradomain 包含 RING-type 1、IBR-type 及非典型 RING-type 2 鋅指區域；另有兩段螺旋型跨膜區。序列註解亦標出數段無序區，以及與 CASR 互動的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNF19A 註記於膜及多重跨膜蛋白相關位置，也見於細胞質、細胞骨架、微管組織中心與中心體。 特定病理組織中，RNF19A 出現在肌萎縮性側索硬化症患者運動神經元的透明包涵體，以及帕金森病患者神經元的 Lewy bodies；這些觀察描述的是患者組織中的存在情形。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SOD1P00441 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RNF19A 與 E2 酵素 UBE2L3、UBE2L6 互動，並與轉錄因子 Sp1、VCP、CASR 及 SNCAIP 互動。它也與部分造成肌萎縮性側索硬化症的 SOD1 變異型互動，但不與野生型 SOD1 互動。來源另指出 CASR 與 SNCAIP 是 RNF19A 可修飾的目標底物；此功能關係不等同於此處列出的實體互動證據。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF19A 接受來自 E2 ubiquitin-conjugating enzymes UBE2L3 或 UBE2L6 的 ubiquitin，形成硫酯形式後，再將 ubiquitin 直接轉移至目標底物，例如 SNCAIP 或 CASR。它也會 ubiquitinate 致病型 SOD1 變異，促使其經蛋白酶體降解，並與神經元保護相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin-protein ligase which accepts ubiquitin from E2 ubiquitin-conjugating enzymes UBE2L3 and UBE2L6 in the form of a thioester and then directly transfers the ubiquitin to targeted substrates, such as SNCAIP or CASR. Specifically ubiquitinates pathogenic SOD1 variants, which leads to their proteasomal degradation and to neuronal protection PMID 11237715 ↗ · PMID 12145308 ↗ · PMID 12750386 ↗ · PMID 15456787 ↗ · PMID 16513638 ↗ |
| 分子活性 | [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-S-ubiquitinyl-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-N(6)-ubiquitinyl-L-lysine. | 推論支持 | 證據與來源[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-S-ubiquitinyl-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-N(6)-ubiquitinyl-L-lysine. |
| 分子活性 | 此項功能註記將 RNF19A 的活性歸為蛋白質修飾，具體類別是蛋白質 ubiquitination；來源未提供更細的反應條件或特定底物資訊。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RNF19A 與 UBE2L3、UBE2L6、轉錄因子 Sp1、VCP、CASR 及 SNCAIP 有互動；它也與部分造成肌萎縮性側索硬化症的 SOD1 變異型互動，但不與野生型 SOD1 互動。這些互動對象包含酵素、轉錄因子及其他蛋白質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with UBE2L3 and UBE2L6. Interacts with transcription factor Sp1. Interacts with VCP, CASR, SNCAIP and with some SOD1 variants which cause amyotrophic lateral sclerosis, but not with wild-type SOD1 PMID 10976766 ↗ · PMID 11237715 ↗ · PMID 12145308 ↗ · PMID 12750386 ↗ · PMID 15456787 ↗ · PMID 16513638 ↗ |
| 細胞定位 | RNF19A 註記於膜及多重跨膜蛋白相關位置，並位於細胞質、細胞骨架、微管組織中心與中心體。此外，它出現在肌萎縮性側索硬化症患者運動神經元的透明包涵體，以及帕金森病患者神經元的 Lewy bodies。 | 含實驗來源 | 證據與來源Membrane / Multi-pass membrane protein; Cytoplasm, cytoskeleton, microtubule organizing center, centrosome; Present in the hyaline inclusion bodies specifically found in motor neurons from amyotrophic lateral sclerosis patients. Present in the Lewy bodies specifically found in neurons from Parkinson disease patients PMID 11237715 ↗ · PMID 12145308 ↗ · PMID 12750386 ↗ · PMID 15456787 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCGCTTCCTCAGGCTGCTGTCGCCGCTGCTGGGAGATGGG40CCTACTCGCCCGCCACCCTGCGCTGCCGCCGCTCTGAGGA80GTTAAAGAACATCCATGATAGCAGTCTTCTGTAAATCGAA120CTTTTCAAGAATTCTCTGAAGGAACCAAGTAGGATATTCT160TACATCATGACTTAATGTGAATGCAAGAACAAGAAATAGG200TTTTATCTCTAAATATAATGAAGGGCTGTGTGTAAACACT240GACCCTGTCTCAATTCTAACAAGCATTTTAGACATGAGTT280TACATCGGCAAATGGGTTCAGATCGAGATCTTCAGTCCTC320TGCTTCATCTGTGAGCTTGCCTTCAGTCAAAAAGGCACCC360AAAAAAAGAAGAATTTCAATAGGCTCCCTGTTTCGGAGGA400AAAAAGATAACAAACGTAAATCAAGGGAGCTAAATGGCGG440GGTGGATGGAATTGCAAGTATTGAAAGTATACATTCTGAA480ATGTGTACTGATAAGAACTCCATTTTCTCTACAAATACCT520CTTCTGACAATGGATTAACTTCCATCAGCAAACAAATTGG560AGACTTCATAGAGTGCCCTTTGTGCCTTTTGCGGCATTCT600AAAGACAGATTTCCTGATATAATGACTTGTCATCACAGAT640CTTGTGTGGATTGCTTACGACAATATTTAAGGATAGAAAT680CTCTGAAAGCAGAGTTAATATTAGTTGCCCAGAATGTACT720GAACGGTTTAATCCCCATGATATTCGCTTGATATTAAGTG760ATGATGTCTTGATGGAAAAATACGAAGAATTTATGCTTAG800ACGGTGGCTTGTTGCAGATCCTGATTGTAGGTGGTGTCCA840GCTCCAGACTGTGGATATGCTGTGATAGCATTTGGATGTG880CCAGCTGTCCAAAATTAACTTGTGGGCGAGAGGGCTGTGG920AACAGAGTTTTGCTACCACTGTAAACAGATTTGGCACCCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。