基因總覽
RNF14（ring finger protein 14）是蛋白質編碼基因，其產物為 E3 ubiquitin-protein ligase，屬於 RBR 家族的 RNF14 subfamily。蛋白質全長 474 個胺基酸，含有 RWD domain，以及由多個鋅指區域構成的 TRIAD supradomain；另有一段與 androgen receptor 互動相關的區域。這些結構特色構成 RNF14 的蛋白質特徵。其主要角色包括參與翻譯品質管制，並在 Wnt 訊號及荷爾蒙依賴的轉錄調控中發揮作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000394520 ★ | 141,969,105–141,990,292 | 9 |
| ENST00000511961 | 141,958,328–141,978,830 | 4 |
| ENST00000506822 | 141,958,337–141,978,394 | 5 |
| ENST00000356143 | 141,966,771–141,990,292 | 8 |
| ENST00000394519 | 141,966,771–141,990,292 | 9 |
| ENST00000905396 | 141,966,771–141,990,292 | 6 |
| ENST00000905397 | 141,966,771–141,990,292 | 5 |
| ENST00000905398 | 141,966,771–141,990,292 | 10 |
| ENST00000905400 | 141,966,771–141,990,292 | 7 |
| ENST00000513019 | 141,966,820–141,974,947 | 4 |
| ENST00000905399 | 141,967,459–141,990,292 | 8 |
| ENST00000905414 | 141,968,573–141,990,292 | 9 |
顯示 12/63 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF14 是 E3 ubiquitin-protein ligase，在核糖體於翻譯過程中停滯時，參與 RNF14-RNF25 翻譯品質管制路徑。核糖體碰撞感測器 GCN1 會將 RNF14 招募至停滯的核糖體；RNF14 接著在目標蛋白質上形成 Lys-6-linked ubiquitination，促使這些蛋白質降解。此路徑因此能處理停滯核糖體上的翻譯因子。
RNF14 可促進翻譯因子 EEF1A1/eEF1A 與 ETF1/eRF1 的泛素化及降解，也能催化核糖體蛋白質 RPL0、RPL1、RPL12、RPS13 和 RPS17 的泛素化。來源指出，RNF14 對解決活性醛造成的 RNA-protein cross-links 特別必要；這類交聯會使核糖體停滯並引發翻譯壓力。RNF14 透過對交聯進行 Lys-6-linked ubiquitination，使其由 ATP-dependent unfoldase VCP 移除，之後再由 proteasome 降解。
除了停滯核糖體的反應，RNF14 也透過與 TCF 轉錄因子互動，調節 Wnt 訊號中的轉錄；相關因子包括 TCF7/TCF1、TCF7L1/TCF3 和 TCF7L2/TCF4。RNF14 也可能作為 androgen-dependent transcription 的共活化因子，並在較小程度上參與 progesterone-dependent transcription；此項作用在來源中以可能性描述。
Promoter 與基因調控
>RNF14 ENST00000394520 GRCh38 chr5:141968105-141969205 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTTTGTGTTTGACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTGTTACCTAGGCTGGAGTGCAGT GACTCACTGTAACCTCTGTCTCCTGGGTTCAAATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGACT ACAGGTGCCCGCCACCATGCCCGGCTTATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGT CAGGCTGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCTTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGC GTGAGCCACCGCACCCGGCCTTCTAAGGGTTTTATAGTTTTAGTTCTTACATTTAGGTCGTTGATCCATA TTTAGTTAATTTTTGCATATGGTGTGAGGAAGGAAGTGTATAATTTTAATTCCTGCTTAGCCTGACGATA ATCATGTGACCCTTGGTAAGTTCTTGCACCTAAGTCTCAATTTCCTTATTTGTAAAGTGAGAATAACAAA TGGTAGCTAAATCATAAGATTACAGTGAAGATAGAAAATTTACGTAGAGCATTTATCACACTGCTTGAAG CATCCTAACTACTCGATAAATGCGGTCGGTGTTACAGTTATAACATGAGCGATGAATGCGTGCTTCCACA GTGGAGTGCCAGAAAGACCGGCAGCATTTCTGAGAAGGTAAACGGGAGGAAGTAGGCTTGCTTAGTCCAC TTGGAGAAGCAGGTCTGGGATTGTTGTGAGAGTCTCTGCCCTAGGTAGACCACTGCCTCATGATCCCCTC TAGAGATTGGTAAAAATTCGAATTCTCGGGCCCCATCAGAACTACTGAAAAGAGCCTCCTGTGAGCACAG GGCTCGCAGTAAGTGGGGGTGACGGTGGTCGCGCCGGCAGCGCCGCCTTGGGCCTGCGGGAGGCGCCCGA GAGGCAGGGGCGACCACGGCGGCTGCGCAGAGTCCTCCCTATGCCGGCGGTCGCGCCAGCGGGATCCGCC TGGCTCAGCTGACAGCTCCCGAGAACGGAAGAGGCGGCGCGCCGGTTGAGCAGGGCGTCTCTAGGCCTGG TCGGCTGGCGGCGGTGAGTGGGCCCCAGGCAAGGGCGGAGGGCGGAACTTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RNF14_1 ↗ | 5:141,969,136 | 正股 | 141,969,087–141,969,146 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_B336PG · promoter · 141968396–141969121 · regulatory
ENSR5_B336PK · enhancer · 141969122–141970036 · regulatory
ENSR5_B336PP · enhancer · 141970220–141970813 · regulatory
ENSR5_538DLDN · CTCF_binding_site · 141970672–141970693 · regulatory
ENSR5_B336Q8 · enhancer · 141973920–141974471 · regulatory
· motif · 141966766–141966778 · motif
· motif · 141966770–141966783 · motif
· motif · 141966779–141966792 · motif
· motif · 141966779–141966792 · motif
· motif · 141967144–141967157 · motif
· motif · 141967144–141967157 · motif
· motif · 141968675–141968692 · motif
· motif · 141969032–141969043 · motif
· motif · 141969227–141969236 · motif
· motif · 141969433–141969444 · motif
· motif · 141970674–141970690 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：474 aa
RNF14 蛋白質長 474 個胺基酸，屬於 RBR family 的 RNF14 subfamily。其 N 端含 RWD domain（第 11–137 位），另有 RING-type 1、IBR-type 與 atypical RING-type 2 鋅指區域；第 216–457 位標註為 TRIAD supradomain。第 361–474 位區域與 androgen receptor 互動相關，並含有位於第 37–45 位的 D-box motif。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供兩處定位的條件差異、動態變化或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- ARP10275 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DACH1Q9UI36-2 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- GRNP28799 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKNO60260-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNF11Q9Y3C5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TARDBPQ13148 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE2D1P51668 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- UBE2D4Q9Y2X8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
RNF14 與 GCN1 互動；此互動在核糖體碰撞時發生，且為 EEF1A1/eEF1A 泛素化所需。RNF14 也與泛素結合酵素 UBE2E1、UBE2E2 互動。另有與 androgen receptor 及 TCF7/TCF1、TCF7L1/TCF3、TCF7L2/TCF4 的互動；來源將後者與促進 Wnt 訊號相連。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF14 是 E3 ubiquitin-protein ligase，參與停滯核糖體的 RNF14-RNF25 翻譯品質管制，促使翻譯因子及部分核糖體蛋白質泛素化與降解；也處理活性醛造成的 RNA-protein cross-links，並參與 Wnt 與荷爾蒙依賴的轉錄調控。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin-protein ligase that plays a key role in the RNF14-RNF25 translation quality control pathway, a pathway that takes place when a ribosome has stalled during translation, and which promotes ubiquitination and degradation of translation factors on stalled ribosomes. Recruited to stalled ribosomes by the ribosome collision sensor GCN1 and mediates 'Lys-6'-linked ubiquitination of target proteins, leading to their degradation. Mediates ubiquitination of EEF1A1/eEF1A and ETF1/eRF1 translation factors on stalled ribosomes, leading to their degradation. Also catalyzes ubiquitination of ribosomal proteins RPL0, RPL1, RPL12, RPS13 and RPS17. Specifically required to resolve RNA-protein cross-links caused by reactive aldehydes, which trigger translation stress by stalling ribosomes: acts by catalying 'Lys-6'-linked ubiquitination of RNA-protein cross-links, leading to their removal by the ATP-dependent unfoldase VCP and subsequent degradation by the proteasome. Independently of its function in the response to stalled ribosomes, acts as a regulator of transcription in Wnt signaling via its interaction with TCF transcription factors (TCF7/TCF1, TCF7L1/TCF3 and TCF7L2/TCF4). May also play a role as a coactivator for androgen- and, to a lesser extent, progesterone-dependent transcription PMID 19345326 ↗ · PMID 23449499 ↗ · PMID 36638793 ↗ · PMID 37651229 ↗ · PMID 37951215 ↗ · PMID 37951216 ↗ |
| 分子活性 | [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-S-ubiquitinyl-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-N(6)-ubiquitinyl-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-S-ubiquitinyl-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-N(6)-ubiquitinyl-L-lysine. PMID 36638793 ↗ · PMID 37651229 ↗ · PMID 37951215 ↗ · PMID 37951216 ↗ |
| 分子活性 | RNF14 參與蛋白質修飾，具體活動包括蛋白質泛素化；此註記未進一步提供作用對象或實驗條件。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RNF14 與 GCN1 的互動在核糖體碰撞時發生，且是 EEF1A1/eEF1A 泛素化所需；它也與 UBE2E1、UBE2E2、androgen receptor，以及多種 TCF 轉錄因子互動，後者與 Wnt 訊號促進相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with GCN1; interaction takes place in response to ribosome collisions and is required for ubiquitination of EEF1A1/eEF1A. Interacts with the ubiquitin-conjugating enzymes UBE2E1 and UBE2E2. Interacts with AR/androgen receptor. Interacts with TCF7/TCF1, TCF7L1/TCF3 and TCF7L2/TCF4; promoting Wnt signaling PMID 10085091 ↗ · PMID 11322894 ↗ · PMID 19345326 ↗ · PMID 23449499 ↗ · PMID 36638793 ↗ |
| 細胞定位 | RNF14 的細胞內定位記錄包括細胞質與細胞核；此註記未提供定位差異的條件或動態資訊。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GAGAACGGAAGAGGCGGCGCGCCGGTTGAGCAGGGCGTCT40CTAGGCCTGGTCGGCTGGCGGCGATGGCAGGATTTTCATA80ATATATGTAGTATGAGTTCCACATCTTGGCCTCTTACCCA120GCTTCAGCAGTCTCAGCTCCACCAGTTAGAGAATAAATGG160GATTTGCATGAACTCCACTCTGAGCTGAAATACAGACTGC200GGTGTTAATATCCTTTTCTTCTGATTGTTATTAACAGGTC240CTTATGTCGTCAGAAGATCGAGAAGCTCAGGAGGATGAAT280TGCTGGCCCTGGCAAGTATTTACGATGGAGATGAATTTAG320AAAAGCAGAGTCTGTCCAAGGTGGAGAAACCAGGATCTAT360TTGGATTTGCCACAGAATTTCAAGATATTTGTGAGCGGCA400ATTCAAATGAGTGTCTCCAGAATAGTGGCTTTGAATACAC440CATTTGCTTTCTGCCTCCACTTGTGCTGAACTTTGAACTG480CCACCAGATTATCCATCCTCTTCCCCACCTTCATTCACAC520TTAGTGGCAAATGGCTGTCACCAACTCAGCTATCTGCTCT560ATGCAAGCACTTAGACAACCTATGGGAAGAACACCGTGGC600AGCGTGGTCCTGTTTGCCTGGATGCAATTTCTTAAGGAAG640AGACCCTAGCATACTTGAATATTGTCTCTCCTTTTGAGCT680CAAGATTGGTTCTCAGAAAAAAGTGCAGAGAAGGACAGCT720CAAGCTTCTCCCAACACAGAGCTAGATTTTGGAGGAGCTG760CTGGATCTGATGTAGACCAAGAGGAAATTGTGGATGAGAG800AGCAGTGCAGGATGTGGAATCACTGTCAAATCTGATCCAG840GAAATCTTGGACTTTGATCAAGCTCAGCAGATAAAATGCT880TTAATAGTAAATTGTTCCTGTGCAGTATCTGTTTCTGTGA920GAAGCTGGGTAGTGAATGCATGTACTTCTTGGAGTGCAGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。