基因總覽
RNF113A（ring finger protein 113A）是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因，產生 343 個胺基酸的蛋白質。其蛋白質具有兩種鋅指結構：C3H1-type zinc finger 與 RING-type zinc finger；另有多個區域被註記為無序區。RNF113A 兼具剪接體組成成分與 E3 ubiquitin-protein ligase 的性質，參與 RNA 剪接及蛋白質泛素化相關作用。以下功能敘述詳述其在剪接、DNA 修復及 CXCR4 訊號調節中的已知角色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000371442 ★ | 119,870,475–119,871,733 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RNF113A 是剪接體的組成成分，也是前體 mRNA 剪接所需的蛋白質。它亦屬於 minor spliceosome，可能參與前體 mRNA 中 U12 型內含子的剪接；這項作用在來源中標示為可能性，並非確定結論。
RNF113A 同時具有 E3 ubiquitin-protein ligase 活性，可將 ubiquitin 轉移至目標蛋白質。其中一個已描述的目標是剪接體次單元 SNRNP200/BRR2：RNF113A 可促進其形成非典型 Lys-63 連結的多聚泛素鏈。這項修飾將 RNF113A 的泛素化功能與剪接體相關蛋白連結起來。
在烷化劑造成 DNA 損傷時，RNF113A 透過合成 Lys-63 連結的多聚泛素鏈，協助招募 ALKBH3 與 ASCC 複合體至 DNA 損傷位置，因此參與 DNA 修復。來源描述的是此泛素鏈在招募過程中的作用，未進一步界定其他修復機制。
RNF113A 也會泛素化 CXCR4，促使 CXCR4 降解，並因此有助於終止 CXCR4 訊號。這與其在剪接及 DNA 損傷反應中的功能不同，顯示來源記載的 RNF113A 作用涉及多種細胞過程。
Promoter 與基因調控
>RNF113A ENST00000371442 GRCh38 chrX:119871633-119872733 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AGCCTCGCCAACATGATGAAACCCCGCCTCTACAAAAAAAAAAAAAAAGCCAGGCGTGGTCCCGGCTACT CGGGAGGCTGAAGCAGGAAAATTTCTTTCTTTATTTATTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCGCTCTTGTTGC CCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGGCTCATCGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCC TGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTGTATTTTTAG GAGAGACGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTATCGAACTCCCGACCTCAGGTGATCCGCTCGCCTC GGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGATCCACCGCGCCCAACCAGGAGAATCTCTTGAACCCAGA AGGCGGAGGTTGCAGTGAGCGATTCTCAGGCTTGAGCCACCTTTTCTAATCTACCTTCCCGGCCCCCGCG TCGCTACTCTGCCCTAAGGCCCACTCTGATACACCCAGAAACGCTGTTTTTCACTAGAGCAGGATGTAGT TTCTATCGGGCTTCGTTTCGCAAGCCTCGGCTTCTAGGCAACCGGAAGCAAGTAGAGGGCCGACCTCGGA GAGAGGGTTCGCAGGCTGACGGTCTCCCTGCCCACCACCCTTTTCGGAAATCAGCCCGTGGAGTCGGCCC CCGGGCCGAAGCCGGCTTACCTTGCCCCCGTTAGTGAACCTGTGGATGTACGCAGTAGCCAGTCCTGGAA TCAACAAGCACACGCCCATGACGGAGAGTCCGGGGAGAATCTCGAACCACATCTCTGCCCCGTTACCTAG GCCAAAACCCTACTTCTGGGTCCTTGAAAGGTGACCTGGCTTCGCCTCTCTTCCCAGCAAGCCCCGCGGC CGCCCGCGAGCGGGGCGGTGCCACGTACGGCTCCGGAAGAAGCGACGGAATCTGCTAGGGCACAAGAGAG ACGGGCGCTCGGGCTCTCGCAGTCCTCTTCCGTCAGTGTCTTTTGCTTCGACTCCCGGCGGAGCGCGCAA CGTGGAGTGACGTGCAGGGGCCAAGTGCAACCCAGGCAGCCACGGCTGTTT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_793BJH · promoter · 119871723–119871842 · regulatory
· motif · 119870738–119870749 · motif
· motif · 119870840–119870851 · motif
· motif · 119871084–119871095 · motif
· motif · 119871084–119871095 · motif
· motif · 119871255–119871268 · motif
· motif · 119871255–119871268 · motif
· motif · 119871442–119871453 · motif
· motif · 119871570–119871579 · motif
· motif · 119872124–119872133 · motif
· motif · 119872124–119872135 · motif
· motif · 119872124–119872135 · motif
· motif · 119872124–119872138 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：343 aa
RNF113A 蛋白質長 343 個胺基酸，含有 C3H1-type zinc finger（第 196–224 位）及 RING-type zinc finger（第 262–300 位）。N 端第 2–60 位與 SNRNP200/BRR2 互作相關，第 50–61 位與 CXCR4 互作相關；第 22–96 位及第 322–343 位被註記為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNF113A 位於細胞核及核斑。 在沒有 DNA 損傷時，它與剪接體成分 SNRNP200/BRR2、PRPF8 共定位於核斑；烷化劑造成 DNA 損傷後，則與 ASCC2 共定位於核內焦點。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- IKQ13123 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SF3B2Q13435 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SNRNP200O75643 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
RNF113A 是前催化型與催化型剪接體複合體的組成成分，也屬於剪接 U12 型內含子的 minor spliceosome。在互作方面，它透過 N 端與剪接體次單元 SNRNP200/BRR2 互作；在 minor spliceosome 中則與 SCNM1、CRIPT 互作。來源未將這些互作一概描述為同一種功能關係。
疾病與遺傳關聯
影響 RNF113A 的變異與非光敏型毛髮硫營養不良 5（TTD5）相關。此疾病屬 X 聯鎖型毛髮硫營養不良，特徵包括硫含量不足的脆弱毛髮，臨床嚴重度可由僅有毛髮症狀至多系統異常。TTD5 可見小頭症、嚴重智能障礙、身材矮小、癲癇及免疫球蛋白缺乏等表現；所述型態沒有細胞光敏感性與魚鱗癬。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RNF113A 是前體 mRNA 剪接所需的剪接體成分，也可能參與 minor spliceosome 對 U12 型內含子的剪接。它具有 E3 ubiquitin-protein ligase 活性，可促進 SNRNP200/BRR2 的 Lys-63 連結多聚泛素化，參與烷化劑所致 DNA 損傷位置的修復因子招募；亦會泛素化 CXCR4、促使其降解並協助終止訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Required for pre-mRNA splicing as component of the spliceosome. As a component of the minor spliceosome, involved in the splicing of U12-type introns in pre-mRNAs (Probable). E3 ubiquitin-protein ligase that catalyzes the transfer of ubiquitin onto target proteins. Catalyzes polyubiquitination of SNRNP200/BRR2 with non-canonical 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains. Plays a role in DNA repair via its role in the synthesis of 'Lys-63'-linked polyubiquitin chains that recruit ALKBH3 and the ASCC complex to sites of DNA damage by alkylating agents. Ubiquitinates CXCR4, leading to its degradation, and thereby contributes to the termination of CXCR4 signaling PMID 28978524 ↗ · PMID 29144457 ↗ · PMID 29360106 ↗ · PMID 29361316 ↗ · PMID 33509932 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 28978524 ↗ · PMID 29144457 ↗ |
| 分子活性 | RNF113A 所記載的酵素活動涉及蛋白質修飾，具體類別為蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RNF113A 是前催化型與催化型剪接體複合體的組成成分，也參與剪接 U12 型內含子的 minor spliceosome。它透過 N 端與剪接體次單元 SNRNP200/BRR2 互作，並在 minor spliceosome 中與 SCNM1 及 CRIPT 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of pre-catalytic and catalytic spliceosome complexes. Interacts (via N-terminus) with the spliceosome subunit SNRNP200/BRR2. Component of the minor spliceosome, which splices U12-type introns. Within this complex, interacts with SCNM1 and CRIPT PMID 22365833 ↗ · PMID 29144457 ↗ · PMID 29360106 ↗ · PMID 29361316 ↗ · PMID 33509932 ↗ |
| 細胞定位 | RNF113A 位於細胞核及核斑。沒有 DNA 損傷時，它與剪接體成分 SNRNP200/BRR2、PRPF8 共定位於核斑；烷化劑造成 DNA 損傷後，則與 ASCC2 共定位於核內焦點。 | 含實驗來源 | 證據與來源Nucleus; Nucleus speckle; Colocalizes with ASCC2 in nuclear foci after DNA damage by alkylating agents. In the absence of DNA damage, colocalizes with the spliceosome components SNRNP200/BRR2 and PRPF8 in nuclear speckles PMID 29360106 ↗ · PMID 29361316 ↗ · PMID 29144457 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 RNF113A 的變異與非光敏型毛髮硫營養不良 5（TTD5）相關。此 X 聯鎖疾病的表現由脆弱稀疏毛髮至多系統異常不等，可包括小頭症、嚴重智能障礙、癲癇、免疫球蛋白缺乏及小腦發育不全；TTD5 型態沒有細胞光敏感性與魚鱗癬。 | 含實驗來源 | 證據與來源Trichothiodystrophy 5, non-photosensitive TTD5 An X-linked form of trichothiodystrophy, a disease characterized by sulfur-deficient brittle hair and multisystem variable abnormalities. The spectrum of clinical features varies from mild disease with only hair involvement to severe disease with cutaneous, neurologic and profound developmental defects. Ichthyosis, intellectual and developmental disabilities, decreased fertility, abnormal characteristics at birth, ocular abnormalities, short stature, and infections are common manifestations. There are both photosensitive and non-photosensitive forms of the disorder. TTD5 features include microcephaly, profound intellectual disability, sparse brittle hair, aged appearance, short stature, facial dysmorphism, seizures, an immunoglobulin deficiency, multiple endocrine abnormalities, cerebellar hypoplasia and partial absence of the corpus callosum, in the absence of cellular photosensitivity and ichthyosis. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 300953 PMID 25612912 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTCCTCTTCCGTCAGTGTCTTTTGCTTCGACTCCCGGCG40GAGCGCGCAACGTGGAGTGACGTGCAGGGGCCAAGTGCAA80CCCAGGCAGCCACGGCTGTTTCGGAGCTCAGGACTCTAAA120ATGGCAGAGCAGCTTTCTCCAGGAAAGGCGGTGGATCAGG160TGTGCACCTTCCTTTTCAAAAAGCCTGGGCGGAAAGGGGC200TGCTGGACGCAGAAAGCGCCCGGCCTGCGACCCAGAGCCC240GGAGAAAGCGGCAGCAGTAGCGACGAAGGCTGCACTGTGG280TTCGACCGGAAAAGAAGCGGGTGACCCACAATCCAATGAT320ACAGAAGACCCGTGACAGTGGTAAACAGAAGGCGGCTTAC360GGCGACTTGAGCAGCGAAGAGGAAGAGGAAAATGAGCCCG400AGAGTCTCGGCGTGGTTTATAAATCCACCCGTTCGGCGAA440ACCCGTGGGACCAGAGGATATGGGAGCGACAGCTGTCTAT480GAGCTGGACACAGAGAAAGAGCGCGATGCACAAGCCATCT520TTGAGCGCAGCCAGAAGATCCAGGAGGAGCTGAGGGGCAA560GGAGGATGACAAGATCTATCGGGGAATCAACAATTATCAG600AAATACATGAAGCCCAAGGATACGTCTATGGGCAATGCCT640CTTCCGGGATGGTGAGGAAGGGCCCCATCCGAGCGCCCGA680GCATCTACGTGCCACCGTGCGCTGGGATTACCAGCCCGAC720ATCTGTAAGGACTACAAAGAGACTGGCTTCTGCGGCTTCG760GAGACAGCTGCAAATTCCTCCATGACCGTTCAGATTACAA800GCATGGGTGGCAGATCGAACGTGAGCTTGATGAGGGTCGC840TATGGTGTCTATGAGGATGAAAACTATGAAGTGGGAAGCG880ATGATGAGGAAATACCATTCAAGTGTTTCATCTGTCGCCA920GAGCTTCCAAAACCCAGTTGTCACCAAGTGCAGGCATTAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。