基因總覽
RLIM（ring finger protein, LIM domain interacting）是蛋白質編碼基因，產物屬於 RNF12 家族。其蛋白質具有 E3 ubiquitin-protein ligase 活性，參與蛋白質泛素化，並與 LIM homeodomain transcription factors 的調節有關。這項角色使 RLIM 能透過調整特定調控蛋白的狀態，影響相關轉錄因子的作用。RLIM 的主要特色是兼具酵素功能與轉錄調控關聯；其具體作用方式及涉及的生物學過程見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000332687 ★ | 74,582,976–74,614,624 | 4 |
| ENST00000349225 | 74,582,976–74,614,646 | 5 |
| ENST00000896517 | 74,582,976–74,614,348 | 4 |
| ENST00000896518 | 74,582,976–74,614,348 | 5 |
| ENST00000896519 | 74,582,976–74,614,646 | 5 |
| ENST00000896520 | 74,582,976–74,596,043 | 3 |
| ENST00000958909 | 74,582,976–74,614,646 | 5 |
| ENST00000958910 | 74,582,976–74,613,524 | 4 |
| ENST00001136297 | 74,582,976–74,614,646 | 4 |
| ENST00000921461 | 74,587,333–74,614,646 | 4 |
| ENST00001048790 | 74,590,218–74,614,646 | 4 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RLIM 是 E3 ubiquitin-protein ligase，可作為 LIM homeodomain transcription factors 的負向共調節因子。它促進 LIM cofactors LDB1 與 LDB2 的泛素化，並使其後續降解；同時也能促進 SIN3a/histone deacetylase corepressor complex 的募集。當 LDB1、LDB2 被泛素化並降解後，與 DNA 結合的 LIM homeodomain transcription factors 得以和其他蛋白質夥伴（例如 RLIM）互動，藉此改變相關轉錄調控關係。
RLIM 的泛素化作用也涉及其他生物學過程。它促進 TERF1 泛素化與降解，參與由端粒長度介導的生長抑制。此外，RLIM 透過促使 ZFP42/REX1 降解，促進胚胎中的 X 染色體隨機失活；這是一種隨機過程，在雌性胎盤哺乳動物的體細胞中使其中一條 X 染色體失活，以減少 X 染色體基因造成的性別相關劑量差異。
RLIM 的 E3 ubiquitin-protein ligase 功能也被認為對胚胎幹細胞分化為神經細胞的適當調控有所必要；此項描述依據相似性證據。整體而言，來源所述的功能涵蓋轉錄調節因子及其輔助因子的調控、TERF1 降解，以及胚胎發育相關的 X 染色體失活與神經細胞分化調控。
Promoter 與基因調控
>RLIM ENST00000332687 GRCh38 chrX:74614524-74615624 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATACTTTAGAGTTAATGCCTCAAAGTTATCAGTCTTTTAAACATCACGAATCCGTTTGTCCCTACAAGGA ACTCTTCTGTCCCCCTTCCTTGATTTTTCTCCTTGGCATTTATCACTAACATGATATGTATTTATGTTTG ATTTTTTCTAAATTATTGTCCCTGGCCCCTATAAAGACTCAAGAGAACTGGGATTTTGATCTGTTTTCTT TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACACAGCCTTGCTCTGTCACCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCGAGATC CCGGCTCACTGCAATCTTCGCCTCCTGGGTTCAGCTATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGATTAGCAGAGAT TACAGGCGCCCGCCACCACGCCCGGCTAATTTTCGTATTTTTAGTAGAGACTGGGTTTCACCATGTTGGC CAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCTTCGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAG GCGTGAGCCACCGAACGTGGCCTGTTTTCTTTCTTAATTTTGGTCTATTTTAATTTCCTAAGCAGCTACA ATGGTGCTTGACATGCAGTTGGCACTGTGTAAATACATGTTGAATAAAACGCAGGCTACTTTTTGAACTG GTCTGCACGGATTGTGTGAACTGATGTGATGTCAGGGTAGACTAATATCACATTTCTCTCTCTCTGAAAA TGTCTTCAAGCAGTCAGACCGTGACGTCCTTCAGTTTTCAAAATGGGAAAGCGAAGGTTCCCACAATTCT CAGAACGCAAATTTCTCGCCACAATTCAAAATGGCGGAGGAGGGTGGGGCCTGTCACATGGTGGGCGTCA TAACAGCTTTCCTTTTCCAAACCGCCGCCCGCCTTGCCGCGTCGTCTGCCGTCCCCCTCCTCCTCCCGCG GAGCCTTTTCGAGGAATCGACTGGGATTGGCTAATAGGCTGGGAGTGGGGCTGCGGTGCCGGGACGCGGC ATCATCACTTCCTGTTGTGGGCAGTCGTTTCCTGTCGCTGCTTGGTAACAATGGGGAAGATAATGGCTGC CTGAGCAACGTCTCCGAGCAGGCGCTGGGCTAGAGGCGGGTCTCAACCAGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RLIM_1 ↗ | X:74,614,608 | 負股 | 74,614,598–74,614,657 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：624 aa
RLIM 蛋白長 624 個胺基酸，屬於 RNF12 family。其 RING-type zinc finger 位於第 570–611 位胺基酸，並在第 621–624 位具有 PDZ-binding motif。序列中另有多段被註記為無序區域，分別位於第 1–25、72–251、257–276、291–363 及 424–522 位胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
RLIM 可形成同源二聚體，並與 LIM/homeobox 因子（例如 LHX3）互作；與 LDB1、LDB2、SIN3A 及 LIMK1 的互作則屬相似性註記。RLIM 的 N 端與 TERF1 互作，C 端與 ESR1 互作。
疾病與遺傳關聯
RLIM 的基因變異與 Tonne-Kalscheuer syndrome（TOKAS）相關；來源指出此病為 X 連鎖隱性疾病。患者可有早發的整體發展遲緩、智力發展受損、語言遲緩、行為異常、步態異常、特殊臉部特徵、肢體異常及泌尿生殖系統異常。部分病情較嚴重的男性患者會在子宮內發生先天性橫膈膜疝氣，可能導致周產期或早產死亡；帶因女性可能僅有輕微骨骼或荷爾蒙異常。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RLIM 是 E3 ubiquitin-protein ligase，負向共調節 LIM homeodomain transcription factors，促使 LDB1、LDB2 泛素化並降解，也促進 SIN3a/histone deacetylase corepressor complex 募集。它還參與 TERF1 降解相關的端粒長度介導生長抑制，並藉由降解 ZFP42/REX1 促進胚胎 X 染色體隨機失活；其在胚胎幹細胞神經細胞分化調控中的作用為相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin-protein ligase that acts as a negative coregulator for LIM homeodomain transcription factors by mediating the ubiquitination and subsequent degradation of LIM cofactors LDB1 and LDB2 and by mediating the recruitment the SIN3a/histone deacetylase corepressor complex. Ubiquitination and degradation of LIM cofactors LDB1 and LDB2 allows DNA-bound LIM homeodomain transcription factors to interact with other protein partners such as RLIM. Plays a role in telomere length-mediated growth suppression by mediating the ubiquitination and degradation of TERF1. By targeting ZFP42/REX1 for degradation, acts as an activator of random inactivation of X chromosome in the embryo, a stochastic process in which one X chromosome is inactivated to minimize sex-related dosage differences of X-encoded genes in somatic cells of female placental mammals. E3 ubiquitin-protein ligase is required for proper regulation of neural cell differentiation from embryonic stem cells (By similarity) PMID 19164295 ↗ · PMID 19945382 ↗ · PMID 29728705 ↗ · PMID 29742418 ↗ · PMID 33953269 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 29742418 ↗ · PMID 33953269 ↗ |
| 分子活性 | RLIM 相關的酵素活動包括蛋白質修飾，具體類別為蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RLIM 會形成同源二聚體，並與 LIM/homeobox 因子（如 LHX3）、LDB1、LDB2、SIN3A 及 LIMK1 互作；其中部分互作屬相似性註記。RLIM 的 N 端與 TERF1 互作，C 端與 ESR1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Forms homodimers. Interacts with LIM/homeobox factors such as LHX3. Interacts with LDB1, LDB2 and SIN3A (By similarity). Interacts with LIMK1 (By similarity). Interacts (via N-terminus) with TERF1. Interacts (via C-terminus) with ESR1 PMID 19117995 ↗ · PMID 19164295 ↗ · PMID 29742418 ↗ |
| 細胞定位 | RLIM 的細胞內定位為細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | RLIM 基因變異與 Tonne-Kalscheuer syndrome（TOKAS）相關，該病為 X 連鎖隱性疾病，可出現早發發展遲緩、智力與語言發展受損、行為及步態異常、臉部特徵、肢體和泌尿生殖異常。部分重症男性有先天性橫膈膜疝氣，可能周產期或早產死亡；帶因女性可能僅有輕微骨骼或荷爾蒙異常。 | 含實驗來源 | 證據與來源Tonne-Kalscheuer syndrome TOKAS An X-linked recessive disorder characterized by global developmental delay apparent from early infancy, impaired intellectual development, speech delay, behavioral abnormalities, abnormal gait, dysmorphic facial features, limb anomalies, and urogenital abnormalities with hypogenitalism. A subset of more severely affected males develop congenital diaphragmatic hernia in utero, which may result in perinatal or premature death. Carrier females may have very mild skeletal or hormonal abnormalities. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 300978 PMID 25644381 ↗ · PMID 25735484 ↗ · PMID 29728705 ↗ · PMID 33953269 ↗ · PMID 38849204 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCAGTCGTTTCCTGTCGCTGCTTGGTAACAATGGGGAAGA40TAATGGCTGCCTGAGCAACGTCTCCGAGCAGGCGCTGGGC80TAGAGGCGGGTCTCAACCAGCTACTCATTGGAGGCGGGCT120TGAGAGCGGCGGCCAGGGAGGTGCGGAGCAGCCTCGGCGG160CGGCGGCCGAACCAACCGAGTCGGATCCTGACCCTAAAAC200CTAGTATTTTCCACTTGTTCATCAATATGGAAAACTCAGA240TTCCAATGACAAAGGAAGTGGTGATCAGTCTGCAGCACAG280CGCAGAAGTCAGATGGACCGATTGGATCGAGAAGAAGCTT320TCTATCAATTTGTAAATAACCTGAGTGAAGAAGATTATAG360GCTTATGAGAGATAACAATTTGCTAGGCACCCCAGGTGAA400AGTACTGAGGAAGAGTTGCTGAGACGACTACAGCAAATTA440AAGAAGGCCCACCACCGCAAAACTCAGATGAAAATAGAGG480AGGAGACTCTTCAGATGATGTGTCTAATGGTGACTCTATA520ATAGACTGGCTTAACTCTGTCAGACAAACTGGAAATACAA560CAAGAAGTGGGCAAAGAGGAAACCAATCTTGGAGAGCAGT600GAGTCGGACTAATCCAAACAGTGGTGATTTCAGATTCAGT640TTAGAGATAAATGTTAACCGTAATAATGGGAGCCAAAATT680CAGAGAATGAAAATGAGCCATCTGCAAGACGTTCTAGTGG720AGAAAATGTGGAAAACAACAGCCAAAGGCAAGTGGAAAAC760CCACGATCTGAATCAACATCTGCAAGGCCATCTAGATCAG800AACGAAATTCAACTGAAGCGTTAACAGAGGTCCCACCTAC840CAGAGGTCAGAGGAGGGCAAGAAGCAGGAGCCCAGACCAT880CGGAGAACCAGAGCAAGAGCTGAAAGAAGTAGGTCACCTC920TGCATCCAATGAGTGAAATTCCACGAAGATCTCATCATAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。