基因總覽
RLF 基因是蛋白質編碼基因,其產物名稱為 RLF zinc finger。這種蛋白質長 1914 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註解標示多個 C2H2-type zinc finger,並有若干被註解為無序的區域。現有資料將其主要角色概括為可能參與轉錄調控,但未提供更具體的作用方式或調控對象。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000372771 ★ | 40,161,387–40,240,921 | 8 |
| ENST00001118513 | 40,161,357–40,240,921 | 7 |
| ENST00001118514 | 40,161,357–40,212,463 | 6 |
| ENST00001130155 | 40,161,357–40,190,580 | 3 |
| ENST00001145528 | 40,161,357–40,240,921 | 8 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RLF zinc finger 可能參與轉錄調控。此描述保留「可能」的限定,表示現有資料僅支持其與轉錄調控的潛在關聯,並未進一步說明它在轉錄調控中的具體作用、作用方向或所涉及的基因與生物學過程。資料也沒有指出其分子作用方式,因此不能據此判定它如何影響轉錄,或將此角色延伸為已確立的調控機制。
Promoter 與基因調控
>RLF ENST00000372771 GRCh38 chr1:40160387-40161487 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTTCAACTTGTTATACGGAAGTAACACATTTTAATACAGTCAAATCTAAATATTTTCCCTTATGGTTTG TGCTTTTCCGGTCTTATTAAGAAATTCTTAGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTCTAATCCCAGCACTTTG GGAGGCTGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCC ATCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGTATGGTGGCGCATGCATGTAATCCCAGCTGCTCCGGAAGC TGAGGCAGGAGAATGTTTGAACCAAGGAGGCGGAGGTTGCGGTGAGCTGAGATAGCACTGTTGCACTCCA GCCTGGGCAACAAGGGTGAGACTCCGTCTAAAAAAAAAAAAAAAAATTCTTCCCTATTTTTGACATTATA AAGCTATTTTTATTTTCTGAAAAATGTTTGCAGGTCTTTAATCCATCTCGGCCTTATTTTTGGAAATGGT TTGAGGTAGAAATCTAATCATTTATTTCCCTTTTGGAAAAAATGTCTCATCGCCATTTATTGAAGAGTCT GTCCTTTCGCCCACTGACTTGTAATGCCGTCTGTATCATAAACCAAGTTCCCTTGATGTTACTCTTCATT TCGGCCTCACAATCTTTGCTTATTTTCCTTCTACCAGGGATGCTTTTCGCTATGTTCCTTTCAGGGCTAC CTTCCTCTTGTCCCTTCAGATCGCAGTTCAAATGTCATCCCCCTCAAATCTAGATTGCTCTACAGGCATT TCTGGCTCCGTGATCCCATGACCTCAAAGGGGTCTAGGTGGGCATAGCCTCTAGCCAGTTGTTGCTAGGC TGTTGTCAGGACTGGCGATGCGTAGGCCACTGAGAGCACCCGGAGTCCGAGTGACGGAATCAGGCGGGCG CCCGCGTCGCTAAGGAGTGCGTCACAGTGCGCGGGCGGCCGGGGGCAGGGCCAGGGCTGAGTCACGTGGC TTGGTTGCCTACGCGCTGGTGGGCCGTGGGAAGATGGCGGACGGAAAGGGAGACGCCGCCGCTGTCGCCG GGGCTGGGGCTGAGGCTCCGGCGGTAGCGGGAGCCGGAGATGGAGTCGAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RLF_1 ↗ | 1:40,161,387 | 正股 | 40,161,338–40,161,397 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_9KXDN · enhancer · 40160834–40161246 · regulatory
ENSR1_836TRH · promoter · 40161247–40161397 · regulatory
ENSR1_5CG3F9 · CTCF_binding_site · 40161581–40161602 · regulatory
ENSR1_5CG3JM · CTCF_binding_site · 40162303–40162324 · regulatory
· motif · 40160924–40160934 · motif
· motif · 40161110–40161123 · motif
· motif · 40161166–40161181 · motif
· motif · 40161171–40161183 · motif
· motif · 40161174–40161181 · motif
· motif · 40161353–40161361 · motif
· motif · 40161357–40161366 · motif
· motif · 40161357–40161366 · motif
· motif · 40161398–40161408 · motif
· motif · 40161418–40161431 · motif
· motif · 40161446–40161463 · motif
· motif · 40161503–40161510 · motif
· motif · 40161583–40161599 · motif
· motif · 40162305–40162321 · motif
· motif · 40163227–40163236 · motif
· motif · 40163227–40163236 · motif
· motif · 40165578–40165589 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1914 aa
RLF zinc finger 長 1914 個胺基酸,屬於 krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列註解標示 14 個 C2H2-type zinc finger,分布於蛋白質不同區段;另有 7 個區域被註解為無序。這些註解描述序列特徵,未提供各區域的具體功能。
蛋白質三維結構
細胞內定位
資料將 RLF zinc finger 的定位標示為細胞核;未提供定位變化的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- RIT1Q92963 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Rit2P70425 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- Q99IB8Q99IB8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
資料指出 RLF zinc finger 與 RIT1 及 RIT2 有交互作用,但未進一步說明這些關係是否為直接實體結合、是否涉及特定複合體,或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RLF zinc finger 可能參與轉錄調控;此敘述表示其參與具有不確定性,未指出具體調控方式、方向或對象。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RLF zinc finger 與 RIT1 及 RIT2 有交互作用;資料未進一步說明交互作用的性質或功能結果。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | RLF zinc finger 的細胞定位標示為細胞核;此項資訊未提供其他定位條件或動態變化。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GGGCCGTGGGAAGATGGCGGACGGAAAGGGAGACGCCGCC40GCTGTCGCCGGGGCTGGGGCTGAGGCTCCGGCGGTAGCGG80GAGCCGGAGATGGAGTCGAGACTGAGTCCATGGTTCGGGG120TCATCGCCCCGTATCTCCAGCGCCGGGAGCCTCGGGACTG160CGGCCGTGTCTGTGGCAGCTGGAGACAGAGCTGAGGGAGC200AAGAGGTGTCGGAGGTCTCATCTTTGAACTACTGCCGGAG240CTTCTGCCAGACCTTATTGCAATATGCAAGCAACAAGAAT280GCATCAGAACATATTGTGTATCTTCTGGAGGTATATCGAC320TTGCCATCCAAAGCTTTGCCAGTGCACGTCCATACTTAAC360TACTGAATGTGAAGATGTCCTCTTAGTGCTTGGCAGATTA400GTACTGAGTTGTTTCGAATTACTGCTTTCAGTGTCTGAAA440GTGAACTGCCATGTGAAGTCTGGCTACCATTCCTTCAGTC480TCTACAGGAGTCACATGATGCATTATTGGAATTTGGGAAT520AATAACCTACAAATATTGGTTCATGTTACCAAGGAAGGGG560TGTGGAAAAACCCAGTTCTTCTTAAAATTCTGTCTCAACA600GCCAGTAGAAACGGAGGAAGTCAATAAATTGATTGCACAA640GAAGGACCTTCCTTTCTGCAAATGCGAATAAAACATTTGT680TGAAATCTAACTGCATCCCCCAGGCTACTGCTTTATCAAA720ACTATGTGCAGAATCTAAAGAAATTTCAAATGTGTCATCT760TTTCAGCAAGCCTATATCACATGTTTATGTTCTATGCTCC800CTAATGAAGATGCTATTAAGGAGATTGCAAAGGTCGACTG840CAAGGAAGTACTAGACATCATTTGTAATCTGGAATCTGAG880GGGCAGGATAACACAGCATTTGTTCTTTGTACGACTTACC920TTACCCAGCAGCTCCAAACTGCAAGTGTATATTGTTCTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。