演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

RIT1RIBB

Ras like without CAAX 1

RIT1 編碼小型 GTPase 超家族 Ras 家族成員,參與 NGF 刺激相關訊號傳遞與神經元分化,也與 Noonan syndrome 8 相關。

Homo sapiens1q22UniProt Q92963
OFFICIAL SYMBOL
RIT1
CHROMOSOME
1
UNIPROT
Q92963
PDB / ALPHAFOLD
9MEY
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RIT1(Ras like without CAAX 1)是蛋白質編碼基因,其產物 GTP-binding protein Rit1 屬於小型 GTPase 超家族的 Ras 家族。蛋白質全長 219 個胺基酸,C 端第 193 至 219 個胺基酸區域被註記為無序區。現有資料將其主要角色連結至 NGF 相關訊號傳遞與神經元分化,也指出它參與 Ras-MAPK 訊號級聯。這些資料提供 RIT1 的家族歸屬、基本長度與一項結構區域註解;其分子作用及相關生物學過程另見功能說明。

Official symbol
RIT1
Gene name
Ras like without CAAX 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10023
UniProt
Q92963
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
RIBBROC1MGC125864MGC125865RIT

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 11q22
chr1 · 248,956,422 bp · GRCh38chr1p36.33 · 1–2300000 · gnegchr1p36.32 · 2300001–5300000 · gpos25chr1p36.31 · 5300001–7100000 · gnegchr1p36.23 · 7100001–9100000 · gpos25chr1p36.22 · 9100001–12500000 · gnegchr1p36.21 · 12500001–15900000 · gpos50chr1p36.13 · 15900001–20100000 · gnegchr1p36.12 · 20100001–23600000 · gpos25chr1p36.11 · 23600001–27600000 · gnegchr1p35.3 · 27600001–29900000 · gpos25chr1p35.2 · 29900001–32300000 · gnegchr1p35.1 · 32300001–34300000 · gpos25chr1p34.3 · 34300001–39600000 · gnegchr1p34.2 · 39600001–43700000 · gpos25chr1p34.1 · 43700001–46300000 · gnegchr1p33 · 46300001–50200000 · gpos75chr1p32.3 · 50200001–55600000 · gnegchr1p32.2 · 55600001–58500000 · gpos50chr1p32.1 · 58500001–60800000 · gnegchr1p31.3 · 60800001–68500000 · gpos50chr1p31.2 · 68500001–69300000 · gnegchr1p31.1 · 69300001–84400000 · gpos100chr1p22.3 · 84400001–87900000 · gnegchr1p22.2 · 87900001–91500000 · gpos75chr1p22.1 · 91500001–94300000 · gnegchr1p21.3 · 94300001–99300000 · gpos75chr1p21.2 · 99300001–101800000 · gnegchr1p21.1 · 101800001–106700000 · gpos100chr1p13.3 · 106700001–111200000 · gnegchr1p13.2 · 111200001–115500000 · gpos50chr1p13.1 · 115500001–117200000 · gnegchr1p12 · 117200001–120400000 · gpos50chr1p11.2 · 120400001–121700000 · gnegchr1p11.1 · 121700001–123400000 · acenchr1q11 · 123400001–125100000 · acenchr1q12 · 125100001–143200000 · gvarchr1q21.1 · 143200001–147500000 · gnegchr1q21.2 · 147500001–150600000 · gpos50chr1q21.3 · 150600001–155100000 · gnegchr1q22 · 155100001–156600000 · gpos50chr1q23.1 · 156600001–159100000 · gnegchr1q23.2 · 159100001–160500000 · gpos50chr1q23.3 · 160500001–165500000 · gnegchr1q24.1 · 165500001–167200000 · gpos50chr1q24.2 · 167200001–170900000 · gnegchr1q24.3 · 170900001–173000000 · gpos75chr1q25.1 · 173000001–176100000 · gnegchr1q25.2 · 176100001–180300000 · gpos50chr1q25.3 · 180300001–185800000 · gnegchr1q31.1 · 185800001–190800000 · gpos100chr1q31.2 · 190800001–193800000 · gnegchr1q31.3 · 193800001–198700000 · gpos100chr1q32.1 · 198700001–207100000 · gnegchr1q32.2 · 207100001–211300000 · gpos25chr1q32.3 · 211300001–214400000 · gnegchr1q41 · 214400001–223900000 · gpos100chr1q42.11 · 223900001–224400000 · gnegchr1q42.12 · 224400001–226800000 · gpos25chr1q42.13 · 226800001–230500000 · gnegchr1q42.2 · 230500001–234600000 · gpos50chr1q42.3 · 234600001–236400000 · gnegchr1q43 · 236400001–243500000 · gpos75chr1q44 · 243500001–248956422 · gnegRIT1pq1 bp248,956,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr1:155,897,808–155,911,408
Gene span
13,601 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000368323 ★155,897,808–155,911,3496
ENST00000651853155,897,808–155,911,4047
ENST00000539040155,897,808–155,911,3515
ENST00000368322155,897,808–155,910,9156
ENST00000859070155,897,808–155,911,3286
ENST00000912983155,897,808–155,911,4086
ENST00000912984155,897,808–155,911,3845
ENST00001041385155,897,808–155,911,4046
ENST00000609492155,900,594–155,910,8815
ENST00000651833155,904,374–155,911,3815

顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

RIT1 參與神經生長因子(NGF)刺激所引發的訊號傳遞,協助連結 NGF 刺激與 EPHB2、MAPK14 兩條訊號路徑的活化;來源並指出,RIT1 也參與 NGF 依賴的神經元分化。這些描述將其作用放在刺激訊號與下游路徑活化之間,但沒有進一步交代各步驟的分子細節。

RIT1 也參與 ELK1 的轉錄活化,所涉及的路徑為 Ras-MAPK 訊號級聯。此級聯與多種細胞功能有關,包括細胞增殖、存活與分化;因此,RIT1 在這項描述中的功能,是參與透過 Ras-MAPK 路徑促成 ELK1 活化的過程。來源沒有說明 RIT1 對這些細胞功能各自的作用方向或影響程度,故不宜將其延伸為直接促進或抑制特定細胞結果。

RIT1 具有 GTP 水解活性,可將 GTP 與水轉換為 GDP、磷酸根及氫離子。此反應提供其核苷酸水解功能的直接描述;來源未進一步說明水解速率或該反應如何調節前述訊號路徑。

此外,LZTR1 可辨識 RIT1,並透過 BCR(BTB-CUL3-RBX1)E3 ubiquitin-protein ligase complex 介導 RIT1 的泛素化。這項資料指出 RIT1 可受到特定辨識與泛素化機制作用,但未在此處說明其後續結果或對細胞功能的影響。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 155911349 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RIT1 ENST00000368323 GRCh38 chr1:155911249-155912349 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTTATAGGCGCATGCCACCACACCCA
GCTAATTCTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGTTTTACATGTTGGCCAGGATGGTCTCTTATTTCTTGACC
TCATGACTCACCTGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGCCCGGCC
CAGAAAGACATTTAAAAAGAACAGTGGTAGGCAGAGCTGCATGAGAACAATTTTCGTGTCAGTTTCTTCT
AGCACCTGTGCTACGTAAATAGAGGGGAATATGGTTATAGTGGCTGCGCTTCAGTTCTGTATTTAACTCA
AGGCCTCTGTTAACTCAGAGCTCTCTTTCCTGCCAGAGTGTGGTACATTTATTTAAAACAAGTTTTTGTG
TGTCTTATACGTGTTTAAAATACATACAGAACTCTGATTAGGGAGTGTTGTGAACATCTGGTTTCTGAGA
ATGAATTTAGGTTTCAATAGCAAAAGTCATTGTGGCCGCTCCTTTAGGAAAGTCATTTTTCTCCTATGAG
TAGTCATCCCCGGTAGACTTGACTGAAATCCTGTGTTTTAGGAGGATTTGGGGGGTGCCCCTGTCCTCCC
TTCCTCTCATTACATTGGGTCAAATTAGTTTTGGGTTTTTTTTTTTCCCACAAGCAGCAAACAACCCTCG
GTAAGTTGTTAATTTAAGTGTCCCTGCATGTCTCTTATCACGTACTCCCTTCCCTTTTGTGTAAATAATT
TACTTTCTACTCGTGATTAAATACCCTTGTCTGTGAGTGCATACACCCTAGGTTGGGTAGGTGACCAGAG
GACCTTCAGCGGTGGGTCCCGGAACTGGGTTTTAGGGACCTGGGAGGGGCGGGAAGAGGGCGGGGCAGGC
TGTGGGCGTCACTGAGTGGCCCCGCCCCTCCTTCCGCGACTCGGGCGCCGGTGGCGCCATCTTACTCGGT
TGCGGGAGGGGTCACAGGTCAGTGCCGGAGCCTCCGCGAGTGAAGGAAGACGAAGTGCGTGACCCGACCG
GCTGTGGTGTTCCAGTCCCCACTGACCAGTAGGAGCAGCAGGGCGTCGGCT
RIT1 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
RIT1_2 ↗1:155,910,957負股155,910,947–155,911,006
RIT1_1 ↗1:155,911,349負股155,911,339–155,911,398

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR1_949TST · enhancer · 155909915–155910286 · regulatory

ENSR1_B35XFL · promoter · 155910905–155911894 · regulatory

ENSR1_53CN5QT · CTCF_binding_site · 155911352–155911373 · regulatory

· motif · 155910851–155910864 · motif

· motif · 155910851–155910864 · motif

· motif · 155911003–155911025 · motif

· motif · 155911003–155911025 · motif

· motif · 155911136–155911158 · motif

· motif · 155911349–155911362 · motif

· motif · 155911352–155911364 · motif

· motif · 155911354–155911370 · motif

· motif · 155911355–155911362 · motif

· motif · 155911411–155911421 · motif

· motif · 155911444–155911454 · motif

· motif · 155911483–155911492 · motif

· motif · 155911660–155911675 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:219 aa

1 aa219 aa功能區域
依 Q92963 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

GTP-binding protein Rit1 屬於小型 GTPase 超家族的 Ras 家族,長度為 219 個胺基酸。其 C 端第 193 至 219 個胺基酸區域註記為無序區。

功能區域Disordered193–219 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 9MEY…

PDB · 9MEY

X-ray · 2.95 A · A/C=2-197

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

RIT1 的定位註記為細胞膜;來源未提供其他定位或條件性變化的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 5 個夥伴 · 最多顯示 50 個
RIBBRIT1CDC42PAK1RAC1RGL3RLF
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

RIT1 與 AFDN、RALGDS 的 C 端結構域及 RLF 有互作,與 RIN1、PIK3CA 則無互作。RLF 僅結合活化的 GTP 結合型 RIT1。RIT1 與 BRAF 強烈互作,與 RAF1 的互作較弱,且兩者的結合均依賴 GTP 結合狀態;原文此處將 BRAF 拼作「BARF」。RGL3 的互作屬 By similarity。GDP 結合型 RIT1 與 LZTR1 互作,並由此介導 BCR E3 ligase complex 對 RIT1 的泛素化。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

RIT1 與 Noonan syndrome 8(NS8)相關,來源描述此病症由影響該基因的變異所致。Noonan syndrome 可有身材矮小、眼距過寬、眼裂向下傾斜、低位且向後旋轉的耳朵,並有較高比例的先天性心臟缺陷與肥厚型心肌病。其他可能特徵包括短頸或頸部蹼狀皮膚、聽力障礙、動作發展遲緩、程度不一的智能缺損、多種骨骼缺陷、隱睪及出血傾向。患者也有罹患幼年型骨髓單核球性白血病的風險;此為骨髓增殖性疾病,特徵是骨髓單核球系細胞過量生成。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

5 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 5 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能RIT1 參與 NGF 刺激與 EPHB2、MAPK14 訊號路徑活化之間的連結,也參與 NGF 依賴的神經元分化。此外,它透過 Ras-MAPK 訊號級聯參與 ELK1 轉錄活化;該級聯涉及細胞增殖、存活與分化。LZTR1 可辨識 RIT1,並介導 BCR(BTB-CUL3-RBX1)E3 ubiquitin-protein ligase complex 對其進行泛素化。含實驗來源
證據與來源

Plays a crucial role in coupling nerve growth factor (NGF) stimulation to the activation of both EPHB2 and MAPK14 signaling pathways and in NGF-dependent neuronal differentiation. Involved in ELK1 transactivation through the Ras-MAPK signaling cascade that mediates a wide variety of cellular functions, including cell proliferation, survival, and differentiation. Recognized by LZTR1, which mediates its ubiquitination by a BCR (BTB-CUL3-RBX1) E3 ubiquitin-protein ligase complex

PMID 15632082 ↗ · PMID 23791108 ↗ · PMID 40934300 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性GTP + H2O = GDP + phosphate + H(+)含實驗來源
證據與來源

GTP + H2O = GDP + phosphate + H(+)

PMID 10545207 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用RIT1 與 AFDN、RALGDS 的 C 端結構域及 RLF 互作,但不與 RIN1、PIK3CA 互作;RLF 僅結合活化的 GTP 結合型 RIT1。RIT1 與 BRAF 強烈互作,與 RAF1 的互作較弱,兩者的結合依賴 GTP 結合狀態。與 RGL3 的互作屬 By similarity。GDP 結合型 RIT1 與 LZTR1 互作,並介導 BCR E3 ligase complex 對 RIT1 的泛素化。含實驗來源
證據與來源

Interacts with AFDN, the C-terminal domain of RALGDS and RLF, but not with RIN1 and PIK3CA. RLF binds exclusively to the active GTP-bound form. Strongly interacts with BRAF, but only weakly with RAF1. BARF and RAF1 association is dependent upon the GTP-bound state. Interacts with RGL3 (By similarity). Interacts (GDP-bound form) with LZTR1; this interaction mediates RIT1 ubiquitination by BCR E3 ligase complex

PMID 40934300 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位RIT1 的定位註記為細胞膜。資料庫紀錄
證據與來源

Cell membrane

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯Noonan syndrome 8(NS8)由影響 RIT1 的變異所致。此病可見身材矮小、眼距過寬、眼裂向下傾斜、低位且向後旋轉的耳朵,並常伴先天性心臟缺陷與肥厚型心肌病;其他可能特徵包括短頸或頸部蹼狀皮膚、聽力障礙、動作發展遲緩、程度不一的智能缺損、骨骼缺陷、隱睪及出血傾向。患者有罹患幼年型骨髓單核球性白血病的風險,此病為骨髓增殖性疾病,具有骨髓單核球系細胞過量生成的特徵。含實驗來源
證據與來源

Noonan syndrome 8 NS8 A form of Noonan syndrome, a disease characterized by short stature, facial dysmorphic features such as hypertelorism, a downward eyeslant and low-set posteriorly rotated ears, and a high incidence of congenital heart defects and hypertrophic cardiomyopathy. Other features can include a short neck with webbing or redundancy of skin, deafness, motor delay, variable intellectual deficits, multiple skeletal defects, cryptorchidism, and bleeding diathesis. Individuals with Noonan syndrome are at risk of juvenile myelomonocytic leukemia, a myeloproliferative disorder characterized by excessive production of myelomonocytic cells. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 615355

PMID 23791108 ↗ · PMID 25959749 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 5 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000368323 · 3,390 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTGCCGGAGCCTCCGCGAGTGAAGGAAGACGAAGTGCGT40
41GACCCGACCGGCTGTGGTGTTCCAGTCCCCACTGACCAGT80
81AGGAGCAGCAGGGCGTCGGCTTGTGAGGTGGCTTTTCCTC120
121GGGGCAACCGAGGAAGGCCCCAAGAGGACAATGGATTCTG160
161GAACTCGCCCAGTTGGTAGCTGCTGTAGCAGCCCCGCTGG200
201GCTCTCACGGGAGTACAAACTAGTGATGCTGGGTGCTGGT240
241GGTGTAGGGAAGAGTGCCATGACCATGCAGTTCATCAGCC280
281ACCGATTCCCAGAAGATCATGATCCCACCATTGAAGATGC320
321TTATAAGATCAGGATCCGTATTGATGATGAGCCTGCCAAT360
361CTGGACATTTTGGATACAGCTGGACAGGCAGAGTTTACAG400
401CCATGCGGGACCAGTATATGAGGGCAGGAGAAGGGTTTAT440
441CATCTGTTACTCTATCACGGATCGTCGAAGTTTCCATGAA480
481GTTCGTGAGTTTAAACAGCTTATTTATCGAGTCCGACGTA520
521CTGACGATACACCTGTGGTTCTTGTGGGAAACAAGTCAGA560
561CCTCAAACAGCTAAGACAGGTCACCAAGGAAGAAGGATTG600
601GCCTTGGCCCGAGAATTCAGCTGTCCCTTTTTTGAGACAT640
641CTGCTGCATACCGCTACTATATTGATGATGTTTTCCATGC680
681CCTTGTACGGGAGATACGTAGGAAAGAAAAGGAGGCAGTA720
721CTGGCCATGGAGAAAAAATCTAAGCCCAAAAACAGTGTAT760
761GGAAGAGGCTAAAATCACCATTCCGGAAGAAGAAAGATTC800
801AGTAACTTGAAGAGAAGATGTGAAGTGTTTATCTGTGAAC840
841TGCAGTGCTGTATCAAAGCAGTCCAGTAACCTGCAGTACT880
881GAGTATGGTGCTTGCTCTTTCACTTAACTGATAAGAGGGA920
921CATGCCTACTAGGAGTTTTTAATGATGTGGTATTTAAAGT960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。