基因總覽
RIOK3（RIO kinase 3）是由蛋白質編碼基因產生的蛋白質，屬於蛋白質激酶超家族中的 RIO-type Ser/Thr kinase 家族。其蛋白質長度為 519 個胺基酸，結構包含位於 C 端的 protein kinase 結構域；N 端則有 ubiquitin interaction motif（UIM）及 ribosome-binding region（RBR），另有一段被註記為無序區域。這些序列特徵與其作為激酶、參與核糖體品質管制的角色相符。RIOK3 也與免疫訊號調節相關，但其具體作用依不同途徑而異。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000339486 ★ | 23,453,287–23,483,140 | 13 |
| ENST00000581585 | 23,453,271–23,483,140 | 13 |
| ENST00000577501 | 23,453,271–23,483,140 | 13 |
| ENST00000871584 | 23,453,271–23,483,140 | 12 |
| ENST00000871585 | 23,453,271–23,483,140 | 12 |
| ENST00000871586 | 23,453,271–23,483,140 | 14 |
| ENST00000871587 | 23,453,271–23,483,140 | 12 |
| ENST00000871588 | 23,453,271–23,483,140 | 11 |
| ENST00000871589 | 23,453,271–23,483,140 | 13 |
| ENST00000928585 | 23,453,271–23,483,140 | 13 |
| ENST00000966655 | 23,453,271–23,483,140 | 11 |
| ENST00000966656 | 23,453,271–23,483,140 | 14 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RIOK3 參與停滯核糖體的品質管制。此過程會促進非功能性 18S rRNA 的降解，並導致 40S 核糖體次單元被分解。RIOK3 位於 RNF10 下游，可辨識並結合經 RNF10 單泛素化的 RPS2/us5 與 RPS3/us3；其促進 40S 次單元降解的作用具有激酶依賴性。這套 RNF10–RIOK3 品質管制可在核糖體次單元失衡時發生，也可位於 EIF2AK4/GCN2 介導的整合型壓力反應（ISR）下游。
RIOK3 亦參與第一型干擾素（IFN）依賴的免疫反應調節。來源指出，它可能作為接頭蛋白，協助 TBK1 募集至 IRF3；此描述保留了可能性的限定。另一項作用是磷酸化 IFIH1 的 Ser-828，干擾 IFIH1 在長雙股 RNA 上組裝成絲狀結構，並使 IFIH1 訊號減弱。
此外，RIOK3 可抑制 CASP10 isoform 7 介導的 NF-κB 訊號路徑活化。這些功能分別涉及核糖體品質管制與免疫訊號調節；現有資料支持其作用方向與條件，但未提供足以進一步說明各途徑之間關聯的內容。
Promoter 與基因調控
>RIOK3 ENST00000339486 GRCh38 chr18:23452287-23453387 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TGTGTGCTAATGGAAATCATTAAGATCAGTAACCCAGGGCTCTCAAGTATGGACAGTTAGAGATACTGAC TCGGAACTGAGATTTAGGGAAAACAGTTATTCAGTACCTATTTCTAGAATGTTTGAATATACAACATATA GACAGTGTATAGTTTATAGTCAAAATATAATGTACAGCCAGTCCAGTTCCCAAACCGATTGTCTGGGTTC ACCCCTTATTAGCTTTGCCACTTGTTATCTGTGTGACCTCAACTAAATTACTTTACCTCTCTGTGCCTCA GTTTCAATATCAGTAAAATAGAGATAATGACAGAATTTAGCTCTCACGGTAATTTTGAGGACTAAAAAGT TAATGAAAGATTTGAACAGTGCATTGATATACTAAGTGAAATGCAATGTTTAGTTATCTTTTATCTGGTC ATTTTATTAGAATCTCTACAAAATACAGAAACAAAAGTTTTATTATGCAGTCTTATTTTTGTTCACTGTT ACGTAACACATTTTACACATTTTCCGCATTCCACGCCCCGCCCTTCAACAACAACCACCACAAACTCCGA CCGTCCTTTCCAGGCCCTTTCCCTCTATAAACCTGCCGTTTTCTGTCTCCCAAGTCATCCCAGTTTAGAA CTGCTCCAGGAAATAATGAATGAACAGAGAGAGCCTAGTTTGTTTATTTATTTACAATCCACTAGTCTAA TCTAGTTTAGATCCAGCGGCAATTTTTGGGGTGCCAAGGAGGAAAGAAGGAGATGGCAGTGCGGGGACAG GGCAGAGCCTGGGCCAAAGGAAGCCACACCCAGTTCTTGCCCTGCCCTGCCCGACACAGGCAACGTGACC CCAAGCGACAGCCAGCTGATGCTTGCTTCTCCGAGCCCGGCGGTCAGCAGCCGGAAGTAGCCCGCCCGGG GGCGGGGAAAGGTGCCTTAAGGAGGAGCTAGGGGCGTGCGGCCAATTGCAAGCGACTGTCCTAGCGAAGA GGGCGGAAGAGGAGAGATCCAGTTCCGGACGCGGCCGCCGCCGTCGCCGCCATCTGTCACCTCCACTCCG GCATCAGCAGCCAGTCGCCCGTGTCCCGCCTGTCTCCTCGGCGGAGCCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RIOK3_2 ↗ | 18:23,452,823 | 正股 | 23,452,774–23,452,833 |
| RIOK3_1 ↗ | 18:23,453,287 | 正股 | 23,453,238–23,453,297 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR18_B6MN4 · promoter · 23452797–23453318 · regulatory
ENSR18_B6MN7 · enhancer · 23453319–23454255 · regulatory
ENSR18_9CBCR · enhancer · 23455052–23455320 · regulatory
· motif · 23451815–23451827 · motif
· motif · 23451817–23451824 · motif
· motif · 23451942–23451957 · motif
· motif · 23451947–23451959 · motif
· motif · 23451950–23451957 · motif
· motif · 23452771–23452786 · motif
· motif · 23452771–23452786 · motif
· motif · 23452772–23452785 · motif
· motif · 23452772–23452785 · motif
· motif · 23452774–23452783 · motif
· motif · 23452774–23452783 · motif
· motif · 23452795–23452806 · motif
· motif · 23452801–23452810 · motif
· motif · 23452831–23452846 · motif
· motif · 23452920–23452931 · motif
· motif · 23453121–23453128 · motif
· motif · 23453122–23453137 · motif
· motif · 23453174–23453185 · motif
· motif · 23453174–23453185 · motif
· motif · 23453176–23453185 · motif
· motif · 23453311–23453321 · motif
· motif · 23453346–23453362 · motif
· motif · 23457024–23457037 · motif
· motif · 23457024–23457037 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：519 aa
RIOK3 長 519 個胺基酸，屬於 RIO-type Ser/Thr kinase 家族。第 251–519 位胺基酸為 protein kinase 結構域；第 60–105 位為 ubiquitin interaction motif（UIM），第 167–230 位為 ribosome-binding region（RBR）。第 121–159 位則註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RIOK3 位於細胞質與胞質溶膠。 來源未提供其在不同條件下的定位變化或異構型間的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- CASP10Q92851 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- IFIH1Q9BYX4 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- IRF3Q14653 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- TBK1Q9UHD2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RIOK3 與 CASP10、IRF3 有互作紀錄；它可能介導 TBK1 與 IRF3 的互作，但此處描述的是可能的功能性中介關係。RIOK3 也與 40S 前核糖體顆粒相關聯；來源未將此描述為特定的直接結合。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RIOK3 參與停滯核糖體的品質管制，促進非功能性 18S rRNA 降解及 40S 核糖體次單元分解。它在 RNF10 下游辨識並結合 RNF10 單泛素化的 RPS2/us5 與 RPS3/us3，且促進次單元降解的作用依賴激酶活性。此管制可因核糖體次單元失衡或位於 EIF2AK4/GCN2 介導的整合型壓力反應下游而發生。RIOK3 也可能協助 TBK1 募集至 IRF3、磷酸化 IFIH1 Ser-828 以減弱其訊號，並抑制 CASP10 isoform 7 介導的 NF-κB 訊號活化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Serine/threonine-protein kinase involved in a ribosome quality control that takes place when ribosomes have stalled, leading to 18S non-functional rRNA decay and degradation of the 40S ribosomal subunit. Acts downstream of RNF10: specifically recognizes and binds RPS2/us5 and RPS3/us3 monoubiquitinated by RNF10, promoting degradation of the 40S ribosomal subunit in a kinase-dependent manner. The RNF10-RIOK3 ribosome quality control takes place in response to ribosome subunit imbalance or downstream the EIF2AK4/GCN2-mediated integrated stress response (ISR). Also involved in regulation of type I interferon (IFN)-dependent immune response, possibly by acting as an adapter protein essential for the recruitment of TBK1 to IRF3. Phosphorylates IFIH1 on 'Ser-828' interfering with IFIH1 filament assembly on long dsRNA and resulting in attenuated IFIH1-signaling. Can inhibit CASP10 isoform 7-mediated activation of the NF-kappa-B signaling pathway PMID 19557502 ↗ · PMID 24807708 ↗ · PMID 25865883 ↗ · PMID 39947182 ↗ · PMID 39947183 ↗ · PMID 40022732 ↗ |
| 分子活性 | L-seryl-[protein] + ATP = O-phospho-L-seryl-[protein] + ADP + H(+) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | L-threonyl-[protein] + ATP = O-phospho-L-threonyl-[protein] + ADP + H(+) | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | RIOK3 與 CASP10、IRF3 有互作紀錄，並與 40S 前核糖體顆粒相關聯。來源另指出，RIOK3 可能介導 TBK1 與 IRF3 的互作；此為可能性描述，與已列出的互作及顆粒關聯應分開理解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with CASP10. Interacts with IRF3; RIOK3 probably mediates the interaction of TBK1 with IRF3. Associated with 40S pre-ribosomal particles PMID 19557502 ↗ · PMID 22072790 ↗ · PMID 22418843 ↗ · PMID 24807708 ↗ |
| 細胞定位 | RIOK3 的定位記錄為細胞質與胞質溶膠。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTTCCGGACGCGGCCGCCGCCGTCGCCGCCATCTGTCAC40CTCCACTCCGGCATCAGCAGCCAGTCGCCCGTGTCCCGCC80TGTCTCCTCGGCGGAGCCTGCTGCCCGTCCTGCCACCTCT120CTGCTCTGTTCTTGTCTCTGCCTTCATTCCCGAATGGATC160TGGTAGGAGTGGCATCGCCTGAGCCCGGGACGGCAGCGGC200CTGGGGACCCAGCAAGTGTCCATGGGCTATTCCTCAAAAT240ACAATATCTTGTTCTTTGGCTGATGTAATGAGTGAACAGC280TGGCCAAAGAATTGCAGTTAGAAGAAGAAGCTGCCGTTTT320TCCTGAAGTTGCTGTTGCTGAAGGACCATTTATTACTGGA360GAAAACATTGATACTTCCAGTGACCTTATGCTGGCTCAGA400TGCTACAGATGGAATATGACAGAGAATATGATGCACAGCT440TAGGCGTGAAGAAAAAAAATTCAATGGAGATAGCAAAGTT480TCCATTTCCTTTGAAAATTATCGAAAAGTGCATCCTTATG520AAGACAGCGATAGCTCTGAAGATGAGGTTGACTGGCAGGA560TACTCGTGATGATCCCTACAGACCAGCAAAACCGGTTCCC600ACTCCTAAAAAGGGCTTTATTGGAAAAGGAAAAGATATCA640CCACCAAACATGATGAAGTAGTATGTGGGAGAAAGAACAC680AGCAAGAATGGAAAATTTTGCACCTGAGTTTCAGGTAGGA720GATGGAATTGGAATGGATTTAAAACTATCAAACCATGTTT760TCAATGCTTTAAAACAACATGCCTACTCAGAAGAACGTCG800AAGTGCCCGCCTACATGAGAAAAAGGAGCATTCTACAGCA840GAAAAAGCAGTTGATCCTAAGACACGTTTACTTATGTATA880AAATGGTCAACTCTGGAATGTTGGAGACAATCACTGGCTG920TATTAGTACAGGAAAGGAGTCTGTTGTCTTTCATGCATAT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。