基因總覽
ring finger protein 1 是由 RING1 編碼的蛋白質，屬於 Polycomb group（PcG）相關多蛋白複合體的組成成員。它參與 PRC1-like 複合體，這類複合體與發育過程中多種基因轉錄抑制狀態的維持有關，所涉及的基因包括 Hox genes。RING1 具有 RING-type zinc finger 結構；來源指出它與 RNF2/RING2 在組蛋白 H2A 泛素化中的作用並不相同，可能較偏向調節 RNF2/RING2 的活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000374656 ★ | 33,208,500–33,212,716 | 7 |
| ENST00000869799 | 33,208,033–33,212,716 | 6 |
| ENST00000869800 | 33,208,033–33,212,716 | 7 |
| ENST00000869801 | 33,208,033–33,212,716 | 5 |
| ENST00000930482 | 33,208,033–33,212,716 | 7 |
| ENST00000930483 | 33,208,033–33,212,716 | 7 |
| ENST00000961973 | 33,208,033–33,212,716 | 6 |
| ENST00001129865 | 33,208,033–33,210,629 | 4 |
| ENST00001133607 | 33,208,033–33,212,716 | 7 |
| ENST00000869802 | 33,208,720–33,212,716 | 6 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RING1 參與組蛋白 H2A Lys-119 的單泛素化調控。這種修飾可作為表觀遺傳轉錄抑制的標記，並與雌性哺乳類的 X 染色體失活有關。來源將 RING1 列為介導此修飾的 E3 ubiquitin-protein ligase 之一，但也指出，相較於 RNF2/RING2，RING1 並不具備對組蛋白 H2A 的主要 E3 泛素連接酶活性，可能更像是 RNF2/RING2 活性的調節者。
RING1 是 PRC1-like 複合體的重要成分。PcG PRC1 複合體藉由染色質重塑及組蛋白修飾，維持許多基因的轉錄抑制狀態；這種調控可使染色質的基因表現能力產生可遺傳的改變。相關基因包括 Hox genes，且此類抑制狀態在發育過程中需要維持。來源亦將 RING1 的分子活動歸入蛋白質修飾與蛋白質泛素化。
一項探討細胞重編程的研究指出，USP26 可藉由移除 K48-linked polyubiquitination，使 PRC1 的 CBX4 與 CBX6 蛋白較為穩定；累積的 CBX4、CBX6 隨後透過 PRC1 複合體抑制 Sox2、Nanog 等 pluripotency genes 的表現，並在其啟動子處促進組蛋白 H2A 泛素化。這項研究呈現的是 USP26 與 PRC1 成分在細胞重編程中的調控關係，並未將該作用歸因於 RING1 本身。
Promoter 與基因調控
>RING1 ENST00000374656 GRCh38 chr6:33207500-33208600 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCAGCCCAAGTCCGGGAGCCTCAGCTCGGGCGGGGACAAGATGCCCATCAGGGTCTCTAACTGCCCCCCA CCCCCTCGCCCTGTATCCCTCTCATTCCCTACACTCAATGGGGATCGCTCTGCCCCTTCCTCTTCTCTTT CCTCCCCATCCCCTTCGTTTACTCTAGAGTCCTCGAAGAGGCTTCTGCCCACTTCCCACTCCAGACATTC TGCCCCTGTGTACCCCACCCACACGCGCACCCCCCCTTCCCAATGGGAGCTCCATCTTGTGTATGTCCCT GTTTCCGCGTGGTGTCTCCATTCCCCCTTTCCTCCCGTGCGCCTCCCTCCCTTCCCCGCCCCGGGCCGCG GCTCCTGATTGTCCAAACGCAATTCTCGAGTCTATGGCTCCGGCCGAGAGTTGAGTCTGGACGTCCCGAG CCGCCGCCCCCAAACCTCGAGCGGGAGAGCGGGTCGGAGGGTCTAGGGAGAGCCAAAGCAGAGGGTGGAG GGAGTCCCCAGGGTGGTAAGGGGAATCCCGGGCACATCGGGACCTAGGTGTGTTCTCAGGACTAGAAGGC TAAAGCGGCAGATCTTTTGCAGCCTTTTCCCCCGGGATCCTGGAATGGGGGTTACGGAGAAGTGAGGGGG GTTGATCCCCAGAGTCGCCAGGGTACGCAGAGTGGGGGAGGTAGCCCTTTTCACGAGCCCTCTGTCCCCT CCTGGGGTCCCAGATATTCCAGGCCCCGGCCCCCCGGAGCTGAGGCCCCGCGTGGGGGCCTCTGGAAGGG AACCGAGGCTAAGGTTGTTGGCCGCGCGACGGTGCTGGGCCGGGGGCGGAGACCGTGGTTCCCTAAGTGG CGCAGAACTCCCGGGACGCAGGATCCTCACGCGGGACGAGCCCGTCCCGTGGGCGGGAGAACCGCGGCGT CCACGTCCCGTCCCACCCGCGCCGCGAATGGTGGGTGACGTCTCCGCCGGCGGGGGGAGCGGGTGTAGCG GAGGAGCAGGCGGAAGTGACGTAGGGCCCCAGCGCCCGGGCCATGGCGGCGGCGGTGGCGGGAGCTGCTG TCTGAGCAGCGGTTGCGGACCGAGCGAACTTGGCCCAGGAGCCCGGGCCTA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RING1_1 ↗ | 6:33,208,500 | 正股 | 33,208,451–33,208,510 |
| RING1_2 ↗ | 6:33,208,806 | 正股 | 33,208,757–33,208,816 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_9H6SQ · promoter · 33204165–33204665 · regulatory
ENSR6_59RTMF · CTCF_binding_site · 33205327–33205348 · regulatory
ENSR6_9H6TF · promoter · 33206459–33206959 · regulatory
ENSR6_59RW3M · CTCF_binding_site · 33207755–33207776 · regulatory
ENSR6_9H6TT · promoter · 33208010–33208510 · regulatory
ENSR6_73XPJS · enhancer · 33208511–33208627 · regulatory
ENSR6_9H6W3 · promoter · 33208628–33209128 · regulatory
ENSR6_59RWQB · CTCF_binding_site · 33211788–33211809 · regulatory
ENSR6_59RWQJ · CTCF_binding_site · 33211834–33211855 · regulatory
ENSR6_C59ZL · enhancer · 33212997–33214594 · regulatory
· motif · 33204167–33204187 · motif
· motif · 33204301–33204311 · motif
· motif · 33204346–33204366 · motif
· motif · 33204390–33204400 · motif
· motif · 33204393–33204403 · motif
· motif · 33204455–33204466 · motif
· motif · 33204459–33204469 · motif
· motif · 33204516–33204526 · motif
· motif · 33204607–33204617 · motif
· motif · 33204645–33204656 · motif
· motif · 33204650–33204660 · motif
· motif · 33204654–33204669 · motif
· motif · 33204662–33204672 · motif
· motif · 33204741–33204756 · motif
· motif · 33204761–33204773 · motif
· motif · 33204763–33204770 · motif
· motif · 33204769–33204779 · motif
· motif · 33204769–33204782 · motif
· motif · 33204791–33204808 · motif
· motif · 33204796–33204808 · motif
· motif · 33204799–33204813 · motif
· motif · 33204799–33204814 · motif
· motif · 33204800–33204813 · motif
· motif · 33204833–33204846 · motif
· motif · 33204836–33204848 · motif
· motif · 33204839–33204853 · motif
· motif · 33204839–33204854 · motif
· motif · 33204840–33204853 · motif
· motif · 33205190–33205206 · motif
· motif · 33205249–33205266 · motif
· motif · 33205317–33205330 · motif
· motif · 33205317–33205330 · motif
· motif · 33205329–33205345 · motif
· motif · 33205491–33205508 · motif
· motif · 33205535–33205547 · motif
· motif · 33205557–33205564 · motif
· motif · 33205701–33205716 · motif
· motif · 33207757–33207773 · motif
· motif · 33207992–33208005 · motif
· motif · 33207992–33208005 · motif
· motif · 33208085–33208098 · motif
· motif · 33208085–33208098 · motif
· motif · 33208306–33208319 · motif
· motif · 33208383–33208396 · motif
· motif · 33208486–33208497 · motif
· motif · 33208486–33208497 · motif
· motif · 33208488–33208497 · motif
· motif · 33208520–33208530 · motif
· motif · 33208522–33208535 · motif
· motif · 33208607–33208620 · motif
· motif · 33208610–33208623 · motif
· motif · 33208660–33208673 · motif
· motif · 33208666–33208679 · motif
· motif · 33208672–33208685 · motif
· motif · 33208949–33208964 · motif
· motif · 33208956–33208971 · motif
· motif · 33211790–33211806 · motif
· motif · 33211836–33211852 · motif
· motif · 33212952–33212963 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：406 aa
ring finger protein 1 長 406 個胺基酸，含有位於第 48–88 位的 RING-type zinc finger。第 30–234 位區段與轉錄抑制所需功能相關；第 230–406 位區段與 CBX2 互作所需功能相關。註解另標示第 148–263 位及第 309–354 位為無序區，並在第 201–204 位標示核定位訊號。
蛋白質三維結構
細胞內定位
ring finger protein 1 位於細胞核，也見於細胞核斑點。 來源未提供定位改變的條件或異構型間差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 25 個夥伴
- BMI1P35226 · UniProt INTERACTION · 23 experiments
- CASP6P55212 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBX6O95503 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- CBX7O95931 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CBX8Q9HC52 · UniProt INTERACTION · 18 experiments
- DMWDG5E9A7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LAMP2P13473-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NFKBIDQ8NI38 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PCGF1Q9BSM1 · UniProt INTERACTION · 11 experiments
- PCGF2P35227 · UniProt INTERACTION · 16 experiments
- PCGF3Q3KNV8 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- PCGF5Q86SE9 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- PCGF6Q9BYE7 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- RNF2Q99496 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- RYBPQ8N488 · UniProt INTERACTION · 24 experiments · 2 筆來源紀錄
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TP53P04637 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- UBE2D1P51668 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- UBE2D2P62837 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- UBE2D4Q9Y2X8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- UBE2KP61086 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- USP11P51784 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- USP7Q93009 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- YAF2Q8IY57 · UniProt INTERACTION · 11 experiments · 2 筆來源紀錄
- ZIM3Q96PE6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
RING1 是染色質相關 Polycomb 複合體、PRC1-like 複合體及 E2F6.com-1 複合體的組成成員；亦列為含 Polycomb group 子複合體的抑制性 BCOR 複合體成分。來源記載它與 BMI1、CBX2、PCGF6、PCGF2、RNF2、CBX6、CBX7、CBX8、PHC2、MN1 及 USP26 有互作，其中 BMI1 與 PHC2 的互作標示為 By similarity。E2F6.com-1 的列示組成包含 E2F6、MGA、MAX、TFDP1、CBX3、BAT8、EUHMTASE1、RING1、RNF2/RING2 MBLR、L3MBTL2 與 YAF2，且該複合體與 G0 phase 相關。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RING1 參與組蛋白 H2A Lys-119 的單泛素化，該修飾可作為表觀遺傳轉錄抑制標記，並參與雌性哺乳類的 X 染色體失活。它是 PRC1-like 複合體的重要成分，與發育期間維持包括 Hox genes 在內的多種基因轉錄抑制狀態有關；相較 RNF2/RING2，RING1 並非組蛋白 H2A 的主要 E3 活性來源，可能調節 RNF2/RING2 活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Constitutes one of the E3 ubiquitin-protein ligases that mediate monoubiquitination of 'Lys-119' of histone H2A, thereby playing a central role in histone code and gene regulation. H2A 'Lys-119' ubiquitination gives a specific tag for epigenetic transcriptional repression and participates in X chromosome inactivation of female mammals. Essential component of a Polycomb group (PcG) multiprotein PRC1-like complex, a complex class required to maintain the transcriptionally repressive state of many genes, including Hox genes, throughout development. PcG PRC1 complex acts via chromatin remodeling and modification of histones, rendering chromatin heritably changed in its expressibility. Compared to RNF2/RING2, it does not have the main E3 ubiquitin ligase activity on histone H2A, and it may rather act as a modulator of RNF2/RING2 activity PMID 16359901 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 資料庫紀錄 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. |
| 分子活性 | RING1 相關的功能分類包含蛋白質修飾與蛋白質泛素化；此註記未進一步說明特定受質、細胞條件或實驗結果。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | RING1 是染色質相關 Polycomb、PRC1-like、E2F6.com-1 及抑制性 BCOR 複合體的成分。來源另記載其與 BMI1、CBX2、PCGF6、PCGF2、RNF2、CBX6、CBX7、CBX8、PHC2、MN1 及 USP26 互作；BMI1、PHC2 的互作標為 By similarity。E2F6.com-1 與 G0 phase 相關，來源列出其多個組成成員。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of chromatin-associated Polycomb (PcG) complexes. Interacts with BMI1 (By similarity). Part of the E2F6.com-1 complex in G0 phase composed of E2F6, MGA, MAX, TFDP1, CBX3, BAT8, EUHMTASE1, RING1, RNF2/RING2 MBLR, L3MBTL2 and YAF2. Interacts with CBX2 and PCGF6. Component of a PRC1-like complex. Component of repressive BCOR complex containing Polycomb group subcomplex at least composed of RYBP, PCGF1, BCOR and RNF2/RING2. Interacts with PCGF2, RNF2; CBX6, CBX7 and CBX8. Interacts with PHC2 (By similarity). Interacts with MN1. Interacts with USP26 PMID 28839133 ↗ · PMID 31839203 ↗ |
| 細胞定位 | RING1 的細胞內定位註記為細胞核及細胞核斑點；此資料未描述定位改變的條件或不同異構型間的差異。 | 含實驗來源 | |
| 功能 | 該研究指出，USP26 透過移除 K48-linked polyubiquitination 穩定 PRC1 的 CBX4、CBX6，進而使其經 PRC1 複合體抑制 Sox2、Nanog 等 pluripotency genes，並促進其啟動子處的組蛋白 H2A 泛素化。研究將此調控連結至細胞重編程；內容描述的是 USP26 與 PRC1 成分，未指出 RING1 為該作用的直接執行者。 | 文獻摘要 | 證據與來源Despite much progress in the comprehension of the complex process of somatic cell reprogramming, many questions regarding the molecular mechanism of regulation remain to be answered. At present, the knowledge on the negative regulation of reprogramming process is indeed poor in contrary to the identification of positive regulators. Here we report for the first time that ubiquitin-specific protease 26 negatively regulates somatic cell-reprogramming process by stabilizing chromobox (CBX)-containing proteins CBX4 and CBX6 of polycomb-repressive complex 1 through the removal of K48-linked polyubiquitination. Thus, accumulated CBX4 and CBX6 repress the expression of pluripotency genes, such as Sox2 and Nanog, through PRC1 complexes to ubiquitinate histone H2A at their promoters. In all, our findings have revealed an essential role for ubiquitin-specific protease 26 in cellular reprogramming through polycomb-repressive complex 1.The ubiquitin-proteasome system regulates cellular reprogramming by degradation of key pluripotency factors. Here the authors report that the post-translational regulation of PRC1 components CBX4 and CBX6 by ubiquitination influences reprogramming. PMID 28839133 ↗USP26 functions as a negative regulator of cellular reprogramming by stabilising PRC1 complex components. · cc by |
核酸與蛋白質序列
GTAGGGCCCCAGCGCCCGGGCCATGGCGGCGGCGGTGGCG40GGAGCTGCTGTCTGAGCAGCGGTTGCGGACCGAGCGAACT80TGGCCCAGGAGCCCGGGCCTAGGGAGAGGCGCGGCGGCGG120CGGGAGCGCGAACGGCTGGAGCTGGCCTTCTTCGCCTTCT160CCTCGGCTGTGGAGCCCTGGTGGGGGGTCTGCGCCCGGTC200ACCATGACGACGCCGGCGAATGCCCAGAATGCCAGCAAAA240CGTGGGAACTGAGTCTGTATGAGCTGCACCGGACCCCGCA280GGAAGCCATAATGGATGGCACAGAGATTGCTGTTTCCCCT320CGGTCACTGCATTCAGAACTCATGTGCCCTATCTGCCTGG360ACATGCTGAAGAATACGATGACCACCAAGGAGTGCCTCCA400CAGATTCTGCTCTGACTGCATTGTCACAGCCCTACGGAGC440GGGAACAAGGAGTGTCCTACCTGCCGAAAGAAGCTGGTGT480CCAAGCGATCCCTACGGCCAGACCCCAACTTTGATGCCCT520GATCTCTAAGATCTATCCTAGCCGGGAGGAATACGAGGCC560CATCAAGACCGAGTGCTTATCCGCCTGAGCCGCCTGCACA600ACCAGCAGGCATTGAGCTCCAGCATTGAGGAGGGGCTACG640CATGCAGGCCATGCACAGGGCCCAGCGTGTGAGGCGGCCG680ATACCAGGGTCAGATCAGACCACAACGATGAGTGGGGGGG720AAGGAGAGCCCGGGGAGGGAGAAGGGGATGGAGAAGATGT760GAGCTCAGACTCCGCCCCTGACTCTGCCCCAGGCCCTGCT800CCCAAGCGACCCCGTGGAGGGGGCGCAGGGGGGAGCAGTG840TAGGGACAGGGGGAGGCGGCACTGGTGGGGTGGGTGGGGG880TGCCGGTTCGGAAGACTCTGGTGACCGGGGAGGGACTCTG920GGAGGGGGAACGCTGGGCCCCCCAAGCCCTCCTGGGGCCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。