演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

RDH8PRRDH

retinol dehydrogenase 8

RDH8 編碼 retinol dehydrogenase 8,屬於短鏈脫氫酶/還原酶家族,具有多重跨膜結構。其酵素作用與視覺色素再生相關,但此角色標註為相似性推論。

Homo sapiens19p13.2UniProt Q9NYR8
OFFICIAL SYMBOL
RDH8
CHROMOSOME
19
UNIPROT
Q9NYR8
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

RDH8 是蛋白質編碼基因,產物為 retinol dehydrogenase 8,屬於 short-chain dehydrogenases/reductases(SDR)家族。此蛋白質長 311 個胺基酸,具有多重跨膜特徵;序列註解列出三段螺旋型跨膜區。其家族歸屬與跨膜結構,構成辨識此酵素的基本特性。來源將其描述為偏好使用 NADP 的 retinol dehydrogenase,並指出其可能與高光強度下視覺色素再生有關;這項生理角色是依相似性推定,並非此處直接確認的結果。

Official symbol
RDH8
Gene name
retinol dehydrogenase 8
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:14423
UniProt
Q9NYR8
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
PRRDHSDR28C2

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919p13.2
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25RDH8pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr19:10,013,249–10,022,279
Gene span
9,031 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000591589 ★10,013,483–10,022,2796
ENST0000065151210,013,249–10,022,2796
ENST0000058778210,020,761–10,022,0703

顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

RDH8 的酵素功能涉及 all-trans-retinal 與 all-trans-retinol 之間的轉換。來源指出它明顯偏好 NADP,並列出反應式:all-trans-retinol 與 NADP(+) 反應,生成 all-trans-retinal、NADPH 與 H(+)。另一項功能描述則指出,RDH8 可將 all-trans-retinal 轉換為 all-trans-retinol。這些資訊呈現同一組分子可逆轉換的兩個方向;來源未進一步說明方向如何受細胞條件或底物供應調節。

視覺相關的生理角色仍須保留來源所標示的推論性質:RDH8 可能參與高光強度下視覺色素的再生,這項說法是依相似性推定,而非此處直接提供的實驗結論。因此,來源支持其與視覺色素再生的可能關聯,但沒有交代具體作用步驟、所在細胞區室,或該作用在不同光照條件下的量化變化。

就目前提供的資料而言,可以確定的功能重點是其偏好 NADP,並參與 retinal 與 retinol 的氧化還原轉換;視覺色素再生則是較具保留的功能推論。資料未提供該反應對視覺循環的完整貢獻、調控方式或其他生物過程,因此不宜據此延伸為更廣泛的機制描述。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 10013483 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>RDH8 ENST00000591589 GRCh38 chr19:10012483-10013583 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ACAGTTCTACACCCCTTCCCTCTATGAAACACTTCTGGATCCACATTCTCTGTCTCCTTCTCTCACTCTC
TCCCTTCAATCAGAGATTCTTCACCCAGAATACAGACACTAATTCCCCCCAACTTTCACAGAAACTCTCC
CCAGCCCTAAATAATTTATACTCGGCCAGGCTCAGTGGCTCATGCTTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGC
TGAGGCGGCTGGACCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCTCATCTCT
ACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCACACGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGG
CAGGAGAATCATTTTACCCTGGAAAGCTGAGGTTGTAGTGAGCCGAAATTGCACCACTGCACTCCAGCCT
GGGTGACAAGAGCAAGACTCTGTCTCAAAATAATAATAATAATTTACAGTCATAATAAAAATTATAAATT
AAGAAAACAGTTACAAATGGCCAAGGCAGGAGGATCACTTGAGGCCAAGAGTTCGAGACCAATCTGGGCA
ACATAGCAAGATCCCATGTCTAAAAGAAAAAGAAATTTAAAAATTAGCTGGGCATGGTAGTGTGCGCCGG
TAGCCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGATAGGAGGATCGCTTGAGGCTGTGGTGAGCTATGATGGTGCCAC
TGCACTCCAGCCTGAGTGACAGAGCAAGATGCTGTCTCTTAAAAACAAACAAACAAAAACCAGTGATGTC
TATAGTAGGTGCGGAGAAGAAATGTTTGGCAGATGAAGAAAATGAGGTGCAGAGAGGATTTAAGAGATTC
TCTCTTACTGCCTGTTCAGGGTCAGTCCAGAATTGAGGGTCTCCGGGGGAGGGCAGAGGCTTTGCCCTGC
AGGGGATCTGTGGGAGGGGGTTAGGAGGGAGCAGATGAGCCCAGGATGAATGGTCAGAGTCAGGTGCTGC
CCGGCGGAGGTCACGAGTCCAGGGAGGGGATCAACATGGCCGCTGCACCCCGGACTGTGTTGATCTCCGG
CTGCTCATCAGGAATTGGTCTGGAACTTGCAGTGCAACTGGCCCATGACCC
RDH8 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_95Z9L · promoter · 10010494–10010765 · regulatory

ENSR19_95ZCT · enhancer · 10018307–10018622 · regulatory

· motif · 10008574–10008596 · motif

· motif · 10008584–10008593 · motif

· motif · 10008782–10008791 · motif

· motif · 10008798–10008810 · motif

· motif · 10008800–10008822 · motif

· motif · 10008800–10008822 · motif

· motif · 10008807–10008829 · motif

· motif · 10008807–10008829 · motif

· motif · 10009016–10009029 · motif

· motif · 10009016–10009029 · motif

· motif · 10010121–10010133 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:311 aa

1 aa311 aa跨膜區
依 Q9NYR8 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

retinol dehydrogenase 8 長 311 個胺基酸,屬於 short-chain dehydrogenases/reductases(SDR)家族。序列註解列出三段螺旋型跨膜區,分別位於胺基酸 86–106、137–157 與 169–189。

跨膜區Helical86–106 aa
跨膜區Helical137–157 aa
跨膜區Helical169–189 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9NYR8…

AlphaFold · Q9NYR8

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Membrane

RDH8 被註解為膜蛋白,具有多重跨膜特徵;來源未提供更細的細胞內位置或不同條件下的定位變化。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
PRRDHRDH8
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

RDH8 變異與 Stargardt disease 5(STGD5)相關。此病為常染色體隱性遺傳形式,屬於遺傳性黃斑部退化,特徵包括中央視力下降、黃斑部及其下方視網膜色素上皮萎縮,以及後極部常見明顯斑點;黃斑病變通常於生命第五個十年開始。資料將疾病歸因於影響 RDH8 的變異。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能RDH8 是偏好 NADP 的 retinol dehydrogenase,可將 all-trans-retinal 轉換為 all-trans-retinol。它可能參與高光強度下視覺色素的再生,但此功能是依相似性推定,應保留其不確定性。推論支持
證據與來源

Retinol dehydrogenase with a clear preference for NADP. Converts all-trans-retinal to all-trans-retinol. May play a role in the regeneration of visual pigment at high light intensity (By similarity)

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性all-trans-retinol + NADP(+) = all-trans-retinal + NADPH + H(+)推論支持
證據與來源

all-trans-retinol + NADP(+) = all-trans-retinal + NADPH + H(+)

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位RDH8 被註解為膜蛋白,並具有多重跨膜特徵;此項定位資料未提供更細的細胞內位置或動態條件。推論支持
證據與來源

Membrane / Multi-pass membrane protein

PMID 10753906 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯RDH8 變異與 Stargardt disease 5(STGD5)相關。STGD5 是常染色體隱性遺傳的黃斑部退化,常見中央視力下降、黃斑部與其下方視網膜色素上皮萎縮,以及後極部明顯斑點;黃斑病變於生命第五個十年開始。資料將病因指向影響 RDH8 的變異。含實驗來源
證據與來源

Stargardt disease 5 STGD5 A form of Stargardt disease, a common hereditary macular degeneration characterized by decreased central vision, atrophy of the macula and underlying retinal pigment epithelium, and frequent presence of prominent flecks in the posterior pole of the retina. STGD5 is an autosomal recessive form characterized by onset of macular dystrophy in the fifth decade of life. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 621259

PMID 37628710 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000591589 · 1,481 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGGGAGGGGATCAACATGGCCGCTGCACCCCGGACTGTGT40
41TGATCTCCGGCTGCTCATCAGGAATTGGTCTGGAACTTGC80
81AGTGCAACTGGCCCATGACCCCAAGAAGCGCTACCAGGTC120
121GTGGCCACCATGAGGGACCTGGGGAAGAAGGAGACACTGG160
161AGGCAGCTGCTGGGGAGGCTCTGGGGCAGACCCTCACCGT200
201GGCCCAGCTGGACGTGTGCAGTGATGAGTCGGTGGCCCAG240
241TGTCTCAGCTGTATCCAGGGAGAAGTGGACGTGCTGGTGA280
281ATAATGCTGGAATGGGCCTGGTGGGGCCCCTGGAGGGGCT320
321CAGCCTTGCTGCCATGCAGAATGTCTTTGACACCAACTTT360
361TTCGGAGCTGTCCGTCTCGTCAAAGCTGTGCTTCCAGGCA400
401TGAAGAGGAGGCGGCAGGGCCACATCGTGGTGATCAGCAG440
441TGTCATGGGCCTGCAGGGTGTCATCTTCAACGATGTCTAT480
481GCAGCTTCCAAGTTCGCCCTGGAGGGATTCTTCGAAAGCC520
521TCGCTATCCAGCTGCTGCAGTTCAACATCTTCATCTCCCT560
561GGTGGAGCCAGGCCCCGTGGTCACCGAGTTTGAGGGGAAG600
601CTTCTGGCGCAGGTTTCTATGGCTGAGTTCCCAGGCACTG640
641ACCCTGAGACCCTGCACTACTTCCGGGACCTCTATCTCCC680
681AGCCTCCAGGAAGCTGTTTTGCTCCGTGGGACAGAACCCA720
721CAGGACGTGGTTCAGGCCATTGTCAACGTCATCAGCTCGA760
761CTCGACCACCCCTGCGCCGACAGACCAACATCCGCTACTC800
801GCCGCTGACCACGCTCAAAACCGTGGATTCCTCTGGCAGC840
841CTGTATGTGCGAACGACCCACCGCCTCCTCTTCCGCTGTC880
881CACGCCTCCTCAACCTTGGCCTTCAATGTCTGTCCTGCGG920
921CTGCCTCCCAACGCGGGTGCGGCCAAGATGAGCAGAACAG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。