基因總覽
RBMS3 是位於人類第 3 號染色體 3p24.1 的蛋白質編碼基因,正式名稱為 RNA binding motif single stranded interacting protein 3。其蛋白質產物長 437 個胺基酸,含有兩個 RNA recognition motif(RRM),分別位於第 61–134 與第 140–225 個胺基酸;序列兩端另註記有無序區域。這些特徵構成其 RNA 結合蛋白的基本分子輪廓。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000383767 ★ | 29,281,071–30,010,386 | 15 |
| ENST00000636680 | 28,576,175–30,010,391 | 17 |
| ENST00000914497 | 29,280,598–30,010,391 | 15 |
| ENST00000874344 | 29,280,652–30,010,391 | 14 |
| ENST00000434693 | 29,280,982–30,010,391 | 15 |
| ENST00000874343 | 29,280,984–30,010,391 | 13 |
| ENST00000874346 | 29,280,984–30,010,391 | 13 |
| ENST00000874345 | 29,280,994–30,010,391 | 14 |
| ENST00000963907 | 29,281,044–30,010,391 | 13 |
| ENST00000874348 | 29,281,064–30,010,391 | 12 |
| ENST00000963905 | 29,281,064–30,010,391 | 15 |
| ENST00000963906 | 29,281,064–30,010,391 | 13 |
顯示 12/31 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RBMS3 的蛋白質產物 RNA binding motif single stranded interacting protein 3 可結合 poly(A) 與 poly(U) 寡核苷酸。這項資料指出其能辨識兩種具有不同鹼基組成的 RNA 序列類型,支持其具有 RNA 結合能力;來源未進一步說明結合的序列偏好、親和力或是否需要其他分子參與。
目前提供的功能資訊僅描述上述 RNA 結合,未交代結合後是否影響 RNA 的穩定性、加工、運輸或翻譯,也未指出其參與的特定細胞過程。因此,不能據此延伸推定 RBMS3 對特定 RNA 的調控方向或下游生物學效應。這些資料支持的功能範圍,限於其產物可結合 poly(A) 與 poly(U) 寡核苷酸。
Promoter 與基因調控
>RBMS3 ENST00000383767 GRCh38 chr3:29280071-29281171 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGGCACATCTAATTTTAGCCTCGCCCGCCTTGAAAAGGGACCCTTTAAGGAAATATATTTTATCTGAAAC AATTTGTATTATAATGTAGCAGCTGATAGACATGACAGAATATTATCATTGGTGGGAAAAAACTCTGCCA AGCAATTATGATTTTTGTTCTTTTTTTTTTAGATGATATCAGTAAAGTGATTAAAGCATCAATGCAACAA AATAATCATAAAGAGAGAGACAATGGGAGAAACAGATTTTATCTGTAAAATATCTGACGAACCTAAGGGG TCACTTCCTTTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAAAATGGATGTATTTTAAAAAAGTTATTATTTTTG ATATGTTCAGTTGATCAGTCCAATCTGATGACATGTGGCATTAATAGTAGTCCTGGAGTAGACCCTAAAA TTTCTTCAATACTTAACATCCACCAAGTTTTCCAGGTAGTAAAAGGTTAGTTTCTCAATCAGCTCTTGGA TGCGTCTGGCTCTAGCGTGTTAACAGATTTTGAAAGCATCCGGGACTTACTTTTTTCCCCTTTAACCAGC AAGGTTAGTTCCCCTGCCTTTATTTCTTTTCCTTTCTCCTCCTTCCTTCTTTCGTCCTCTCTTCCCTCTC TTCTGTGTTTTGTTTAGCAGTGTGGCTTACCTTGGAACTTGGCAAAAAGAGGAACAAAAAGCAGCTCTTG TGTGGGGTAGATGGAGGAGGGATAAGAAATAATCCACCGCCCGCATTTGAGTTCTTCAGGTTCAGTTCCA GCGGCAGCAGCGTTGCTGCAAAAATCGCTTGCTATTCGAGATAGCCAGCAGAGGGAATCGGAACTTTGCT TGCAGCAGGGGTTGAAGCAGCCTTTTTTTTTTTTTTTCTTGGAGGAAATACTGCAGCCTTCTGGACTGCG TACGCTGCTCCCTGGAGAGGCTCTCTCGGTTCCACCCACCGGCTGGAAGGAGGGGAAGTGAATGAAAGGA CAGGACAAGCCCCGAACACCATGTCACTCTGGGAGGGAGACAGCAGCAACTAAGCTGTACAAGGTTTTTT TTTTTTTTTTTTCTTCCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTTCCCCTTTCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 7 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RBMS3_2 ↗ | 3:29,281,071 | 正股 | 29,281,022–29,281,081 |
| RBMS3_3 ↗ | 3:29,281,367 | 正股 | 29,281,318–29,281,377 |
| RBMS3_6 ↗ | 3:29,281,488 | 正股 | 29,281,439–29,281,498 |
| RBMS3_7 ↗ | 3:29,281,636 | 正股 | 29,281,587–29,281,646 |
| RBMS3_1 ↗ | 3:29,331,842 | 正股 | 29,331,793–29,331,852 |
| RBMS3_4 ↗ | 3:29,434,834 | 正股 | 29,434,785–29,434,844 |
| RBMS3_5 ↗ | 3:29,698,239 | 正股 | 29,698,190–29,698,249 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR3_9FLR3 · enhancer · 29279302–29279605 · regulatory
ENSR3_8T8KD · enhancer · 29279772–29280004 · regulatory
ENSR3_B7RW6 · promoter · 29280005–29280992 · regulatory
ENSR3_58TXPN · CTCF_binding_site · 29280881–29280902 · regulatory
ENSR3_B7RWB · promoter · 29281002–29281626 · regulatory
ENSR3_9FLSK · enhancer · 29284511–29284868 · regulatory
ENSR3_C4WGH · enhancer · 29285378–29287317 · regulatory
· motif · 29280078–29280089 · motif
· motif · 29280883–29280899 · motif
· motif · 29280987–29281000 · motif
· motif · 29281861–29281872 · motif
· motif · 29281938–29281949 · motif
· motif · 29282233–29282245 · motif
· motif · 29282591–29282603 · motif
· motif · 29282593–29282608 · motif
· motif · 29283064–29283086 · motif
· motif · 29283064–29283086 · motif
· motif · 29284800–29284812 · motif
· motif · 29284802–29284824 · motif
· motif · 29284802–29284824 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:437 aa
RNA binding motif single stranded interacting protein 3 長 437 個胺基酸,含兩個 RRM:RRM 1 位於第 61–134 個胺基酸,RRM 2 位於第 140–225 個胺基酸。第 28–57 與第 399–437 個胺基酸區段則註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RNA binding motif single stranded interacting protein 3 定位於細胞質。 來源未提供定位改變的條件、異構型差異或動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RBMS3 的蛋白質產物可結合 poly(A) 與 poly(U) 寡核苷酸,顯示其能與這兩類 RNA 序列互動。來源未提供結合後的作用、調控方向或更詳細的條件。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | RBMS3 的蛋白質產物定位於細胞質。此項定位資訊未描述其他細胞區室、定位變化條件或異構型差異。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ATGTCACTCTGGGAGGGAGACAGCAGCAACTAAGCTGTAC40AAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTCCTTTTTTTCTTTTT80TTTTTTCTTTTTCCCCTTTCTTTTTCTTTCTTTCTTTCTT120TTTCTTTCTTTCTTTCTCTTTCTCTCTCTCTTTTTTCTTT160TTCTTTAAGGTGGGGAAAGAGACAACCAAGAGACAGGAAG200CTGATCTGCAAGGATTCGGAGTTGTGCTAAAAGGACTTTG240ATTTTTTTCCCCCTTTACGAACGCTGGCAATTGACATCAC280TACAGACAGCCTGGTTAGAGAACAAACTGCCTCATCCCAA320GTGGACCCCGGCAGCTGGGGGAAGCCAGGCAAGATCTGGG360AAGGCTGTGTGTGGGTGTTTTTTCTACAGATCTCACTCCT400CGCCCTTTTTTTTTTTCCTTTGGTGTGTGTTTTTTGTTTT440GTTTTGTTTTTTAAAAAAATTCTTGCTGTGTTGGAACTAG480CGAGTGGTGGAGTCTCTGAAGCCTCATCAGTCACCGGGAC520TGTCAGGAATAGTGGTTTAAGAGGAAGCTCGGCCTGGGGC560ACTATACCCTGTCATCCAGTTCCCTGCCTCGGAGATAAAG600ATTCCAGCTACATGGGCAAACGCCTGGATCAGCCACAAAT640GTACCCCCAGTACACTTACTACTATCCTCATTATCTCCAA680ACCAAGCAGTCCTATGCACCAGCTCCCCACCCCATGGCTC720CTCCCAGCCCCAGCACAAACAGCAGCAGCAACAACAGCAG760CAACAACAGCAGCGGGGAACAGTTGAGTAAAACCAACCTG800TACATTCGAGGCCTCCCACCAGGCACCACTGACCAGGACC840TAATCAAGCTGTGCCAACCGTATGGAAAAATTGTATCTAC880AAAGGCAATTCTTGACAAAAACACAAATCAGTGCAAAGGT920TATGGTTTTGTAGATTTTGACAGTCCTGCAGCCGCACAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。