基因總覽
RASGRP3(RAS guanyl releasing protein 3)是蛋白質編碼基因,所屬蛋白質家族為 RASGRP。來源將其產物描述為 Ras 與 Rap1 的鳥嘌呤核苷酸交換因子(GEF),顯示其基本分子角色與這兩種小型 GTPase 的核苷酸交換有關。可用資料未提供其他蛋白質基本性質或家族特徵,因此不進一步推述。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000403687 ★ | 33,476,649–33,564,731 | 18 |
| ENST00000402538 | 33,436,267–33,566,349 | 19 |
| ENST00000884675 | 33,436,267–33,567,232 | 19 |
| ENST00000884676 | 33,436,267–33,564,603 | 21 |
| ENST00000884677 | 33,436,267–33,563,690 | 20 |
| ENST00000967275 | 33,436,267–33,564,589 | 20 |
| ENST00000967276 | 33,436,267–33,564,587 | 19 |
| ENST00000967277 | 33,436,267–33,564,598 | 19 |
| ENST00000967278 | 33,436,267–33,563,057 | 19 |
| ENST00000884678 | 33,447,868–33,564,599 | 17 |
| ENST00000884679 | 33,457,776–33,566,023 | 18 |
| ENST00000967279 | 33,458,035–33,564,718 | 19 |
顯示 12/47 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RASGRP3 的產物是 Ras 與 Rap1 的鳥嘌呤核苷酸交換因子(GEF)。這項功能將其與兩種小型 GTPase 的核苷酸交換相連,說明其分子角色是協助 Ras 和 Rap1 進行此類交換。現有資料未進一步說明交換過程的具體步驟、調控條件或下游效應,因此不據此延伸描述更詳細的作用機制或生物學結果。
Promoter 與基因調控
>RASGRP3 ENST00000403687 GRCh38 chr2:33475649-33476749 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCCAAGGTCAGACACTACGTAAAGTCAGATACTTCAAGGGCTTTCCTTGGAAGGGAGGATGAAAAGGGAA GGGTGGGAACATCAGCTCAGGTGAGACATATGAATTCAACAAAACATCAGGGATGGTTTGCCACGTTTGC GAGCAGCACAGAAAACGGCAGTTTGCTCCAAGTTCCCAGCACACCAAAGGGGGCAGTAGTGCGTCTGTAA AGCGCGTTGTCAACTTGGTGATAATTTCTGTTTGCATTCACACTCGCCGGCTGATAATCTCAGCTGCTCG ATGCAATTCAACAGATAACAATGCGGAAGTTTGGTCTAAAGCTACCTGAAATCACTTCCAAGAGCTCTTC AGATAAAGCTGCCTTTGATAGTCTTCATTAACCCCTCCCATATTTGCCCCTCAGCGTCCCTTGGCTTAGC AGCCCCGGCCTTTGAAGTCCAACCTAAGCATTCTTAGATGGTGAGTGAGGGTCTGCCTTCCCCAGCACCA GCCACCTAGTCAGGCTTGTGGCTCGTCTAACAAACTGGAGCCTGAGATTCTGAGAAAACGAAACCAAACA GTTGTACTCCGGGGTTAACACAGAGCAACTTCCACCTGCTGTGCGAGTTGGTGATCCTCTCTCTTGCCGT TCGAGAGCCCCAGTGAAACTTGAGTGAGATGAGAGAGCATGGAGCCTGCCAGTCTCCCCCTCTGCGCACA CACACACGCAAACACATTTAACTTTCCACTTGCAGTGACCTGCCCTTCAGTGTGACTTATCAGCTGTTTG GCTTTTGTCACTAAAGGAAAACAAATTGTGGAATATCCCGCTCTGCATGCTCATGAGATGGCTGAGCCAA CTCAGGGGTTATGAGGTGGTTTGCGAGTGAGGAGAAGAATGATCTTCAGTTTCTGACCTCCTGGCACGGT GGCGGGCGGTATTTATCAGGAGGTACATGTGACTGGTTAAGACTCAGAGCCCCAGCTTGAAGGAAACAGC TGCTCTCGGCGTGCTCCGGCACTTGGCAGCTGGACAGGCAGAGTGCTGATGTGAAAAATACCACGACAAA ACCACCCTAGTAAGTAACTGGAGAACTTTCCTCTCTCTCTCTCTCTTTCAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RASGRP3_4 ↗ | 2:33,436,272 | 正股 | 33,436,223–33,436,282 |
| RASGRP3_2 ↗ | 2:33,436,373 | 正股 | 33,436,324–33,436,383 |
| RASGRP3_3 ↗ | 2:33,476,251 | 正股 | 33,476,202–33,476,261 |
| RASGRP3_1 ↗ | 2:33,476,649 | 正股 | 33,476,600–33,476,659 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_59TKS7 · CTCF_binding_site · 33474635–33474656 · regulatory
ENSR2_9H9QG · promoter · 33476156–33476659 · regulatory
ENSR2_C5BNN · enhancer · 33476660–33478494 · regulatory
ENSR2_B8MDN · enhancer · 33479108–33479993 · regulatory
· motif · 33474637–33474653 · motif
· motif · 33475196–33475207 · motif
· motif · 33475200–33475214 · motif
· motif · 33475407–33475418 · motif
· motif · 33475456–33475468 · motif
· motif · 33475507–33475520 · motif
· motif · 33475507–33475520 · motif
· motif · 33475508–33475521 · motif
· motif · 33475508–33475521 · motif
· motif · 33475887–33475902 · motif
· motif · 33475948–33475959 · motif
· motif · 33475948–33475959 · motif
· motif · 33476239–33476248 · motif
· motif · 33476397–33476412 · motif
· motif · 33476397–33476412 · motif
· motif · 33476493–33476508 · motif
· motif · 33476541–33476548 · motif
· motif · 33476541–33476556 · motif
· motif · 33477751–33477764 · motif
· motif · 33477751–33477764 · motif
· motif · 33477815–33477828 · motif
· motif · 33477997–33478010 · motif
· motif · 33478053–33478068 · motif
· motif · 33478137–33478154 · motif
· motif · 33478324–33478339 · motif
· motif · 33478349–33478364 · motif
· motif · 33478703–33478718 · motif
· motif · 33479141–33479163 · motif
· motif · 33479141–33479163 · motif
· motif · 33479838–33479850 · motif
· motif · 33480019–33480030 · motif
· motif · 33480019–33480030 · motif
· motif · 33480136–33480148 · motif
· motif · 33480424–33480432 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:690 aa
RASGRP3 蛋白長 690 個胺基酸,屬於 RASGRP 家族。其序列註解包含兩個 Ras-GEF 相關結構域、兩個 EF-hand、Phorbol-ester/DAG-type zinc finger,以及位於胺基酸 667–690 的無序區域。N-terminal Ras-GEF 位於胺基酸 3–125,另一個 Ras-GEF 結構域位於 152–383。
蛋白質三維結構
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- DYNLL2Q96FJ2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GET1O00258 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSD17B11Q8NBQ5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RASGRP3 產物是 Ras 與 Rap1 的鳥嘌呤核苷酸交換因子(GEF);此描述指出其分子功能涉及這兩種蛋白質的核苷酸交換,但未提供具體作用條件或下游結果。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACTTGGCAGCTGGACAGGCAGAGTGCTGATGTGAAAAATA40CCACGACAAAACCACCCTAGTTCTCCAAAATACTTATCAT80TCAGGTTGAATAAACCAGTTCTACAGACTGCTTCTTCCAT120GCATTTCCCAATGATGCTAGCTGCCCTTAAAATTCTTTCA160GATTTGGAACTGTATCTGTATGGAAACAACAGAGTTTTCT200TGAAGTACAACTAAGGACAGGTCACCACTAGGCACTAACA240TCGCTGACTTGCATGATTATGGAGATGGTCTATCTGATGC280TGAAAATGTCTCTAGTTTTTTGACAACGGCTAAATAACCA320TGGGATCAAGTGGCCTTGGGAAAGCAGCAACATTAGATGA360ACTGCTGTGCACTTGCATTGAGATGTTTGATGACAATGGA400GAGCTGGATAATAGTTATTTGCCAAGAATAGTTCTACTGA440TGCACCGATGGTATTTATCTTCCACTGAATTGGCAGAAAA480ACTTCTCTGCATGTATCGAAATGCCACTGGAGAAAGCTGC520AATGAATTTCGATTAAAGATCTGCTACTTCATGAGGTACT560GGATTCTGAAGTTTCCTGCAGAGTTTAATTTGGATCTTGG600TTTGATTCGTATGACTGAGGAATTTCGGGAAGTAGCTAGT640CAACTAGGATATGAAAAACACGTCAGCCTCATCGACATAT680CCAGCATTCCTTCCTATGACTGGATGAGAAGAGTCACACA720GAGGAAAAAAGTATCCAAGAAGGGAAAAGCCTGTCTGCTG760TTTGACCATCTGGAGCCCATTGAATTGGCTGAGCACCTCA800CTTTTCTGGAGCATAAATCTTTTAGAAGGATCTCATTCAC840TGATTACCAAAGCTATGTCATCCATGGCTGCCTGGAGAAT880AATCCAACCTTGGAAAGATCGATTGCTTTATTTAATGGAA920TCTCTAAGTGGGTCCAGTTGATGGTTCTTAGCAAACCAAC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。