基因總覽
RAPH1（Ras association (RalGDS/AF-6) and pleckstrin homology domains 1）是蛋白質編碼基因，其產物為 1,250 個胺基酸的蛋白質，屬於 MRL 家族。蛋白質序列包含 Ras-associating domain 與 PH domain，並有多段被註記為無序的區域。這些名稱反映其結構特色；至於其參與局部膜訊號與細胞突起動態的角色，則見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000319170 ★ | 203,433,682–203,535,301 | 14 |
| ENST00000457812 | 203,394,345–203,535,478 | 14 |
| ENST00001145075 | 203,433,682–203,535,478 | 14 |
| ENST00000854570 | 203,435,116–203,535,478 | 15 |
| ENST00000854571 | 203,437,903–203,535,478 | 15 |
| ENST00000374493 | 203,439,437–203,495,353 | 15 |
| ENST00000630330 | 203,439,437–203,535,335 | 16 |
| ENST00000308091 | 203,441,470–203,535,478 | 16 |
| ENST00000419464 | 203,442,078–203,495,353 | 13 |
| ENST00000423104 | 203,442,078–203,495,353 | 14 |
| ENST00000439222 | 203,442,078–203,495,353 | 14 |
| ENST00000453034 | 203,444,631–203,535,478 | 15 |
顯示 12/21 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RAPH1 的蛋白質產物參與局部膜訊號的中介作用，並與 lamellipodium 的動態調節相關。現有資料也指出，RAPH1 負向調節細胞黏附；但未提供此調節作用的具體分子步驟或影響方向細節，因此不宜進一步推定其作用機制。
這些功能描述將 RAPH1 與細胞膜附近的訊號及細胞突起變化連結起來。其與細胞黏附的負向調節，是另一項獨立的功能特徵；目前來源未說明該作用是否由 lamellipodium 動態改變所致，也未提供相關實驗條件或細胞系統。
Promoter 與基因調控
>RAPH1 ENST00000319170 GRCh38 chr2:203535201-203536301 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAACCAATTTCAGGTCACACTCCCAATTTCTCAATTGTTTTAATGCTGTCAACAAACTTGCTTTGCATGT AGCCAAGCAAACATAACTTAGTTCCATTTGTTCCTTTCTTTGATCAACTTTAGGTGAAGGTCAAAATAAG GACATACTTAAAATCTAAAAGTCTGCCGAAGTCAAGCCTGCATCTAAAGAGGCAGCAGCTGAGCTTAGCG ATAAGGAAAAATGCCGACACCTTACTACTACACAATTCCGATGGGGTGGGGGGACAGAAATTAAGGAGGC AGGATTAACAGATTTCGAAGTTTAAAAAGTAAAGGTCATCGAAATGTCCCGTTCCTAAGTTTCCCAATAC ATTCCATGAAACTGCAGAGACTTTTTGGCCAAAATGGGATTTCCTAAAGAAGGGCCTCACAGATCTCAAC GACAATGGTCCTGTAAGTGACCGAGCCAACCCCGGATGCGTTTCTGGAGTCTCTGAATACACGGACAGCG TATAAAGGTGGATGCGTACAGCTCCCTGACAGAACTGCTGGAGGCTGCTGTGCCTCCCAGGGCGCTAGGA CAGAGGCTGCTGGGCCGGCTTCCTATGAAAGGCGAGCAGGGGGTGGGGCAGCACTGGGATTTTCCTCCCC ACTCATTCATTCTCTGATTCACTCGTTCCTGTAGGCGGCTCACAGGGACTTGCGGAGGAAAGGCGAGGCA CGAGCGGAGCCGCGGTTGAGTGCGGCCGGGCGCGGCCGGGCGCCTGAAGGGAGGGCGGAGGGCCGGCGCG GGGCGCGGGCTAGGGAAGGGCGGCGGGCGCGGCGGCCTGCGCCGGAAGTGAGTGGTTGGCGGCGGGCGGG GGCGGCGCGCGGTCCCGCGCGAGTCGGCCCTACAGTCGGCAGTCCGGCCCTCAACCCCGCCTTCTGCGTC TCGGCTGGACGCGAGCACACTCGGCTCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCGGGGCGCTGCGGCCGCCCCGCC CCCGCTCCCGCCGCCGCCCGCCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCACTGAGCG CGCGGCGCGGGAGCTGCTGGCAGTCGCTGCGTCTCTGGCGAGGGAGCGCCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RAPH1_1 ↗ | 2:203,535,263 | 負股 | 203,535,253–203,535,312 |
| RAPH1_2 ↗ | 2:203,535,460 | 負股 | 203,535,450–203,535,509 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_DD4ML · enhancer · 203533155–203535251 · regulatory
ENSR2_B3HDLN · promoter · 203535252–203535825 · regulatory
· motif · 203534377–203534394 · motif
· motif · 203534386–203534394 · motif
· motif · 203534437–203534445 · motif
· motif · 203534565–203534573 · motif
· motif · 203534810–203534818 · motif
· motif · 203535182–203535195 · motif
· motif · 203535302–203535315 · motif
· motif · 203535314–203535327 · motif
· motif · 203535341–203535354 · motif
· motif · 203535353–203535366 · motif
· motif · 203535456–203535469 · motif
· motif · 203535842–203535851 · motif
RAPH1 表現量在轉移性骨肉瘤中低於原發性骨肉瘤腫瘤；在乳癌與卵巢癌組織樣本中也有下調報告，分別占樣本的 43% 與 25%。這些資料描述腫瘤樣本中的表現差異，未指出其成因或因果關係。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1250 aa
RAPH1 蛋白質長 1,250 個胺基酸，屬於 MRL 家族。其 Ras-associating domain 位於第 269–355 個胺基酸，PH domain 位於第 396–505 個胺基酸。序列另有多段被註記為無序區域，分布於蛋白質不同區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RAPH1 可經由 PH domain 受磷脂醯肌醇 PI(3,4)P2 招募至膜。 它與 ENAH/VASP 共定位於 lamellipodia 和 filopodia 的末端；另有資料指出，在 Vaccinia 與 Enteropathogenic E.coli（EPEC）情境中，RAPH1 會與病原體共定位於病原體和肌動蛋白的介面。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, lamellipodium；Cell projection, filopodium。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- EGFRP00533 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- SH3GL2Q99962 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SH3GL3Q99963 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- Sh3gl1O35964 · UniProt INTERACTION · 13 experiments
RAPH1 與 EVL、VASP 互作，並將兩者定位至細胞前緣；資料未進一步界定這些互作是否構成特定複合體。RAPH1 也透過 Ras associating domain 與 PH domain 和 RAC1 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RAPH1 蛋白質產物可中介局部膜訊號，與 lamellipodium 動態的調節有關，並負向調節細胞黏附。來源未進一步描述這些功能的分子步驟、實驗系統或彼此間的因果關係。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Mediator of localized membrane signals. Implicated in the regulation of lamellipodial dynamics. Negatively regulates cell adhesion |
| 交互作用 | RAPH1 與 EVL、VASP 互作，並將兩者定位至細胞前緣；此外，RAPH1 透過 Ras associating domain 與 PH domain 和 RAC1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with EVL and VASP and targets them to the leading edge. Interacts (via Ras associating and PH domains) with RAC1 PMID 15469845 ↗ · PMID 18499456 ↗ |
| 細胞定位 | RAPH1 位於細胞膜的周邊膜蛋白區域、細胞膜胞質側，也見於 lamellipodium、filopodium 與細胞骨架。其 PH domain 可由磷脂 PI(3,4)P2 招募至膜，並與 ENAH/VASP 共定位於 lamellipodia 和 filopodia 頂端；在 Vaccinia 與 Enteropathogenic E.coli（EPEC）相關情境中，也與病原體共定位於病原體和肌動蛋白的介面。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Cell projection, lamellipodium; Cell projection, filopodium; Cytoplasm, cytoskeleton; Recruited to the membrane, via the PH domain, by the phosphoinositide, PI(3,4)P2. Colocalizes with ENAH/VASP at the tips of lamellipodia and filopodia. Also colocalizes with the pathogens, Vaccinia and Enteropathogenic E.coli (EPEC) at the interface between the pathogen and their actin PMID 15469845 ↗ |
| 調控 | RAPH1 表現量在轉移性骨肉瘤中低於原發性骨肉瘤腫瘤。乳癌組織樣本有 43%、卵巢癌組織樣本有 25% 被報告為 RAPH1 下調；資料未說明造成表現差異的原因，也未建立其與癌症的因果關係。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Reduced expression in metastatic osteosarcomas compared to primary osteosarcoma tumors. Down-regulated in both breast (43% of tissue samples) and ovarian (25% of tissue samples) cancers |
核酸與蛋白質序列
CCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG40TCACTGAGCGCGCGGCGCGGGAGCTGCTGGCAGTCGCTGC80GTCTCTGGCGAGGGAGCGCCGCGCCTGGGGAGGAGGCGGA120GGCAGCGGCTGGAGGAGCGCGAGCGGCGGTTTCCTTGCCC160GGGGCCGCGGGAAGGCCGACCGACTGCCGCGATGGAGCAG200CTATCAGATGAAGAAATTGATCATGGTGCTGAAGAAGACA240GTGACAAGGAAGATCAGGACCTGGACAAAATGTTTGGAGC280CTGGCTTGGAGAACTAGACAAACTCACTCAGAGTTTGGAT320TCTGACAAGCCCATGGAACCAGTAAAAAGATCTCCTCTTC360GCCAGGAAACAAACATGGCCAACTTTTCTTACCGCTTCTC400CATATACAACTTGAATGAAGCTCTGAATCAGGGAGAGACT440GTGGATCTGGATGCCTTGATGGCTGATCTTTGCTCTATAG480AGCAGGAGCTCAGCAGCATTGGTTCAGGAAACAGTAAGCG520TCAAATCACAGAAACGAAAGCTACTCAGAAATTGCCTGTT560AGCCGACATACATTGAAACATGGCACCTTGAAAGGATTAT600CTTCTTCATCTAATAGGATAGCTAAACCTTCCCATGCCAG640CTACTCCTTGGACGACGTCACTGCACAGTTAGAACAGGCC680TCTTTGAGTATGGATGAGGCTGCTCAGCAATCTGTACTAG720AAGATACTAAACCCTTAGTAACTAATCAGCACAGAAGAAC760CGCGTCAGCAGGCACAGTGAGTGATGCTGAAGTACACTCT800ATTAGTAATTCCTCCCATTCCAGCATCACTTCCGCAGCCT840CCAGCATGGACTCTTTGGATATTGATAAAGTAACACGCCC880TCAAGAGCTGGATTTGACACATCAAGGGCAGCCAATTACT920GAGGAAGAACAGGCAGCAAAATTGAAAGCTGAGAAGATCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。