基因總覽
RANBP9 是位於人類第 6 號染色體的蛋白質編碼基因，正式名稱為 RAN binding protein 9。其產物屬於 RANBP9/10 family，是一種兼具支架與接頭蛋白特性的蛋白質，可能協助膜受體連接細胞內訊號路徑。它也是 CTLH E3 ubiquitin-protein ligase complex 的核心成分，並與多種蛋白質及受體互作。蛋白質序列包含 B30.2/SPRY、LisH 與 CTLH 結構域；另有若干被註記為無序的區域。這些基本特徵反映 RANBP9 可參與多種分子複合體，但其不同作用仍須依各自的細胞情境理解。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000011619 ★ | 13,621,498–13,711,835 | 14 |
| ENST00000940147 | 13,620,859–13,712,087 | 14 |
| ENST00000940148 | 13,620,859–13,712,087 | 13 |
| ENST00000940149 | 13,620,859–13,712,087 | 14 |
| ENST00000962251 | 13,620,859–13,712,087 | 14 |
| ENST00001135913 | 13,620,859–13,712,087 | 14 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RANBP9 可能作為支架蛋白，也可能充當接頭，協助膜受體連結細胞內訊號路徑；這項角色在來源中標示為可能性。研究亦指出，RANBP9 可促進細胞展開，並介導 actin 細胞骨架重整，顯示它與細胞形態及骨架變化相關。它也可能參與 ITGB2/LFA-1 及其他 integrins 的訊號作用。
在生長因子訊號方面，RANBP9 可藉由招募 Sos 增強 HGF-MET 訊號，並活化 Ras pathway。對核受體轉錄活性的影響則具有條件差異：它會增強 dihydrotestosterone 誘導的 AR 活性，以及 dexamethasone 誘導的 NR3C1 活性，但不影響 estrogen 誘導的轉錄活性，因此不能概括為對所有相關受體皆有相同效果。
RANBP9 也是 CTLH E3 ubiquitin-protein ligase complex 的核心成分。此複合體可選擇性地從 UBE2H 接收 ubiquitin，促進轉錄因子 HBP1 的 ubiquitination，並使其後續經 proteasome 降解。這使 RANBP9 所在的複合體參與特定蛋白質的周轉調控。
此外，RANBP9 可穩定 TP73 isoform Alpha，可能是藉由抑制其 ubiquitination，並提高其促進細胞凋亡的活性。它也會抑制 DYRK1A 與 DYRK1B 的 kinase 活性，並抑制 FMR1 與 RNA 的結合。這些作用涉及不同的蛋白質與細胞過程；來源未指出它們由單一共同機制所致。
Promoter 與基因調控
>RANBP9 ENST00000011619 GRCh38 chr6:13711735-13712835 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GATAAGCTAAACAAAGGGAAGTGGTGAAAACAAAGTAGTAATGTTATGATGGGTCAGAGAGCAACACTTG GCAAGTTGTGCCAAATTAGTCGACGAAGCATTCTATTGGGAATTGCAAAGTAGGAAGTCCTATTTTTGAC TCTGCTGATCTCGGTAAATATTTCCTTGTTTTAAAAATGGGCATAATTTTCTGTTACCTAAGAACCCTGT TATGAAAATTAACGAGTCTATAAAATGTTCTGACGTCTCTAGAAGCCCTTCCTAAACACACACTATAATC TTGTATTCATACAGTGCCTGCTCCTGCTTTTTGAAGATATGCCGGTCTTTATTAATGACATCTTCTACCA CTGTTAAGTTCACTGTGAGTCCTCGTAAAATTAATTAATGAAACAGTCACTATTCTAAGTGGGAGACTGC CTTCAGAAGTGGTTTCTACTGCCCATATGGTCAATGCTACGGAATTAAACACTGAAGTACCAAAGGCAAT GCGTTCCTCTTTGGAGGGAGGCGGCAAACGGGAACGGGACTGAGGCGAGAGCTAGCAGCACTGCGCGGGG AGCCTGAGCCGCTCCGCACGCCCCGGGCCGACGGGTCCTAGAGCGCCCCGGGGCCTGGGCTCGCGGCGGC CCCAGCGGGGCTCGATTACTCTCGCCTGGACGAGAAGCGGCGCCTCGGCTCCGAGGAGCCCTACGGTGGG GAGGTGGGGCGACGACAACAAAAAGAAGTCAAGTGGGAGGGGATTCGCCGGCGAGGGGGGCGACGGCGGC CGCCAAGGGAGAGGAGGCGGACACCTCCGAAGGGACCTGCGGCGCCGGGAGCCCAGCGATCCTGCCCACG AGCGACTGGCGGGCCCGGGAGGACGCCTCGCGGCGCACAGCCGGGAGCCCCGCGGCCCGCCCCCTCGCAC CGCTCGCGCCTCTCTCGCGCCTCCGTCCCGCCCCCTCGCCTAGCGCCGCCCGCGCGCAGCGTCTCGCGCC GGCCCGGCCCGCCCGCCGGGAAACAGCCGCGAGAGCAGCGGCCGCGGCGGCCGCCAGCGCGCCTTCCCCT CCCGCGCTCCCGCGTCGCCCCCGCCCTCGGCGCCTCGTCCCCGGGCCGCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RANBP9_2 ↗ | 6:13,711,559 | 負股 | 13,711,549–13,711,608 |
| RANBP9_1 ↗ | 6:13,711,713 | 負股 | 13,711,703–13,711,762 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_55843M · CTCF_binding_site · 13711380–13711401 · regulatory
ENSR6_97FXL · promoter · 13711825–13712325 · regulatory
ENSR6_7RQSM · promoter · 13713063–13713163 · regulatory
ENSR6_97FZN · enhancer · 13715520–13715929 · regulatory
· motif · 13709035–13709044 · motif
· motif · 13710753–13710768 · motif
· motif · 13710769–13710786 · motif
· motif · 13710910–13710925 · motif
· motif · 13711207–13711220 · motif
· motif · 13711235–13711248 · motif
· motif · 13711241–13711254 · motif
· motif · 13711247–13711260 · motif
· motif · 13711271–13711284 · motif
· motif · 13711277–13711290 · motif
· motif · 13711280–13711293 · motif
· motif · 13711382–13711398 · motif
· motif · 13711464–13711481 · motif
· motif · 13711472–13711485 · motif
· motif · 13711475–13711488 · motif
· motif · 13711478–13711491 · motif
· motif · 13711481–13711494 · motif
· motif · 13711562–13711575 · motif
· motif · 13711614–13711625 · motif
· motif · 13711616–13711625 · motif
· motif · 13711759–13711772 · motif
· motif · 13711886–13711899 · motif
· motif · 13711927–13711940 · motif
· motif · 13712045–13712058 · motif
· motif · 13712813–13712826 · motif
· motif · 13712860–13712873 · motif
· motif · 13712860–13712873 · motif
· motif · 13712864–13712877 · motif
· motif · 13713231–13713246 · motif
· motif · 13715366–13715378 · motif
· motif · 13715368–13715390 · motif
· motif · 13715368–13715390 · motif
· motif · 13715564–13715578 · motif
· motif · 13715756–13715764 · motif
· motif · 13715851–13715859 · motif
· motif · 13716317–13716328 · motif
· motif · 13716417–13716431 · motif
· motif · 13716424–13716435 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：729 aa
RANBP9 蛋白質長 729 個胺基酸，屬於 RANBP9/10 family。其註解結構域包括 B30.2/SPRY、LisH 與 CTLH；序列另有無序區域。來源亦標示與 CALB1 互作的區域，以及位於蛋白質 C 端、與 FMR1 互作的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
RANBP9 可見於細胞質、細胞核及細胞膜，並屬於周邊膜蛋白。 其定位與磷酸化狀態相關：未磷酸化形式主要位於細胞質，磷酸化形式則與質膜相關。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- APPP05067 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DISC1Q9NRI5 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- DYRK1BQ9Y463 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ENTPD1P49961 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- OPRM1P35372 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- PPP1CCP36873-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- S100A7P31151 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Grm2P31421 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
RANBP9 與 MKLN1、GID8 共同形成複合體，也屬於 CTLH 複合體；其中 RANBP9 與若干其他成分位於催化核心，部分成分則負責輔助角色。它亦參與由 RAN、DYRK1B 與 COPS5 組成的複合體。已列出的互作對象包括 GTP 結合型 Ran、MET、ITGB1、ITGB2、SOS1 或 SOS2、FMR1、TP73 isoform Alpha、DYRK1A、DYRK1B 與 RANBP10；來源特別指出它不與 TP53 或 ITGAL 互作。另有部分互作僅標示為相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RANBP9 可能作為支架或接頭蛋白連接膜受體與細胞內訊號，也參與細胞展開及 actin 細胞骨架重整。它是 CTLH E3 ubiquitin-protein ligase complex 核心成分，可促進 HBP1 ubiquitination 與後續降解；另涉及 integrin 訊號、HGF-MET/Ras 活化、特定核受體轉錄調節、TP73 isoform Alpha 穩定、DYRK1A/1B 抑制及 FMR1-RNA 結合抑制。 | 含實驗來源 | 證據與來源May act as scaffolding protein, and as adapter protein to couple membrane receptors to intracellular signaling pathways (Probable). Acts as a mediator of cell spreading and actin cytoskeleton rearrangement. Core component of the CTLH E3 ubiquitin-protein ligase complex that selectively accepts ubiquitin from UBE2H and mediates ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of the transcription factor HBP1. May be involved in signaling of ITGB2/LFA-1 and other integrins. Enhances HGF-MET signaling by recruiting Sos and activating the Ras pathway. Enhances dihydrotestosterone-induced transactivation activity of AR, as well as dexamethasone-induced transactivation activity of NR3C1, but not affect estrogen-induced transactivation. Stabilizes TP73 isoform Alpha, probably by inhibiting its ubiquitination, and increases its pro-apoptotic activity. Inhibits the kinase activity of DYRK1A and DYRK1B. Inhibits FMR1 binding to RNA PMID 12147692 ↗ · PMID 12361945 ↗ · PMID 14500717 ↗ · PMID 14722085 ↗ · PMID 15381419 ↗ · PMID 15558019 ↗ · PMID 18222118 ↗ · PMID 18710924 ↗ · PMID 29911972 ↗ |
| 交互作用 | RANBP9 與 MKLN1、GID8 可形成複合體，亦是 CTLH 複合體成分；其中部分成員構成催化核心，其他成員具輔助角色。它與多種蛋白質、受體及 integrins 有互作，並參與含 RAN、DYRK1B、COPS5 的複合體；與 TP73 isoform Alpha 互作但不與 TP53 互作，與 ITGB1、ITGB2 互作但不與 ITGAL 互作。NGFR 與 TEX19 的互作依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of a complex consisting of RANBP9, MKLN1 and GID8. Identified in the CTLH complex that contains GID4, RANBP9 and/or RANBP10, MKLN1, MAEA, RMND5A (or alternatively its paralog RMND5B), GID8, ARMC8, WDR26 and YPEL5. Within this complex, MAEA, RMND5A (or alternatively its paralog RMND5B), GID8, WDR26, and RANBP9 and/or RANBP10 form the catalytic core, while GID4, MKLN1, ARMC8 and YPEL5 have ancillary roles. Interacts with GTP-bound Ran, AR, CDC2L1/p110C, CALB1, S100A7, USP11, MKLN1, SOS1 or SOS2, GID8, and FMR1. Interacts with the Dyrk kinases HIPK2, DYRK1A, and DYRK1B. Interacts with TP73 isoform Alpha but not with TP53. Interacts with the HGF receptor MET and the integrins ITGB1 and ITGB2, but not with ITGAL. Part of a complex consisting of RANBP9, RAN, DYRK1B and COPS5. Directly interacts with RANBP10. Interacts with YPEL5. Interacts with DDX4. Interacts with NGFR (By similarity). Interacts with TEX19 (By similarity) PMID 11470507 ↗ · PMID 12084015 ↗ · PMID 12147692 ↗ · PMID 12220523 ↗ · PMID 12361945 ↗ · PMID 12421467 ↗ · PMID 12559565 ↗ · PMID 12684061 ↗ · PMID 14500717 ↗ · PMID 14511641 ↗ · PMID 14684163 ↗ · PMID 14722085 ↗ · PMID 15381419 ↗ · PMID 15558019 ↗ · PMID 17467196 ↗ · PMID 18222118 ↗ · PMID 18710924 ↗ · PMID 20580816 ↗ · PMID 27622290 ↗ · PMID 29911972 ↗ · PMID 9817760 ↗ |
| 細胞定位 | RANBP9 可定位於細胞質、細胞核及細胞膜，並被註記為周邊膜蛋白。其定位與磷酸化狀態有關：未磷酸化形式主要位於細胞質，磷酸化形式則與質膜相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Cell membrane / Peripheral membrane protein; The unphosphorylated form is predominantly cytoplasmic. A phosphorylated form is associated with the plasma membrane PMID 11470507 ↗ · PMID 14511641 ↗ · PMID 15381419 ↗ · PMID 15558019 ↗ · PMID 17467196 ↗ · PMID 18222118 ↗ · PMID 24143168 ↗ · PMID 14722085 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AAACAGCCGCGAGAGCAGCGGCCGCGGCGGCCGCCAGCGC40GCCTTCCCCTCCCGCGCTCCCGCGTCGCCCCCGCCCTCGG80CGCCTCGTCCCCGGGCCGCGCGCCCGCGCTCCGGCCAACG120TTCTCTCCCGGCCTCCCGGGCCCGCCGCCTACTCCCGCGT160CTCCGAGCTCCTCAACCGCCGCGGTCTCCCTGGGCGCGCG200GCCCGCCGCCTGCTTCCGGGGCGGGCGGACTGGGCGCCTG240GTGCCGGCGGCCGCAGCGACAGCGCCCCCGGGAAGCAGAG280GAGGAAGGAGAGAAGAGGTGGAGGTGGCCGCAGGCTGAGT320CGCGGCCGGGATGTCCGGGCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCG360CAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCTGTCGCCGCCACCGC400CGGCGGCCTTGGCCCCAGTCTCCGGAGTCGTCCTGCCGGC440GCCCCCGGCCGTCAGCGCCGGCTCTTCTCCGGCCGGCTCG480CCCGGCGGCGGTGCGGGCGGCGAAGGCTTAGGGGCCGCGG520CGGCCGCCCTGCTCCTCCACCCTCCGCCGCCGCCGCCCCC560GGCCACCGCGGCCCCGCCGCCCCCGCCGCCGCCCCCGCCT600CCCCCTGCCTCAGCGGCTGCCCCCGCCAGCGGGCCGCCCG640CTCCCCCGGGCCTTGCAGCGGGCCCCGGCCCGGCTGGAGG680AGCCCCGACCCCAGCTCTGGTGGCGGGCAGCAGCGCCGCG720GCCCCCTTCCCTCACGGGGACTCGGCCCTGAACGAGCAGG760AGAAGGAGTTGCAGCGGCGGCTGAAGCGTCTCTACCCGGC800CGTGGACGAACAAGAGACGCCGCTGCCTCGGTCCTGGAGC840CCGAAGGACAAGTTCAGCTACATCGGCCTCTCTCAGAACA880ACCTGCGGGTGCACTACAAAGGTCATGGCAAAACCCCAAA920AGATGCCGCGTCAGTTCGAGCCACGCATCCAATACCAGCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。