基因總覽
RANBP17(RAN binding protein 17)是人類的蛋白質編碼基因,其產物屬於 exportin family。現有資料將它的可能角色概述為核運輸受體,但未提供蛋白質長度、結構域或其他序列特徵,因此無法進一步描述其分子結構。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000523189 ★ | 170,862,018–171,300,015 | 28 |
| ENST00000961945 | 170,861,860–171,300,015 | 27 |
| ENST00000961946 | 170,861,860–171,300,015 | 29 |
| ENST00001014444 | 170,861,860–170,984,647 | 15 |
| ENST00001014445 | 170,861,860–170,984,630 | 14 |
| ENST00001108846 | 170,861,860–170,912,947 | 6 |
| ENST00001123684 | 170,861,860–170,972,970 | 15 |
| ENST00001133912 | 170,861,860–171,300,015 | 28 |
| ENST00000519944 | 170,863,486–170,892,490 | 4 |
| ENST00000522734 | 170,911,028–170,924,407 | 5 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
RANBP17 可能作為核運輸受體。此功能描述帶有不確定性,現有資料未進一步說明其運輸標的、方向、調控方式或參與的生物學過程,因此目前只能將核運輸受體視為可能角色。
Promoter 與基因調控
>RANBP17 ENST00000523189 GRCh38 chr5:170861018-170862118 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TGAGAAGACATTTTTAAAATGCTGAAAGATTAAAAAAAAAGCCAATGTGAAATTCTATACCCAGCAAAAC TATCCTTTAAAAAATGAAGGTGAATTAAGATGATTTTATGTTAACAAAAGCTGAGAGACTTTGTTGTTAG CAGACCTGAATACAAGAAGTGCTTAAGGGAGTTTCCCTCTTAAATACTACAGCACAGTGCTCCCAAATGG AAATGCTGAACTTGAAGAAAAAACGGAGAACATCAGAAAGCAGCAACTTTGACCCAATTCTGCTCCAATA AATTCTCATTGCAGTGGAATCATTTGTTGTAAAATATAAGTTCATATTAAACAAAATGCAGACAAAGAAT GAGGTAAAGCTTGAATTTTACAACTTAACAGCATGTAGACATGGGCGGTTTAATTTTAACCAAAATCAAG TTAAAAACATTGTTAAGCAACAATGGAATTTGGGCCCTGGGAGTCAGGGGTCAAGGGCAACAGCTGGCAT GTGGGAGTCAAAGGTTATGGCTGTGTGTGTCTGTGGTTCCTGGCTGTTAGGAGACAAGAAAATCTGTGGA GATGCAGGTGTCGGGAGCCATGGGCGATAGTTGTATTTTGAGGGTCAGGGGTCAAGAGAGCCTTTGGAAG ACTTATGAGTCAGGGTCCACGGCTGACGGGTGGGTCGTGGTAGTTGTGTCAAAGGGCAGAGGTTGGAGGT CATGACCCACCAACACACGCCGGTTGAAACTTGAGCGCAAGGGACGGTTGAGATTCCCGGAGGACACGCC CCTATCGGCCCCGCCCCGTGCACCGCCTCCGTCGCCCCGCCCCGTCCCTCCCAGCCCCGCCCCGTCCCTC CCAGCCCCGCCCCTCCAGCGCTTCGAATGCGGACGCGAAGCCTGGCTGAGGCTGCGAAGGACGAGCGGCG CAGGGACCCCGCGGGCGTCTGGGGCTTCCGCGGCGCCCGCCTCTGCTCCCTCCCCTCGGGCGCTGGGTGC CGACCGGCCGGCTGGCCGGCGCCGCCTCCTGGGAAGATGGCGCTGCACTTCCAGGTCAGTGTGCTCTGCG CCGCGGGCCCGCGCTCCGCCACGCTGGGAACCCGGCGGGACGCGTCTGGAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| RANBP17_2 ↗ | 5:170,861,860 | 正股 | 170,861,811–170,861,870 |
| RANBP17_1 ↗ | 5:170,862,026 | 正股 | 170,861,977–170,862,036 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_7D39B3 · enhancer · 170861186–170861289 · regulatory
ENSR5_94HS46 · promoter · 170861528–170862028 · regulatory
ENSR5_53H74BT · CTCF_binding_site · 170862013–170862034 · regulatory
ENSR5_CLXQT · enhancer · 170862029–170863309 · regulatory
ENSR5_94HS4Q · enhancer · 170863697–170863970 · regulatory
· motif · 170861270–170861283 · motif
· motif · 170861477–170861490 · motif
· motif · 170861484–170861497 · motif
· motif · 170861511–170861524 · motif
· motif · 170861618–170861631 · motif
· motif · 170861692–170861705 · motif
· motif · 170861699–170861712 · motif
· motif · 170861706–170861719 · motif
· motif · 170861780–170861790 · motif
· motif · 170861795–170861805 · motif
· motif · 170861807–170861817 · motif
· motif · 170861821–170861831 · motif
· motif · 170861841–170861851 · motif
· motif · 170861861–170861871 · motif
· motif · 170862015–170862031 · motif
· motif · 170865693–170865706 · motif
· motif · 170865700–170865713 · motif
· motif · 170866089–170866104 · motif
蛋白質結構域與序列
蛋白質三維結構
細胞內定位
RANBP17 被標示於細胞質、細胞核及細胞核孔複合體。 資料未說明這些定位是否隨條件改變,也未提供不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
RANBP17 可與 nucleoporins 及 GTP 結合型 Ran 結合。現有資料描述的是結合關係,未進一步指出其所屬複合體或由此產生的功能效果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | RANBP17 可能具有核運輸受體功能;此敘述表示一種可能角色,並未提供足以確認該功能的細節,也未說明其運輸標的、方向或發生條件。 | 推論支持 | |
| 交互作用 | RANBP17 可與 nucleoporins,以及 Ran 的 GTP 結合型態結合。這筆資料描述的是結合關係,未提供結合條件、實驗系統或其功能後果。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | RANBP17 被標示於細胞質、細胞核及細胞核孔複合體。資料未說明這些位置是否代表特定條件下的變化,也未提供定位動態或異構型差異。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCCGCCTCCTGGGAAGATGGCGCTGCACTTCCAGAGTTTG40GCTGAATTGGAAGTGTTATGTACTCATCTCTACATAGGGA80CTGATCTTACACAAAGAATAGAGGCTGAGAAAGCACTCTT120GGAACTTATTGACAGTCCAGAATGTCTCAGCAAGTGTCAA160CTTTTATTAGAACAAGGAACAACATCCTATGCTCAGCTCC200TTGCAGCAACATGTCTTTCAAAACTTGTCAGCCGAGTCAG240TCCTTTACCTGTTGAGCAGAGGATGGACATCAGAAACTAC280ATTCTGAATTACGTGGCATCACAGCCCAAGCTGGCTCCCT320TTGTCATCCAAGCTCTTATTCAAGTCATTGCTAAAATCAC360TAAGTTGGGGTGGTTTGAGGTTCAGAAAGACCAATTTGTC400TTCAGAGAAATTATTGCTGATGTGAAGAAGTTTCTCCAGG440GTACTGTGGAACACTGCATAATAGGAGTAATAATCCTTTC480TGAATTGACTCAGGAAATGAACCTGGTTGATTATTCTAGA520CCTTCAGCAAAACACAGGAAAATAGCTACCTCATTTCGTG560ATACTTCTCTCAAAGACGTTTTAGTGCTAGCATGCTCTCT600TTTAAAAGAGGTGTTTGCCAAACCTTTAAATCTTCAGGAT640CAATGTCAGCAAAATCTGGTAATGCAGGTCTTGAAACTGG680TCCTTAACTGCCTTAACTTTGACTTCATTGGCAGTTCAGC720AGATGAATCTGCAGATGATCTTTGCACGGTGCAGATTCCA760ACAACTTGGAGAACAATTTTCCTGGAACCAGAAACATTGG800ATCTTTTCTTCAATTTGTATCATTCACTTCCACCACTACT840ATCTCAGTTAGCACTTTCATGTTTAGTTCAGTTTGCTTCG880ACAAGAAGGTCCTTATTTAACAGTCCTGAACGTGCCAAGT920ACCTTGGTAATTTAATTAAGGGAGTAAAAAGGATACTTGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。