基因總覽
PTX4 是人類的蛋白質編碼基因，正式名稱為 pentraxin 4。其基因產物屬於 pentraxin 家族；目前提供的基因身分資料未進一步說明其蛋白質基本性質、主要角色或家族結構特色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000447419 ★ | 1,485,886–1,488,944 | 3 |
| ENST00000440447 | 1,485,886–1,488,981 | 3 |
| ENST00001136178 | 1,485,886–1,488,981 | 3 |
| ENST00000293922 | 1,485,939–1,488,467 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
每個 PTX4 次單元可結合 2 個鈣離子。現有資料提供了這項結合能力，但未說明鈣離子結合的條件、分子作用方式或其在細胞中的功能意義，因此無法據此推論更廣泛的生物學作用。
Promoter 與基因調控
>PTX4 ENST00000447419 GRCh38 chr16:1488844-1489944 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GGGTGGATCACCTGAGGTCGGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCCACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAA AATACAAAAATTAGCCGGATGTGGGGGCACATACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGACAGGAG AATCCGTTAAACCCAGGAGGCGGAGCTTGTGGTGAGCGGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGA CAGAGCAAGACTCCGTCAAAAAAATTAATTAATTGGCCAGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCGAACA CTTAGGGAGGCTGAGGCAGGCAAATCATGAGGTCAGAAGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATAGTGAAAC CCCATCTCTACTAAAAATACTAAAATTAGCCGGGCATGGTAAAGCACGCCTGTAATCCCAGCTCCTCAGG AGGCAGGAGGCTGAGGAAGGAGAATCGCTTGAGCCGGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGCGC CATTGCACTCTAGCCTAGGCAACAGAACGAGACTCCATCTCAAATAATAATAATAATTAATTAATTAAGG TGGCTCCCAGTCACATTTCCATTGCTTTACTGAGAGAGACGGGGCCTCCCAGGATGCAGCCGTGCACGGC CTGGGTGATGGGTGCCTGTGCAGACCTGGCTCTGTTGACTCCCCAGCCCCCGTCGGGTTCCCTGTCTTGC TTCGACTTCTCGGGAGCACAAGTCCATGTGCTCCTGTTAAAGCCATCGCCTCCTGCCCGCGGGCTTGCAC CCAGCTGAATGATTCTTCAAAGAAACTGTTTGCATCTGTTTTAAGCTTGTCTCCTTAGGAACCTGCAAGT CTCAGAGCCCACTGGCTTGAAGGCAGATGCCTTTCATGGAGGCGGCAGGAAGAACCTGACATCCAGCCAG GGCCAAAGAAGGAAAACCACTCAACAGGAGAGCTGGGGGGACGAGACACAAGACAGACCCACGGAGCCAC CTTCACCCTCTCCTGCGGCTGGAGGGAGACTGCTGGGGCCTTGCCGTCTCTCCGGATGGGTTGCTCGTGG AGGAAGACCTTGTCTTTCTTCCTTGTTTTTGTGCCTATATATCTACATGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PTX4_1 ↗ | 16:1,494,395 | 負股 | 1,494,385–1,494,444 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_5CGQS · CTCF_binding_site · 1491649–1491670 · regulatory
ENSR16_9L22 · promoter · 1492870–1493370 · regulatory
· motif · 1491651–1491667 · motif
· motif · 1492489–1492502 · motif
· motif · 1492883–1492898 · motif
· motif · 1492987–1492998 · motif
· motif · 1493018–1493031 · motif
· motif · 1493021–1493033 · motif
· motif · 1493025–1493038 · motif
· motif · 1493046–1493055 · motif
· motif · 1493295–1493308 · motif
· motif · 1493314–1493327 · motif
· motif · 1493338–1493351 · motif
· motif · 1493351–1493362 · motif
· motif · 1493351–1493362 · motif
在內皮細胞、單核球與嗜中性球中，細菌脂多醣（LPS）或 interleukin-1 不會誘導 PTX4；在淋巴球中，PHA 也不會誘導 PTX4。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：478 aa
PTX4 蛋白質長 478 個胺基酸。其 N 端第 1–25 位為訊號序列；第 269–473 位含有 Pentraxin (PTX) domain。第 208–262 位則註解為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
PTX4 為分泌型蛋白質。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 分子活性 | 每個 PTX4 次單元可結合 2 個鈣離子；這項資料指出其結合數量，但未提供結合條件或相關生物學作用的說明。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 | |
| 調控 | 在內皮細胞、單核球或嗜中性球中，細菌脂多醣（LPS）與 interleukin-1 均不會誘導 PTX4；在淋巴球中，PHA 也不會誘導 PTX4。 | 含實驗來源 | 證據與來源Not induced by bacterial lipopolysaccharideS (LPS) or IL1/interleukin-1 in endothelium, monocytes or neutrophils. Not induced by PHA in lymphocytes PMID 20357257 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGAGGGAGACTGCTGGGGCCTTGCCGTCTCTCCGGATGGG40TTGCTCGTGGAGGAAGACCTTGTCTTTCTTCCTTGTTTTT80GTGCCTATATATCTACATGGGGCTTCATCGCAGGAAGCCG120CCCCAGTGGGGCCCAGGAAACCGTTTTTCGAGAGGCTCCG160TAGGCTGGAGGAACAGTTCCGGAGATTCCAGGAGGTGACC200TGGACACACCTGCAGAACATCGCCAGCAACTACAACGTGT240CCTACAACGTTGACGTCCGGTTCCGGAGCCTGGCGGAAGA280GAGCCAGGCTGTGGCTCAGGCAGTCAACCGGTCACAGGCC320TCGGTGCAGGGGGAGCTGGCGCAGCTCAAGGCCTGGGTGA360GGAAGCTGCAGCGCCGAGGCCGGAAAGTAGACACGCGGCT400GCGGGCCTTGGACCTCACCCTGGGCGAGAGGAGCCAGCAG440CGGGCCCGGGAAAGGAAGGCACACAAGGCCCAGAGGGACG480CCCTGCAGGACTCACTGGCACGCCTGGAGGGCCTCGTCCA520CAGCCAGGGCGCCAGGCTGGCTGCTCTGGAGGGGCGGCTG560CCCGTGGCCCACCCTGGCACTGCAGCCCTCGGGCCGGCCC600TGGTCCCAACCCCAACCCAGCCTGAGGAGCTGGGCCCGAC640CTCCCTGAAGCTTCAGAGGGACAGGCAGGAGCTCCGAGCT680GCCTCTGAGCACAGGGGCCCCCCACAGGACTCCTCGGCCC720CTCTCCAAGGGAGGCGGGAGCCTCCAGCCTCAGGCAGCCA760TCGGGTACTCAGTGGGACTGCCCCAAAAGACCCTCGGCAG800CAGGCATGGTCCCCCCAGGTGCCAGGAGAGATTTGCGGCG840TGGGCCCCACCCTCGTTTTCCCAAACGCCTCCACCAGGAA880CGTGGTCTTCCTCAGCCCTGGTTTCGTCACTGCCCTGCGA920GCCCTGTCCTTCTGCAGCTGGGTCCGCACGGCCTCCGGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。