基因總覽
PTPRVP 的正式名稱為 protein tyrosine phosphatase receptor type V, pseudogene,屬於假基因。現有資料未提供其 RNA 或蛋白質產物的性質、家族結構細節或已確認的生物學角色,因此不能據此描述其產物結構或將預測功能視為已證實。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000641549 ★ | 202,168,051–202,189,296 | 29 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
PTPRVP 的功能註記屬於預測性描述,並未在所提供資料中列出實驗驗證或作用機制。資料預測其可能具有 protein tyrosine phosphatase 活性;此項註記不等同於已確認該假基因產生具此活性的蛋白質,也未提供其底物或分子作用方式。
此外,資料預測 PTPRVP 可能位於或作用於數個生物學過程的上游或其中,包括胰島素分泌的負向調控、DNA 損傷反應中的訊號傳遞,以及胰臟 type B 細胞增殖。這些描述指出可能相關的過程,但沒有提供參與條件、細胞或實驗系統,也未說明其對各過程的具體影響。因此,這些過程應理解為資料庫整理的預測關聯,而非已確立的功能或因果作用。
Promoter 與基因調控
>PTPRVP ENST00000641549 GRCh38 chr1:202167051-202168151 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGAAACAGAAGTTAAGTAGCCAGACAACCTTAGCACCACCACCCGGCCCTAGGAGTTAAAAAAGTAATAA TAATAATATCAACCCCTGACCTAAACTACTTGTGTTATCTGTGAATTCCAGACATTGTATGAAAAAGCAC TGCAAAACTTTCTGTTCCGTTAGCTGATACATGTAGCCCCCAGTCACGTTCCCCACGCTTGCTCAATTTA TCACGACCCTTTCACGTGGACCCCTTAGAGTTGTAAGCCTTTAAAAAGGCCAAGAATTTCTTTTTCAGGG AGCTCGGCTCTTAAGACGCAAGTCGGCTGACGCTCCCGGCTGAATAAACCTCTTCTTTCTTTTTTTTTTG TTTTGAGACAGAGTCTCACTCTATCACCCAGGCTGGAGTGCGGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAAGCT CCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTACCAC CATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATAATAGCCAGGATGGTCTCGGTC TCCTGACCTCGTGACCCGCCCGCCTCGGGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGTGCCC GGCCTCTTCCTTCTTTAATCTGGTGTCTGAGGAGTTTTGTCTGTGGCTCGTCCTGCTACAGCATCAGGAA GAGGTGGGCTTGTCTGCAGCCTGAGAGTCACAATCCCTTTCCACCTTCTGGGCCTGGAGCCAGCCTCCGC CTCTCTCCCTTCAAGAGCCTTGCCAAGGCTGGAGAGAGCGGGGGTCAGGCTCTGGGGCTAAGAGGCAGCC CCTTGCTTTTGCTGCCTGCTGCCTGCTGCCTGCTTGTGCTTGAAACTCTGCCCTTCCCACCCATGCCCGC CTTCCTTGCCTGCCAGCAAGCAAGGCAAGGTGGGCTAGGGGACTGGCTCCTCCCCTTGCTGCCTCCCAAC TTTACTCTGCAGCTATCAGGATGAGGCTCCCAATCCTGTTCGCTGCCCTGCTCTGGTTCCGGGGTTTTCT GGCAGAGGTAAGGTGGGCATGGGGGAGCAGGCCAGCGGGTGGGGTCCCCGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_CQ3M5 · enhancer · 202163072–202165084 · regulatory
ENSR1_B3H59H · enhancer · 202165268–202166241 · regulatory
ENSR1_94Z8KM · promoter · 202167711–202168061 · regulatory
ENSR1_94Z8KQ · enhancer · 202168062–202168530 · regulatory
ENSR1_53QJWRB · CTCF_binding_site · 202170870–202170891 · regulatory
ENSR1_B3H5BF · open_chromatin_region · 202171534–202172295 · regulatory
· motif · 202163148–202163163 · motif
· motif · 202163156–202163163 · motif
· motif · 202163172–202163187 · motif
· motif · 202164896–202164909 · motif
· motif · 202164896–202164909 · motif
· motif · 202164923–202164936 · motif
· motif · 202165187–202165198 · motif
· motif · 202165234–202165249 · motif
· motif · 202165242–202165257 · motif
· motif · 202166603–202166611 · motif
· motif · 202170872–202170888 · motif
基因座與轉錄註解
PTPRVP 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000641549 ★ | transcribed_unitary_pseudogene | 5,067 nt | 29 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | PTPRVP 被預測可能具有 protein tyrosine phosphatase 活性,並可能作用於胰島素分泌的負向調控、DNA 損傷反應中的訊號傳遞,以及胰臟 type B 細胞增殖;這些均為預測性註記。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to enable protein tyrosine phosphatase activity. Predicted to act upstream of or within several processes, including negative regulation of insulin secretion; signal transduction in response to DNA damage; and type B pancreatic cell proliferation. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
ATGAGGCTCCCAATCCTGTTCGCTGCCCTGCTCTGGTTCC40GGGGTTTTCTGGCAGAGGAGGAAGCATGCCTCTCCCTGGA80AGGGAGTCCAGGCAGGGAGAGTGCAGGCCCACCCCTGAAC120GTGAACATCACCAGCCAGGGGAGACCTACTAGCCTCTTTC160TGAGCTGGGCAGCCCCGGGGCCAGGCAGGTTCACCCATGC200CCTCCGCCTCACATGTCTGAGCCCCCTCAGCTCTCCTGAA240GGGCAGCAGCTCCAGGCCCACACCAATGCATCCAGCTTTA280AGTTCCAAGATCTGGTGTCAGGGGGTCGCTACCAGCTGGA320AGTGACTGCCCTGCGACCCTGTGGGCAGAATGTCACCATC360ACCCTCACTGCTCGCACTCCCCGTCAACTGTCCATGGACT400GCAGCTCCACATTCTGGGAGCCCATCCAGCCTGGAGGCCT440CATGGGGTGATGCCCCCGGGAAGCAGGATGGCTACTGCCT480TCTCCTCTACCACCTAGAATCCCAGACATTGGCACATAAT520ATCTCCATGCCCCTGGGCACCCTGTCCTACAATTTTGGCA560ACCTCTTGCCAGGTATTGAGTATATTTTGGAAGTTAACAC600CTGGGCTGGCAACCTCCAAGCAACAACCAGCCTCCATCAG640TGGACAGCCCCTGTGTCTCCAGATCACCTGGTACTGCATA680CCCTGGGCACCAGTGCCTTGCAAGCCTCCTGGAACGGCTC720CAAGGGGGCTGCCTGGCTCCACTTGGTGCTCACAGACCTC760CTAGGTGGCACCAATCTGACTGCAGTATTCAGACGGGGAG800TCTCCCATCACACCTCCCTTCACCTGTCTCAGGGCCCCCC840CTATGAGCTGACGCTCAGTGCTGCTGCCAGGCCCCATCGG880GCAGTGGGGCCCAATGCCACAGAGTGGACCTATACCTCTG920CCCCCCCTCGACCTGGTTTGACTCCCCTGCCCGCCAAGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。