基因總覽
PRSS23 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 serine protease 23。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 11q14.2。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000280258 ★ | 86,800,542–86,811,233 | 2 |
| ENST00000527521 | 86,791,059–86,808,106 | 2 |
| ENST00000915854 | 86,799,901–86,809,177 | 2 |
| ENST00000893185 | 86,800,508–86,811,233 | 2 |
| ENST00000965678 | 86,800,508–86,811,229 | 2 |
| ENST00000965679 | 86,800,508–86,809,168 | 3 |
| ENST00001142581 | 86,800,508–86,811,233 | 2 |
| ENST00000893186 | 86,800,517–86,809,177 | 2 |
| ENST00000533902 | 86,800,521–86,954,151 | 3 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>PRSS23 ENST00000280258 GRCh38 chr11:86799542-86800642 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTTCTTCACCACAATGGCCTATATGTAAAGCTCTTGACCGAAAACGCTCAATACACAGTAATCTATACT AAATAGGAAGGCTCTAACACTAGGACCTTAAATGGCAAGGTCTCCAGCCTGGTTAGGAGAGGACTCCCCG CACACCCCCCTACCCTGGCCCCCAACCACCACCACCAAGATAACGACCGCTTGGAGTGATTCAGGGAAGT AGGCCCACTGGACAAGGAGGTGGCTCCACCAGCTGGTGCCCCGATGAAGAACTGAGGCCAGTGGGCTCCC CAGCCACCGCCGCTCAGAAGCTGCCAAGCACCCCCGGTGCTTTGGGCCCCACGCACAGCACTGAGTGCTG TAAGGAAATGCAAAGCATTGGTGGCCCTGCCATGGGAATACAGGTTTCTGTTCTTTGGAGGCACCGGAGA AACTAGGAGTTCGGTCAGCACCTTAAGGCGCTAAAAGTGTACGTGGGGGTGGGGCGCACACAGGTTCTGA ACCAATTCTTCAAATTTGCCCAGGGCTCCCCATACACCAGGTGTGGCCCGCGTCCCTAGTTCTAGGCTGT TGGGGGAGGGGTCGCCTTTTGTAGGGGACCTGGTCTTTTTGCGAGCTGGCAGCGTGCTCCCAGCAGCGAA GGCCGTAGTCTCGCTCAGGAGGCCGCGCGCCAGACCCGGGGATGCGCGGTGTTCAAAGGGTGACGGCGCG CGGGTCCCGGGCAGGAGAGCCCGCCAGAGCCGGTGCTGCCTGGCGCCGAGAGGCCCGGACTGGCGACTGC TGCCGCGCCACCGGGGCCCACCTGCGCAGGGACGCTCGGCCTCAGGCCCTCTGGGCTGCTCCACCCTGCT CCGGCCGCAGGCGAGCGGCGAGGGGAGGGGGGCACGGTTTATGTGCAGTGGGGCGGGCGGCGTCCGCGCG GCTTCCCCGAGGCCGGAGGCGGGGCGGGCGGGCCTCGGGTGGCGCGGGGGGCGGACCCGCCAGCTGCCTG CGCTGCTCGCCAGCTTGCTCGCACTCGGCTGTGCGGCGGGGCAGGCATGGGAGCCGCGCGCTCTCTCCCG GCGCCCACACCTGTCTGAGCGGCGCAGCGAGCCGCGGCCCGGGCGGGCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PRSS23_3 ↗ | 11:86,791,071 | 正股 | 86,791,022–86,791,081 |
| PRSS23_1 ↗ | 11:86,800,544 | 正股 | 86,800,495–86,800,554 |
| PRSS23_2 ↗ | 11:86,809,060 | 正股 | 86,809,011–86,809,070 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_939G6L · enhancer · 86795889–86796355 · regulatory
ENSR11_5QF8CS · CTCF_binding_site · 86799771–86799792 · regulatory
ENSR11_BM84W · promoter · 86800031–86800552 · regulatory
ENSR11_5QF8RK · CTCF_binding_site · 86802308–86802329 · regulatory
ENSR11_939G8S · enhancer · 86803641–86803970 · regulatory
ENSR11_5QF935 · CTCF_binding_site · 86803725–86803746 · regulatory
· motif · 86799773–86799789 · motif
· motif · 86802310–86802326 · motif
· motif · 86803727–86803743 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:383 aa
serine protease 23 長 383 個胺基酸,屬於 peptidase S1 family。其第 1 至 19 個胺基酸被註記為訊號序列。
蛋白質三維結構
細胞內定位
serine protease 23 註記為分泌型蛋白質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- SEC11CQ9BY50 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCACTCGGCTGTGCGGCGGGGCAGGCATGGGAGCCGCGCG40CTCTCTCCCGGCGCCCACACCTGTCTGAGCGGCGCAGCGA80GCCGCGGCCCGGGCGGGCTGCTCGGCGCGGAACAGTGCTC120GGCATGGCAGGGATTCCAGGGCTCCTCTTCCTTCTCTTCT160TTCTGCTCTGTGCTGTTGGGCAAGTGAGCCCTTACAGTGC200CCCCTGGAAACCCACTTGGCCTGCATACCGCCTCCCTGTC240GTCTTGCCCCAGTCTACCCTCAATTTAGCCAAGCCAGACT280TTGGAGCCGAAGCCAAATTAGAAGTATCTTCTTCATGTGG320ACCCCAGTGTCATAAGGGAACTCCACTGCCCACTTACGAA360GAGGCCAAGCAATATCTGTCTTATGAAACGCTCTATGCCA400ATGGCAGCCGCACAGAGACGCAGGTGGGCATCTACATCCT440CAGCAGTAGTGGAGATGGGGCCCAACACCGAGACTCAGGG480TCTTCAGGAAAGTCTCGAAGGAAGCGGCAGATTTATGGCT520ATGACAGCAGGTTCAGCATTTTTGGGAAGGACTTCCTGCT560CAACTACCCTTTCTCAACATCAGTGAAGTTATCCACGGGC600TGCACCGGCACCCTGGTGGCAGAGAAGCATGTCCTCACAG640CTGCCCACTGCATACACGATGGAAAAACCTATGTGAAAGG680AACCCAGAAGCTTCGAGTGGGCTTCCTAAAGCCCAAGTTT720AAAGATGGTGGTCGAGGGGCCAACGACTCCACTTCAGCCA760TGCCCGAGCAGATGAAATTTCAGTGGATCCGGGTGAAACG800CACCCATGTGCCCAAGGGTTGGATCAAGGGCAATGCCAAT840GACATCGGCATGGATTATGATTATGCCCTCCTGGAACTCA880AAAAGCCCCACAAGAGAAAATTTATGAAGATTGGGGTGAG920CCCTCCTGCTAAGCAGCTGCCAGGGGGCAGAATTCACTTC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。