基因總覽
PRR35 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 proline rich 35。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 16p13.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000409413 ★ | 560,394–565,529 | 3 |
| ENST00000870054 | 559,688–565,532 | 3 |
| ENST00000870055 | 559,688–565,532 | 4 |
| ENST00000870057 | 560,390–565,532 | 2 |
| ENST00000913999 | 560,390–565,532 | 4 |
| ENST00001132472 | 560,390–565,532 | 3 |
| ENST00000870056 | 560,869–565,532 | 3 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>PRR35 ENST00000409413 GRCh38 chr16:559394-560494 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCCCTGAGCGAAGTCAGGGGCTCTGCCCCAGCCATGCCTGTGTCCGGGAGGGAGCAGGCCGGTCAGGCGA ACCTCCCCTAGGCCCCAGCTGAGCAGTGGGGCTCCAGGCCTTTACGTTCTGGCAGCTCAGGGAGCTGCTT GGAACTTGGTGCAGCCCGGGAGGTGGGGCTGGGAGCAGCCCTGGCCCTGCTTCTCTCCTCCACCGCCCCA GGTCCTCTCAGGAGGGGACTCCCGTGGGGAGGGGGTCTTTCAAACAGCAGGGAAGTGCGTGGCCTCGTGG GGCAGCGCTGAGGCACCTCCCACAGGAGCCGGGAGTGAGGGCTGGAGGGGTCCGCATCCAGGAAGGGGGA GGGTGCTGGAGACCAGCCCCAGGTGGAGGCGGTCAGCCGGCAGGGCGGGGTGCGAGGGGCCGGTCCGGGC AGCCTCCGGTTTAGAGGAAAAGAGAACGGAGGGCAGGGCTCGCCCAGGGAGGGCAAGGAAGGGAGCCCGG CTCCGCTGGCTCAGTCCGCGGCACCCCTGTCCCCCAGGACAGCCCCCAGGGGCCCTGGCTCGGGTGGGCC GGCGGCTGTCAGGGGCCAGAGCCCTGATGGATAAGCGCTGACGGCCCCTCTCCCGCGCCCCGCGCCGCTG ACACCCATCACGCCGCGGCGGGGACCCGGGAGACCTGGCGGCCTCTGTGCACCCCCGCGGCAGCCTGCGG GCAACGGGGGCGGGAGGCGCCGGGCGCCCCTGACTCGGCCGCACACCTGCGCCGCAGTCCGCTCTCCGTC CGCTGCCTCCCGGGTTCCCGGCCGCTCCACCGCGCGCCCCGAGAGCTGAGCCGGTCCCGGCGCACGAGGC CGGTGAGTGCGCGCCAGGGGGCGGCGGGGGGCGCGCGGGCGGCGGGGGCGCGGGGTTCGGGCCGGGGGCT GCTCCTTCCCTCCCGCCGCGAGCGCGGTCGGAGGTCGCAGCGCCCCCCGGAGCCCGGAGCCCAGGCGCAC GCGCGCCCGCCTCTGCCGCCAACTTCGGGAGGTGCGAGCGGCGTCGGGGGGACGCGGGCGGCGGCGGAGG CTGCGGGAGTCGCTGCCGCTCGAGGGACCGCGGACCCGGGAGGTCCGGCTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PRR35_1 ↗ | 16:560,416 | 正股 | 560,367–560,426 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_97XT · enhancer · 555748–556211 · regulatory
ENSR16_55JC9 · CTCF_binding_site · 556037–556058 · regulatory
ENSR16_B4ZS · enhancer · 558380–559091 · regulatory
ENSR16_B4ZX · enhancer · 559199–559862 · regulatory
· motif · 556039–556055 · motif
· motif · 558701–558716 · motif
· motif · 558703–558717 · motif
· motif · 558704–558717 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:571 aa
Proline-rich protein 35 長 571 個胺基酸。序列註解預測其含有四段無序區域,分別位於胺基酸 1–27、79–187、286–402 與 476–571;此註解未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 72 個夥伴
- ABHD11Q8NFV4-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACTMAPQ5BKX5-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACY1Q03154 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APPL2Q8NEU8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- BEGAINQ9BUH8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- BPIFA1Q9NP55 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CARD10Q9BWT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CFAP68Q9H5F2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CNOT2Q9NZN8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CRXO43186 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOC8Q8IYI6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM168BA1KXE4-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FHL3Q13643 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRYLO94915-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
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- GRAP2O75791 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOMER3Q9NSC5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOOK2Q96ED9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HPCAP84074 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSPB2Q16082 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INSCQ1MX18 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
AACTTCGGGAGGTGCGAGCGGCGTCGGGGGGACGCGGGCG40GCGGCGGAGGCTGCGGGAGTCGCTGCCGCTCGAGGGACCG80CGGACCCGGGAGGTCCGGCTCCCGGCGCCGGGCCTCAGTT120TCCCCCACGGGAGCCGCATCCCACCCCCAGAGCCCCAGCG160CGTCCGCGGGGTCCGAGTCGCGGCCGGCGCGGGGCGGGGA200GGGGCGGGAAGTTTGCGCCCTACACGCGGCCTCGCAGACT240TGGCGGCTCCGCTCCCGGCCGGGCGCAGGTGGCCATGGTG280CCCGGCCCTGCCTCATAGCAGGCTGCCATGTCGCGGGAGG320CGGGCTCATGCCGCGTGGGCACAGGGGCGAGGGCGCGGTC360TCGGAAGCCCAAGAAGCCACACTACATCCCGCGGCCCTGG400GGCAAACCCTACAACTACAAATGCTTCCAGTGCCCCTTCA440CCTGCCTGGAGAAGTCACACCTCTACAACCACATGAAGTA480CAGCCTCTGCAAGGACTCCCTGTCCCTGCTGCTAGACTCC520CCAGACTGGGCGTGCCGCCGTGGCTCCACCACGCCTAGGC560CCCACGCACCCACCCCAGACCGCCCTGGGGAGTCCGACCC600CGGCAGGCAACCCCAGGGAGCACGGCCCACAGGTGCTGCC640CCCGCGCCTGACCTCGTGGTCGCCGACATCCACTCCCTGC680ACTGTGGCGGAGGCCCCAAGTCCAGGGCCAAGGGGTCCCC720AGGGCCACCACCCCCTGTGGCTAGGGCCACCCGGAAGGGT760CCCGGCCCCAGTGGGCTCCTGCCTGAGTCGTGGAAGCCGG800GGATGGGAGGGGACCCAAGGGGCGTGGGTGCGGGGGACAT840GGCCTCAGCAGGCCCTGAGGGCAGCGTCCCCTGCTATCCC880CCGCCTGCCCCAGGGGAGTTCCCTGAGGCCCACAGCCTCC920ACCTGTCTCTGCTGGGCGTCAACTACCCGCTCAGCCCCGG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。