基因總覽
PRM3 是蛋白質編碼基因,其正式名稱為 protamine 3。其產物屬於 protamine P3 家族,與精子染色質有關;在精子形成的單倍體階段,protamines 可取代染色質中的 histones。來源將其作用描述為相似性推定,因此此處不將相關功能表述為已獨立證實。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000327157 ★ | 11,273,199–11,273,629 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
在精子形成的單倍體階段,protamines 可取代精子染色質中的 histones。這項描述指出 protamines 參與精子染色質的組成變化;來源標示此功能為相似性推定,並未提供 PRM3 的直接實驗細節。
來源亦指出,protamines 會使精子 DNA 緊密包裝,形成高度凝縮、穩定且不活躍的複合體。這描述了 DNA 包裝狀態及其穩定性與活性特徵,但沒有進一步說明具體分子作用方式或其他生物學過程。
Promoter 與基因調控
>PRM3 ENST00000327157 GRCh38 chr16:11273529-11274629 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TCCTATGTTCAACTGATTCTCCTCCCTAACCTCCTGAGTAGCTGAAGGAGCTAAACAAATTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTGGTATTTTTAGTAAAGACATGGTTTCACGATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTTCTGAC CTCAGATGATCTGCCTGCCTCGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACGCCTGGCCTC AAAAAATTTATATTTAAAAAATACCATTGCAGTGTACAAACGACTCATTTCAATGTATAAAAGACAAAGT CCTAAACCCCCTCCCCCCATGCTGAAATTGTGCTGCACAGATGTGGAACCTTGCCAAGGGGCAGCTCCAT GATGTCTTCTCTGTGGCCCCAAAACACTTAAGAGGATGTCACTCCACCCTGACCTGGGTAGAGTGGCCTC TGGTTGGTGGTGTCCATCTTGCATCAGTCAGGGACAAAGCAACCCCTTGTTCATCCCAGCTTGGTTTCTG GCCTGTTCCCATGCCTTGGACAAACAAACAATGCTTAGGAGCCATTGCCTTTCAAGAAGATTTCACACTT TCAGGCCCCCGAAGGAAGACTTCCAAGGGTTCCTGAGTTTTATGAGCTTACAGAGTGCATACATTTTAAG CACACAGCTTGATGATTTATTTCCAAGGGTTAACAGTCAAGAAACTCAACAGAGACAGCTCTCTCTGGCT GGCGATTTCTGGGATGTGGGGAGGAGTCTGTGTGTGCCCCTCCTGCTTCTAGAAATTCAATCCCTAACTC CCATCCCAGCTACAAGGGAAACTTTCTCCAGGGCAAATGAGGACTATGGTGTGGCATCCGAACTGGCCCC AGTGCTCAGCCTTGCAGACCTCCCCTGTGGGGGCTGGGAGCTGCCAGTGGCTGAGGTGTGAGTTAACTGT TGGCTCAGACCCAGGTTCCCAAGTGGGGATGGGCTCCCTTTGTGATGTCAGCATCCTGCCCCCACTCGCA GCCCCTTCACCCACCGCCTCACCTCCTTGCCCAGAGAGACAGGCAACGTAGACCATGGGTTCCCGCTGTG CCAAGCTCAACACAGGCCAGAGCCCAGGCCACAGCCCAGGCCACAGCACGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_8BXM8 · enhancer · 11273792–11273969 · regulatory
· motif · 11277025–11277034 · motif
· motif · 11277025–11277034 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:103 aa
protamine 3 屬於 protamine P3 家族。蛋白質長度為 103 個胺基酸;序列註解將第 1 至第 103 個胺基酸整段標示為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
protamine 3 的定位記錄包括細胞核與染色體。 來源未描述定位變化的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 在精子形成的單倍體階段,protamines 會取代精子染色質中的 histones,並使精子 DNA 緊密包裝成高度凝縮、穩定且不活躍的複合體。此功能標示為相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Protamines substitute for histones in the chromatin of sperm during the haploid phase of spermatogenesis. They compact sperm DNA into a highly condensed, stable and inactive complex (By similarity) |
| 細胞定位 | 此筆定位註記將蛋白質定位於細胞核及染色體。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ACCTCCTTGCCCAGAGAGACAGGCAACGTAGACCATGGGT40TCCCGCTGTGCCAAGCTCAACACAGGCCAGAGCCCAGGCC80ACAGCCCAGGCCACAGCACGGGCCATGGCCGGGGCCACGA120ATCCTCCATGAAAAAGCTCATGGCCTGTGTGAGTCAGGAT160AACTTCTCCTTGTCATCAGCGGGCGAGGAAGAGGAGGAAG200AGGAGGAGGAGGGGGAAGAGGAGGAGAAAGAAGAGCTGCC240GGTGCAGGGCAAGCTGCTGCTGCTGGAGCCTGAGCGGCAG280GAGGAGGGCCACAAGGACAACGCCGAGGCCCAGCAGAGCC320CCGAGCCCAAGCGGACACCCTCCTGACCCGCAACGAAGGC360CCAGGAAGGGACGCCCACTGCTGCTCCGGCGACAGTGTTC400AGAGAAGAGTCAATAAAAAGTCTCTGAGGAA431cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。