基因總覽
PRAMEF14 是人類蛋白質編碼基因,正式名稱為 PRAME family member 14。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 1p36.21。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000334600 ★ | 13,341,892–13,347,134 | 4 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>PRAMEF14 ENST00000334600 GRCh38 chr1:13347034-13348134 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAGATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCGGGCCAACATGGTGACGGCCAACATGGTGAAACCCC ATCTCGACTAAAATACAAAAATTAGTAGGGCTTGTTGGAGTGCACCCGTAATTCCCAGCTACTTGGGAGG CAGAAGTGAGAGAATCACTTGAACCAGAAGGTTGAGGCTGCAGTGAGCTGAAATCGTGCCACTGCACTCC AGCCTGAGTGACAGATGTAGGCCCAGTCTGAAAATCAAACAAACAATCAATAAATAAACTCAATCTTGAC AAAAGACTTTGAGTCCTGACATCTAGATGCCCACAAGATAACCGCCATGTTTTACATTGTCTTGTTTCCT TTGCAGGTTCCCATTAGAACACCTAGTCTCATTCCGCTCAGTCCCCACCTCACTTGGTCACTTTGTCCTG ATTTCCTTCGGTGAAGCCTTGACTTAGTCTTGAGATAGATCACACTCTCAGTGGTTCCTTTCTTCTACCT GAATGTGCATATGATCTGCTATGTTAGATAGCATAAAACACAGGTGACCATTCGATATACACAGCTTTTT ATTCTGTTTTCTTGGGAATGACATCACTATCTTCTTCAGGCTGTTGTAGCTCTGAAACATTTTGACAATT TTGATGTGGCCAAACATCCTCCAATAAGGACACCTTAAGGTTTTTTTTTTTTTGGCCTAATATCAGGAAC AGATTAATCCCTTCCCTACATCACTACGAAAGTCGTGTATTAGCCAAACTTCATCAGTATTTCGGGAATA AATGAACGAATGAGTTTTGGACTTTCACCCTATTATTTATTCTTTTACTTCCGTAAATGTGTATCTAATT CGATCAATTAGTCAGAAGAAAGCTGAAAACTCAATCAGGATTAACTGGGTGTGACTGCAAGATCTAATCA GGTATCAGTTTCTGATTGGAAGCTGGTGATTGAGAAGGGAAGGGTGGGGTTAGAAAGGTCCATAAAAGCT CCTGAGGGTACCCAGAAGAGACCCACAGCACTCATTCCTGGAGCTACTGCTTGGTTCCCTGAGAGGTCCC AGAACTCTGCAAAGTGAGTCCAGCGCTGGTAAGTCACCACCTTCTTAGGGT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:474 aa
PRAMEF14 為 PRAME family 成員,蛋白質長 474 個胺基酸。序列註解標示五個富含亮胺酸重複區(LRR):第 1 個位於第 15–38 位,第 2 個位於第 204–229 位,第 3 個位於第 271–294 位,第 4 個位於第 319–342 位,第 5 個位於第 391–414 位。
蛋白質三維結構
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
ACCCACAGCACTCATTCCTGGAGCTACTGCTTGGTTCCCT40GAGAGGTCCCAGAACTCTGCAAAGTGAGTCCAGCGCTGAG80ATTTTTCTTGCAGATCTATCAGGATGAGCATCCAGGCCCC120ACCCAGACTCCTGGAGCTGGCAGGGCAGAGCCTGCTGAGA160GACCAGGCCTTGTCCATCTCTGCCATGGAGGAGCTGCCCA200GGGTGCTCTATCTCCCACTCTTCATGGAGGCCTTCCGCAG240GAGACACTTCCAGACTCTGACGGTGATGGTGCAGGCCTGG280CCCTTCACCTGCCTCCCTCTGGGATCACTGATGAAGACGC320TTCATTTGGAGACCTTAAAAGCATTGCTGGAAGGGCTTCA360TATGCTGCTTACACAGAAGGATCGCCCCAGGAGGTGGAAA400CTTCAAGTGCTGGATTTGCGGGATGTTGATGAGAATTTCT440GGGCCAGATGGCCTGGAGCCTGGGCCCTGTCCTGCTTCCC480AGAGACCATGAGTAAGAGGCAGACAGCAGAGGACTGTCCA520AGGATGGGAGAGCACCAGCCCTTAAAGGTGTTCATAGACA560TCTGCCTCAAGGAAATACCCCAGGATGAATGCCTGAGATA600CCTCTTTCAGTGGGTTTACCAAAGGAGAGGTTTAGTACAC640CTGTGCTGTAGTAAGCTGGTCAATTATCTAACGCCGATTA680AACATCTCAGAAAGTCATTGAAAATAATATACCTGAATAG720TATTCAACAGCTGGAAATTCGCAACATGTCCTGGCCACGT760CTGATAAGAAAGCTTCGTTGTTACCTGAAGGAGATGAAGA800ATCTTCGCAAACTCGTTTTCTCCAGGTGCCATCATTCCAT840GTCAGATAATGAACTCGAAGGACGGTTAGTCACCAAATTC880AGCTCTGTGTTCCTCAGGCTGGAACACCTCCAGTTGCTTA920AAATAAAATTGATCACCTTCTTCAGTGGGCACCTGGAACA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。