基因總覽
PPP6R3(protein phosphatase 6 regulatory subunit 3)是蛋白質編碼基因,其產物屬於 SAPS 家族,為 protein phosphatase 6(PP6)的調節亞基。它是 PP6 蛋白質複合體組成的一員;來源指出,此亞基可能具有支架功能。其蛋白質序列包含一段預測為無序的區域。這些資訊勾勒出 PPP6R3 作為 PP6 調節組件的基本性質;可能涉及的生物學作用與複合體關係詳述於下方。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000393800 ★ | 68,460,752–68,615,334 | 24 |
| ENST00000929857 | 68,460,475–68,615,334 | 23 |
| ENST00000265637 | 68,460,704–68,615,334 | 22 |
| ENST00000524904 | 68,460,704–68,614,575 | 24 |
| ENST00000393801 | 68,460,704–68,615,331 | 25 |
| ENST00000265636 | 68,460,704–68,615,252 | 23 |
| ENST00000529710 | 68,460,704–68,615,252 | 23 |
| ENST00000871852 | 68,460,704–68,615,334 | 25 |
| ENST00000871853 | 68,460,704–68,615,334 | 25 |
| ENST00000871854 | 68,460,704–68,615,328 | 25 |
| ENST00000871855 | 68,460,704–68,615,334 | 24 |
| ENST00000871856 | 68,460,704–68,615,334 | 23 |
顯示 12/123 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
PPP6R3 是 protein phosphatase 6(PP6)的調節亞基。來源指出,它可能具有 PP6 支架亞基的功能;此描述表示 PPP6R3 可能協助組織 PP6 的組成,但其具體分子作用方式並未在所提供資料中進一步說明,因此不宜將支架功能寫成已確立的詳細機制。
PP6 的全酶被提出可能由催化亞基、含 SAPS domain 的亞基(PP6R),以及含 ankyrin repeat domain 的調節亞基(ARS)組成。PPP6R3 與 PPP6C 及 ANKRD28 有互作紀錄;來源未進一步界定這些互作各自代表的分子作用或調控結果。因而,這些資訊支持將 PPP6R3 放在 PP6 複合體組成與調節的脈絡中理解,但不足以推演更細的反應步驟。
PPP6R3 可能在維持免疫自我耐受方面具有重要作用。這項描述具有推論性,來源並未交代其作用所依賴的細胞或實驗條件,也未說明其影響免疫耐受的具體途徑;因此只能表述為可能參與維持免疫自我耐受,而非確定的因果機制。
Promoter 與基因調控
>PPP6R3 ENST00000393800 GRCh38 chr11:68459752-68460852 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACACCCGTCTCTTCTAAAAATACAAAAATTAGCCG GGCATGGTGGCGTGCACTTGTAATCCCAGCTACACGGGAGGCTGAGACAGAACTGCTTGAACCTGGGAGG CGGAGGTTGCAATGAGCTGAGGTCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGGGACAACAGGGAAACTCCGTCTC AAACAAAACCAAACCCCAAAAGTTCTCGTCTAAGTCCTTCTCCCAGGACAAGGGCACTTATCTCTTGGCG GTGCGTCACAGGTAGGGATATTCCGCGATCCCTCACCTTGACCCCGCTACGAGGACAGCCACCTCTTTCA GGTAAAGAGATCGCAATGGGAAATCATTCTGATAAAAATTCCCCTGTGGAGAATGCAGGCATCGATCCCG TTACCTCTCACATACTAAACGAACGCTCCTCCACTTAAGCTGATTCCCTAGCCCGGCCTAACCTTTGCAG CCGGCGCATATTGTGGCTCACGTCACCACCGGTGTCCCCCGCCGCCCCCGCCCCGCCCGGCCAGCTCGCC ACCCTATTGGATCCCTCACGGCTCCGGCTCCACGGCCATGATGGGCTTGGCTCAATTTAGTTTTAAAAAG CATTGGCCACTCGGATTGGTGGTCCGAAGCGTCCGTCAAGCGGAGGACCTGCTGTTGCTACGGCGTAGGG GGTCCCAGCCAGGTTTCTCCCCGTTTCTGATTTGTTTCTCAGGCTCCGGGGTCCTAGAGGTTCCGGATCC GTCAAGTCCATGGGAAAAGAATGCGCCCCTCGCGCTTGACTGACGAGGCTTGCGGGCCAATCGGAATGTA GTCAAAGGAGCCGCTAGGCGATCCAATAGGTAGTAGGGGGCGGGAGAGAGGGGCCAATGAGCCTGGAGCT GGGGGCGGGGGCAGGGCCGCGATTGGCTGAGAGGCGGCCAGAGGGCGGGCGGGGGGGAACTCAAGGCCTG CTTGATACGTCCGCCATTTTGGGCGCTTCGCTGATGGTGTCGGTGAGCGCGTTTCCCGCCTGAGCGCAAC TAGCGGCGGGTCGTGGGCACCTCCAGGTAATGGGGGTAGGGGAGGCGCCGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PPP6R3_1 ↗ | 11:68,460,752 | 正股 | 68,460,703–68,460,762 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_BHKSG · enhancer · 68459227–68460215 · regulatory
ENSR11_BHKSK · promoter · 68460216–68460823 · regulatory
ENSR11_C8RFC · enhancer · 68460824–68462034 · regulatory
ENSR11_9326NS · enhancer · 68462499–68462943 · regulatory
· motif · 68456208–68456223 · motif
· motif · 68458055–68458069 · motif
· motif · 68459610–68459618 · motif
· motif · 68459706–68459719 · motif
· motif · 68459745–68459757 · motif
· motif · 68459747–68459754 · motif
· motif · 68459747–68459762 · motif
· motif · 68460069–68460076 · motif
· motif · 68460229–68460243 · motif
· motif · 68460286–68460296 · motif
· motif · 68460352–68460362 · motif
· motif · 68460472–68460492 · motif
· motif · 68460627–68460637 · motif
· motif · 68460662–68460672 · motif
· motif · 68460668–68460678 · motif
· motif · 68460706–68460716 · motif
· motif · 68460740–68460750 · motif
· motif · 68460829–68460839 · motif
· motif · 68464404–68464416 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:873 aa
PPP6R3 的蛋白質長度為 873 個胺基酸,屬於 SAPS 家族。序列註解將第 628 至 873 位胺基酸標示為無序區域;此註解描述的是區域特徵,來源未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
PPP6R3 被記錄位於細胞質與細胞核。 來源未提供定位變化的條件、動態或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ANKRD28O15084 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- PPP6CO00743 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- TERF2IPQ9NYB0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
PPP6R3 與 PPP6C 及 ANKRD28 有互作紀錄。PP6 全酶則被提出可能由催化亞基、含 SAPS domain 的 PP6R,以及含 ankyrin repeat domain 的 ARS 調節亞基構成;來源未明確說明上述互作是否各自代表直接結合,也未指出 PPP6R3 與這些組件的具體對應關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | PPP6R3 是 protein phosphatase 6(PP6)的調節亞基,可能具有 PP6 支架亞基的功能,並可能在維持免疫自我耐受方面扮演重要角色。來源以「可能」描述後兩項作用,未提供更具體的機制或條件。 | 含實驗來源 | 證據與來源Regulatory subunit of protein phosphatase 6 (PP6). May function as a scaffolding PP6 subunit. May have an important role in maintaining immune self-tolerance PMID 11401438 ↗ · PMID 16769727 ↗ |
| 交互作用 | PP6 全酶被提出可能是異源三聚體,由催化亞基、含 SAPS domain 的 PP6R 亞基,以及含 ankyrin repeat domain 的 ARS 調節亞基構成。PPP6R3 有 PPP6C 與 ANKRD28 互作紀錄;來源未進一步說明互作方式。 | 含實驗來源 | 證據與來源Protein phosphatase 6 (PP6) holoenzyme is proposed to be a heterotrimeric complex formed by the catalytic subunit, a SAPS domain-containing subunit (PP6R) and an ankyrin repeat-domain containing regulatory subunit (ARS). Interacts with PPP6C and ANKRD28 PMID 18186651 ↗ |
| 細胞定位 | PPP6R3 的細胞內定位記錄為細胞質與細胞核。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GGGCGCTTCGCTGATGGTGTCGGTGAGCGCGTTTCCCGCC40TGAGCGCAACTAGCGGCGGGTCGTGGGCACCTCCAGGAGA80GCTTGTTTCATATCCATATCCCACTGTATTCCTGCTAATC120TGCTAATGCAGTAAATTGGAGGAAAACTGTTACCAGGATA160ACCTGTAATGGGCAAGGAGCCACAAAGAAGAAAACATTTC200TTTTAATTTTTAAACTTGGTTTGAAAGACCAGCATGTTTT240GGAAATTTGATCTTCACTCATCATCCCACATAGACACACT280TCTAGAAAGAGAAGATGTAACACTGAAGGAGTTAATGGAT320GAGGAAGATGTTTTACAGGAATGTAAAGCTCAGAACCGCA360AACTTATAGAGTTTCTGTTAAAAGCAGAATGTCTCGAAGA400TTTAGTCTCATTCATTATAGAAGAACCACCTCAAGACATG440GATGAAAAGATCAGATACAAGTATCCAAATATATCTTGTG480AGTTGCTCACTTCTGATGTCTCCCAGATGAATGATAGACT520GGGAGAAGATGAATCCTTGCTAATGAAATTATATAGCTTC560CTCCTAAACGATTCCCCTTTGAATCCACTACTTGCCAGTT600TCTTCAGCAAGGTGCTAAGTATTCTTATCAGCAGAAAACC640AGAACAGATTGTGGATTTCTTAAAGAAGAAGCATGATTTT680GTAGACCTTATTATAAAGCACATAGGAACTTCTGCTATCA720TGGATTTGTTGCTCAGGCTCCTGACGTGTATCGAACCTCC760ACAGCCCAGGCAAGATGTGCTGAATTGGTTAAATGAGGAG800AAAATTATCCAGAGGCTTGTGGAAATAGTTCATCCATCGC840AAGAAGAAGATCGACATTCAAATGCATCACAATCACTTTG880TGAAATTGTTCGCCTGAGCAGAGACCAGATGTTACAAATT920CAGAACAGTACAGAGCCCGACCCCCTGCTTGCCACTCTAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。