演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

PPP6R3SAPLa

protein phosphatase 6 regulatory subunit 3

PPP6R3 是 protein phosphatase 6 的調節亞基,可能協助組成 PP6 支架,並可能參與維持免疫自我耐受。

Homo sapiens11q13UniProt Q5H9R7
OFFICIAL SYMBOL
PPP6R3
CHROMOSOME
11
UNIPROT
Q5H9R7
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

PPP6R3(protein phosphatase 6 regulatory subunit 3)是蛋白質編碼基因,其產物屬於 SAPS 家族,為 protein phosphatase 6(PP6)的調節亞基。它是 PP6 蛋白質複合體組成的一員;來源指出,此亞基可能具有支架功能。其蛋白質序列包含一段預測為無序的區域。這些資訊勾勒出 PPP6R3 作為 PP6 調節組件的基本性質;可能涉及的生物學作用與複合體關係詳述於下方。

Official symbol
PPP6R3
Gene name
protein phosphatase 6 regulatory subunit 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:1173
UniProt
Q5H9R7
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SAPLaDKFZp781E2374DKFZp781O2362DKFZp781E17107SAP190SAPLPP6R3FLJ11058FLJ43065KIAA1558MGC125711MGC125712C11orf23SAPS3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1111q13
chr11 · 135,086,622 bp · GRCh38chr11p15.5 · 1–2800000 · gnegchr11p15.4 · 2800001–11700000 · gpos50chr11p15.3 · 11700001–13800000 · gnegchr11p15.2 · 13800001–16900000 · gpos50chr11p15.1 · 16900001–22000000 · gnegchr11p14.3 · 22000001–26200000 · gpos100chr11p14.2 · 26200001–27200000 · gnegchr11p14.1 · 27200001–31000000 · gpos75chr11p13 · 31000001–36400000 · gnegchr11p12 · 36400001–43400000 · gpos100chr11p11.2 · 43400001–48800000 · gnegchr11p11.12 · 48800001–51000000 · gpos75chr11p11.11 · 51000001–53400000 · acenchr11q11 · 53400001–55800000 · acenchr11q12.1 · 55800001–60100000 · gpos75chr11q12.2 · 60100001–61900000 · gnegchr11q12.3 · 61900001–63600000 · gpos25chr11q13.1 · 63600001–66100000 · gnegchr11q13.2 · 66100001–68700000 · gpos25chr11q13.3 · 68700001–70500000 · gnegchr11q13.4 · 70500001–75500000 · gpos50chr11q13.5 · 75500001–77400000 · gnegchr11q14.1 · 77400001–85900000 · gpos100chr11q14.2 · 85900001–88600000 · gnegchr11q14.3 · 88600001–93000000 · gpos100chr11q21 · 93000001–97400000 · gnegchr11q22.1 · 97400001–102300000 · gpos100chr11q22.2 · 102300001–103000000 · gnegchr11q22.3 · 103000001–110600000 · gpos100chr11q23.1 · 110600001–112700000 · gnegchr11q23.2 · 112700001–114600000 · gpos50chr11q23.3 · 114600001–121300000 · gnegchr11q24.1 · 121300001–124000000 · gpos50chr11q24.2 · 124000001–127900000 · gnegchr11q24.3 · 127900001–130900000 · gpos50chr11q25 · 130900001–135086622 · gnegPPP6R3pq1 bp135,086,622 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr11:68,460,475–68,615,343
Gene span
154,869 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000393800 ★68,460,752–68,615,33424
ENST0000092985768,460,475–68,615,33423
ENST0000026563768,460,704–68,615,33422
ENST0000052490468,460,704–68,614,57524
ENST0000039380168,460,704–68,615,33125
ENST0000026563668,460,704–68,615,25223
ENST0000052971068,460,704–68,615,25223
ENST0000087185268,460,704–68,615,33425
ENST0000087185368,460,704–68,615,33425
ENST0000087185468,460,704–68,615,32825
ENST0000087185568,460,704–68,615,33424
ENST0000087185668,460,704–68,615,33423

顯示 12/123 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

PPP6R3 是 protein phosphatase 6(PP6)的調節亞基。來源指出,它可能具有 PP6 支架亞基的功能;此描述表示 PPP6R3 可能協助組織 PP6 的組成,但其具體分子作用方式並未在所提供資料中進一步說明,因此不宜將支架功能寫成已確立的詳細機制。

PP6 的全酶被提出可能由催化亞基、含 SAPS domain 的亞基(PP6R),以及含 ankyrin repeat domain 的調節亞基(ARS)組成。PPP6R3 與 PPP6C 及 ANKRD28 有互作紀錄;來源未進一步界定這些互作各自代表的分子作用或調控結果。因而,這些資訊支持將 PPP6R3 放在 PP6 複合體組成與調節的脈絡中理解,但不足以推演更細的反應步驟。

PPP6R3 可能在維持免疫自我耐受方面具有重要作用。這項描述具有推論性,來源並未交代其作用所依賴的細胞或實驗條件,也未說明其影響免疫耐受的具體途徑;因此只能表述為可能參與維持免疫自我耐受,而非確定的因果機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 68460752 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>PPP6R3 ENST00000393800 GRCh38 chr11:68459752-68460852 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACACCCGTCTCTTCTAAAAATACAAAAATTAGCCG
GGCATGGTGGCGTGCACTTGTAATCCCAGCTACACGGGAGGCTGAGACAGAACTGCTTGAACCTGGGAGG
CGGAGGTTGCAATGAGCTGAGGTCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGGGACAACAGGGAAACTCCGTCTC
AAACAAAACCAAACCCCAAAAGTTCTCGTCTAAGTCCTTCTCCCAGGACAAGGGCACTTATCTCTTGGCG
GTGCGTCACAGGTAGGGATATTCCGCGATCCCTCACCTTGACCCCGCTACGAGGACAGCCACCTCTTTCA
GGTAAAGAGATCGCAATGGGAAATCATTCTGATAAAAATTCCCCTGTGGAGAATGCAGGCATCGATCCCG
TTACCTCTCACATACTAAACGAACGCTCCTCCACTTAAGCTGATTCCCTAGCCCGGCCTAACCTTTGCAG
CCGGCGCATATTGTGGCTCACGTCACCACCGGTGTCCCCCGCCGCCCCCGCCCCGCCCGGCCAGCTCGCC
ACCCTATTGGATCCCTCACGGCTCCGGCTCCACGGCCATGATGGGCTTGGCTCAATTTAGTTTTAAAAAG
CATTGGCCACTCGGATTGGTGGTCCGAAGCGTCCGTCAAGCGGAGGACCTGCTGTTGCTACGGCGTAGGG
GGTCCCAGCCAGGTTTCTCCCCGTTTCTGATTTGTTTCTCAGGCTCCGGGGTCCTAGAGGTTCCGGATCC
GTCAAGTCCATGGGAAAAGAATGCGCCCCTCGCGCTTGACTGACGAGGCTTGCGGGCCAATCGGAATGTA
GTCAAAGGAGCCGCTAGGCGATCCAATAGGTAGTAGGGGGCGGGAGAGAGGGGCCAATGAGCCTGGAGCT
GGGGGCGGGGGCAGGGCCGCGATTGGCTGAGAGGCGGCCAGAGGGCGGGCGGGGGGGAACTCAAGGCCTG
CTTGATACGTCCGCCATTTTGGGCGCTTCGCTGATGGTGTCGGTGAGCGCGTTTCCCGCCTGAGCGCAAC
TAGCGGCGGGTCGTGGGCACCTCCAGGTAATGGGGGTAGGGGAGGCGCCGG
PPP6R3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
PPP6R3_1 ↗11:68,460,752正股68,460,703–68,460,762

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR11_BHKSG · enhancer · 68459227–68460215 · regulatory

ENSR11_BHKSK · promoter · 68460216–68460823 · regulatory

ENSR11_C8RFC · enhancer · 68460824–68462034 · regulatory

ENSR11_9326NS · enhancer · 68462499–68462943 · regulatory

· motif · 68456208–68456223 · motif

· motif · 68458055–68458069 · motif

· motif · 68459610–68459618 · motif

· motif · 68459706–68459719 · motif

· motif · 68459745–68459757 · motif

· motif · 68459747–68459754 · motif

· motif · 68459747–68459762 · motif

· motif · 68460069–68460076 · motif

· motif · 68460229–68460243 · motif

· motif · 68460286–68460296 · motif

· motif · 68460352–68460362 · motif

· motif · 68460472–68460492 · motif

· motif · 68460627–68460637 · motif

· motif · 68460662–68460672 · motif

· motif · 68460668–68460678 · motif

· motif · 68460706–68460716 · motif

· motif · 68460740–68460750 · motif

· motif · 68460829–68460839 · motif

· motif · 68464404–68464416 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:873 aa

1 aa873 aa功能區域
依 Q5H9R7 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

PPP6R3 的蛋白質長度為 873 個胺基酸,屬於 SAPS 家族。序列註解將第 628 至 873 位胺基酸標示為無序區域;此註解描述的是區域特徵,來源未提供其他結構域或功能區域資訊。

功能區域Disordered628–873 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q5H9R7…

AlphaFold · Q5H9R7

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Nucleus

PPP6R3 被記錄位於細胞質與細胞核。 來源未提供定位變化的條件、動態或不同異構型之間的差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SAPLaPPP6R3ANKRD28PPP6CTERF2IP
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

PPP6R3 與 PPP6C 及 ANKRD28 有互作紀錄。PP6 全酶則被提出可能由催化亞基、含 SAPS domain 的 PP6R,以及含 ankyrin repeat domain 的 ARS 調節亞基構成;來源未明確說明上述互作是否各自代表直接結合,也未指出 PPP6R3 與這些組件的具體對應關係。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能PPP6R3 是 protein phosphatase 6(PP6)的調節亞基,可能具有 PP6 支架亞基的功能,並可能在維持免疫自我耐受方面扮演重要角色。來源以「可能」描述後兩項作用,未提供更具體的機制或條件。含實驗來源
證據與來源

Regulatory subunit of protein phosphatase 6 (PP6). May function as a scaffolding PP6 subunit. May have an important role in maintaining immune self-tolerance

PMID 11401438 ↗ · PMID 16769727 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用PP6 全酶被提出可能是異源三聚體,由催化亞基、含 SAPS domain 的 PP6R 亞基,以及含 ankyrin repeat domain 的 ARS 調節亞基構成。PPP6R3 有 PPP6C 與 ANKRD28 互作紀錄;來源未進一步說明互作方式。含實驗來源
證據與來源

Protein phosphatase 6 (PP6) holoenzyme is proposed to be a heterotrimeric complex formed by the catalytic subunit, a SAPS domain-containing subunit (PP6R) and an ankyrin repeat-domain containing regulatory subunit (ARS). Interacts with PPP6C and ANKRD28

PMID 18186651 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位PPP6R3 的細胞內定位記錄為細胞質與細胞核。資料庫紀錄
證據與來源

Cytoplasm; Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000393800 · 5,072 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGGCGCTTCGCTGATGGTGTCGGTGAGCGCGTTTCCCGCC40
41TGAGCGCAACTAGCGGCGGGTCGTGGGCACCTCCAGGAGA80
81GCTTGTTTCATATCCATATCCCACTGTATTCCTGCTAATC120
121TGCTAATGCAGTAAATTGGAGGAAAACTGTTACCAGGATA160
161ACCTGTAATGGGCAAGGAGCCACAAAGAAGAAAACATTTC200
201TTTTAATTTTTAAACTTGGTTTGAAAGACCAGCATGTTTT240
241GGAAATTTGATCTTCACTCATCATCCCACATAGACACACT280
281TCTAGAAAGAGAAGATGTAACACTGAAGGAGTTAATGGAT320
321GAGGAAGATGTTTTACAGGAATGTAAAGCTCAGAACCGCA360
361AACTTATAGAGTTTCTGTTAAAAGCAGAATGTCTCGAAGA400
401TTTAGTCTCATTCATTATAGAAGAACCACCTCAAGACATG440
441GATGAAAAGATCAGATACAAGTATCCAAATATATCTTGTG480
481AGTTGCTCACTTCTGATGTCTCCCAGATGAATGATAGACT520
521GGGAGAAGATGAATCCTTGCTAATGAAATTATATAGCTTC560
561CTCCTAAACGATTCCCCTTTGAATCCACTACTTGCCAGTT600
601TCTTCAGCAAGGTGCTAAGTATTCTTATCAGCAGAAAACC640
641AGAACAGATTGTGGATTTCTTAAAGAAGAAGCATGATTTT680
681GTAGACCTTATTATAAAGCACATAGGAACTTCTGCTATCA720
721TGGATTTGTTGCTCAGGCTCCTGACGTGTATCGAACCTCC760
761ACAGCCCAGGCAAGATGTGCTGAATTGGTTAAATGAGGAG800
801AAAATTATCCAGAGGCTTGTGGAAATAGTTCATCCATCGC840
841AAGAAGAAGATCGACATTCAAATGCATCACAATCACTTTG880
881TGAAATTGTTCGCCTGAGCAGAGACCAGATGTTACAAATT920
921CAGAACAGTACAGAGCCCGACCCCCTGCTTGCCACTCTAG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。