基因總覽
POLR1HASP 是人類假基因(pseudogene),正式名稱為 POLR1H antisense, pseudogene。登錄類型為 pseudogene。此基因座位於 6p22.1。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000637794 ★ | 30,056,965–30,058,612 | 3 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
Promoter 與基因調控
>POLR1HASP ENST00000637794 GRCh38 chr6:30058512-30059612 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATGGCAGATATTTAAAAAAGATGCTCAGATATTATGTGTCAAGGATCATCAGCAATCAGCAAATCATTAA TTTTGAGAACTTGGGATCACAGACTCTAATGTTAAGTATTGTGCTAGAAGCCATGTACAGAGAAGTAAAA GTAAGATGATCATACGTTTACAATCTCAAAATAAGCTTACGTAGACAAATAAGAATGTTCCTAAGAGGTC AGTGAGACCAAATATTTGATATCAGATCCTTTCCAACAATATAGAGGCATCATATTTGTAGATATAAATT ACAGTTTTCATTCCTTATGAGCCTAAATTTCAGCATCAAAATGTTAAAAGTGATATGTGAATACAGATAT CACAGTGTAAACCACGATTAATTTTCAAATGAGTTGTAGAATTAAAATATGTCAAGTATTTAGAGGAAGG GAAGATCACTGACAGAGTAGACTGGAAAGACTTTATAATCAGGAGCTTGACCTGTGAAGGACAGATAGAT AGAATTTATTGAGAACTTACCAAGCTCTTTACATCTAATTCATATTTGTTCTTTATAACCCTGAGAGGCA GATTTTTGTCTTACATCTCCATTTTATAGATGAGAAAGCTGACAGAAGTTACTTGCCCTGAGTCACACAC CTAGGAAGTGGTAGAATTAGATTTCAGATCTAGCTCTGTCAGACTGTAAAGACCATCCTTTGAACTCTAA ATGGTATAAAAGACATACAGAGGAAATGCCAGGCATCCTCAGTGGCTTAAATACGACATCACAGTAAACT CAGGCTAGACCAGGGATGACACATAAAAGATGATAGTTTTCATTTGTGTTGCCATCAGCCTCCTCTATAA ATAAACCCAGAGTAACCACAAATTGCCATCCTGAGGGGTTCAACAGGGAATAGTCTCATAATGGATTTAG AGTGAAGGATGATTGGCATTGTTAGTCAGGCAAGCAGAGGGCTGAGCAGTCAAATAACAGAATTTCAGAA CAAAAGATTAGAGGGCAGAAATGCTGTATGTGCTGATAGAGTCAGAGAGGGCCCGGATCAAGAAACTGCA GGAAGAGAAAACTAGAAACCTAGAATCGTCTAGAAAACTAGAACCTACAAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR6_B7Z43 · enhancer · 30060410–30061006 · regulatory
ENSR6_9FX68 · promoter · 30061007–30061275 · regulatory
ENSR6_8TTCJ · enhancer · 30062905–30063043 · regulatory
· motif · 30060429–30060442 · motif
· motif · 30060429–30060442 · motif
· motif · 30060449–30060462 · motif
· motif · 30060449–30060462 · motif
· motif · 30060670–30060683 · motif
· motif · 30060670–30060683 · motif
· motif · 30060762–30060777 · motif
· motif · 30060879–30060894 · motif
· motif · 30060906–30060919 · motif
· motif · 30060906–30060919 · motif
· motif · 30061187–30061200 · motif
· motif · 30061187–30061200 · motif
· motif · 30061865–30061878 · motif
· motif · 30061919–30061930 · motif
基因座與轉錄註解
POLR1HASP 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000637794 ★ | transcribed_unitary_pseudogene | 1,074 nt | 3 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
ATGCTGTATGTGCTGATAGAGTCAGAGAGGGCCCGGATCA40AGAAACTGCAGGAAGAGAAAACTAGAAACCTAGAATCGTC80TAGAAAACTAGAACCTACAATCGTCTCAGAACACAAAGGA120GGCTTGAGGACTGAGCAGACTGACATAGATGTACTTGGAC160AACACCTCACCAAGGAGCATGTCTCTTCCCACTCACAATC200CCCAATACGAGATTCACAGTGGTTCACGCTGAGTCCACAG240GAAAAATTGGCCTGGGGTACATCATCTAAAGATCCTAGGA280TTGCTGCAGGTCAGCAGTCTCCACTGGAAAAAAAGATCTT320GAATCTAGGTGGTGTGCATACAACAGCAGCAAGACAGTTG360ATAATGCAGAAATATCAGGAGGAGTGTGAAATACTCTGTA400GGGAGCAAGCTGTTTCTCTTGACTACTGGCTTGCCAAAGC440AGAGTCTTATTATAATAAAATAATAGTGGAAATGATGAAA480GAAGAGACAGGCAATGAAATCTAGAAAAAAATGGAGGAGA520AAACAACCCAGAGCGTAGAAGGACTAAAACAGTACTGTTT560GGTACCTGAGAGAGAGATGAAACACATAGAAAGGCACATA600CATCAAACAGGAAAGGCTGGAGAATTTAAGAACAAACCAT640TTAGACAAGTACTACAACCCCCCAATGAAACAAAATTACC680AAAAATTATGCCAGAAGGGCATGGCATCCAGAACGCACAG720AGAAGAAAGCAGGTAAATGAGAGGGAACAGATGCAGACTA760AGGATCACCAGGAACGCATGATTCGAGGGAGAGAACTTGC800AGAACAAAGACTCAAGGAGAGAATCTTGAGAAGAAGCCAG840AGCCAGCTACTTACATATGAGAAGCATGAGAGAGTAAAAG880AGATAAAGGAGTTTGAAAGAGTTATTGCGTATCTTCTTTT920CCAACCATGCAGTAGAAGTCGGATTAAAGTGAGTATTCTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。