演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

PLEKHA4PEPP1

pleckstrin homology domain containing A4

PLEKHA4 編碼一種可專一結合 phosphatidylinositol 3-phosphate(PtdIns3P)的蛋白質,不結合其他 phosphoinositides。

Homo sapiens19q13.33UniProt Q9H4M7
OFFICIAL SYMBOL
PLEKHA4
CHROMOSOME
19
UNIPROT
Q9H4M7
PDB / ALPHAFOLD
1UPQ
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

PLEKHA4 的正式名稱為 pleckstrin homology domain containing A4,屬於蛋白質編碼基因。其產物具有可辨識 PtdIns3P 的特性;現有資料未提供更完整的家族分類或其他基本生化性質。

Official symbol
PLEKHA4
Gene name
pleckstrin homology domain containing A4
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:14339
UniProt
Q9H4M7
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
PEPP1

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919q13.33
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25PLEKHA4pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr19:48,837,091–48,868,855
Gene span
31,765 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000263265 ★48,837,097–48,868,61720
ENST0000059410048,837,091–48,868,85519
ENST0000088296648,837,091–48,868,85519
ENST0000088296748,837,091–48,868,85520
ENST0000088296848,837,091–48,868,85519
ENST0000088296948,837,091–48,868,85519
ENST0000088297048,837,091–48,868,85518
ENST0000088297148,837,091–48,868,85517
ENST0000088297248,837,091–48,868,85520
ENST0000088297348,837,091–48,868,85519
ENST0000088297448,837,091–48,868,85516
ENST0000088297548,837,091–48,868,85518

顯示 12/26 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

PLEKHA4 的蛋白質產物可專一結合 phosphatidylinositol 3-phosphate(PtdIns3P)。資料指出,這種結合具有脂質選擇性:該蛋白質會結合 PtdIns3P,但不結合其他 phosphoinositides。現有資訊未說明此結合在細胞中的下游作用或其涉及的生物學過程。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 48868617 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>PLEKHA4 ENST00000263265 GRCh38 chr19:48868517-48869617 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TGAACTCCTGGTCTCAAGCGATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCAT
TGCACCCAGCCAGGGCTCACTGCTTTCTTCTCAGTGGCTGCAACAGACAGTGCCTGCACACAGTAGGTGC
TCAACAGGTGCATGGTGAATGGCAGTTAAACCGAAAGCTCAGATTCCTTCCCGGTCACAGGCACAAGGCT
CCACTCCTGGGTGTCATCTGCTTCAGACTTAGGCAGTAGCTCTGCCCCCACAAGCCGCGATTCTGCCTGG
GTGGCACTCTTTGTGCGGGTGGGGGCGCTTCTGCTACAAGTTCCAGGCCCTGGGTGACAGTTCCAGCCCC
CCGCTCTCCTCCCCTGCCTACGGATGCATAATCTTGTTCCTCAAAATATACCAAGGAATCATGTCTCTCT
CCTGAGGGAGTTGTCCTCAGTCTAGAAGAGAATTCTCACCTGGATCTGAGGTGGAGGTTTGGAACTCTCC
ATTTCACCCTGCCCTACTGGGACCATCCCCTTTTCTCCCTAGGGGACCTGGACAAACCGTCCCTGGCCCC
TTCCAAGCACAGCCATGTTTCCAGACCCCCAGCTCTTTCACGACTCAGGAGTCCTGATCCTAGCTCAGAC
CTTCTCGGGCACCCAGGAGTCTGGATCCCTAACCCATTCCCTCCAGGGCTTTGGAAATTTGAGTCCCCAC
CCCTTGCAGGACACAAGCCTCCTCCGTTTAGGACACCAGTGGCTCAGGCCCCCAACCACAGCAGCAAACC
CACGGGGGCCCTGGAGTGCAGGCCTCAAGTCCAACTCTCCAAACACTGAGAAGTCCCAACCTTGGTCCTT
AGGGGACCTGGGAATTGGGGGGCCCAAGCCCCTCCCTTCAGCTATGGGGGCAGCTGAGCCAGAGGTCAGG
CTGTAGTGGGGAGGCCAGAAGGGGCGGGGACAGCCGGGATTGGGAGGGGAGAACAGCAGCGTGGGCGGCT
GGCAGAGGCAGGGAAAGACCAGCAGAGAGGAAAGAGAAACTGGGAGAGGGAGGAAGGGAGAAAGTGAGAA
GGGAAATCGGAAAGAGAAAAGGGAGGAAACGGCAGAGCCAGAGAGAAAGAG
PLEKHA4 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
PLEKHA4_1 ↗19:48,868,614負股48,868,604–48,868,663

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_C6SWZ · enhancer · 48866793–48868443 · regulatory

ENSR19_BCNT5 · promoter · 48868444–48869107 · regulatory

ENSR19_BCNTL · promoter · 48871722–48872431 · regulatory

ENSR19_9PDQF · promoter · 48872577–48873077 · regulatory

· motif · 48866478–48866489 · motif

· motif · 48866525–48866540 · motif

· motif · 48866530–48866542 · motif

· motif · 48866533–48866540 · motif

· motif · 48868377–48868391 · motif

· motif · 48872014–48872028 · motif

· motif · 48872014–48872028 · motif

· motif · 48872238–48872248 · motif

· motif · 48872246–48872262 · motif

· motif · 48872327–48872342 · motif

· motif · 48872334–48872342 · motif

· motif · 48872360–48872373 · motif

· motif · 48872360–48872373 · motif

· motif · 48872677–48872690 · motif

· motif · 48872677–48872690 · motif

· motif · 48872985–48872995 · motif

· motif · 48873044–48873050 · motif

· motif · 48873071–48873081 · motif

· motif · 48873151–48873159 · motif

· motif · 48873160–48873176 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:779 aa

1 aa779 aa結構域功能區域
依 Q9H4M7 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

PLEKHA4 蛋白質長 779 個胺基酸,包含位於第 54 至 153 個胺基酸的 PH 結構域。資料另將第 152–352、492–670 及 691–764 個胺基酸區段註記為無序區。

結構域PH54–153 aa
功能區域Disordered152–352 aa
功能區域Disordered492–670 aa
功能區域Disordered691–764 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1UPQ…

PDB · 1UPQ

X-ray · 1.48 A · A=45-167

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Membrane

PLEKHA4 被註記位於細胞質,並可作為周邊膜蛋白與膜相關聯。 資料未提供定位變化的條件或不同異構型之間的差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
PEPP1PLEKHA4ankXKLHL12MEI4
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能PLEKHA4 蛋白質可專一結合 phosphatidylinositol 3-phosphate(PtdIns3P);資料並指出,它不結合其他 phosphoinositides,顯示此結合具有脂質選擇性。含實驗來源
證據與來源

Binds specifically to phosphatidylinositol 3-phosphate (PtdIns3P), but not to other phosphoinositides

PMID 11001876 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位PLEKHA4 的定位註記包括細胞質與膜;在膜上的形式描述為周邊膜蛋白。資料未指出定位的條件或變化。推論支持
證據與來源

Cytoplasm; Membrane / Peripheral membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000263265 · 3,073 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1AGCAGAGAGGAAAGAGAAACTGGGAGAGGGAGGAAGGGAG40
41AAAGTGAGAAGGGAAATCGGAAAGAGAAAAGGGAGGAAAC80
81GGCAGAGCCAGAGAGAAAGAGGAAGAGACTGAGTGTGAAG120
121GAGAGAGGACACAGGGGATGACTGAGAGACAGAGAGAGAG160
161AGAGAGAGAGAATGAGACAGAGACTTAAGGAAGAGACCCT200
201GTGAGTCTGACAATAAAAGATTTGGACAGAAACAGAAAGA240
241TTGGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAATGAGTGAGAGAGAG280
281ACTGGAAGAGACAGAGATCAGAGGGAGACACAGAAAGTGA320
321GAGTGGGGAGAGAGGTAGTGTAAAAGGAAGAGAGAGAGAG360
361AGAGACCGTAAGAGACAGGAGACAAAGAGACAAAAAGTGT400
401GAGTGAGCAGGTGAGGAGAGAGATTGAGAACTATGAGAGA440
441CAGCAGCTAAGAGACAAAGGAGGCGGGAGACTGCCTAGGT480
481GCCGCAGCACCCACACCGTCCTCTTGCCCCCCCGTCACTG520
521GGACCCCAGAGCTGGCCCTTGATGGAGGGGAGCCGACCTC560
561GCAGCAGCCTGAGCCTGGCCAGCAGCGCCTCCACCATCTC600
601CTCGCTCAGCAGCCTGAGCCCCAAGAAGCCCACCCGGGCA640
641GTAAACAAGATCCACGCCTTTGGGAAGAGAGGCAATGCGC680
681TCAGGAGGGATCCCAACCTTCCCGTGCACATCCGAGGCTG720
721GCTTCATAAGCAGGACAGCTCGGGGCTCCGTCTCTGGAAA760
761CGCCGCTGGTTCGTCCTCTCCGGCCATTGCCTCTTTTATT800
801ACAAGGACAGCCGCGAGGAGAGTGTCCTAGGCAGCGTCCT840
841GCTCCCCAGCTACAATATTAGACCAGATGGGCCGGGAGCC880
881CCCCGAGGGCGGCGCTTCACCTTCACCGCAGAGCACCCGG920
921GCATGAGGACCTACGTTTTGGCCGCTGACACCTTAGAAGA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。