基因總覽
PEG10(paternally expressed 10)是蛋白質編碼基因,其產物為源自反轉錄轉座子的蛋白質。PEG10蛋白可與自身 mRNA 結合,並組裝成類病毒衣殼;這項特性也與其形成可包裹自身 mRNA 的胞外囊泡有關。蛋白質序列含有 CCHC 型鋅指,並具有數段被註記為無序的區域。這些特徵概括了其分子性質;其參與的生物過程與作用方式另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000612748 ★ | 94,656,370–94,669,692 | 3 |
| ENST00000482108 | 94,656,325–94,669,695 | 2 |
| ENST00000488574 | 94,656,370–94,665,698 | 2 |
| ENST00000613043 | 94,656,384–94,663,650 | 3 |
| ENST00000617526 | 94,656,546–94,669,692 | 3 |
| ENST00000615790 | 94,656,546–94,669,692 | 2 |
| ENST00000612941 | 94,656,546–94,669,692 | 3 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
PEG10具有結合自身 mRNA 並自我組裝的能力,可形成類病毒衣殼。它能形成包裹自身 mRNA 的類病毒胞外囊泡,這些囊泡可從細胞釋出,讓 PEG10 mRNA 得以在細胞間轉移。PEG10與自身 mRNA 的結合位置包括5′非翻譯區(5′-UTR)、核衣殼(NC)與蛋白酶(PRO)編碼序列交界附近,以及3′非翻譯區(3′-UTR)起始處。
在發育相關過程中,PEG10依相似性推定參與胎盤形成,並且是滋養層幹細胞分化所需;它也依相似性推定參與脂肪細胞分化的早期階段。這些敘述具有相似性推定的證據性質,並非在此資料中描述為已確立的分子機制。
在多種癌症中,PEG10表現量升高,並與腫瘤進展相關。來源指出,PEG10可促進細胞增殖,推動細胞週期由 G0/G1 期向前進行;也可抑制 TGF-beta 訊號而增進癌症進展,其中可能涉及與 TGF-beta 受體 ACVRL1 的交互作用。後者的作用方式仍以可能性表述,不應視為已確定的完整機制。
另有相似性推定指出,PEG10可能結合髓鞘鹼性蛋白(MBP)啟動子 MB1 區域中的 5′-GCCTGTCTTT-3′ DNA 序列;來源明確指出仍需更多證據確認此結果。
Promoter 與基因調控
>PEG10 ENST00000612748 GRCh38 chr7:94655370-94656470 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTGTTTAGCTCCCAGCATTTCATGATTCCGCTTCCCTGCTCCGTAAAACCGAAGAAAACCGAGATTTCCG TCACCGAGAAATGCACTTAGCAAGAGGGGGAAATTCGGTGTTTTAAATGTCACATTTTTGTGTTCTCTAC CACTATCAAGAAAAGGAAAAAAGATGTGTTTGTGTAGCGGGGACGCAGCTTGACACCCATTTCCTTTGGC TCGCATCGCGGTCGCAGAGCCCAATCGCGGGGAAACGGGCCCCCCAGAAAAACAGGCAACGACCCCCAGC TCTTTGCTACAGGGATCGGGAGAGGACTACCCTGGGGCTGGGCGGGGAGGGGGATGTTGGGAACAGGAAT TGGAGATGGAATTTCTGCGCCCGCAGAGCAGGGAGGGGCCCGCGGGGGCGCGGAGAGGAAAAAAAGGCCA GGGGTCAAGCCTGGGGAGAGAGAAGCTGGGCCGGGGAAATGGGGTACAGGGTGTACTGAAGGAGGGGTAC GGTGGGGTCCGGGACAGAAAGAGAGGCTGGTGCCCAAAGGGCGCGCTCAGGCGCCCGGAACCCGAGCGGG GGAGGGGGAGGCGGCGGCCTGTTGGCCCCGGGACCTCCACGTCGCGCGCAGGCCACTAACCTGTCAGCAA GAATGTGCCAGTGGTCGCGGGGCTCATCCTGCGTGTCCCCCGACCCTGTCCCGTCCAAGCACAGGGGTCT CCCAGCTCCCACCACCGGGGCAATTGCATTCTTGGCCTGGCTAGGCCGTCCGTCCTCGATTCTCCCCTCC CCTCCCTTTCTTCTTCCCTCCCAGCTTGGCCAGTTCAGCATCAGCATCCCGCACCCCCTCGGTAATCCCG TACTCCCTCTAGCGGCGGGCCACTGCAGCGTGGCCACCGCCCCCACCCCCATCCCCCATCCCCGCACCCC CCTCCACCCCCTAGCCCGCGGAGCACGCTGGGATTTGGCGCCCCCCTCCTCGGTGCAACCTATATAAGGC TCACAGTCTGCGCTCCTGGTACACGCGCTTCAACTTCGGTTGGTGTGTGTCGAAGAAACCTGACTGCGCC CTGAGGAGAACAGCGGAGAAGGTCCACCGAGCCTGGCGAAAGGTCCGCTGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PEG10_1 ↗ | 7:94,656,370 | 正股 | 94,656,321–94,656,380 |
| PEG10_2 ↗ | 7:94,657,777 | 正股 | 94,657,728–94,657,787 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR7_CCDL6 · enhancer · 94654699–94656090 · regulatory
ENSR7_BNR7J · promoter · 94656091–94657062 · regulatory
ENSR7_5S95H8 · CTCF_binding_site · 94656208–94656229 · regulatory
ENSR7_5S95R8 · CTCF_binding_site · 94657941–94657962 · regulatory
ENSR7_CCDLF · enhancer · 94658063–94659290 · regulatory
ENSR7_5S95WG · CTCF_binding_site · 94658633–94658654 · regulatory
· motif · 94652750–94652764 · motif
· motif · 94652750–94652765 · motif
· motif · 94652750–94652765 · motif
· motif · 94655350–94655363 · motif
· motif · 94655783–94655796 · motif
· motif · 94655788–94655800 · motif
· motif · 94655790–94655797 · motif
· motif · 94655951–94655966 · motif
· motif · 94656210–94656226 · motif
· motif · 94656228–94656244 · motif
· motif · 94656245–94656258 · motif
· motif · 94656264–94656277 · motif
· motif · 94656617–94656633 · motif
· motif · 94656617–94656633 · motif
· motif · 94656688–94656700 · motif
· motif · 94657252–94657264 · motif
· motif · 94657254–94657276 · motif
· motif · 94657254–94657276 · motif
· motif · 94657665–94657682 · motif
· motif · 94657845–94657855 · motif
· motif · 94657943–94657959 · motif
· motif · 94657970–94657980 · motif
· motif · 94657990–94658001 · motif
· motif · 94658007–94658017 · motif
· motif · 94658052–94658062 · motif
· motif · 94658070–94658087 · motif
· motif · 94658142–94658152 · motif
· motif · 94658187–94658197 · motif
· motif · 94658202–94658212 · motif
· motif · 94658232–94658242 · motif
· motif · 94658247–94658257 · motif
· motif · 94658292–94658302 · motif
· motif · 94658322–94658332 · motif
· motif · 94658337–94658347 · motif
· motif · 94658367–94658377 · motif
· motif · 94658382–94658392 · motif
· motif · 94658427–94658437 · motif
· motif · 94658457–94658467 · motif
· motif · 94658542–94658553 · motif
· motif · 94658542–94658553 · motif
· motif · 94658593–94658604 · motif
· motif · 94658593–94658604 · motif
· motif · 94658635–94658651 · motif
· motif · 94658644–94658652 · motif
· motif · 94658644–94658661 · motif
PEG10表現受 E2F1 與 E2F4直接調控,兩者可結合其啟動子並引導表現;MYC則會上調 PEG10。在肝細胞癌、胰臟癌及神經內分泌型前列腺癌等多種腫瘤中,PEG10表現量顯著升高。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:708 aa
PEG10蛋白長708個胺基酸,含有一段 CCHC 型鋅指(第293至310位)。第21至74位、第310至344位及第683至708位被註記為無序區域。第76至275位則被註記為與 ACVRL1 交互作用所需的區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
PEG10可見於細胞質、細胞核及胞外囊泡膜;其形成的類病毒胞外囊泡會由細胞釋出。 在乳腺癌、前列腺癌、肝細胞癌及 B 細胞慢性淋巴性白血病細胞,以及 Hep-G2 細胞株中,PEG10主要檢測於細胞質。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 10 個夥伴
- CALCOCO2Q13137 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- LDOC1O95751 · UniProt INTERACTION · 6 experiments · 2 筆來源紀錄
- LNX2Q8N448 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RTL8BQ17RB0 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- RTL8CA6ZKI3 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- SIAH1Q8IUQ4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TOLLIPQ9H0E2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- EXOSC5Q9NQT4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RAB3IPQ96QF0-7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RTL8AQ9BWD3 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
PEG10可形成同源寡聚體,並組裝成類病毒衣殼;此同源寡聚化的描述屬相似性推定。另有交互作用資料指出,PEG10與 ACVRL1、SIAH1及 SIAH2互作;來源未進一步說明這些互作是否形成特定複合體。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | PEG10是源自反轉錄轉座子的蛋白質,可結合自身 mRNA並自我組裝成類病毒衣殼,也可形成包裹自身 mRNA、由細胞釋出的胞外囊泡,促進 mRNA在細胞間轉移。其結合位置包括5′-UTR、NC與PRO編碼序列交界附近及3′-UTR起始處。它依相似性推定參與胎盤形成、滋養層幹細胞分化及脂肪細胞分化早期;在多種癌症中過量表現,促進細胞增殖及腫瘤進展,可能涉及抑制 TGF-beta訊號與 ACVRL1。另可能結合 MBP啟動子 MB1區域的特定 DNA序列,但仍需更多證據確認。 | 含實驗來源 | 證據與來源Retrotransposon-derived protein that binds its own mRNA and self-assembles into virion-like capsids. Forms virion-like extracellular vesicles that encapsulate their own mRNA and are released from cells, enabling intercellular transfer of PEG10 mRNA. Binds its own mRNA in the 5'-UTR region, in the region near the boundary between the nucleocapsid (NC) and protease (PRO) coding sequences and in the beginning of the 3'-UTR region. Involved in placenta formation: required for trophoblast stem cells differentiation (By similarity). Involved at the immediate early stage of adipocyte differentiation (By similarity). Overexpressed in many cancers and enhances tumor progression: promotes cell proliferation by driving cell cycle progression from G0/G1. Enhances cancer progression by inhibiting the TGF-beta signaling, possibly via interaction with the TGF-beta receptor ACVRL1. May bind to the 5'-GCCTGTCTTT-3' DNA sequence of the MB1 domain in the myelin basic protein (MBP) promoter; additional evidence is however required to confirm this result (By similarity) PMID 12810624 ↗ · PMID 15611116 ↗ · PMID 16423995 ↗ · PMID 26235627 ↗ · PMID 28193232 ↗ · PMID 30094509 ↗ · PMID 34413232 ↗ |
| 交互作用 | PEG10可形成同源寡聚體並組裝為類病毒衣殼,此描述依相似性推定。另有資料指出 PEG10與 ACVRL1、SIAH1及 SIAH2發生交互作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homooligomer; homooligomerizes into virion-like capsids (By similarity). Interacts with ACVRL1. Interacts with SIAH1 and SIAH2 PMID 12810624 ↗ · PMID 15611116 ↗ |
| 細胞定位 | PEG10可位於胞外囊泡膜、細胞質及細胞核,並形成可由細胞釋出的類病毒胞外囊泡。在乳腺癌與前列腺癌、肝細胞癌、B細胞慢性淋巴性白血病細胞及 Hep-G2細胞株中,PEG10主要檢測於細胞質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Extracellular vesicle membrane; Cytoplasm; Nucleus; Forms virion-like extracellular vesicles that are released from cells. Detected predominantly in the cytoplasm of breast and prostate carcinomas, in hepatocellular carcinoma (HCC) and B-cell chronic lymphocytic leukemia (B-CLL) cells and in the Hep-G2 cell line PMID 34413232 ↗ · PMID 12810624 ↗ · PMID 15611116 ↗ · PMID 16423995 ↗ · PMID 17621626 ↗ |
| 調控 | E2F1與 E2F4可結合 PEG10啟動子並直接調控其表現,MYC則會上調 PEG10。肝細胞癌、胰臟癌及神經內分泌型前列腺癌等多種腫瘤中,PEG10表現量顯著升高。 | 含實驗來源 | 證據與來源Expression is directly regulated by E2F1 and E2F4, which bind to its promoter and direct its expression. Up-regulated by MYC. Strongly overepressed in a number of tumors, such has hepatocellular carcinoma (HCC), pancreatic or neuroendocrine prostate cancers PMID 16423995 ↗ · PMID 17050006 ↗ · PMID 18625225 ↗ · PMID 20362226 ↗ · PMID 26235627 ↗ · PMID 28193232 ↗ · PMID 28992046 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ACACGCGCTTCAACTTCGGTTGGTGTGTGTCGAAGAAACC40TGACTGCGCCCTGAGGAGAACAGCGGAGAAGGTCCACCGA80GCCTGGCGAAAGGTCCGCTGAGCGGGCTGTCGTCCGGAGC120CACTCCGGGCTGCGGAGCACCCAGTGGAGACCGCGCCTGG160CTCAGGTGTGGGACCCCATCCTTCCTGTCTTCGCAGAGGA200GTCCTCGCGTGGTGAGTATGCGAAATAAGCGGGTTTTGAA240AACAAAAAAAAGAAGGAGTGGAAGAGGGGGCCAGGATCCA280GGCCTCCATCCCCACAGAAGTGAAGCTACAGCTGGGAGGT320CTCCTCCCACCCCAACCGTCACCCTGGGTCCCGACTGCCC360ACCTCCTCCTCCTCCCCCTCCCCCCAACAACAACAACAAC400AACAACTCCAAGCACACCGGCCATAAGAGTGCGTGTGTCC440CCAACATGACCGAACGAAGAAGGGACGAGCTCTCTGAAGA480GATCAACAACTTAAGAGAGAAGGTCATGAAGCAGTCGGAG520GAGAACAACAACCTGCAGAGCCAGGTGCAGAAGCTCACAG560AGGAGAACACCACCCTTCGAGAGCAAGTGGAACCCACCCC600TGAGGATGAGGATGATGACATCGAGCTCCGCGGTGCTGCA640GCAGCTGCTGCCCCACCCCCTCCAATAGAGGAAGAGTGCC680CAGAAGACCTCCCAGAGAAGTTCGATGGCAACCCAGACAT720GCTGGCTCCTTTCATGGCCCAGTGCCAGATCTTCATGGAA760AAGAGCACCAGGGATTTCTCAGTTGATCGTGTCCGTGTCT800GCTTCGTGACAAGCATGATGACCGGCCGTGCTGCCCGTTG840GGCCTCAGCAAAGCTGGAGCGCTCCCACTACCTGATGCAC880AACTACCCAGCTTTCATGATGGAAATGAAGCATGTCTTTG920AAGACCCTCAGAGGCGAGAGGTTGCCAAACGCAAGATCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。