基因總覽
PDCD11 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 programmed cell death 11。其產物長 1871 個胺基酸，資料將其描述為參與 rRNA 生合成的蛋白質。蛋白質序列含有多個 S1 motif，並在末端區域具有數個 HAT 重複；另有數段被註記為無序區。這些結構註解呈現其序列由多個區域構成，但現有資料未進一步說明各區域的個別作用。成熟 18S rRNA 的生成與前體 rRNA 加工是其功能資料所指出的重點。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000369797 ★ | 103,396,626–103,446,294 | 36 |
| ENST00000649849 | 103,396,608–103,446,297 | 36 |
| ENST00000902786 | 103,396,608–103,446,297 | 35 |
| ENST00000930111 | 103,396,608–103,446,297 | 36 |
| ENST00000930112 | 103,396,608–103,446,297 | 35 |
| ENST00000930113 | 103,396,608–103,446,297 | 34 |
| ENST00000930114 | 103,396,608–103,446,297 | 37 |
| ENST00000930115 | 103,396,608–103,446,297 | 36 |
| ENST00000930116 | 103,396,608–103,446,297 | 37 |
| ENST00001126814 | 103,396,608–103,400,576 | 3 |
| ENST00001137419 | 103,396,608–103,446,297 | 36 |
| ENST00000930107 | 103,396,626–103,446,297 | 36 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
PDCD11 參與 rRNA 生合成，且對成熟 18S rRNA 的生成不可或缺。其功能資料特別指出，PDCD11 必要於 47S 前體 rRNA 在 A0、1 與 2 位點的切割；這項描述將其角色具體連結到前體加工步驟，而不只是概括地涉及 rRNA 生成。
PDCD11 也會直接與 U3 snoRNA 互作。現有資料未詳述這項互作如何促成各切割事件，因此可確認的是兩者具有直接互作關係，以及 PDCD11 對上述前體切割和成熟 18S rRNA 生成的重要性，不宜進一步推定其分子機制或互作的因果細節。
資料亦概括指出 PDCD11 涉及 rRNA 生合成。由於來源沒有提供其他 rRNA 種類、加工步驟或生物學情境的細節，其功能說明限於 rRNA 生合成、47S 前體特定位點切割，以及成熟 18S rRNA 生成。
Promoter 與基因調控
>PDCD11 ENST00000369797 GRCh38 chr10:103395626-103396726 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTCCGTGCCTCTCTCCACCTGTGAGATGGGCACTTTATTAAAGGTCCAAAGTGACCAGTAGCTCTTGTTA CTTTCTCTGTTCCTCGATATTGCTATTTTCCTTTCTAACTTAACACCTACCTGGAATGGTGAGATCACGA GGTAAGGAAGGCAAAGATGAGTGAGAACCACTCAGGTAACAGAAGCAGCCTCTTGCATTCACGGAGTTTA CAGCTCTCTGTTCTGGTTACCTCCTAGGAAAGGCCTTCCCACTGATCGTCTATAGACTGAAATCTAACCC TTTTACAGCGGGCCTGGCGAACTGTAGGGGCCGGGCCACATTCACTCGCTTTGAAAAAGGCTGCAGCGCA CCTAAAGGAGGCCCGGCTGGCCAGCTTCCTAAAGCACAGCTCGGTGGGAACAAACAGCTATGGACATACA GAAGAAAAGAGGTTAATTCGGCCGGTGATGGGGATCAGAAGCCCTAGTCCTCGTCCAATATTACGTCACT GGGTGACCTCGAGGGACGCTTCGCGGAGGGCCTCATTTTTCTCCACTGGCGAATGCAATCTAAGGGTCTT CGGAAACTGTGGGAGCCCTTGGGCGCACCTATCCGCCTCACCTCGAGGCTTCTCACCCGCTGGCCGCCCC CTTGCGCCCCTCGTTTTTTCTAGCTCCTTTCCCATTCCCCACCGTTTCTCTCCTCCAAAGCTAAGAACTC GAGTTGCTCCTCGGCCAGAAACGGCGGGCGGTCCTGCAACGTGCAGGCGCCAGGTCCAAGCCCGGACTCC CCTCTTCACCCACCTGCCAAAGCCGCAAATTCCGCAGCTGGTGTCCTTCAACGAATGTAACCACCTCTCG GCCCGGCCGGAAGAAGCCACCTCCCCCGCACGCGTTTAGCCGGCCCCCGCGATTCGGCCTAATGCGACGA TTGGCTATGGCTCCAAATCCCGCCCTTCCGATTCCTGTCTCTAGGTCACCTCCGCAACACAGCAACGGAA GTAGGGTGTTGAGCCCGCCCACACTTCCGGAAGAATTGCACTGGACTGTGGGTATCCTGGTCTCCGCGTG TGTGAGTACCGCGGCGCGAGGTTAGTGGTAGCTGGGTGCAGACGCCGTGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PDCD11_1 ↗ | 10:103,396,643 | 正股 | 103,396,594–103,396,653 |
| PDCD11_2 ↗ | 10:103,398,416 | 正股 | 103,398,367–103,398,426 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR10_93J33R · enhancer · 103395644–103396063 · regulatory
ENSR10_BQJ2X · promoter · 103396064–103396636 · regulatory
ENSR10_5WBM5D · CTCF_binding_site · 103396246–103396267 · regulatory
ENSR10_BQJ34 · enhancer · 103396637–103397630 · regulatory
· motif · 103395732–103395744 · motif
· motif · 103396103–103396116 · motif
· motif · 103396103–103396116 · motif
· motif · 103396248–103396264 · motif
· motif · 103396404–103396413 · motif
· motif · 103396415–103396432 · motif
· motif · 103396484–103396497 · motif
· motif · 103396505–103396518 · motif
· motif · 103396580–103396593 · motif
· motif · 103396599–103396608 · motif
· motif · 103396619–103396632 · motif
· motif · 103396627–103396636 · motif
· motif · 103396627–103396638 · motif
· motif · 103396627–103396638 · motif
· motif · 103396651–103396668 · motif
· motif · 103397697–103397719 · motif
· motif · 103397883–103397895 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1871 aa
PDCD11 產物長 1871 個胺基酸，含有 12 個 S1 motif，分布於蛋白質前段與中段；其末端區域另註記 4 個 HAT 重複。序列還有 4 段被標示為無序區，分別位於 N 端及中後段。資料提供這些序列特徵，但未說明各結構區域的個別功能。
蛋白質三維結構
細胞內定位
PDCD11 被定位於細胞核與核仁。 現有資料未提供定位隨條件改變的情形、不同異構型之間的差異，或細胞內定位動態。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- NFKB1P19838 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
PDCD11 與 NF-kappa-B p50/NFKB1 及 NF-kappa-B p65/RELA 有互作記錄。資料僅指出互作，未說明是否為直接結合、是否共同構成複合體，或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | PDCD11 對成熟 18S rRNA 的生成不可或缺，並特別必要於 47S 前體在 A0、1 與 2 位點的切割；此外，PDCD11 會直接與 U3 snoRNA 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Essential for the generation of mature 18S rRNA, specifically necessary for cleavages at sites A0, 1 and 2 of the 47S precursor. Directly interacts with U3 snoRNA PMID 17654514 ↗ |
| 功能 | PDCD11 涉及 rRNA 生合成；此項功能描述未進一步指明涉及的 rRNA 類型、具體加工步驟或作用機制。 | 推論支持 | |
| 交互作用 | PDCD11 與 NF-kappa-B p50/NFKB1 及 NF-kappa-B p65/RELA 有互作記錄；資料未進一步說明互作是否為直接結合、是否形成複合體或具有何種功能意義。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | PDCD11 的定位記錄包括細胞核與核仁；資料未說明定位是否受特定條件影響，也未提供異構型差異或定位動態。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
ACACTTCCGGAAGAATTGCACTGGACTGTGGGTATCCTGG40TCTCCGCGTGTGTGAGTACCGCGGCGCGAGGTTAGTGGTA80GCTGGGTGCAGACGCCGTGGCGCTGGAGACCCAAACATGG120CAAACCTGGAAGAAAGCTTCCCCCGAGGAGGTACAAGAAA160GATCCACAAACCAGAGAAAGCTTTCCAGCAGTCAGTTGAA200CAAGACAACTTATTTGATATTTCTACTGAAGAGGGATCCA240CCAAAAGAAAAAAGAGCCAGAAGGGGCCAGCAAAAACAAA280AAAGTTGAAAATCGAAAAGAGAGAAAGCAGCAAGTCCGCA320AGAGAGAAGTTTGAAATCCTTAGTGTTGAGTCCCTGTGTG360AGGGAATGCGTATTTTGGGTTGCGTGAAAGAGGTGAATGA400ACTGGAACTGGTGATTAGTCTCCCCAATGGCCTCCAGGGC440TTTGTGCAAGTCACTGAAATCTGTGATGCCTACACCAAAA480AGCTGAATGAGCAGGTGACACAAGAACAACCTCTGAAGGA520CCTACTTCACTTGCCTGAACTTTTCTCACCTGGAATGCTG560GTAAGATGTGTGGTGAGCAGTCTGGGCATCACAGACAGGG600GCAAGAAGAGTGTCAAGCTGTCTCTGAACCCCAAAAATGT640CAACAGAGTGCTGAGTGCTGAGGCCCTGAAGCCTGGCATG680CTACTTACAGGTACCGTATCCAGCCTGGAAGACCATGGCT720ACCTAGTGGACATTGGTGTTGATGGGACCAGAGCTTTTCT760GCCACTGCTGAAAGCCCAGGAGTACATCAGACAGAAGAAC800AAAGGTGCTAAACTAAAGGTGGGTCAGTACCTGAACTGCA840TTGTTGAAAAGGTGAAAGGCAACGGAGGAGTTGTTAGTCT880GTCTGTTGGTCACTCAGAGGTTTCTACGGCCATTGCTACT920GAACAGCAGAGCTGGAACCTTAATAACTTGCTACCAGGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。