演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

PCDHB18PPCDH-psi2

protocadherin beta 18 pseudogene

PCDHB18P 是一個 protocadherin beta 18 pseudogene。資料庫預測其與細胞黏附分子結合及細胞黏附相關,並預測其位於膜且可在質膜中活化。

Homo sapiens5q31.3
OFFICIAL SYMBOL
PCDHB18P
CHROMOSOME
5
LOCUS TYPE
transcribed_unprocessed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

PCDHB18P 的正式名稱為 protocadherin beta 18 pseudogene,基因類型為 pseudogene。此分類表示來源將它界定為假基因;目前提供的資料未描述其 RNA 或蛋白質產物,也沒有家族成員、序列或結構特徵可供說明。資料庫摘要對其功能與定位採預測性描述,因此這些內容不應視為已確認的分子性質。

Official symbol
PCDHB18P
Gene name
protocadherin beta 18 pseudogene
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:14548
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
PCDH-psi2PCDHB18

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 55q31.3
chr5 · 181,538,259 bp · GRCh38chr5p15.33 · 1–4400000 · gnegchr5p15.32 · 4400001–6300000 · gpos25chr5p15.31 · 6300001–9900000 · gnegchr5p15.2 · 9900001–15000000 · gpos50chr5p15.1 · 15000001–18400000 · gnegchr5p14.3 · 18400001–23300000 · gpos100chr5p14.2 · 23300001–24600000 · gnegchr5p14.1 · 24600001–28900000 · gpos100chr5p13.3 · 28900001–33800000 · gnegchr5p13.2 · 33800001–38400000 · gpos25chr5p13.1 · 38400001–42500000 · gnegchr5p12 · 42500001–46100000 · gpos50chr5p11 · 46100001–48800000 · acenchr5q11.1 · 48800001–51400000 · acenchr5q11.2 · 51400001–59600000 · gnegchr5q12.1 · 59600001–63600000 · gpos75chr5q12.2 · 63600001–63900000 · gnegchr5q12.3 · 63900001–67400000 · gpos75chr5q13.1 · 67400001–69100000 · gnegchr5q13.2 · 69100001–74000000 · gpos50chr5q13.3 · 74000001–77600000 · gnegchr5q14.1 · 77600001–82100000 · gpos50chr5q14.2 · 82100001–83500000 · gnegchr5q14.3 · 83500001–93000000 · gpos100chr5q15 · 93000001–98900000 · gnegchr5q21.1 · 98900001–103400000 · gpos100chr5q21.2 · 103400001–105100000 · gnegchr5q21.3 · 105100001–110200000 · gpos100chr5q22.1 · 110200001–112200000 · gnegchr5q22.2 · 112200001–113800000 · gpos50chr5q22.3 · 113800001–115900000 · gnegchr5q23.1 · 115900001–122100000 · gpos100chr5q23.2 · 122100001–127900000 · gnegchr5q23.3 · 127900001–131200000 · gpos100chr5q31.1 · 131200001–136900000 · gnegchr5q31.2 · 136900001–140100000 · gpos25chr5q31.3 · 140100001–145100000 · gnegchr5q32 · 145100001–150400000 · gpos75chr5q33.1 · 150400001–153300000 · gnegchr5q33.2 · 153300001–156300000 · gpos50chr5q33.3 · 156300001–160500000 · gnegchr5q34 · 160500001–169000000 · gpos100chr5q35.1 · 169000001–173300000 · gnegchr5q35.2 · 173300001–177100000 · gpos25chr5q35.3 · 177100001–181538259 · gnegPCDHB18Ppq1 bp181,538,259 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr5:141,234,551–141,236,918
Gene span
2,368 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000524813 ★141,234,551–141,236,9181

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

現有資料預測 PCDHB18P 具有細胞黏附分子結合活性,並可能參與細胞黏附。這些均為預測性註記,來源未提供實驗結果或作用機制,因此尚不能據此描述其如何辨識黏附分子、是否直接結合特定對象,或對細胞黏附造成何種影響。

定位方面,資料預測其位於膜,並可在質膜中活化;這些位置與活性同樣屬於預測,並非已確立的定位證據。來源沒有說明其所在細胞或生物情境,也未提供不同條件下的定位變化或活性差異。由於 PCDHB18P 被分類為 pseudogene,這份摘要亦未交代相關預測如何對應到實際產物。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 141234551 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>PCDHB18P ENST00000524813 GRCh38 chr5:141233551-141234651 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAATAACTATCTGCTAAGCTAATTAATTAATAGATATATAAACATATTTAAAATTGTGCCTCTGGAAAGC
CTGGGTCTGCAAATGATGAAATTCAGTTTCACAACTAAACTGAGGTCTAATTTGTTCACATTTTAAAAAA
TGTTTAACTGGACTTGCTTTTAGATTGAAAACCAGAAATGTTTTATTTTACTCACTACTTCTGAGCATTT
ATTTTCTACTCCTGCCAGCTAAGTCTCCTACTGAGTATCCCTAAATAAATCGTACCATTTATGCAGCTCA
AAATGTCCAACCTTTCCAAAGCAACTGTTTTCATATACCAGGTTCATTTTCAAGTACATGATGTCATTCC
TCTTTTCGAAGAGTAGTTGTGGAGAGAGCTAAGACCTCTAATTCTCATTTCCAATTTTACTAAAAATCTG
TTGCCTACTAAGTCAATTACATGTAAGAGTATTCTTCACTATCTTTAGTTGTTTAATATATTGTCTTCAC
AGAGAGATCATAACTCGTTTGAGGCAGGGGCTACATCTTAAATATGCTTCTTATATCTACTACAGCTATA
GCAGATTGTGGCTGATGATGGAAAGGTAATGGCATCACATATCACAAAAATGCAACTCGGAAAATAGGCA
TATAGAAGGAGCATATAATTTAAATTTATAGACAAACACACAAGAAAAATTAATATTTTGTCTGAAACGT
ATTGGAATTTATCTAAAACCTGAATATCTGCAGAGTCGCATGGTGGCGCTGCAGGATAAGACGGTGAAAT
TTTTGTAACCGCAGATGCTCTGGTTTTCCTTAACCATGGGAACTGAAAGCGCTGGAATACCAGGAGAAAA
TAGTCTTTCAAAAGGTAGGGCACCATCAACACCTTCGCGACAGGATTAAGAGTTTCTAGATTCCCAAAGG
TCCAGGCTGATAGGTGAGAGGAGCAACTTTAAGAGCTGCTAGAGACTGAGTTGAAACGTTTACGCCAGAA
AGACGTTTGGCTAAGGAGCTATGGAGCCGGGAAAGGGAAGAGCTCAGCGGACAAGGCAAGTGCTGCTTTT
CTTTGTTTTCCTGGGAGGGTCTTTGGTGTGTTCTGAGACCGGGAGCTATTC
PCDHB18P 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR5_5387X5G · CTCF_binding_site · 141234282–141234303 · regulatory

· motif · 141234284–141234300 · motif

· motif · 141237111–141237122 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

PCDHB18P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000524813 ★transcribed_unprocessed_pseudogene2,368 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能資料庫預測該基因具有細胞黏附分子結合活性,可能參與細胞黏附,並可能位於膜及在質膜中活化;這些內容屬預測,未提供實驗證據或更具體的作用條件。推論支持
證據與來源

Predicted to enable cell adhesion molecule binding activity. Predicted to be involved in cell adhesion. Predicted to be located in membrane. Predicted to be active in plasma membrane.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000524813 · 2,368 nt · GRCh38
完整非編碼 RNA 轉錄本的參考序列。
1ATGGAGCCGGGAAAGGGAAGAGCTCAGCGGACAAGGCAAG40
41TGCTGCTTTTCTTTGTTTTCCTGGGAGGGTCTTTGGTGTG80
81TTCTGAGACCGGGAGCTATTCCATAGCAGAGGAAATGGAG120
121GTCGGTACCTTTATAGCCAACGTGGTGAAAGACATGGGTT160
161TGGATGTGGAAGACCTGGCTGCAAGGGGGGGCCAGAGTCA200
201TCTTTGACGACTATAAACCTTATTTGCGATTGGATCCACA240
241GAATGGCGACTTGCTCTTAAACGAGCAGCTGGACCGGGAG280
281GCACTTTGTGATCTCACAGAGCCATGTATATTGCATTTCC320
321AGGTGTTATTTGAAAATCCGTTGCAATTTTTTCGTGCTGA360
361GCTTTTGGTCAAAGACATAAATGATCACACTCCCACGTTC400
401CTAAACAATCATATGCTTCTAAAAATCTCCGAAGGTGCTA440
441CTCTAGGAACCTTATTCCAAATAGATAGTGCGCAGGACTT480
481GGATGTGGGAAAGAATGGTGTTCAAAACTATACAATAAGT520
521CCCAATCCCCATTTCCACCTTAAATTACGGGATAGCGATG560
561AGGGCAGAAAATATCCAGAGTTGGTACTGGACCAATCCCT600
601GGATCGAGAAAAGGTGTCTGAGTTTAGTTTAACGCTAACA640
641GCCGTGGATGGCGGGTCTCCGCCCAGGTCTGGGACTACAC680
681TGATTAACGTTGTGGTCCTGGACATCAGTGACAATGCCCC720
721TGAATTTGAGAAGCCAGTCTATGAAGTTCTTGTACCTGAG760
761AGCAGCCCTCTGGACTCCTTGATCATCAAAGCGTCTGCTA800
801CAGATTTAGATGCAGGAATAAATGGAGAACTGTCTTATTC840
841ATTTTCCCACGTCTCCAGAGATGTACGGAAAACATTTGAA880
881ATCCATCCAATTTCTGGCGAAGTCTATTTAAAAGCCCCTC920
921TAGATTTCGAGATTATTCAATCTTATATCATAAATATTCA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。