基因總覽
PCDHB18P 的正式名稱為 protocadherin beta 18 pseudogene,基因類型為 pseudogene。此分類表示來源將它界定為假基因;目前提供的資料未描述其 RNA 或蛋白質產物,也沒有家族成員、序列或結構特徵可供說明。資料庫摘要對其功能與定位採預測性描述,因此這些內容不應視為已確認的分子性質。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000524813 ★ | 141,234,551–141,236,918 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
現有資料預測 PCDHB18P 具有細胞黏附分子結合活性,並可能參與細胞黏附。這些均為預測性註記,來源未提供實驗結果或作用機制,因此尚不能據此描述其如何辨識黏附分子、是否直接結合特定對象,或對細胞黏附造成何種影響。
定位方面,資料預測其位於膜,並可在質膜中活化;這些位置與活性同樣屬於預測,並非已確立的定位證據。來源沒有說明其所在細胞或生物情境,也未提供不同條件下的定位變化或活性差異。由於 PCDHB18P 被分類為 pseudogene,這份摘要亦未交代相關預測如何對應到實際產物。
Promoter 與基因調控
>PCDHB18P ENST00000524813 GRCh38 chr5:141233551-141234651 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CAATAACTATCTGCTAAGCTAATTAATTAATAGATATATAAACATATTTAAAATTGTGCCTCTGGAAAGC CTGGGTCTGCAAATGATGAAATTCAGTTTCACAACTAAACTGAGGTCTAATTTGTTCACATTTTAAAAAA TGTTTAACTGGACTTGCTTTTAGATTGAAAACCAGAAATGTTTTATTTTACTCACTACTTCTGAGCATTT ATTTTCTACTCCTGCCAGCTAAGTCTCCTACTGAGTATCCCTAAATAAATCGTACCATTTATGCAGCTCA AAATGTCCAACCTTTCCAAAGCAACTGTTTTCATATACCAGGTTCATTTTCAAGTACATGATGTCATTCC TCTTTTCGAAGAGTAGTTGTGGAGAGAGCTAAGACCTCTAATTCTCATTTCCAATTTTACTAAAAATCTG TTGCCTACTAAGTCAATTACATGTAAGAGTATTCTTCACTATCTTTAGTTGTTTAATATATTGTCTTCAC AGAGAGATCATAACTCGTTTGAGGCAGGGGCTACATCTTAAATATGCTTCTTATATCTACTACAGCTATA GCAGATTGTGGCTGATGATGGAAAGGTAATGGCATCACATATCACAAAAATGCAACTCGGAAAATAGGCA TATAGAAGGAGCATATAATTTAAATTTATAGACAAACACACAAGAAAAATTAATATTTTGTCTGAAACGT ATTGGAATTTATCTAAAACCTGAATATCTGCAGAGTCGCATGGTGGCGCTGCAGGATAAGACGGTGAAAT TTTTGTAACCGCAGATGCTCTGGTTTTCCTTAACCATGGGAACTGAAAGCGCTGGAATACCAGGAGAAAA TAGTCTTTCAAAAGGTAGGGCACCATCAACACCTTCGCGACAGGATTAAGAGTTTCTAGATTCCCAAAGG TCCAGGCTGATAGGTGAGAGGAGCAACTTTAAGAGCTGCTAGAGACTGAGTTGAAACGTTTACGCCAGAA AGACGTTTGGCTAAGGAGCTATGGAGCCGGGAAAGGGAAGAGCTCAGCGGACAAGGCAAGTGCTGCTTTT CTTTGTTTTCCTGGGAGGGTCTTTGGTGTGTTCTGAGACCGGGAGCTATTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR5_5387X5G · CTCF_binding_site · 141234282–141234303 · regulatory
· motif · 141234284–141234300 · motif
· motif · 141237111–141237122 · motif
基因座與轉錄註解
PCDHB18P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000524813 ★ | transcribed_unprocessed_pseudogene | 2,368 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 資料庫預測該基因具有細胞黏附分子結合活性,可能參與細胞黏附,並可能位於膜及在質膜中活化;這些內容屬預測,未提供實驗證據或更具體的作用條件。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to enable cell adhesion molecule binding activity. Predicted to be involved in cell adhesion. Predicted to be located in membrane. Predicted to be active in plasma membrane. · CC BY 4.0 |
DNA 與 RNA 序列
ATGGAGCCGGGAAAGGGAAGAGCTCAGCGGACAAGGCAAG40TGCTGCTTTTCTTTGTTTTCCTGGGAGGGTCTTTGGTGTG80TTCTGAGACCGGGAGCTATTCCATAGCAGAGGAAATGGAG120GTCGGTACCTTTATAGCCAACGTGGTGAAAGACATGGGTT160TGGATGTGGAAGACCTGGCTGCAAGGGGGGGCCAGAGTCA200TCTTTGACGACTATAAACCTTATTTGCGATTGGATCCACA240GAATGGCGACTTGCTCTTAAACGAGCAGCTGGACCGGGAG280GCACTTTGTGATCTCACAGAGCCATGTATATTGCATTTCC320AGGTGTTATTTGAAAATCCGTTGCAATTTTTTCGTGCTGA360GCTTTTGGTCAAAGACATAAATGATCACACTCCCACGTTC400CTAAACAATCATATGCTTCTAAAAATCTCCGAAGGTGCTA440CTCTAGGAACCTTATTCCAAATAGATAGTGCGCAGGACTT480GGATGTGGGAAAGAATGGTGTTCAAAACTATACAATAAGT520CCCAATCCCCATTTCCACCTTAAATTACGGGATAGCGATG560AGGGCAGAAAATATCCAGAGTTGGTACTGGACCAATCCCT600GGATCGAGAAAAGGTGTCTGAGTTTAGTTTAACGCTAACA640GCCGTGGATGGCGGGTCTCCGCCCAGGTCTGGGACTACAC680TGATTAACGTTGTGGTCCTGGACATCAGTGACAATGCCCC720TGAATTTGAGAAGCCAGTCTATGAAGTTCTTGTACCTGAG760AGCAGCCCTCTGGACTCCTTGATCATCAAAGCGTCTGCTA800CAGATTTAGATGCAGGAATAAATGGAGAACTGTCTTATTC840ATTTTCCCACGTCTCCAGAGATGTACGGAAAACATTTGAA880ATCCATCCAATTTCTGGCGAAGTCTATTTAAAAGCCCCTC920TAGATTTCGAGATTATTCAATCTTATATCATAAATATTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。