演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

PCDH10OL-PCDH

protocadherin 10

PCDH10 編碼 protocadherin 10,可能參與鈣離子依賴的細胞黏附;在微生物感染情境中,亦可作為 Western equine encephalitis virus 的受體。

Homo sapiens4q28.3UniProt Q9P2E7
OFFICIAL SYMBOL
PCDH10
CHROMOSOME
4
UNIPROT
Q9P2E7
PDB / ALPHAFOLD
6VG4
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

PCDH10 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 protocadherin 10。其產物被註記為可能具有鈣離子依賴的細胞黏附功能;此外,在微生物感染情境中,protocadherin 10 可作為 Western equine encephalitis virus 的受體。現有資料未提供更完整的家族特徵或其他生物學角色說明。

Official symbol
PCDH10
Gene name
protocadherin 10
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:13404
UniProt
Q9P2E7
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
OL-PCDHKIAA1400

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 44q28.3
chr4 · 190,214,555 bp · GRCh38chr4p16.3 · 1–4500000 · gnegchr4p16.2 · 4500001–6000000 · gpos25chr4p16.1 · 6000001–11300000 · gnegchr4p15.33 · 11300001–15000000 · gpos50chr4p15.32 · 15000001–17700000 · gnegchr4p15.31 · 17700001–21300000 · gpos75chr4p15.2 · 21300001–27700000 · gnegchr4p15.1 · 27700001–35800000 · gpos100chr4p14 · 35800001–41200000 · gnegchr4p13 · 41200001–44600000 · gpos50chr4p12 · 44600001–48200000 · gnegchr4p11 · 48200001–50000000 · acenchr4q11 · 50000001–51800000 · acenchr4q12 · 51800001–58500000 · gnegchr4q13.1 · 58500001–65500000 · gpos100chr4q13.2 · 65500001–69400000 · gnegchr4q13.3 · 69400001–75300000 · gpos75chr4q21.1 · 75300001–78000000 · gnegchr4q21.21 · 78000001–81500000 · gpos50chr4q21.22 · 81500001–83200000 · gnegchr4q21.23 · 83200001–86000000 · gpos25chr4q21.3 · 86000001–87100000 · gnegchr4q22.1 · 87100001–92800000 · gpos75chr4q22.2 · 92800001–94200000 · gnegchr4q22.3 · 94200001–97900000 · gpos75chr4q23 · 97900001–100100000 · gnegchr4q24 · 100100001–106700000 · gpos50chr4q25 · 106700001–113200000 · gnegchr4q26 · 113200001–119900000 · gpos75chr4q27 · 119900001–122800000 · gnegchr4q28.1 · 122800001–127900000 · gpos50chr4q28.2 · 127900001–130100000 · gnegchr4q28.3 · 130100001–138500000 · gpos100chr4q31.1 · 138500001–140600000 · gnegchr4q31.21 · 140600001–145900000 · gpos25chr4q31.22 · 145900001–147500000 · gnegchr4q31.23 · 147500001–150200000 · gpos25chr4q31.3 · 150200001–154600000 · gnegchr4q32.1 · 154600001–160800000 · gpos100chr4q32.2 · 160800001–163600000 · gnegchr4q32.3 · 163600001–169200000 · gpos100chr4q33 · 169200001–171000000 · gnegchr4q34.1 · 171000001–175400000 · gpos75chr4q34.2 · 175400001–176600000 · gnegchr4q34.3 · 176600001–182300000 · gpos100chr4q35.1 · 182300001–186200000 · gnegchr4q35.2 · 186200001–190214555 · gpos25PCDH10pq1 bp190,214,555 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr4:133,149,285–133,208,606
Gene span
59,322 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000264360 ★133,149,294–133,194,7005
ENST00001006134133,149,285–133,208,6065
ENST00001138200133,149,285–133,194,7005
ENST00000618019133,149,315–133,153,8881

顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

protocadherin 10 被註記為可能參與鈣離子依賴的細胞黏附。這項描述指出其潛在功能與細胞黏附相關,且具有鈣離子依賴性;目前提供的資料沒有進一步說明其作用機制、參與的細胞類型或生理過程,因此不宜延伸推論其具體作用方式。

在微生物感染情境中,protocadherin 10 可作為 Western equine encephalitis virus 的受體。此項註記將其受體角色限定於病毒感染相關情境;現有資料未交代受體作用的分子細節或其他感染條件,故不延伸描述病毒與蛋白質的結合方式或後續結果。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 133149294 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>PCDH10 ENST00000264360 GRCh38 chr4:133148294-133149394 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TAGCATGGTGGGTAAAGGGATCGATCTCCAATTGCCAAAAAAAAAATAGAAAATAGCCGGTGTTCCCAGC
CGCTGCGTGGCACTTGGCCGCACAAGGCGCAGGGATATCAGAGGCGCTTTGCAGCGCTTGGCGGTGCTGT
GTGCCGGATGCCCCAGAGCCCGGCGTTAGGATGGCGGGCTTGTAGGAAGCGGCTCAAATCAACTCCTCAG
TCACTGATGAACGCGCTCACGGCTCGAAGCTAGGTCCTCGAGTGAGTTAATCTACTTGGTAAGTATTTTG
TGAATATGTATTTTGGGAGGAAAGAAGCACGTCGAACGCGTCTGCCCGTCTGTAAGCGCTGTCATCCCCA
CATCCTTTAGCGTGAATTCCTCCGCTTTTTAGGAGTCACCTCCACCCCCTACTCCGTATGCTTCGCGCCT
TTCCTCACGGCCCCGTCAGACCCCCTCACCTTTAGATTGACACATGCCATATAATACTCACTTTTAAAAT
GCCCTGCCAGTCTCTGCTAGGGTCCCTTAATTAGGTAACCCTTGCCAATTAGTGGGCCCTGCGCTACTTT
TTCCCTTCTCGATGATTTATTTCCATGATGCGTATTAGGGAAAATACCTTAAAGGAAAAAGAATGTTAGC
ATCATTGGAAATCCCGCTCCTAGGAGAGGATATCGCAGCTGTTGCTATTATGTTTTCGCATTTGCTGATG
CAAACAGGGGAACCTCTCTATTCCCTCCCCATTACCTGCGGCTGGGGACTGGGAACTTTCCGCGGCATTG
TCCCCAGCCAGCGCCTCGGGACCTGCGGGGCTGTTCTCGCTCTCACACTCACACTCACCCCGGCCGCTCG
GGCGAGAGTTCTGTCCCGCCCCGCCCGGCTGCCGCGTGACGTGTCTGTTTGGCGGCCAGTTTGGCCAATC
ATCGGCAGCTCGGTGGGTGGTGCTCCTGGGCGATTGGTTGGCAGAATGAGGGCGCTGCGCAAAAACGGAG
AAGCCGAGCGCTCGGAGCTCAGAAACTGCCAGCCCAGACCACAGGCTCAGAGGCTGAAGCAGGAGGAAGG
AAGGACTGGAAGGAAAAAGAGACAGGTTAGAGGGAAAGAGGCTTGGGAAGA
PCDH10 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
PCDH10_1 ↗4:133,149,294正股133,149,245–133,149,304

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR4_536BK8L · CTCF_binding_site · 133145974–133145995 · regulatory

ENSR4_536BKDK · CTCF_binding_site · 133146833–133146854 · regulatory

ENSR4_85WNSX · promoter · 133149103–133149325 · regulatory

ENSR4_536BKRP · CTCF_binding_site · 133149241–133149262 · regulatory

ENSR4_93XSX3 · enhancer · 133149326–133149721 · regulatory

ENSR4_93XSXK · promoter · 133151059–133151559 · regulatory

ENSR4_536BL7L · CTCF_binding_site · 133151594–133151615 · regulatory

ENSR4_536BL9T · CTCF_binding_site · 133152080–133152101 · regulatory

· motif · 133145976–133145992 · motif

· motif · 133146835–133146851 · motif

· motif · 133147226–133147240 · motif

· motif · 133147226–133147240 · motif

· motif · 133148625–133148638 · motif

· motif · 133149216–133149226 · motif

· motif · 133149243–133149259 · motif

· motif · 133151596–133151612 · motif

· motif · 133152082–133152098 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:1040 aa

1 aa1040 aa結構域功能區域訊號胜肽跨膜區拓樸區域
依 Q9P2E7 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

protocadherin 10 長 1040 個胺基酸,N 端含訊號胜肽,胞外區域包含 Cadherin 1 至 Cadherin 6 六個結構域;其後接一段跨膜螺旋,並具有胞質區域。資料另標示胞外區及胞質區各有預測的無序區段。

訊號胜肽1–18 aa
拓樸區域Extracellular19–715 aa
跨膜區Helical716–736 aa
拓樸區域Cytoplasmic737–1040 aa
結構域Cadherin 119–122 aa
結構域Cadherin 2123–250 aa
結構域Cadherin 3251–358 aa
結構域Cadherin 4359–463 aa
結構域Cadherin 5464–574 aa
結構域Cadherin 6582–690 aa
功能區域Disordered207–228 aa
功能區域Disordered686–708 aa
功能區域Disordered899–927 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 6VG4…

PDB · 6VG4

X-ray · 3.30 A · A=18-680

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

protocadherin 10 位於細胞膜,屬單次跨膜的 I 型膜蛋白。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
OL-PCDHPCDH10
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能protocadherin 10 可能具有鈣離子依賴的細胞黏附功能。此註記指出其潛在角色與細胞黏附相關,並限定為鈣離子依賴;資料未進一步說明作用機制或具體生物學情境。資料庫紀錄
證據與來源

Potential calcium-dependent cell-adhesion protein

開啟資料庫紀錄 ↗

功能在微生物感染情境中,protocadherin 10 可作為 Western equine encephalitis virus 的受體。此註記限定於感染相關情境,未提供受體作用機制或其後續影響的說明。含實驗來源
證據與來源

(Microbial infection) Acts as a receptor for Western equine encephalitis virus

PMID 39048821 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位protocadherin 10 位於細胞膜,並被描述為單次跨膜的 I 型膜蛋白。此定位資料未提供細胞狀態或條件改變時的定位差異。推論支持
證據與來源

Cell membrane / Single-pass type I membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000264360 · 8,510 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGAAACTGCCAGCCCAGACCACAGGCTCAGAGGCTGAAGC40
41AGGAGGAAGGAAGGACTGGAAGGAAAAAGAGACAGGTTAG80
81AGGGAAAGAGGCTTGGGAAGAAAACAGCAGAAAAGAAACT120
121GCTCATTACACTTACAGAGAGGCAAGTAACGGTGGAGATG160
161AGGACAGAGGGAACCAAGACTCTGAAAGACAAAAAATACA200
201AATAGAGCGAAAGAGGAAAAAAATGTCAAGAAGAACATCC240
241ATCCGGAGAAATGAAGAGAATGAAAGTTTTAAGCTGCAGA280
281GCCGTTCTGTGCTTTTCCGGCACAAAATTATATCGCTGAT320
321TTTAAGCCCTTTTGCATTTGCCAGCCGTTGACATTAAGAG360
361GCATGTTTAACGGTGCCAACAGCATCTCCTTTTCCTTCTC400
401CTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCTTTT440
441TCCTCCTCCTCGTTCTCCTCCCATCAGCAAGAAGACAAAC480
481CGAGGACAGTCTTGAAATATCGAAATTTCCTCTTTGGGAT520
521TTGCCAGCGCCAAGACTGTCGGAATAAAGGACGCTGACTA560
561TTGTATTATTGTTATTTTATTAATTAGTCAGTGGAAAGAT600
601TACAGATGAGGAAAGGGGACGCCTGTCACCCTTCCTGTGC640
641TAAGATTTAAAAAAAAATGAGGCTGGATTGCGGGAAGCTC680
681TAAAATGAAGCAAAAGGAGTAAGATTTTTAAAGACAGAAA720
721GCCACAGGAGCCCCCACGTAGCGCACTTTTATTTGTATTT760
761TTTCAGATTTTTTTTTGTTTCGTGGTGGTGGGGGAGGTGA800
801TTGGGTGGCTGACTGGCTGCGGGAAGCTACTTCCTTTCCT840
841TTTGGAGATGATTGTGCTATTATTGTTTGCCTTGCTCTGG880
881ATGGTGGAAGGAGTCTTTTCCCAGCTTCACTACACGGTAC920
921AGGAGGAGCAGGAACATGGCACTTTCGTGGGGAATATCGC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。