基因總覽
PCDH10 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 protocadherin 10。其產物被註記為可能具有鈣離子依賴的細胞黏附功能;此外,在微生物感染情境中,protocadherin 10 可作為 Western equine encephalitis virus 的受體。現有資料未提供更完整的家族特徵或其他生物學角色說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000264360 ★ | 133,149,294–133,194,700 | 5 |
| ENST00001006134 | 133,149,285–133,208,606 | 5 |
| ENST00001138200 | 133,149,285–133,194,700 | 5 |
| ENST00000618019 | 133,149,315–133,153,888 | 1 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
protocadherin 10 被註記為可能參與鈣離子依賴的細胞黏附。這項描述指出其潛在功能與細胞黏附相關,且具有鈣離子依賴性;目前提供的資料沒有進一步說明其作用機制、參與的細胞類型或生理過程,因此不宜延伸推論其具體作用方式。
在微生物感染情境中,protocadherin 10 可作為 Western equine encephalitis virus 的受體。此項註記將其受體角色限定於病毒感染相關情境;現有資料未交代受體作用的分子細節或其他感染條件,故不延伸描述病毒與蛋白質的結合方式或後續結果。
Promoter 與基因調控
>PCDH10 ENST00000264360 GRCh38 chr4:133148294-133149394 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TAGCATGGTGGGTAAAGGGATCGATCTCCAATTGCCAAAAAAAAAATAGAAAATAGCCGGTGTTCCCAGC CGCTGCGTGGCACTTGGCCGCACAAGGCGCAGGGATATCAGAGGCGCTTTGCAGCGCTTGGCGGTGCTGT GTGCCGGATGCCCCAGAGCCCGGCGTTAGGATGGCGGGCTTGTAGGAAGCGGCTCAAATCAACTCCTCAG TCACTGATGAACGCGCTCACGGCTCGAAGCTAGGTCCTCGAGTGAGTTAATCTACTTGGTAAGTATTTTG TGAATATGTATTTTGGGAGGAAAGAAGCACGTCGAACGCGTCTGCCCGTCTGTAAGCGCTGTCATCCCCA CATCCTTTAGCGTGAATTCCTCCGCTTTTTAGGAGTCACCTCCACCCCCTACTCCGTATGCTTCGCGCCT TTCCTCACGGCCCCGTCAGACCCCCTCACCTTTAGATTGACACATGCCATATAATACTCACTTTTAAAAT GCCCTGCCAGTCTCTGCTAGGGTCCCTTAATTAGGTAACCCTTGCCAATTAGTGGGCCCTGCGCTACTTT TTCCCTTCTCGATGATTTATTTCCATGATGCGTATTAGGGAAAATACCTTAAAGGAAAAAGAATGTTAGC ATCATTGGAAATCCCGCTCCTAGGAGAGGATATCGCAGCTGTTGCTATTATGTTTTCGCATTTGCTGATG CAAACAGGGGAACCTCTCTATTCCCTCCCCATTACCTGCGGCTGGGGACTGGGAACTTTCCGCGGCATTG TCCCCAGCCAGCGCCTCGGGACCTGCGGGGCTGTTCTCGCTCTCACACTCACACTCACCCCGGCCGCTCG GGCGAGAGTTCTGTCCCGCCCCGCCCGGCTGCCGCGTGACGTGTCTGTTTGGCGGCCAGTTTGGCCAATC ATCGGCAGCTCGGTGGGTGGTGCTCCTGGGCGATTGGTTGGCAGAATGAGGGCGCTGCGCAAAAACGGAG AAGCCGAGCGCTCGGAGCTCAGAAACTGCCAGCCCAGACCACAGGCTCAGAGGCTGAAGCAGGAGGAAGG AAGGACTGGAAGGAAAAAGAGACAGGTTAGAGGGAAAGAGGCTTGGGAAGA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PCDH10_1 ↗ | 4:133,149,294 | 正股 | 133,149,245–133,149,304 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_536BK8L · CTCF_binding_site · 133145974–133145995 · regulatory
ENSR4_536BKDK · CTCF_binding_site · 133146833–133146854 · regulatory
ENSR4_85WNSX · promoter · 133149103–133149325 · regulatory
ENSR4_536BKRP · CTCF_binding_site · 133149241–133149262 · regulatory
ENSR4_93XSX3 · enhancer · 133149326–133149721 · regulatory
ENSR4_93XSXK · promoter · 133151059–133151559 · regulatory
ENSR4_536BL7L · CTCF_binding_site · 133151594–133151615 · regulatory
ENSR4_536BL9T · CTCF_binding_site · 133152080–133152101 · regulatory
· motif · 133145976–133145992 · motif
· motif · 133146835–133146851 · motif
· motif · 133147226–133147240 · motif
· motif · 133147226–133147240 · motif
· motif · 133148625–133148638 · motif
· motif · 133149216–133149226 · motif
· motif · 133149243–133149259 · motif
· motif · 133151596–133151612 · motif
· motif · 133152082–133152098 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1040 aa
protocadherin 10 長 1040 個胺基酸,N 端含訊號胜肽,胞外區域包含 Cadherin 1 至 Cadherin 6 六個結構域;其後接一段跨膜螺旋,並具有胞質區域。資料另標示胞外區及胞質區各有預測的無序區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
protocadherin 10 位於細胞膜,屬單次跨膜的 I 型膜蛋白。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | protocadherin 10 可能具有鈣離子依賴的細胞黏附功能。此註記指出其潛在角色與細胞黏附相關,並限定為鈣離子依賴;資料未進一步說明作用機制或具體生物學情境。 | 資料庫紀錄 | |
| 功能 | 在微生物感染情境中,protocadherin 10 可作為 Western equine encephalitis virus 的受體。此註記限定於感染相關情境,未提供受體作用機制或其後續影響的說明。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | protocadherin 10 位於細胞膜,並被描述為單次跨膜的 I 型膜蛋白。此定位資料未提供細胞狀態或條件改變時的定位差異。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGAAACTGCCAGCCCAGACCACAGGCTCAGAGGCTGAAGC40AGGAGGAAGGAAGGACTGGAAGGAAAAAGAGACAGGTTAG80AGGGAAAGAGGCTTGGGAAGAAAACAGCAGAAAAGAAACT120GCTCATTACACTTACAGAGAGGCAAGTAACGGTGGAGATG160AGGACAGAGGGAACCAAGACTCTGAAAGACAAAAAATACA200AATAGAGCGAAAGAGGAAAAAAATGTCAAGAAGAACATCC240ATCCGGAGAAATGAAGAGAATGAAAGTTTTAAGCTGCAGA280GCCGTTCTGTGCTTTTCCGGCACAAAATTATATCGCTGAT320TTTAAGCCCTTTTGCATTTGCCAGCCGTTGACATTAAGAG360GCATGTTTAACGGTGCCAACAGCATCTCCTTTTCCTTCTC400CTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCTTTT440TCCTCCTCCTCGTTCTCCTCCCATCAGCAAGAAGACAAAC480CGAGGACAGTCTTGAAATATCGAAATTTCCTCTTTGGGAT520TTGCCAGCGCCAAGACTGTCGGAATAAAGGACGCTGACTA560TTGTATTATTGTTATTTTATTAATTAGTCAGTGGAAAGAT600TACAGATGAGGAAAGGGGACGCCTGTCACCCTTCCTGTGC640TAAGATTTAAAAAAAAATGAGGCTGGATTGCGGGAAGCTC680TAAAATGAAGCAAAAGGAGTAAGATTTTTAAAGACAGAAA720GCCACAGGAGCCCCCACGTAGCGCACTTTTATTTGTATTT760TTTCAGATTTTTTTTTGTTTCGTGGTGGTGGGGGAGGTGA800TTGGGTGGCTGACTGGCTGCGGGAAGCTACTTCCTTTCCT840TTTGGAGATGATTGTGCTATTATTGTTTGCCTTGCTCTGG880ATGGTGGAAGGAGTCTTTTCCCAGCTTCACTACACGGTAC920AGGAGGAGCAGGAACATGGCACTTTCGTGGGGAATATCGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。