基因總覽
PBX4 是人類蛋白質編碼基因，正式名稱為 PBX homeobox 4。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 19p13.11。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000251203 ★ | 19,561,713–19,618,687 | 8 |
| ENST00000885656 | 19,561,713–19,618,732 | 6 |
| ENST00000885657 | 19,561,713–19,618,732 | 9 |
| ENST00001137879 | 19,561,713–19,618,732 | 8 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>PBX4 ENST00000251203 GRCh38 chr19:19618587-19619687 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAAGTGATCCTCCCGCCTCTGCCGCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCATGAGCCACCGCCCAGTTCCTTT TCTTGTGCACTAGGAGCCTTCGATGCTGTGTCCTAAGGACTAGAAACAAAGATGTGAGGATTCGCTCTGA TTTGGGGTACACTGCAGGGGAGTCTCTCAGTAAACATCCTTCCTTCATTCGGTAACCACGTGGTAGCATT TTCTATGCCCAGAACTGTAATCTGCGAAGATGAATAAACAAGCGAGGTCACTCTTCAGCTGGACCTTGAA AGGTGACTGGAATTGATTTCTGCAGTGGAGAAAAGCGCTGCGTTCTGACCTCCTCGTTGCCATCAACCAC GCACGCCTGCGCCCCGCCTTAGCCAGGTGAACGGGGCGTGGAAAGCTCTAGAGGAAGAGCCAGGGGCCCC AGTGGCCCACCTGATGGGGCTGAGGATGCAGGGAGCATTAGGGGGACTGAGCAGGGGTCTGGGGCTTGGG GCTTCTGGAAATGAATGGGGGCTGTCGATCAAGCTATAAGAGGTGTGGGGTTCTGAGGAGGAGGGGGTGG CTTGGAGGAAGAGTTGGGGTGCTCTGGGGAGTGAGGGTCTCTGAGGACCGAGGGCTTTGAGGAGAAGGGG GCCCTGAGGAGGAGCAGGAACTCTGAGGAGATGCGAGTGGGGCTGAAGGAGGCGTGCACCGCGCGAGATG TGAGGGATGGGGGCCTCTGGCTGGAGCGGAGCCAGCGCTGCCCTCTCTCAAGGGGAAGGAGGGCGCTTAT GAGAAGTGCCGTTGCCTCGGCAACCCCAAACCCAGTCCAAGCCCGGAGAGGGGGAAGTTCGGGGCGAGTC CCGGGGGCGGTGCGTGGCGCCGGTTGGCTGACGGAGATGAAGGGGCGTGTCTGTAGGCGGTGCAATACAC GGGTTGGCTGGCGATAGCGGCGGTGGGCGTGGCTTAGGCGCGAGCGAGAGCGGGCGCGGCGCTCAGGCAG CGGCGGTTGGCTGCGGCGCCAGTGGTAGTGCTCCAGGCTCGACGGCACCCTCACAGCGCCCGCCCGGCCC TGCCGCTCATGGCCGCCCCGCCGCGCCCCGCGCCATCGCCCCCCGCCCCGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PBX4_1 ↗ | 19:19,618,687 | 負股 | 19,618,677–19,618,736 |
| PBX4_2 ↗ | 19:19,618,864 | 負股 | 19,618,854–19,618,913 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR19_B5W4M · enhancer · 19613444–19614006 · regulatory
ENSR19_56LK5Z · CTCF_binding_site · 19613863–19613884 · regulatory
ENSR19_99R7P · enhancer · 19615181–19615436 · regulatory
ENSR19_8KKHG · promoter · 19618677–19618928 · regulatory
ENSR19_B5W5F · enhancer · 19618929–19619626 · regulatory
· motif · 19613865–19613881 · motif
· motif · 19615236–19615258 · motif
· motif · 19615236–19615258 · motif
· motif · 19615248–19615260 · motif
· motif · 19615423–19615435 · motif
· motif · 19616535–19616550 · motif
· motif · 19616540–19616552 · motif
· motif · 19616543–19616550 · motif
· motif · 19616902–19616917 · motif
· motif · 19616907–19616919 · motif
· motif · 19616910–19616917 · motif
· motif · 19618209–19618217 · motif
· motif · 19618506–19618515 · motif
· motif · 19618680–19618697 · motif
· motif · 19618893–19618908 · motif
· motif · 19618893–19618908 · motif
· motif · 19621574–19621587 · motif
· motif · 19621574–19621587 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：374 aa
PBX4 屬於 TALE/PBX homeobox family，蛋白質長 374 個胺基酸。其 PBC domain 位於第 14–209 位，包含 PBC-A（第 21–100 位）與 PBC-B（第 103–209 位）；第 210–272 位為 TALE 型 Homeobox DNA 結合區。第 333–374 位則被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 70 個夥伴
- AIRIMQ9NX04 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- ARHGEF3Q9NR81 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BCL6P41182 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BFSP2Q13515 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C14orf119Q9NWQ9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCM2LQ9NUG4 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- CDKN2CP42773 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CHCHD2Q9Y6H1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLCNKAP51800-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CPNE7Q9UBL6-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DR1Q01658 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EIF1ADQ8N9N8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EIF3FO00303 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOC8Q8IYI6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FUSP35637 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GADD45GIP1Q8TAE8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GEMP55040 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GINS4Q9BRT9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPANK1O95872 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GTF2BQ00403 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GTF3C3Q9Y5Q9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXB2P14652 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXB5P09067 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXC5Q00444 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXC8P31273 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | PBX4 定位於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGTGGTAGTGCTCCAGGCTCGACGGCACCCTCACAGCGCC40CGCCCGGCCCTGCCGCTCATGGCCGCCCCGCCGCGCCCCG80CGCCATCGCCCCCCGCCCCGCGGCGCCTCGACACGAGCGA120CGTCCTGCAGCAGATCATGGCCATCACCGACCAGAGCCTG160GACGAGGCACAGGCCAGAAAGCATGCTCTGAATTGCCATC200GGATGAAGCCTGCTCTGTTCAGCGTGCTCTGTGAGATCAA240GGAAAAGACAGTGGTAAGCATCCGTGGCATTCAAGACGAA280GATCCCCCTGACGCCCAGCTCCTGAGGCTGGATAACATGC320TGCTGGCTGAGGGCGTGTGCAGGCCCGAGAAGAGAGGAAG360AGGAGGAGCGGTGGCCAGGGCCGGCACAGCAACACCAGGT400GGCTGTCCAAATGACAATAGCATTGAGCACTCTGACTACA440GGGCCAAGCTGTCCCAGATCCGACAGATTTACCACTCTGA480GCTAGAGAAATATGAACAGGCCTGTCGTGAGTTCACCACG520CACGTCACCAACCTCCTCCAGGAGCAGAGCAGGATGAGGC560CTGTCTCCCCTAAGGAGATTGAGCGCATGGTCGGCGCCAT600TCACGGCAAGTTCAGCGCCATCCAGATGCAGTTGAAGCAG640AGCACCTGTGAGGCAGTGATGACCCTGCGTTCGCGGCTGC680TCGATGCCAGGCGCAAGCGGCGGAATTTCAGCAAGCAGGC720GACGGAAGTGCTGAATGAGTATTTTTACTCCCATCTGAAC760AACCCTTACCCCAGCGAAGAAGCCAAAGAAGAGCTGGCCA800GGAAGGGCGGCCTCACCATCTCCCAGGTCTCTAACTGGTT840TGGCAACAAAAGAATCCGGTATAAAAAGAACATGGGGAAG880TTTCAAGAAGAGGCTACCATTTACACGGGTAAAACGGCTG920TGGATACCACGGAAGTTGGGGTCCCAGGGAACCACGCCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。