基因總覽
PARD3B(par-3 family cell polarity regulator beta)是蛋白質編碼基因,產物屬於 PAR3 家族。其蛋白質長 1205 個胺基酸,具有三個 PDZ 結構域,並含有多段預測為無序的區域。來源將其描述為可能參與細胞極性相關過程的適配蛋白;至於這些結構特徵如何支持其作用,現有資料未提供進一步說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000406610 ★ | 204,545,475–205,620,162 | 23 |
| ENST00001144358 | 204,545,162–205,620,162 | 23 |
| ENST00000349953 | 204,546,000–205,615,813 | 22 |
| ENST00000351153 | 204,546,000–205,615,813 | 22 |
| ENST00000358768 | 204,546,000–205,615,813 | 22 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
PARD3B 的蛋白質產物被描述為一種推定的適配蛋白,可能參與不對稱細胞分裂與細胞極化。適配蛋白通常涉及協調不同分子或細胞結構,但現有來源未詳述 PARD3B 在這些過程中的具體作用方式,因此其分子機制與作用對象仍無法由此資料確定。
細胞極化涉及細胞內部或細胞表面形成不對稱的組織狀態;不對稱細胞分裂則與細胞分裂時產生不同細胞特徵有關。來源指出 PARD3B 可能參與這兩類過程,但未提供細胞類型、實驗條件或對其作用的直接測試結果,故不宜將這些角色視為已確立的機制。
此外,PARD3B 可能參與上皮細胞緊密連結的形成。緊密連結是上皮細胞間的連結結構;然而來源只提出可能的參與關係,沒有說明 PARD3B 如何促成其形成,也未界定其作用階段或必要性。上述描述共同指出 PARD3B 與細胞極性及上皮細胞連結相關,但現有資料不足以進一步判定其功能細節。
Promoter 與基因調控
>PARD3B ENST00000406610 GRCh38 chr2:204544475-204545575 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGAGCACATCCTTCTGTAGAGAAACACATGATGCAGCCCTGAGGGTCTTGCTGGATGAACTGGATGGCTA AGAAAACTGCAGGGAGAGACCAGAGATTGAGCTCAGAAGACCTGAGTTCTTTTCAACAGAACTAACACCA TGGTCTGCTCAGTCTCTTGACCTCTCCGAGCACCATTCTTGATGCACAAGATGCGAAGAATAATATCTAC CTACCGGGTAGTTGTTAAGCTCAAAGGAGCTCATTTACATGAGAGCTAAGAATGAAACTAACGTAATTTG TTGGTTTCCCCCACATATTCCCATTTCAATTGGTGATGGATACACACCTGCCAAATCATGAGCCTAAGGG TGTTAACTTTTTTTTTTCCTAATAAAATGCACAACGGTAGTCGCATTCCAGAAGGCTATGTGTCAACACA CGCGATCATATCTGGGTCTTGGGTGTGACCTTTGGCCAAATACTCAGTGTCCTCGAGGGTCTGTAAAAGG AAAAGTTTCCACTGGCGCGTTCTCTCCAAGGTTCGCTTCAGCTCTGCTATCCCAGGGCTCCTGATGGCAG CGGCACGGGCTGTGCTTAAGGCGAGTTCCTAACAGGCCCTCGGGGCACTCCTGCATCTCCGCACCCGGCA GCCTCGCCCCTTGGGTGTTTTTGGTGGGCGTGACTAGAAGCACCTGCTCCTGGGCTCCTTTTGCATCTTG CTGCAGTCCCCTCCTGTGAAGGGCGCAGCTCTGCAGTCTCCTCGCTCTTCCCTCGGGTGTTCTTTCTGAG ATCCGGTTTCAATCCTCGAGCGTGTAGCCCTCAGGTCCCCTTACAACTCCCCAGAGCTCCGTGTGCATGC GTGCGAGAGGGAGAGAGCCAGGGAGAGACCCAGGTGACGAGACGAGGCTCCCGGGCTCCAGTTACTGGCC CGCAGGGCCGGGGCACGTCGTCGCCCAGCGTGCGGCGGGGCCCGGGAGCGCCGCGGCCCCTTTAAGAGCC GGGCCCAGGCCGTCGCCGGGACCGCAGGAGCCCAGAGCGCGGGCGCCGCAGAGGAGTTGGGAGCCGGCGC AAAAGTTTCCTCCCAACTCTGGCCCCGTGCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCAC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| PARD3B_4 ↗ | 2:204,544,940 | 正股 | 204,544,891–204,544,950 |
| PARD3B_1 ↗ | 2:204,545,539 | 正股 | 204,545,490–204,545,549 |
| PARD3B_2 ↗ | 2:204,545,809 | 正股 | 204,545,760–204,545,819 |
| PARD3B_3 ↗ | 2:204,545,994 | 正股 | 204,545,945–204,546,004 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR2_95273J · promoter · 204544985–204545485 · regulatory
ENSR2_95273N · promoter · 204545510–204546010 · regulatory
ENSR2_53R522D · CTCF_binding_site · 204545811–204545832 · regulatory
ENSR2_B3HL3K · enhancer · 204550366–204551342 · regulatory
· motif · 204543152–204543161 · motif
· motif · 204543428–204543437 · motif
· motif · 204543428–204543437 · motif
· motif · 204545813–204545829 · motif
· motif · 204545950–204545957 · motif
· motif · 204546567–204546576 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1205 aa
PARD3B 蛋白質長 1205 個胺基酸,屬於 PAR3 家族。序列註解標示三個 PDZ 結構域,分別位於胺基酸 201–289、383–468 與 498–585;另有多段區域被註解為無序區,包括 784–921 與 1111–1205 等區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
PARD3B 被記錄於內膜系統及細胞連結,並部分分布於細胞與細胞接觸區域。 在上皮細胞中,PARD3B 與 TJP1 共定位於緊密連結;資料未提供其定位變化的條件或異構型差異。
未繪示構造:Endomembrane system;Cell junction;Cell junction, tight junction。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 29 個夥伴
- ABCC4O15439 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARHGEF16Q5VV41 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ASIC3Q9UHC3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP2B4P23634 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CIB2O75838 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CYSLTR2Q9NS75 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DGKKQ5KSL6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DGKZQ13574 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DOCK4Q8N1I0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FRMPD4Q14CM0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FZD7O75084 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- KCNA5P22460 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIR3DL3Q8N743 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MAP2K2P36507 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PBKQ96KB5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PTENP60484 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RASSF6Q6ZTQ3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RPS6KA1Q15418 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- SLC15A5A6NIM6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLCO1C1Q9NYB5 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TAMALINQ7Z6J2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TJP2Q9UDY2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- 3aP0DTC3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- E6P26554 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- E6P36809 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
PARD3B 與 PARD6B 及 INSC(inscuteable)有交互作用的記錄。來源未進一步說明這些關係是否屬於直接實體結合,亦未指出相關複合體或其功能後果,因此不將其延伸解讀為特定複合體或機制。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | PARD3B 被描述為推定的適配蛋白,可能參與不對稱細胞分裂與細胞極化過程;此外,它也可能參與上皮細胞緊密連結的形成。這些內容表示可能的功能角色,來源未提供更具體的作用機制。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Putative adapter protein involved in asymmetrical cell division and cell polarization processes. May play a role in the formation of epithelial tight junctions |
| 交互作用 | PARD3B 與 PARD6B 及 INSC(inscuteable)有交互作用的記錄。此敘述未進一步說明交互作用的性質、發生條件或功能結果。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | PARD3B 被記錄於內膜系統與細胞連結,包括緊密連結,並部分分布於細胞接觸區域。在上皮細胞中,PARD3B 與 TJP1 共定位於緊密連結。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Endomembrane system; Cell junction; Cell junction, tight junction; Partially localized along the cell-cell contact region. Colocalizes with TJP1 to epithelial tight junctions |
核酸與蛋白質序列
ACCGCAGGAGCCCAGAGCGCGGGCGCCGCAGAGGAGTTGG40GAGCCGGCGCAAAAGTTTCCTCCCAACTCTGGCCCCGTGC80GCCGCCGCCGCCGCCGCCCACTCCAGCCCCCGGCTTGGGG120CCGGCCCTGCCAACGCCGCCAGGGCCAGGGCCAGGGCCAG160GACCAGCGACAGGGCAGGGCCGGCAGTTTCGCTTTGGTGG200GCGCGGAGCAGCCGCCTGGGCCGGGCAGGAGTAGGAGCGG240GAGGAGGAGGAGGAGGAGCCGGTGCCGCGGAGCTGCCGCG280TCCCGGGCCGCCGGGCACCTGGGAGGTAACCCCTTTCCGC320GGCCGCCCCTCCCCGATTCCCGCCACCTGCCGCCTGGCCA360GGTGGAAGGGGCGCTGCCGCGAGCCTCCGGGCCTCAGGGT400GTTCCGGGGAGCGGCGCCCCGGGTCTCTGGGCCCACCCGC440CCCGGGCGTCCTCCGAGAGTGGGGGCTGCGCCCGCGGGGT480CAGACACCTGTTCGGCCCGGCCCGGCGTGGTCGCCGGGGG520CCAGGATGAAAGTGACCGTGTGCTTCGGCAGGACGGGCAT560CGTGGTGCCCTGCAAGGAGGGCCAGCTGCGCGTCGGCGAG600CTCACCCAGCAGGCGCTGCAGCGGTACCTGAAGACCCGGG640AGAAGGGTCCTGGTTACTGGGTGAAGATTCATCACTTAGA680ATATACAGATGGAGGAATCCTGGATCCAGATGATGTCTTG720GCAGATGTTGTTGAAGATAAAGACAAGCTGATTGCTGTGT760TTGAAGAACAAGAACCACTCCACAAGATTGAGAGCCCCAG800TGGAAACCCTGCAGATCGGCAGAGCCCAGATGCTTTTGAG840ACAGAAGTGGCCGCCCAACTGGCCGCATTTAAGCCAATTG880GTGGGGAGATTGAAGTAACCCCTTCTGCTCTAAAACTAGG920CACTCCACTGCTGGTGAGGAGAAGCAGTGACCCAGTGCCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。