演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

OVOL3HOVO3

ovo like zinc finger 3

OVOL3(ovo like zinc finger 3)是蛋白質編碼基因,其產物可能具有轉錄調節作用,並屬於 C2H2 型鋅指蛋白家族。

Homo sapiens19q13.12UniProt O00110
OFFICIAL SYMBOL
OVOL3
CHROMOSOME
19
UNIPROT
O00110
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

OVOL3(ovo like zinc finger 3)是位於人類第 19 號染色體的蛋白質編碼基因,產物為 Putative transcription factor ovo-like protein 3。此蛋白質長 190 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,序列中具有四個 C2H2 型鋅指區域。其蛋白質特徵包括數段被註解為無序的區域。現有資料將其主要角色描述為可能參與轉錄調節;具體調節對象與作用方式尚未由這些來源說明。

Official symbol
OVOL3
Gene name
ovo like zinc finger 3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:14186
UniProt
O00110
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HOVO3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919q13.12
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25OVOL3pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr19:36,111,116–36,113,711
Gene span
2,596 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000633214 ★36,111,143–36,113,7114
ENST0000092588836,111,116–36,113,7114
ENST0000113749536,111,116–36,113,7114
ENST0000058533236,111,203–36,113,7113

顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

OVOL3 的產物可能具有轉錄調節作用。這項功能目前以「可能」描述,現有資料沒有進一步指出它調節哪些基因或轉錄程序,也未說明其作用是促進或抑制轉錄。因此,較適合將其功能理解為一項有待進一步界定的轉錄調節角色,而不延伸推定具體靶點或生物學結果。

OVOL3 蛋白質屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,並含有四個 C2H2 型鋅指區域。這些序列特徵提供了蛋白質家族與結構上的描述,但現有來源沒有明確說明這些鋅指區域是否直接參與 DNA 結合,亦未提供特定分子作用方式的證據。因此,不能僅憑家族歸屬推定其辨識的序列或調控機制。

目前可支持的功能資訊集中於「可能作為轉錄調節因子」這一概括性描述;資料未提供其作用條件、相關細胞過程或生理影響。故對 OVOL3 的功能理解應保留此不確定性,不將潛在角色擴大為已確認的調節機制。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 36111143 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>OVOL3 ENST00000633214 GRCh38 chr19:36110143-36111243 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGGTAGGGTCCTGGGAGCCCCTGGCTGTGTCAAGAGACCCCCTTTGGGCCAGGTGCGGTGGCTCATGCCT
GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCACTTGACGTCAGGAGTTCAAGACTAGCCTGGC
CAACATGGTGAAACTCTGTCTCTACCAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGTGGTGCATGCCTGTAGT
CCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGTTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTCCAGTGAGCCAAG
ATGGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCGTCTCAAAAAAAGAAAAAAAAATAGG
AGACCCCCTTTTACTTTCCAGACTGTGGGAGGGAGGAAGAGTGTTGTCCCAGGCAGTAACTAGGGGCTAG
ATTATTAACAAACTAGTATTTTAGTGCCTGCTACACCTGAACAGTGCTTCTGGCTGAATGTTAGCCCTGG
GAATCTGAAGATCAGAGAGGTGGGGCATCCTACCTGAGGATGCACAGCCTGGATCCTCATTTTGCCCTGA
TTTATCCAGATCTGCTGTCCTCCCTGCACCCTACAGAGCAGGGCAATCACAGCAGGGGGCCCCTTCAGTG
TCCTCAGACAGCTGCTGTGATTTGAATAACCAGGCAGGCTGCTGGATGTCCCCTGGTGACTGATTTGCCT
GGCAAACAGACCCTCAACCCCTGGGAGACAGTCCCCCTGGGGCCTTGTTTCTTCTTCCTATCCTCAAAAG
CTCCCCAGGCCCATCTCCCCTTGCCTGGCTCTGCTTGGTGGTCCTAGTGCTTGTCCACCCCTGGAGGCTG
GATGGTTCCCTCCAAAACCTGGGAGAAGATGGGCAGGTCCCCAGGCAGGGGTAACCTGAGCCAGCTTAGT
CCACTCCCAGGGCCAGCCAGGAAATTTGCATGAAGAGAATGAGGTTCCTCAGAGGCTTCCCCTCCTTTCC
CACCAGGGATAGTCATCCTGGGGCTGAGGTCTGACAGCAGGTGGAAGCAGCCCCTGTGTGTGGAGAGCCT
TCCGGAGGGCATGCCCCGCGCCTTCCTGGTCAGGAGTCGGCGTCCACAGCC
OVOL3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_833MTQ · enhancer · 36106010–36106231 · regulatory

ENSR19_9JBZQ · promoter · 36110719–36111213 · regulatory

ENSR19_C5KQJ · promoter · 36114865–36116082 · regulatory

ENSR19_5BHCJT · CTCF_binding_site · 36114943–36114964 · regulatory

· motif · 36114597–36114607 · motif

· motif · 36114613–36114629 · motif

· motif · 36114622–36114631 · motif

· motif · 36114705–36114722 · motif

· motif · 36114723–36114733 · motif

· motif · 36114848–36114863 · motif

· motif · 36114848–36114863 · motif

· motif · 36114892–36114903 · motif

· motif · 36114945–36114961 · motif

· motif · 36114968–36114977 · motif

· motif · 36114968–36114977 · motif

· motif · 36114968–36114977 · motif

· motif · 36114968–36114977 · motif

· motif · 36115143–36115151 · motif

· motif · 36115143–36115158 · motif

· motif · 36115205–36115216 · motif

· motif · 36115205–36115216 · motif

· motif · 36115248–36115258 · motif

· motif · 36115459–36115469 · motif

· motif · 36115685–36115695 · motif

· motif · 36115700–36115710 · motif

· motif · 36115726–36115737 · motif

· motif · 36115728–36115737 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:190 aa

1 aa190 aa功能區域鋅指
依 O00110 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

OVOL3 蛋白質長 190 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列含四個 C2H2 型鋅指區域,分別位於胺基酸 70–92、98–120、126–149 與 165–187;另有兩段區域被註解為無序,位於 1–21 與 35–65。

鋅指C2H2-type 170–92 aa
鋅指C2H2-type 298–120 aa
鋅指C2H2-type 3126–149 aa
鋅指C2H2-type 4165–187 aa
功能區域Disordered1–21 aa
功能區域Disordered35–65 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · O00110…

AlphaFold · O00110

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleus

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
HOVO3OVOL3
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能OVOL3 的產物可能具有轉錄調節作用;此描述保留可能性,來源未進一步指出調節的靶標、方向、作用條件或相關生物學過程。推論支持
證據與來源

May act as a transcription regulator

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位OVOL3 蛋白質位於細胞核。推論支持
證據與來源

Nucleus

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000633214 · 683 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GGGCTGAGGTCTGACAGCAGGTGGAAGCAGCCCCTGTGTG40
41TGGAGAGCCTTCCGGAGGGCATGCCCCGCGCCTTCCTGGT80
81CAGGAGTCGGCGTCCACAGCCCCCCAACTGGGGCCATCTG120
121CCTGACCAGCTCCGGGGAGATGCCTATATCCCAGACTGCA160
161GCAGCCTGGGGGGGCCACCGGCACAACAGTCGTCCAGTGT200
201CAGGGATCCGTGGACAGCGCAGCCCACACAGGGCAACCTG240
241ACCTCTGCTCCCAGGGGCCCTGGGACGCTGGGCTGCCCGC280
281TCTGCCCTAAGGCCTTCCCTCTGCAGCGCATGCTGACAAG320
321GCACCTCAAGTGCCACAGCCCCGTGCGCCGCCACCTGTGC360
361CGCTGTTGTGGCAAGGGCTTTCATGACGCCTTCGATCTCA400
401AGCGCCACATGAGGACTCACACTGGGATCCGGCCCTTCCG440
441CTGCAGTGCTTGCGGGAAAGCGTTTACGCAGCGCTGCTCC480
481CTGGAAGCTCACCTTGCTAAGGTGCATGGACAGCCGGCCA520
521GCTACGCTTACCGTGAGCGCCGCGAGAAGCTGCACGTGTG560
561CGAGGACTGCGGCTTCACCAGCTCCCGGCCCGACACCTAC600
601GCACAGCACCGCGCCCTGCACCGCGCAGCCTGATACGGTG640
641TGCCAGCGTCCTCCCCACGAGGCAAATAAACACAGAAAAC680
681TCA683

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。