基因總覽
OVOL3(ovo like zinc finger 3)是位於人類第 19 號染色體的蛋白質編碼基因,產物為 Putative transcription factor ovo-like protein 3。此蛋白質長 190 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,序列中具有四個 C2H2 型鋅指區域。其蛋白質特徵包括數段被註解為無序的區域。現有資料將其主要角色描述為可能參與轉錄調節;具體調節對象與作用方式尚未由這些來源說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000633214 ★ | 36,111,143–36,113,711 | 4 |
| ENST00000925888 | 36,111,116–36,113,711 | 4 |
| ENST00001137495 | 36,111,116–36,113,711 | 4 |
| ENST00000585332 | 36,111,203–36,113,711 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
OVOL3 的產物可能具有轉錄調節作用。這項功能目前以「可能」描述,現有資料沒有進一步指出它調節哪些基因或轉錄程序,也未說明其作用是促進或抑制轉錄。因此,較適合將其功能理解為一項有待進一步界定的轉錄調節角色,而不延伸推定具體靶點或生物學結果。
OVOL3 蛋白質屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family,並含有四個 C2H2 型鋅指區域。這些序列特徵提供了蛋白質家族與結構上的描述,但現有來源沒有明確說明這些鋅指區域是否直接參與 DNA 結合,亦未提供特定分子作用方式的證據。因此,不能僅憑家族歸屬推定其辨識的序列或調控機制。
目前可支持的功能資訊集中於「可能作為轉錄調節因子」這一概括性描述;資料未提供其作用條件、相關細胞過程或生理影響。故對 OVOL3 的功能理解應保留此不確定性,不將潛在角色擴大為已確認的調節機制。
Promoter 與基因調控
>OVOL3 ENST00000633214 GRCh38 chr19:36110143-36111243 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GGGTAGGGTCCTGGGAGCCCCTGGCTGTGTCAAGAGACCCCCTTTGGGCCAGGTGCGGTGGCTCATGCCT GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCGGATCACTTGACGTCAGGAGTTCAAGACTAGCCTGGC CAACATGGTGAAACTCTGTCTCTACCAAAAATACAAAAATTAGCCCGGTGTGGTGGTGCATGCCTGTAGT CCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGTTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTCCAGTGAGCCAAG ATGGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAAACTCCGTCTCAAAAAAAGAAAAAAAAATAGG AGACCCCCTTTTACTTTCCAGACTGTGGGAGGGAGGAAGAGTGTTGTCCCAGGCAGTAACTAGGGGCTAG ATTATTAACAAACTAGTATTTTAGTGCCTGCTACACCTGAACAGTGCTTCTGGCTGAATGTTAGCCCTGG GAATCTGAAGATCAGAGAGGTGGGGCATCCTACCTGAGGATGCACAGCCTGGATCCTCATTTTGCCCTGA TTTATCCAGATCTGCTGTCCTCCCTGCACCCTACAGAGCAGGGCAATCACAGCAGGGGGCCCCTTCAGTG TCCTCAGACAGCTGCTGTGATTTGAATAACCAGGCAGGCTGCTGGATGTCCCCTGGTGACTGATTTGCCT GGCAAACAGACCCTCAACCCCTGGGAGACAGTCCCCCTGGGGCCTTGTTTCTTCTTCCTATCCTCAAAAG CTCCCCAGGCCCATCTCCCCTTGCCTGGCTCTGCTTGGTGGTCCTAGTGCTTGTCCACCCCTGGAGGCTG GATGGTTCCCTCCAAAACCTGGGAGAAGATGGGCAGGTCCCCAGGCAGGGGTAACCTGAGCCAGCTTAGT CCACTCCCAGGGCCAGCCAGGAAATTTGCATGAAGAGAATGAGGTTCCTCAGAGGCTTCCCCTCCTTTCC CACCAGGGATAGTCATCCTGGGGCTGAGGTCTGACAGCAGGTGGAAGCAGCCCCTGTGTGTGGAGAGCCT TCCGGAGGGCATGCCCCGCGCCTTCCTGGTCAGGAGTCGGCGTCCACAGCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_833MTQ · enhancer · 36106010–36106231 · regulatory
ENSR19_9JBZQ · promoter · 36110719–36111213 · regulatory
ENSR19_C5KQJ · promoter · 36114865–36116082 · regulatory
ENSR19_5BHCJT · CTCF_binding_site · 36114943–36114964 · regulatory
· motif · 36114597–36114607 · motif
· motif · 36114613–36114629 · motif
· motif · 36114622–36114631 · motif
· motif · 36114705–36114722 · motif
· motif · 36114723–36114733 · motif
· motif · 36114848–36114863 · motif
· motif · 36114848–36114863 · motif
· motif · 36114892–36114903 · motif
· motif · 36114945–36114961 · motif
· motif · 36114968–36114977 · motif
· motif · 36114968–36114977 · motif
· motif · 36114968–36114977 · motif
· motif · 36114968–36114977 · motif
· motif · 36115143–36115151 · motif
· motif · 36115143–36115158 · motif
· motif · 36115205–36115216 · motif
· motif · 36115205–36115216 · motif
· motif · 36115248–36115258 · motif
· motif · 36115459–36115469 · motif
· motif · 36115685–36115695 · motif
· motif · 36115700–36115710 · motif
· motif · 36115726–36115737 · motif
· motif · 36115728–36115737 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:190 aa
OVOL3 蛋白質長 190 個胺基酸,屬於 Krueppel C2H2-type zinc-finger protein family。序列含四個 C2H2 型鋅指區域,分別位於胺基酸 70–92、98–120、126–149 與 165–187;另有兩段區域被註解為無序,位於 1–21 與 35–65。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
核酸與蛋白質序列
GGGCTGAGGTCTGACAGCAGGTGGAAGCAGCCCCTGTGTG40TGGAGAGCCTTCCGGAGGGCATGCCCCGCGCCTTCCTGGT80CAGGAGTCGGCGTCCACAGCCCCCCAACTGGGGCCATCTG120CCTGACCAGCTCCGGGGAGATGCCTATATCCCAGACTGCA160GCAGCCTGGGGGGGCCACCGGCACAACAGTCGTCCAGTGT200CAGGGATCCGTGGACAGCGCAGCCCACACAGGGCAACCTG240ACCTCTGCTCCCAGGGGCCCTGGGACGCTGGGCTGCCCGC280TCTGCCCTAAGGCCTTCCCTCTGCAGCGCATGCTGACAAG320GCACCTCAAGTGCCACAGCCCCGTGCGCCGCCACCTGTGC360CGCTGTTGTGGCAAGGGCTTTCATGACGCCTTCGATCTCA400AGCGCCACATGAGGACTCACACTGGGATCCGGCCCTTCCG440CTGCAGTGCTTGCGGGAAAGCGTTTACGCAGCGCTGCTCC480CTGGAAGCTCACCTTGCTAAGGTGCATGGACAGCCGGCCA520GCTACGCTTACCGTGAGCGCCGCGAGAAGCTGCACGTGTG560CGAGGACTGCGGCTTCACCAGCTCCCGGCCCGACACCTAC600GCACAGCACCGCGCCCTGCACCGCGCAGCCTGATACGGTG640TGCCAGCGTCCTCCCCACGAGGCAAATAAACACAGAAAAC680TCA683cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。