演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN GENE LOCUS

OR1F12Phs6M1-35P

olfactory receptor family 1 subfamily F member 12, pseudogene

OR1F12P 是位於人類第 6 號染色體的嗅覺受體家族假基因;現有資料未說明它具有功能性產物。

Homo sapiens6p22.1
OFFICIAL SYMBOL
OR1F12P
CHROMOSOME
6
LOCUS TYPE
unprocessed_pseudogene
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

OR1F12P 的正式名稱為 olfactory receptor family 1 subfamily F member 12, pseudogene,基因類型為假基因,位於人類第 6 號染色體。現有資料將它歸入嗅覺受體家族,但沒有提供此假基因是否產生 RNA 或蛋白質、其結構特徵或個別生物學作用的資訊。嗅覺受體家族一般與 G 蛋白偶聯受體相關;這項家族層級描述不能據以認定 OR1F12P 具有相同功能。

Official symbol
OR1F12P
Gene name
olfactory receptor family 1 subfamily F member 12, pseudogene
Organism
Homo sapiens
Gene type
pseudogene
HGNC ID
HGNC:13964
Locus type
pseudogene
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
hs6M1-35POR1F12QOR1F12

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 66p22.1
chr6 · 170,805,979 bp · GRCh38chr6p25.3 · 1–2300000 · gnegchr6p25.2 · 2300001–4200000 · gpos25chr6p25.1 · 4200001–7100000 · gnegchr6p24.3 · 7100001–10600000 · gpos50chr6p24.2 · 10600001–11600000 · gnegchr6p24.1 · 11600001–13400000 · gpos25chr6p23 · 13400001–15200000 · gnegchr6p22.3 · 15200001–25200000 · gpos75chr6p22.2 · 25200001–27100000 · gnegchr6p22.1 · 27100001–30500000 · gpos50chr6p21.33 · 30500001–32100000 · gnegchr6p21.32 · 32100001–33500000 · gpos25chr6p21.31 · 33500001–36600000 · gnegchr6p21.2 · 36600001–40500000 · gpos25chr6p21.1 · 40500001–46200000 · gnegchr6p12.3 · 46200001–51800000 · gpos100chr6p12.2 · 51800001–53000000 · gnegchr6p12.1 · 53000001–57200000 · gpos100chr6p11.2 · 57200001–58500000 · gnegchr6p11.1 · 58500001–59800000 · acenchr6q11.1 · 59800001–62600000 · acenchr6q11.2 · 62600001–62700000 · gnegchr6q12 · 62700001–69200000 · gpos100chr6q13 · 69200001–75200000 · gnegchr6q14.1 · 75200001–83200000 · gpos50chr6q14.2 · 83200001–84200000 · gnegchr6q14.3 · 84200001–87300000 · gpos50chr6q15 · 87300001–92500000 · gnegchr6q16.1 · 92500001–98900000 · gpos100chr6q16.2 · 98900001–100000000 · gnegchr6q16.3 · 100000001–105000000 · gpos100chr6q21 · 105000001–114200000 · gnegchr6q22.1 · 114200001–117900000 · gpos75chr6q22.2 · 117900001–118100000 · gnegchr6q22.31 · 118100001–125800000 · gpos100chr6q22.32 · 125800001–126800000 · gnegchr6q22.33 · 126800001–130000000 · gpos75chr6q23.1 · 130000001–130900000 · gnegchr6q23.2 · 130900001–134700000 · gpos50chr6q23.3 · 134700001–138300000 · gnegchr6q24.1 · 138300001–142200000 · gpos75chr6q24.2 · 142200001–145100000 · gnegchr6q24.3 · 145100001–148500000 · gpos75chr6q25.1 · 148500001–152100000 · gnegchr6q25.2 · 152100001–155200000 · gpos50chr6q25.3 · 155200001–160600000 · gnegchr6q26 · 160600001–164100000 · gpos50chr6q27 · 164100001–170805979 · gnegOR1F12Ppq1 bp170,805,979 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr6:28,073,316–28,074,233
Gene span
918 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000402365 ★28,073,316–28,074,2331

顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

已知功能與來源註解

現有資料描述的是嗅覺受體家族的一般特性,並未證實 OR1F12P 這個假基因具有受體功能。依家族層級的說明,嗅覺受體可在鼻腔與氣味分子互動,啟動神經元反應,進而引發嗅覺感知;這些受體負責辨識氣味訊號,並透過 G 蛋白介導的訊號轉導傳遞訊息。

該家族的受體蛋白被描述為 G 蛋白偶聯受體,具有七個跨膜區域,與許多神經傳遞物質及荷爾蒙受體共享此結構特徵。來源亦指出,嗅覺受體家族是基因組中最大的基因家族之一。這些內容是對家族及其受體蛋白的一般描述,不能直接推定 OR1F12P 會產生相應蛋白質,或參與上述氣味辨識與訊號傳遞過程。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 28073316 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>OR1F12P ENST00000402365 GRCh38 chr6:28072316-28073416 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CATTTTTTCTCCCTCTTACAGGGTCCTCCGTTCTTCTGAAACTATCCCCTTTGTGTACACGAATGTCTTC
TTAATTATTTTCCATGATAATATTTTTCCTCTACAACCTGATTCCAAGATTCTCAGGTCAAGAACTCTGT
CTTCTGTTACTTTGTGTTTTCTGCAACTCCCAGAAATGCAAGACTCAAAGTAATAATATACTTTATATAC
ATGAACCCCTTCTTTGTAGTTATAGTTAAAATATTACAAAAATAGTAAGAGAATCTTTTAAATCTGCCTC
CCTGTTTCACATAACTTTTTCTCTGTGTTCTTTAGTTTTATCTACATATATTATGTAACTTCGGATGTTA
CATAACTTTTTAACTTATTTGTAAATATTTTCCTATATTGTTCACAGTTCATGTAAACTACTTTTGGAGG
CTTAACTTTTTATACTTGTCAAGAAAATTAACATATTTTTCTTTTGAATCTTGAATAAATAATATCATTT
GTTTTCATTTTATTATTCCTAAATGGTAGGTGTCTGCCTGGTTTTCAAGCAGGGGGGTTCATATAGTGTT
GGAAAAATATTTGGAAAAATTCTTCATTTAAATCTCATTTTATGACATAAAGTCATTTAGTATGTCACTC
ATTGATGCATTTCAACACACAGCAGTCAGTCATATACAAGGCAGAACACGCAAGAGTTGGTGACAACATC
ACAAGTAGGAAAAGAATTTCTGCTTTCTGAGGGGAGATATATACAGATCGCATGGACATCTTGGATAAGG
TGACGTTCCAGTAAGAGAGGATATATGTAAAGACAACTGATGAGGTAGGACATACCTAAGGTTCAGTGAG
GTTTGAGAGAGAGCATCAGAGAGAAGGTAGGATGGCCTAAAGAAAGAACATTTAGTAAGTGGTACTAGAC
TAGGTGAATATATAAAAAATAACAAGGGACATTTTTTTTACTGGCAAAAATATTTCATTCTCTGGGTCTT
CATGCAGATATATTCAAGCAATGGAAGGGAAAAATCAAACCAATATCTCTGAATTTCTCCTCCTGGGCTT
CTCAAGTTGGCAACAACAGCAGGTGCTACTCTTTGCACTTTTCCTGTGTCT
OR1F12P 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / GENE ANATOMY

基因座與轉錄註解

pseudogene

OR1F12P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000402365 ★unprocessed_pseudogene918 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與基因產物定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

1 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 1 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能嗅覺受體家族的一般描述指出,受體可在鼻腔辨識並與氣味分子互動,啟動神經元反應而引發嗅覺感知;受體蛋白屬於 G 蛋白偶聯受體,具有七個跨膜區域,並以 G 蛋白介導的方式傳遞氣味訊號。這些是家族層級資訊,未證明 OR1F12P 假基因本身具有此功能。資料庫紀錄
證據與來源

Olfactory receptors interact with odorant molecules in the nose, to initiate a neuronal response that triggers the perception of a smell. The olfactory receptor proteins are members of a large family of G-protein-coupled receptors (GPCR) arising from single coding-exon genes. Olfactory receptors share a 7-transmembrane domain structure with many neurotransmitter and hormone receptors and are responsible for the recognition and G protein-mediated transduction of odorant signals. The olfactory receptor gene family is the largest in the genome.

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 1 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000402365 · 918 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATGGAAGGGAAAAATCAAACCAATATCTCTGAATTTCTCC40
41TCCTGGGCTTCTCAAGTTGGCAACAACAGCAGGTGCTACT80
81CTTTGCACTTTTCCTGTGTCTCTATTTAACAGGGCTGTTT120
121GGAAACTTACTCATCTTGCTGGCCATTGGCTCGGATCACT160
161GCCTTCACACACCCATGTATTTCTTCCTTGCCAATCTGTC200
201CTTGGTAGACCTCTGCCTTCCCTCAGCCACAGTCCCCAAG240
241ATGCTACTGAACATCCAAACCCAAACCCAAACCATCTCCT280
281ATCCCGGCTGCCTGGCTCAGATGTATTTCTGTATGATGTT320
321TGCCAATATGGACAATTTTCTTCTCACAGTGATGGCATAT360
361GACCGTTACGTGGCCATCTGTCACCCTTTACATTACTCCA400
401CCATTATGGCCCTGCGCCTCTGTGCCTCTCTGGTAGCTGC440
441ACCTTGGGTCATTGCCATTTTGAACCCTCTCTTGCACACT480
481CTTATGATGGCCCATCTGCACTTCTGCTCTGATAATGTTA520
521TCCACCATTTCTTCTGTGATATCAACTCTCTCCTCCCTCT560
561GTCCTGTTCCGACACCAGTCTTAATCAGTTGAGTGTTCTG600
601GCTACGGTGGGGCTGATCTTTGTGGTACCTTCAGTGTGTA640
641TCCTGGTATCCTATATCCTCATTGTTTCTGCTGTGATGAA680
681AGTCCCTTCTGCCCAAGGAAAACTCAAGGCTTTCTCTACC720
721TGTGGATCTCACCTTGCCTTGGTCATTCTTTTCTATGGAG760
761CAATCACAGGGGTCTATATGAGCCCCTTATCCAATCACTC800
801TACTGAAAAAGACTCAGCCGCATCAGTCATTTTTATGGTT840
841GTAGCACCTGTGTTGAATCCATTCATTTACAGTTTAAGAA880
881ACAATGAACTGAAGGGGACTTTAAAAAAGACCCTAAGC918

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。