基因總覽
OR1F12P 的正式名稱為 olfactory receptor family 1 subfamily F member 12, pseudogene,基因類型為假基因,位於人類第 6 號染色體。現有資料將它歸入嗅覺受體家族,但沒有提供此假基因是否產生 RNA 或蛋白質、其結構特徵或個別生物學作用的資訊。嗅覺受體家族一般與 G 蛋白偶聯受體相關;這項家族層級描述不能據以認定 OR1F12P 具有相同功能。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000402365 ★ | 28,073,316–28,074,233 | 1 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
已知功能與來源註解
現有資料描述的是嗅覺受體家族的一般特性,並未證實 OR1F12P 這個假基因具有受體功能。依家族層級的說明,嗅覺受體可在鼻腔與氣味分子互動,啟動神經元反應,進而引發嗅覺感知;這些受體負責辨識氣味訊號,並透過 G 蛋白介導的訊號轉導傳遞訊息。
該家族的受體蛋白被描述為 G 蛋白偶聯受體,具有七個跨膜區域,與許多神經傳遞物質及荷爾蒙受體共享此結構特徵。來源亦指出,嗅覺受體家族是基因組中最大的基因家族之一。這些內容是對家族及其受體蛋白的一般描述,不能直接推定 OR1F12P 會產生相應蛋白質,或參與上述氣味辨識與訊號傳遞過程。
Promoter 與基因調控
>OR1F12P ENST00000402365 GRCh38 chr6:28072316-28073416 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CATTTTTTCTCCCTCTTACAGGGTCCTCCGTTCTTCTGAAACTATCCCCTTTGTGTACACGAATGTCTTC TTAATTATTTTCCATGATAATATTTTTCCTCTACAACCTGATTCCAAGATTCTCAGGTCAAGAACTCTGT CTTCTGTTACTTTGTGTTTTCTGCAACTCCCAGAAATGCAAGACTCAAAGTAATAATATACTTTATATAC ATGAACCCCTTCTTTGTAGTTATAGTTAAAATATTACAAAAATAGTAAGAGAATCTTTTAAATCTGCCTC CCTGTTTCACATAACTTTTTCTCTGTGTTCTTTAGTTTTATCTACATATATTATGTAACTTCGGATGTTA CATAACTTTTTAACTTATTTGTAAATATTTTCCTATATTGTTCACAGTTCATGTAAACTACTTTTGGAGG CTTAACTTTTTATACTTGTCAAGAAAATTAACATATTTTTCTTTTGAATCTTGAATAAATAATATCATTT GTTTTCATTTTATTATTCCTAAATGGTAGGTGTCTGCCTGGTTTTCAAGCAGGGGGGTTCATATAGTGTT GGAAAAATATTTGGAAAAATTCTTCATTTAAATCTCATTTTATGACATAAAGTCATTTAGTATGTCACTC ATTGATGCATTTCAACACACAGCAGTCAGTCATATACAAGGCAGAACACGCAAGAGTTGGTGACAACATC ACAAGTAGGAAAAGAATTTCTGCTTTCTGAGGGGAGATATATACAGATCGCATGGACATCTTGGATAAGG TGACGTTCCAGTAAGAGAGGATATATGTAAAGACAACTGATGAGGTAGGACATACCTAAGGTTCAGTGAG GTTTGAGAGAGAGCATCAGAGAGAAGGTAGGATGGCCTAAAGAAAGAACATTTAGTAAGTGGTACTAGAC TAGGTGAATATATAAAAAATAACAAGGGACATTTTTTTTACTGGCAAAAATATTTCATTCTCTGGGTCTT CATGCAGATATATTCAAGCAATGGAAGGGAAAAATCAAACCAATATCTCTGAATTTCTCCTCCTGGGCTT CTCAAGTTGGCAACAACAGCAGGTGCTACTCTTTGCACTTTTCCTGTGTCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
基因座與轉錄註解
OR1F12P 依 HGNC/Ensembl 分類為 pseudogene。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000402365 ★ | unprocessed_pseudogene | 918 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 嗅覺受體家族的一般描述指出,受體可在鼻腔辨識並與氣味分子互動,啟動神經元反應而引發嗅覺感知;受體蛋白屬於 G 蛋白偶聯受體,具有七個跨膜區域,並以 G 蛋白介導的方式傳遞氣味訊號。這些是家族層級資訊,未證明 OR1F12P 假基因本身具有此功能。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Olfactory receptors interact with odorant molecules in the nose, to initiate a neuronal response that triggers the perception of a smell. The olfactory receptor proteins are members of a large family of G-protein-coupled receptors (GPCR) arising from single coding-exon genes. Olfactory receptors share a 7-transmembrane domain structure with many neurotransmitter and hormone receptors and are responsible for the recognition and G protein-mediated transduction of odorant signals. The olfactory receptor gene family is the largest in the genome. |
DNA 與 RNA 序列
ATGGAAGGGAAAAATCAAACCAATATCTCTGAATTTCTCC40TCCTGGGCTTCTCAAGTTGGCAACAACAGCAGGTGCTACT80CTTTGCACTTTTCCTGTGTCTCTATTTAACAGGGCTGTTT120GGAAACTTACTCATCTTGCTGGCCATTGGCTCGGATCACT160GCCTTCACACACCCATGTATTTCTTCCTTGCCAATCTGTC200CTTGGTAGACCTCTGCCTTCCCTCAGCCACAGTCCCCAAG240ATGCTACTGAACATCCAAACCCAAACCCAAACCATCTCCT280ATCCCGGCTGCCTGGCTCAGATGTATTTCTGTATGATGTT320TGCCAATATGGACAATTTTCTTCTCACAGTGATGGCATAT360GACCGTTACGTGGCCATCTGTCACCCTTTACATTACTCCA400CCATTATGGCCCTGCGCCTCTGTGCCTCTCTGGTAGCTGC440ACCTTGGGTCATTGCCATTTTGAACCCTCTCTTGCACACT480CTTATGATGGCCCATCTGCACTTCTGCTCTGATAATGTTA520TCCACCATTTCTTCTGTGATATCAACTCTCTCCTCCCTCT560GTCCTGTTCCGACACCAGTCTTAATCAGTTGAGTGTTCTG600GCTACGGTGGGGCTGATCTTTGTGGTACCTTCAGTGTGTA640TCCTGGTATCCTATATCCTCATTGTTTCTGCTGTGATGAA680AGTCCCTTCTGCCCAAGGAAAACTCAAGGCTTTCTCTACC720TGTGGATCTCACCTTGCCTTGGTCATTCTTTTCTATGGAG760CAATCACAGGGGTCTATATGAGCCCCTTATCCAATCACTC800TACTGAAAAAGACTCAGCCGCATCAGTCATTTTTATGGTT840GTAGCACCTGTGTTGAATCCATTCATTTACAGTTTAAGAA880ACAATGAACTGAAGGGGACTTTAAAAAAGACCCTAAGC918cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。