基因總覽
NUTF2 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 nuclear transport factor 2。其產物參與細胞核與細胞質之間的運輸,與 RAN 及核孔相關蛋白質的作用有關。現有資料未提供其所屬家族或整體蛋白質結構的更多說明;已註解的蛋白質區域見蛋白質特徵欄。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000219169 ★ | 67,846,933–67,872,567 | 5 |
| ENST00001091867 | 67,844,369–67,871,412 | 5 |
| ENST00001091868 | 67,846,165–67,871,323 | 5 |
| ENST00000700610 | 67,846,672–67,871,134 | 4 |
| ENST00000568233 | 67,846,672–67,871,063 | 4 |
| ENST00000568390 | 67,846,672–67,868,741 | 3 |
| ENST00000700612 | 67,846,672–67,871,309 | 5 |
| ENST00000700613 | 67,846,672–67,872,549 | 6 |
| ENST00000569436 | 67,846,672–67,872,549 | 5 |
| ENST00000570026 | 67,846,672–67,871,056 | 4 |
| ENST00000899783 | 67,846,672–67,871,320 | 7 |
| ENST00000899784 | 67,846,672–67,871,312 | 6 |
顯示 12/37 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NUTF2 促進 GDP 結合型 RAN 由細胞質進入細胞核。這項作用支持 RAN 在受貨物受體介導的核質運輸中的功能;因此,NUTF2 也間接參與較廣泛的核質運輸過程。
在細胞質中,NUTF2 與 GDP 結合型 RAN 互作,並透過與核孔蛋白的互作,將其招募至核孔複合體,進而促進 RAN 的核輸入。這些步驟構成 NUTF2 介導運輸的機制;資料指出,核孔蛋白的參與是 GDP 結合型 RAN 經 NUTF2 輸入細胞核所需的一步。
此外,NUTF2 與 CAPG 互作並介導其核輸入。這項資料顯示其運輸關係不只涉及 RAN,但現有來源未進一步說明 CAPG 核輸入的分子步驟或生物學後果。
Promoter 與基因調控
>NUTF2 ENST00000219169 GRCh38 chr16:67845933-67847033 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAACAGGAGTACTGAGAGACCTCCGGCCAGGAAGGAAGGCTAGGAGTTGCCTGGAGAGGCCTTGTAGCCA TTTCCCTTACCTGTGGTACCCCAAGTTGGCTGCAGATCTCTTTGCCAAGCACAGGTCTGACCTAGAGACT GGCCTTACCACAAATGTTTGTGTTACCAAGAAAACAAATGGGCGTTGAAAGGAAAGGGCAATGGGTAGGA AGAGAACTATTTACAATCTGGTCACTTAAATCACAGCGAAATTTTGGGTAAGTCAGTCATTTCTCTTTCC TCATTAATAAAAATGAAACACTTAGCTGCTCTATCTGCTGCAAAAAAACCTTACAGAATGTTTTGGGGGG ACCCCTGACTGTAGAAGTTTGAGGGTAACCTCTCCAACCAAGCCCCACCTGAGGGACATTTGAGTCTCCG GCCCAAGAATAGCCTAGCCTGCTCGAAACCAGCTTTGGGCCCGACTCGCCGAGGTGCAGGCGCACGAATG TTGGGATTGCAGGAGCTGTGCGTTCCGCCCGGGCTGGTTAAGGCCACACAGCTCGGAAGAGTAACAGCGG CAGCCATAGCCCCAAGGGGAGGGGGTTTCGTGAGCGGAAACGGCCCAGGGGCCCAGGGAGGGGCAGCTGG GCCAGCTTGGGGCCGGGCTGGGCTCCCACGGAGGCGGGGCCAACCCCCACCCCAGTGCACAGACTGGGCG GGGCCGAGCCAGCTGAGACCAGGAGACAACTGAGCCCTGACCCTAGCCTGGCGCCAACCTCTAGTGTTCC AGAGGCTTCCGCTAGACCACAATTCTCAGGGGCTTGCCCCGGCAGCCTCCCTCCCTGGCTTAGCCTCACC TCCCGCGCTGCGGGCCGTGTCTGGGCCTCCGCGCATAGCACGCCGGGAATTGTAGTTTTCTCTCGGCGCG CTCATGCCGGAAAGGGGGGGCGGTGGGACTGCGTCTCCCAGAGTGCAGCGGGGCGGGCGAAGGAAGGCAG GGGGGAAGGGACAGTCGGCCGCAGACCGCGCTGGGTTGCCGCTGCCGCTGCCGCCATCGTGCCAGCCCCT CGGGTGAGTGTCGGGGCCAGCACGCCGGGGCGGGGGCTGGGCCGCAGGAGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NUTF2_1 ↗ | 16:67,846,935 | 正股 | 67,846,886–67,846,945 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR16_9ZX38 · promoter · 67841830–67842330 · regulatory
ENSR16_9ZX3Z · enhancer · 67844430–67844818 · regulatory
ENSR16_BHGJR · promoter · 67846392–67847226 · regulatory
ENSR16_5KXTJ3 · CTCF_binding_site · 67846683–67846704 · regulatory
ENSR16_9ZX4R · enhancer · 67847227–67847682 · regulatory
ENSR16_5KXTN2 · CTCF_binding_site · 67847534–67847555 · regulatory
ENSR16_9ZX4W · promoter · 67847683–67848098 · regulatory
· motif · 67842035–67842046 · motif
· motif · 67842035–67842046 · motif
· motif · 67842239–67842250 · motif
· motif · 67842239–67842250 · motif
· motif · 67842241–67842250 · motif
· motif · 67843144–67843161 · motif
· motif · 67843321–67843332 · motif
· motif · 67846347–67846358 · motif
· motif · 67846500–67846513 · motif
· motif · 67846500–67846513 · motif
· motif · 67846507–67846517 · motif
· motif · 67846592–67846602 · motif
· motif · 67846626–67846636 · motif
· motif · 67846685–67846701 · motif
· motif · 67846716–67846724 · motif
· motif · 67846858–67846868 · motif
· motif · 67846928–67846943 · motif
· motif · 67846961–67846971 · motif
· motif · 67847021–67847038 · motif
· motif · 67847536–67847552 · motif
· motif · 67847797–67847810 · motif
· motif · 67847797–67847810 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:127 aa
NUTF2 蛋白質長 127 個胺基酸。序列註解指出,第 10 至 121 位胺基酸包含 NTF2 結構域;來源未提供其他功能區域的描述。
蛋白質三維結構
細胞內定位
NUTF2 在細胞質溶膠與細胞核相關區域均有定位,包括核膜、核孔複合體及核質。 穩態時主要位於核質,並在核質內的聚集點富集。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 42 個夥伴
- BEND7Q8N7W2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BRWD1Q9NSI6-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAMK2GQ13555-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC106Q9BWC9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC150Q8NCX0-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CHCHD3Q9NX63 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CHMP4AQ9BY43-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CKMT1BP12532 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLPPQ16740 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM50BQ9Y247 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HMG20AQ9NP66 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HMG20BQ9P0W2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KHDC4Q7Z7F0-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRT86O43790 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP9-8Q9BYQ0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LASP1Q14847-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE1CQ5T751 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LCE5AQ5TCM9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LENG1Q96BZ8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MRNIPQ6NTE8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MYOZ3Q8TDC0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NME1P15531 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NME4O00746 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NRIP3Q9NQ35 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NUP54Q7Z3B4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
NUTF2 可形成同源二聚體。它與 GDP 結合型 RAN 直接互作,並調節 RAN 的核輸入;與 NUP54、NUP58 及 NUP62 的 FG 重複序列互作,將 NUTF2 招募至核孔複合體,此步驟是其介導 GDP 結合型 RAN 核輸入所需。NUTF2 也與 CAPG 互作,並介導 CAPG 的核輸入。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NUTF2 促進 GDP 結合型 RAN 從細胞質輸入細胞核,此作用對 RAN 參與受貨物受體介導的核質運輸至關重要,並使 NUTF2 間接參與較廣泛的核質運輸。NUTF2 在細胞質中與 GDP 結合型 RAN 互作,透過核孔蛋白將其招募至核孔複合體並促進其核輸入。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mediates the import of GDP-bound RAN from the cytoplasm into the nucleus which is essential for the function of RAN in cargo receptor-mediated nucleocytoplasmic transport. Thereby, plays indirectly a more general role in cargo receptor-mediated nucleocytoplasmic transport. Interacts with GDP-bound RAN in the cytosol, recruits it to the nuclear pore complex via its interaction with nucleoporins and promotes its nuclear import PMID 10679025 ↗ · PMID 7744965 ↗ |
| 交互作用 | NUTF2 形成同源二聚體,並直接結合 GDP 結合型 RAN、調節其核輸入;它也透過 FG 重複序列與 NUP54、NUP58 及 NUP62 互作,將自身招募至核孔複合體,此步驟為其促進 GDP 結合型 RAN 核輸入所需。此外,NUTF2 與 CAPG 互作並介導其核輸入。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts with RAN (GDP-bound form); the interaction is direct and regulates RAN nuclear import. Interacts with the nucleoporins NUP54, NUP58 and NUP62 (via FG repeats); recruits NUTF2 to the nuclear pore complex a step required for NUTF2-mediated GDP-bound RAN nuclear import. Interacts with CAPG; mediates its nuclear import PMID 10679025 ↗ · PMID 18266911 ↗ · PMID 7744965 ↗ |
| 細胞定位 | NUTF2 的定位包括細胞質溶膠、核外膜、核孔複合體、核內膜及核質;在穩態時,NUTF2 主要位於核質,並在核質內的聚集點富集。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm, cytosol; Nucleus outer membrane; Nucleus, nuclear pore complex; Nucleus inner membrane; Nucleus, nucleoplasm; At steady state it is essentially nucleoplasmic, enriched in nucleoplasmic foci PMID 10679025 ↗ · PMID 7744965 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCAGACCGCGCTGGGTTGCCGCTGCCGCTGCCGCCATCGT40GCCAGCCCCTCGGGTCTCCGTGAGGCCGGGTGACGCTCCA80GAATGGGAGACAAGCCAATTTGGGAGCAGATTGGATCCAG120CTTCATTCAACATTACTACCAGTTATTTGATAATGATAGA160ACCCAACTAGGCGCAATTTACATTGACGCGTCATGCCTTA200CGTGGGAAGGACAACAGTTCCAGGGGAAAGCTGCCATTGT240GGAGAAGTTGTCTAGCCTTCCGTTCCAGAAAATTCAGCAC280AGCATCACCGCGCAGGACCATCAGCCCACTCCAGATAGCT320GCATCATCAGCATGGTTGTGGGCCAGCTTAAGGCGGATGA360AGACCCCATCATGGGGTTCCACCAGATGTTCCTATTAAAG400AACATCAACGATGCTTGGGTTTGCACCAATGACATGTTCA440GGCTCGCCCTGCACAACTTTGGCTGACCTCCTCTCAGCTA480GGCACTCACGCTGTTTCCTCCTCCCTCCTCTTCCCAATAC520TATTCCCACTCCTCCAGATGCTCCAAATATCATGCACAAA560TGAGCAGGGCCGCGGTGGGAGTGGGCGCAGTGCGCTGCTG600CCACTGAGGTGTTGTGCATGATGTTTGGATGCTAGACTAG640TTGCATCTGACGGGAGAAGTTTGTGTTGTACCAGCGCATG680CCTTGGAAAGACTTAAGTAATGCAAAAGGTTGTCCTTTTT720TTTTTTTTTTTTTTTTTAATCTACTGACAAGTTGCTCTAG760TAACCCAAAGAAGTGAAGGAGAAAGCAGCTGCCTCACCGC800CCAGACATTGATTTGTTCAGATGTTTCAATGCCTCATGAT840ACAATAAAACCACAAAAATTTTCTTAACAGTTTAAATTGT880TTTAATTAGTTTACTAGTTGGCTGGGCATCAGAAGCTACC920CAGACCCGTTGTCTCTCTCATGTTTCACCCTCCCACTTCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。