基因總覽
NTN4 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 netrin 4。其產物 Netrin-4 為分泌型蛋白,來源將其描述為可能參與神經、腎臟與血管發育;目前提供的資料未進一步說明其家族特徵或各發育過程中的作用方式。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000343702 ★ | 95,657,807–95,790,764 | 10 |
| ENST00000987975 | 95,657,529–95,791,373 | 10 |
| ENST00000344911 | 95,657,807–95,790,764 | 11 |
| ENST00000890156 | 95,657,807–95,791,373 | 9 |
| ENST00000890157 | 95,657,807–95,791,373 | 11 |
| ENST00000967951 | 95,657,807–95,791,373 | 9 |
| ENST00001135275 | 95,657,807–95,791,373 | 10 |
| ENST00000890160 | 95,657,808–95,791,373 | 7 |
| ENST00000967952 | 95,657,808–95,791,373 | 10 |
| ENST00000967953 | 95,657,808–95,791,373 | 7 |
| ENST00000987976 | 95,657,808–95,791,373 | 11 |
| ENST00001019460 | 95,657,808–95,791,373 | 10 |
顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Netrin-4 可能在神經、腎臟與血管發育中具有重要作用,但現有資料未提供其參與這些發育過程的具體分子機制或作用條件。
在嗅球組織外植體中,Netrin-4 會促進神經突延伸。這項觀察指出它與神經突生長有關,但資料未說明此作用是否涉及特定受體、訊號途徑,或能否延伸至其他實驗系統。其在腎臟及血管發育中的可能功能,也不宜據此補推更細節的機制。
Promoter 與基因調控
>NTN4 ENST00000343702 GRCh38 chr12:95790664-95791764 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTAGAATTATATTTTCACAGAACTTGCAAAAATCTCAGACTCGGCTGCTATTTAATCTCTTTCCAGAAGC ACCAGCCCTGAGCAATCCTATCTGCAATTAGCTGCGTGTGGTTGCTACTAAATTGCTCCCCATAAGTTAG TTCCTAACACTGTTTCACAGCACGGCATACTCTATAAAGGGAGAACGCTTGGAAGGACCGAAGAGTTCCC TTTGTCGTGCCCTTGCCCTGCCTCTGGACAACGATGTTCTTACACTGCCGACTAGCTAATCCTGTGACCC TTTTCTTTCAGCACCTTGAGTTTGAGTTAGGCAATACCTCTTACACCAAAGTGGGCACACCTTCGGATCA TGTAGGCAGCGATTGTTTAGCCGAGACATCCCCCTACCCCCGCAAAAGGCAGCAGAGAAGCGGCGAACGC CGCTTAGCAGTTGGCGCGCTCTCAGTGCGGGTGACGCGGGGCTGGGTTGGGGTGTTCCGTCCCCGGGTCG TGGGACTCCCCGAGAGGGGGTGGCTGGAGGAGGAGGGAGGGCTTGTTTCGCTGGGGGATGTGGGAAGTAG GCGCTAGCCTGTTTCGCGGTTTTTTAAGCCCCTTGGCATGCCCTGACCTGATCTAGAGGGAGTCTACTGC TCTTAGGAATGTTCCGGGAGAAGGTGGGAGATTGCTTCCCAGGGGAGGCCTGTGGGTGCTGCAGGGCACC AGGGGGGTCACTAGGGAGATGCAGGGCGCGGGCCAGGAGGGGCGCCAGGGCAGCCGGGGGCCAGGCTGAG GCGACCGGGACCAGCGGGCAGCCGGGCGTCGGGGGCGTCGGTCGGGGCGCGGGGGACCCCCCCCCCGGGC GGCAGCGGCAGCGGCGATCCGATCCCGCGGGCTGCGCCGCCCGGGCTGTCAAGCGCGGGGGGCGGGCGGG AGGAAGGGGTGGAGGTGCGAGGGGAGGAGGGCTGGCACCGGAGCGCCGCGGCGTCGGTGCAATAAAAATG CATCGCATGGAACTGCCCGTGGAGAAGGACGGGACGGAGCCGGGGCAGCCAGAAGAGGTGGGAAAAGCGG AGGAGGACGCCCAGGAGGAGGCGGCGGCGGCGGCCGGGAAGTGAAAGGTCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NTN4_2 ↗ | 12:95,790,304 | 負股 | 95,790,294–95,790,353 |
| NTN4_3 ↗ | 12:95,790,616 | 負股 | 95,790,606–95,790,665 |
| NTN4_1 ↗ | 12:95,790,763 | 負股 | 95,790,753–95,790,812 |
| NTN4_4 ↗ | 12:95,791,150 | 負股 | 95,791,140–95,791,199 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR12_CCHM7 · enhancer · 95788553–95790298 · regulatory
ENSR12_5SJBSS · CTCF_binding_site · 95789693–95789714 · regulatory
ENSR12_CCHMB · promoter · 95790299–95791642 · regulatory
· motif · 95789695–95789711 · motif
· motif · 95791054–95791061 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:628 aa
Netrin-4 長 628 個胺基酸,N 端第 1–18 位為訊號肽。蛋白質含 Laminin N-terminal 區域(第 30–261 位)、三個 Laminin EGF-like 區域(第 262–331、332–394、395–448 位),以及 C 端 NTR 區域(第 506–627 位)。
蛋白質三維結構
細胞內定位
Netrin-4 為分泌蛋白,位於細胞外空間、細胞外基質及基底膜;來源並將其描述為基底膜的主要成分。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 11 個夥伴
- CASKO14936-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXA1P49639 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- KPRPQ5T749 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP10-8P60410 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP21-2Q3LI59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KRTAP5-9P26371 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- LCE1CQ5T751 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MEOX2Q6FHY5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NOTCH2NLCP0DPK4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PECAM1P16284 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
Netrin-4 可能形成同源二聚體。資料未提供二聚體形成條件或其他蛋白質互作資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NTN4 產物可能在神經、腎臟與血管發育中扮演重要角色;在嗅球組織外植體中,Netrin-4 促進神經突延伸。資料未進一步限定其作用機制。 | 含實驗來源 | 證據與來源May play an important role in neural, kidney and vascular development. Promotes neurite elongation from olfactory bulb explants PMID 11038171 ↗ |
| 交互作用 | Netrin-4 可能形成由相同蛋白質分子組成的同源二聚體;此描述保留可能性,來源未提供形成條件或實驗細節。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | Netrin-4 是分泌蛋白,可位於細胞外空間、細胞外基質與基底膜;來源另指出它是基底膜的主要成分。 | 含實驗來源 | 證據與來源Secreted, extracellular space, extracellular matrix, basement membrane; Major component PMID 11038171 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGAGAAGGACGGGACGGAGCCGGGGCAGCCAGAAGAGGTG40GGAAAAGCGGAGGAGGACGCCCAGGAGGAGGCGGCGGCGG80CGGCCGGGAAGTGAAAGGTCTCGCAAAGTTCAGCGGCGGC120TGCGGGCGCCGAGCCCCGGGCTAGCGGCAGACGAGCCCGC160AGGGCCGCTCCGCGGGGCAGCGCAGCCAGGCCGGCTATGG200TCCCGGGGCTCCCGCCGCCCCCCAGGTGCCCGGGACCCGC240CAGGCCGGTGCGCGAGGGTCACCCCACCTCCCCGCGCGGT280CCCGGCCCCTGGCTCCCAGCTGCCGGCGACCGCTGACCGA320GCCCGGCGCCCCAGGAGGAGGAAGAAACCAGGGCCCCGTT360CCCTCCCGAGGACGGCGGCGCTTCATCCCGCAGCCCAGAG400GTCTCGGCTCCCTCCGGCACCCGCCCGGCCCGGCTGCTCC440CGGCTCCTCCCGGCCATGGGGAGCTGCGCGCGGCTGCTGC480TGCTCTGGGGCTGCACGGTGGTGGCCGCAGGACTGAGTGG520AGTAGCTGGAGTGAGTTCCCGCTGTGAAAAAGCCTGCAAC560CCTCGGATGGGAAATTTGGCTTTGGGGCGAAAACTCTGGG600CAGACACCACCTGCGGTCAGAATGCTACCGAACTGTACTG640CTTCTACAGTGAGAACACGGATCTGACTTGTCGGCAGCCC680AAATGTGACAAGTGCAATGCTGCCTATCCTCACCTGGCTC720ACCTGCCATCTGCCATGGCAGACTCATCCTTCCGGTTTCC760TCGCACATGGTGGCAGTCTGCGGAGGATGTGCACAGAGAA800AAGATCCAGTTAGACCTGGAAGCTGAATTCTACTTCACTC840ACCTAATTGTGATGTTCAAGTCCCCCAGGCCGGCTGCCAT880GGTGCTGGACCGCTCCCAGGACTTTGGGAAAACATGGAAG920CCTTATAAGTACTTTGCGACTAACTGCTCCGCTACATTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。