基因總覽
NSD3（nuclear receptor binding SET domain protein 3）是蛋白質編碼基因，產物為 1437 個胺基酸的組蛋白甲基轉移酶，屬於 class V-like SAM-binding methyltransferase 超家族中的組蛋白賴胺酸甲基轉移酶家族及 SET2 亞家族。蛋白質具有多個辨識結構域與鋅指，包括兩個 PWWP、四個 PHD-type 鋅指，以及 AWS、SET 和 Post-SET 結構域；序列中也有多段預測為無序的區域。這些結構特徵構成其蛋白質架構；其催化作用見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000317025 ★ | 38,269,704–38,382,271 | 24 |
| ENST00000433384 | 38,269,704–38,383,021 | 23 |
| ENST00000527502 | 38,269,704–38,383,021 | 24 |
| ENST00000879303 | 38,269,704–38,383,021 | 24 |
| ENST00000935238 | 38,269,704–38,383,021 | 23 |
| ENST00000935239 | 38,269,704–38,383,021 | 22 |
| ENST00001139436 | 38,269,704–38,383,021 | 24 |
| ENST00001074721 | 38,316,209–38,383,021 | 10 |
| ENST00000316985 | 38,316,417–38,383,021 | 10 |
| ENST00000528627 | 38,319,755–38,326,835 | 2 |
| ENST00000529223 | 38,337,369–38,381,731 | 4 |
| ENST00000534155 | 38,348,096–38,382,227 | 3 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
NSD3 是組蛋白甲基轉移酶，能優先作用於組蛋白 H3 的 Lys-4 與 Lys-27，形成 H3K4me2 和 H3K27me2。這兩種修飾與轉錄調控的方向不同：H3 Lys-4 甲基化是表觀遺傳轉錄活化的特定標記，而 H3 Lys-27 甲基化則是轉錄抑制標記。因此，NSD3 可透過在不同位點建立甲基化標記，連結組蛋白修飾與基因轉錄狀態。
其反應以 S-adenosyl-L-methionine 作為甲基供體。來源列出的反應式顯示，組蛋白 H3 的 Lys-4 或 Lys-27 分別接受兩個甲基，生成相應的二甲基化產物，並伴隨生成 S-adenosyl-L-homocysteine 與氫離子。這些反應描述支持 NSD3 可在兩個位點催化二甲基化；來源未提供其他底物、細胞條件或下游調控細節。
H3K4me2 與 H3K27me2 分別對應轉錄活化和抑制標記，說明 NSD3 的功能不宜概括為單一方向的轉錄調控；作用結果與被修飾的賴胺酸位置相關。可支持的功能重點是其在組蛋白 H3 特定位點的甲基化，以及這些位點標記與轉錄狀態之間的關聯。
Promoter 與基因調控
>NSD3 ENST00000317025 GRCh38 chr8:38382171-38383271 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AACCTTCCATTGTTTTCCATACGTTTCCTAGGATGCGGGGGGCTAGAGGATGACGGAGAGTTGCCTCCCG GTTCTTCCTCTCGTTCTTATCTTGGGCCCTCTAGGACAAATGTCCCTCACGTCCCTCGATGCGAAGGTCT GGCCGCGAGCAGCCGCGGCCTCCGGCACGTGACGGTCACGGAGCCGTCGCGGTCCCCCGCGGCTGGGGGG CACCCGGGGATGCGGCGGGCGCTGACGTCGTCCTCCCGGTTACCCACAAGCCTCCGGGCCGCAGCAGAGC AGGAAGAGGCGCGCGGGGCCGGCGCCTGCCGGGGAGGTCGAGGCGCTCCCTCGGCGAGCCGGCGCCGCCG GCCGGGTCTCCTACTGCTTGCAACCGGGGGAGGGGGACCATCCGACAGCTCAGCCGGGGCTGAGAGGGAG ACGACGCCAAGGCGGTCTTGCATCGCCCCCGGCTTTCCAAATGCAGACCCTACCGGAACCGGAGCCCTTC CCTGACAGCCGTAGGACGGGAGACGGCCGAGGGGTCGCCTGGACTGCCCCGCCCTCGCGCGGTGACCCAC CGGGGACCGTGCGAGGGTCGCTTCTAACCCTTAAGAGCTAGAGAGCCGAGTCACCCTGAGGAGCGCCGTA TGGCGCTGGTTGCGCGTTGTTCTTTAATCAGCCTCACTGAACGCGCCGATCCCAGTTTTACCTCCCGGGC CCCACCTTTCCACGCCTCCTCCGGCTTCCCGGGGTGTTTTGTGTGTCACTCTCCCACGTACAGTCCCTCC CCGTCCCTCGTTCCTCGGCCCTCTCGCCCGGTCTCCCTAGTCGTCCAGACGCTAGCTGCCGCGGGCGTTC CTGGTTCGCGCTCCCGCCCCCTCCGCCCCGCCGACTCGCCGCTTCCTCCGGAGCCCCAGCGTCCCGAACC AGGGACTGCATTTCCCGGCAGGCGCCGCGGCCCGCGGCCAATGAGGGGCTGAGGATTTGGCGGCGGCGGC GCCCCGAGAGTCGGGGTGGGGGGGCTTTGTGCGCGGCGGCGGCGGGAGAGGCGGCGGCGGCGGCCAGCAC GGAGGCGGAGGCCGAGGGGGCTGTGCACAGGTCGCCGCGGAGAGGCGTGCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| NSD3_2 ↗ | 8:38,381,820 | 負股 | 38,381,810–38,381,869 |
| NSD3_1 ↗ | 8:38,382,263 | 負股 | 38,382,253–38,382,312 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR8_748X82 · enhancer · 38379720–38379822 · regulatory
ENSR8_C5RSD · enhancer · 38379978–38381835 · regulatory
ENSR8_B9LMZ · promoter · 38381836–38382374 · regulatory
ENSR8_D3WF9 · enhancer · 38382375–38384812 · regulatory
ENSR8_5C2QJ6 · CTCF_binding_site · 38383443–38383464 · regulatory
ENSR8_B9LNJ · promoter · 38385813–38386511 · regulatory
ENSR8_9K8D9 · enhancer · 38386512–38387012 · regulatory
ENSR8_9K8DF · promoter · 38387013–38387513 · regulatory
ENSR8_5C2R6D · CTCF_binding_site · 38387162–38387183 · regulatory
· motif · 38381976–38381986 · motif
· motif · 38382322–38382337 · motif
· motif · 38383090–38383106 · motif
· motif · 38383090–38383106 · motif
· motif · 38383099–38383108 · motif
· motif · 38383099–38383108 · motif
· motif · 38383303–38383319 · motif
· motif · 38383445–38383461 · motif
· motif · 38383713–38383733 · motif
· motif · 38384258–38384271 · motif
· motif · 38384258–38384271 · motif
· motif · 38384350–38384361 · motif
· motif · 38384979–38384991 · motif
· motif · 38385047–38385062 · motif
· motif · 38385260–38385270 · motif
· motif · 38385849–38385864 · motif
· motif · 38386089–38386100 · motif
· motif · 38386089–38386100 · motif
· motif · 38386089–38386102 · motif
· motif · 38386127–38386140 · motif
· motif · 38386127–38386140 · motif
· motif · 38386427–38386440 · motif
· motif · 38386427–38386440 · motif
· motif · 38386442–38386455 · motif
· motif · 38386442–38386455 · motif
· motif · 38387164–38387180 · motif
· motif · 38387270–38387278 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1437 aa
NSD3 蛋白長 1437 個胺基酸，含 PWWP 1、PWWP 2、AWS、SET 與 Post-SET 結構域，另有四個 PHD-type 鋅指，其中第四個標示為非典型。序列註解也指出多段無序區域，以及位於 154–157 的 KIKL motif。蛋白質屬於 class V-like SAM-binding methyltransferase 超家族的組蛋白賴胺酸甲基轉移酶家族、SET2 亞家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
NSD3 的定位註記為細胞核與染色體。 來源未區分不同異構型，也未提供定位改變的條件或動態資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 16 個夥伴
- ATMQ13315 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CBX5P45973 · UniProt INTERACTION · 2 experiments · 2 筆來源紀錄
- DAXXQ9UER7 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ESR1P03372 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HEL25V9HWG0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HOXC4P09017 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MLLT6Q6P2C6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MNDAP41218 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RAD51Q06609 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SLU7O95391 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- FGFR3P22607 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HRASP01112 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LMNAP02545 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SPRED1Q7Z699 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TGFBR2P37173 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Q9Y649Q9Y649 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
NSD3 與 BRD4 有互作記錄；另有資料指出，NSD3 透過 KIKL motif 與 BRD3 的 NET domain 互作。這些資料支持蛋白質互作關係，但未說明兩者是否形成特定複合體或其功能後果。
疾病與遺傳關聯
NSD3 的缺陷可能涉及非小細胞肺癌（NSCLC）；該癌症中也有 NSD3 擴增或過度表現的記錄，這些資訊呈現關聯，不能據此判定因果。另有涉及 NSD3 的染色體異常見於兒童急性骨髓性白血病，具體為與 NUP98 相關的 t(8;11)(p11.2;p15) 易位。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | NSD3 是組蛋白甲基轉移酶，優先使組蛋白 H3 的 Lys-4 與 Lys-27 二甲基化，分別形成 H3K4me2 和 H3K27me2。H3 Lys-4 甲基化是表觀遺傳轉錄活化的特定標記，而 Lys-27 甲基化則是轉錄抑制標記。 | 含實驗來源 | 證據與來源Histone methyltransferase. Preferentially dimethylates 'Lys-4' and 'Lys-27' of histone H3 forming H3K4me2 and H3K27me2. H3 'Lys-4' methylation represents a specific tag for epigenetic transcriptional activation, while 'Lys-27' is a mark for transcriptional repression PMID 16682010 ↗ |
| 分子活性 | L-lysyl(4)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-methionine = N(6),N(6)-dimethyl-L-lysyl(4)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-homocysteine + 2 H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源L-lysyl(4)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-methionine = N(6),N(6)-dimethyl-L-lysyl(4)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-homocysteine + 2 H(+) PMID 16682010 ↗ |
| 分子活性 | L-lysyl(27)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-methionine = N(6),N(6)-dimethyl-L-lysyl(27)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-homocysteine + 2 H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源L-lysyl(27)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-methionine = N(6),N(6)-dimethyl-L-lysyl(27)-[histone H3] + 2 S-adenosyl-L-homocysteine + 2 H(+) PMID 16682010 ↗ |
| 交互作用 | NSD3 與 BRD4 有互作記錄；此外，NSD3 可透過 KIKL motif 與 BRD3 的 NET domain 互作。此敘述指出蛋白質互作及其涉及的區域，但未提供互作的功能結果。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with BRD4. Interacts (via KIKL motif) with BRD3 (via NET domain) PMID 21555454 ↗ · PMID 29176719 ↗ · PMID 29567837 ↗ · PMID 33592170 ↗ |
| 細胞定位 | NSD3 的定位註記包含細胞核與染色體。此資料未進一步說明定位的細胞條件、變化方式或不同異構型之間的差異。 | 推論支持 | |
| 疾病關聯 | NSD3 缺陷可能涉及非小細胞肺癌（NSCLC）；此外，NSCLC 中有 NSD3 擴增或過度表現的記錄。這些敘述提供疾病關聯資訊，未證明 NSD3 改變會直接造成該癌症。 | 含實驗來源 | 證據與來源Defects in NSD3 may be involved in non small cell lung carcinomas (NSCLC). Amplified or overexpressed in NSCLC PMID 15983384 ↗ |
| 疾病關聯 | 涉及 NSD3 的染色體異常曾見於兒童急性骨髓性白血病，所述異常為與 NUP98 相關的 t(8;11)(p11.2;p15) 易位。該敘述指出此染色體變化與疾病病例的關聯，未陳述其因果作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源A chromosomal aberration involving NSD3 is found in childhood acute myeloid leukemia. Translocation t(8;11)(p11.2;p15) with NUP98 PMID 11986249 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GGGGCTTTGTGCGCGGCGGCGGCGGGAGAGGCGGCGGCGG40CGGCCAGCACGGAGGCGGAGGCCGAGGGGGCTGTGCACAG80GTCGCCGCGGAGAGGCGTGCGAATTCCGAGCCGAGCGCCG120AGGACCGTGCTACCCAGGCCGGGCTGCCAGCCGCAGGCTC160CTCTCTGGCAGCAGCGGCGGCGCGGCGACCCCCGTCCCTC200GGCCTCCCCTTCCCATCCCACCTCCCGAGCCTTCCTCTTC240CCGCAGCACGCCCGGCCCGGCCCGGCCGTGGCCCTCCTCA280GTGCCGGCCGCCATGGCAGAGGCGTCCGGCGCGGGGAAAA320TCTAGCCCGGGGATTTCATGCGGCCTAGCTCGGTTCCGCC360TCCTCCTCGCGCGGCCCCAGCGGCTGCCCGCACCCCAGCC400CCACTCCGGGCCTCCGTGTCTCTCCTGTGATCGCACTGAC440ACGGCCGGGGGGTTAGAATGGAACAAACTGAAGGCCCGAT480GAGAGAAAGGGAAAGTTAAGGATGCTGGAGCAGAACAATG520GATTTCTCTTTCTCTTTCATGCAAGGGATCATGGGAAACA560CAATTCAGCAACCACCTCAACTCATTGACTCCGCCAACAT600CCGTCAGGAGGATGCCTTTGATAACAACAGTGACATTGCT640GAAGATGGTGGCCAGACACCATATGAAGCTACTTTGCAGC680AAGGCTTTCAGTACCCAGCTACAACAGAAGATCTTCCTCC720ACTCACAAATGGGTATCCATCATCAATCAGTGTGTATGAA760ACTCAAACCAAATACCAGTCATATAATCAGTATCCTAATG800GGTCAGCCAATGGCTTTGGTGCAGTTAGAAACTTTAGCCC840CACTGACTATTATCATTCAGAAATTCCAAACACAAGACCA880CATGAAATTCTGGAAAAACCTTCCCCTCCACAGCCACCAC920CTCCTCCTTCGGTACCACAAACTGTGATTCCAAAGAAGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。